Kaito Kid amenaza con robar la nueva joya de Jirokichi Suzuki, la "Sirena Ruborizada". A intentar impedir el hurto acuden la propia Sonoko, Ran, Conan y Masumi Sera. Tras haber intentado capturar a Kid en el aire o en un museo, ahora coloca la joya sobre el caparazón de una tortuga que se desplaza dentro de una pecera. ¿Será Kid capaz de ganar el desafío?

Sera y Conan comienzan a investigar... Pero Kid ha logrado robar la "Sirena Ruborizada" y se ha disfrazado de alguno de los compañeros del detective, cometiendo un gran error que le delatará.

Mientras se dirigían a casa, Kogoro, Ran y Conan casi chocan con una moto que había quedado en el medio de la calle, cerca de un parque. Cuando se bajan del coche para ver quién era el responsable de dejar la moto allí, encuentran el cadáver del dueño, que había muerto al escribir el nombre de su asesino.

Kogoro, Ran, Sonoko, Sera y Conan van a un concurso de cocina de la televisión donde está Yoko Okino. Al parecer la intención de cometerse un crimen ya pululaba en el ambiente y se confirma cuando aparece un cadáver dentro de un cofre de frutas cerrado con un candado. ¿Cómo se ha cometido el crimen?

Empieza la investigación del caso y al parecer ninguno de los presentes pudo haber cometido el crimen. Por su parte, Conan empieza a tener la firme convicción de conocer a Sera del pasado, a lo que esta contesta con una intrigante respuesta.

Kogoro, Ran y Conan están viendo el final de una vieja película protagonizada por la retirada actriz Misuzu Shirakawa en la casa de la actriz. El trío comienza a recorrer la casa con la actriz, sus tres hijos, y la sirvienta. Al caer la tarde la actriz se retira a su habitación para dormir la siesta. Un accidente de tráfico se produce fuera, y luego empieza a salir humo de la habitación.

El profesor Agasa y la liga juvenil de detectives van a una exposición de maquetas y dioramas. Una mujer encontró el cuerpo de uno de los diseñadores de las obras expuestas. Conan se apresura a la escena del crimen y, detrás de una puerta, hay un periodista que es interseptado por Ai. Además del periodista, son sospechosos la novia de la víctima y otro diseñador.

Una amiga de Naeko Miike, la nueva agente de tráfico, la llama diciéndole que ha encontrado un cadáver en un apartamento. Uno de los vecinos resulta ser Shukichi Haneda, el exnovio de Yumi.

El caso sigue siendo investigado hasta dar con su resolución.

Ran y Conan acompañan a Sonoko a un casamiento. Después de la ceremonia los recién casados son asesinados.

Jodie y Conan se reúnen para hablar de Bourbon y sobre los sucesos ocurridos en el Bell Tree Express. Cuando Jodie se da cuenta de que Shuichi sigue vivo y de que fue Tooru Amuro quien se hizo pasar por él, aparece un hombre que estuvo involucrado en el caso del robo al banco, que afirma haber visto a Akai recientemente. En ese momento, bajo los cerezos, se perpetra un terrible crimen.

Una mujer va a la agencia del detective Kogoro Mouri para descifrar una carta sobre el lugar donde se celebrará una boda, pero Conan se da cuenta de que la mujer oculta otras intenciones.

Kogoro, Ran y Conan son los huéspedes de un hombre excéntrico que le encanta jugar. Los tres tienen que capturar al propietario que para la ocasión se disfrazó como un ladrón. Durante la persecución, el hombre sufre un accidente y muere al caerse de una escalera. Kogoro y Conan no están convencidos de que se trata de un trágico accidente.

Conan y sus amigos están jugando frisbee con un joven, cuando su perro en un intento de atrapar el frisbee le ensucia la chaqueta a Conan. La abuela del joven se ofrece a lavarle la chaqueta a Conan, Al otro día cuando van a buscarla chaqueta a la casa de la anciana, la encuentran apuñala en el suelo, todo indica que fue su nieto, pero... habrá sido este?

Kogoro recibe el encargo de investigar un misterioso ruido que se escucha en el Blue Parrot Pool Bar, siempre que cuatro clientes habituales están presentes en el local. Uno de ellos se desploma en el suelo, por lo visto, envenenado.

Tras lograr descubrir el truco empleado y desenmascarar al culpable, Conan conversa con Takagi sobre el caso ocurrido con Jodie bajo los cerezos. Al parecer, la pareja implicada en ese suceso en el robo al banco no recuerdan haber estado presentes ese día. Conan se percata de que en realidad eran Bourbon y Vermouth disfrazados.

Ran y Conan van junto con Sera a casa de unos conocidos, donde uno de los presentes aparece muerto en el baño... Junto con Ran inconsciente a su lado.

Al resolver el caso, Eri les dice a Ran y Conan que ha estado viendo a Sera comunicarse con alguien a través de su teléfono móvil... Al parecer con su hermano.

Mientras practica penaltis, el jugador de la liga japonesa de fútbol Sanada le da un golpe a un niño inintencionadamente. Sin embargo, lo que semejaba un suceso inocente parece ser la corteza de una venganza.

Mientras caminan por la calle de noche, Kogoro, Conan y Ran escuchan un grito y acuden a prestar socorro. Mientras esta era atacada, a compañera de piso de la joven también sufrió un ataque. Todo parece indicar que un acosador reincidente ha sido el culpable, pero algo no encaja.

Kogoro, Ran, Sonoko, Sera y Conan van a jugar a una bolera en la que se encuentra Makoto, el novio de Sonoko. Allí se perpetra un crimen, y el inspector Yamamura toma a Makoto por culpable, por lo que Sonoko tratará de demostrar su inocencia.

Siendo que Makoto no era culpable, se descubre el verdadero truco y se desvela la identidad de la asesina. Sera, por su parte, recibe mensajes de quien parece ser su hermano, quien le pregunta si ya ha "conocido al mago".

Kaito Kid anuncia su nuevo robo, pero esta vez contará con un nuevo rival, Makoto. Al mismo tiempo, parece ser que Kid le quiere arrebatar el corazón de su chica a este, con el objeto de llevar a cabo su plan.

El desafío en el que Makoto se vio implicado parece ser que no acabará por derrotarle y Kid acabará explicando cuál es su verdadera intención, evitando cualquier tipo de confusión.

Sato le dice a Takagi que ha perdido algo que tiene habitualmente lo que le hace pensar a este que está embarazada. Al mismo tiempo, se ven involucrados en un caso junto con los detectives juveniles.

Finalmente, el caso llega a su resolución y Sato aclara las cosas con Takagi.

La liga juvenil de detectives conocen a un matrimonio dueño de un lujoso yate y son invitados a almorzar. Posteriormente los chicos reconocen el yate desde playa y ven al hombre saltar al agua. En teoría él sabe nadar pero.

El gato del caso del camión se llama Taii y se involucra en un caso. Conan tendrá que descubrir cuál de los tres dueños que le reclaman es el verdadero.

Tras la senda del gato se perpetra un caso más complicado.

Ran es invitada a la casa de su instructora. Aquí conoce a los otros inquilinos, dos mujeres y un hombre. Cuándo Kogoro y Conan van a buscar a Ran, el joven encuentra el cadáver de una de sus compañeras.

Sera recibe un pedido para resolver un misterio y va acompañada de Ran, Sonoko y Conan. Ellos descubren un crimen llevado a cabo por la "Mujer de Rojo" con el detalle de que esa mujer había fallecido hace tiempo.

Uno de los sospechosos del asesinato es atacado en la oscuridad de la noche ¡Por la Mujer de Rojo!

El misterio se desenreda y se descubre la identidad de la Mujer de Rojo. Sera le pide a Conan que realice una llamada a su móvil, pues lo perdió. Cuando Conan encuentra el móvil, descubre una imagen de Sera con alguien de cabello rubio con una apariencia similar a la de la chica ya mencionada.

Un humorista llega a la comisaría y declara ser el asesino de su socio. La investigación del crimen inicia, ya que el humorista tiene fama de mentiroso. Al realizar el interrogatorio, la versión del culpable no calza con los datos encontrados por la policía.

Conan tiene varias sospechas de que el humorista sí es el culpable, pero tiene una coartada para el momento del verdadero asesinato, ¿cómo lo habrá hecho?

Conan, Sonoko y Ran van al departamento de Sera, pero ya en éste se ven envueltos en el asesinato de la ayudante de un famoso novelista. Conan y Sera descubren la identidad, rápidamente, del asesino, pero sus pruebas no son lo suficientemente sólidas. Conan ve en la multitud a la niña con una apariencia muy similar a la de Sera. ¿Cómo lograrán desmoronar la coartada del asesino? ¿Quién es esa misteriosa niña?

El caso se resuelve velozmente gracias a Sera y Conan. Antes de las escenas del próximo capítulo se muestran algunas escenas que enredarán más la existencia de la chica parecida a Sera.

Kogoro fue llamado para hacer la historia de un Viaje de Misterio. Junto con Conan y Ran van al lugar de encuentro, pero se involucran en un caso. Mientras persiguen al culpable, el staff de la empresa del evento, que también los acompañaba, ¡Es atacado por alguien! ¿Quién es el culpable y cuál es su objetivo?

Kogoro pide a Ran que vaya al hospital con la víctima porque sospecha que el agresor es uno de los miembros del grupo. En cuanto a las listas de los enigmas de la gira, Conan no puede entender por qué fue golpeada la mujer.