因为柯南猜对了海豚旅行团所出的谜题，于是，为三人赢得了一次免费乘坐交响乐号去小笠原的机会，能登上这艘船的只有十名乘客，在登记途中，小五郎碰见了老警察鲛崎，但听乘务员说这艘船上还有第三名侦探，小兰和柯南也无意中发现了这次活动的组织古川，夜晚，大家聚在一起讨论此次前来的乘客，当听到叶才三这个名字时，每个人都面露惊讶之色。

原来这个叫叶才三的人，就是二十年前「四亿元强盗杀人案」的主谋，鲛崎和小武郎急忙赶到叶才三所在的101号房却发现屋内空无一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交响乐号也没有发现叶才三的身影，如果挨过今晚，法律将不再追诉他们二十年前所犯下的罪行，叶才三和他的同伙也将恢复自由之身。十二点之后，甲板上传出枪声旗子也被人点燃，柯南发现了一张写有奇怪语句的纸钞，这时，船尾发生爆炸，而在这熊熊大火之中，隐约可见一具尸体。

尸体被烧焦，根本无法辨识他的身份，只能从穿着姑且判断是蟹江，柯南发现这具尸体整过容，并推断出龟田和鲸井也是叶才三抢劫杀人案的同伙，当大伙赶到龟田的房间时，却发现他也消失不见了，柯南和服部推理出现分歧两人决定各自行动，可在调查期间服部遭遇危险，没过一会儿，甲板上再次响起枪声，心虚的鲸井决定交代一切，这时，鲸井突然被不明人士射伤，鲛崎赶到甲板时却看到……

在甲板船头的尸体不是别人，正是让大家误认为已经死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外围发现绳索梯子，这说明蟹江一直藏身于此伺机而动，并且柯南还在船头栏杆上发现了剥落的油漆和烧焦的痕迹，将所有的线索串联起来，凶手渐渐浮出水面，这时，柯南接到一通电话，原本很担心平次的他却突然对小兰调侃起了服部，服部是否真的平安？这件与二十年前案件相关的凶案真相到底是什么？

动画原创。静冈县的横沟警官特地找到小五郎拜托他调查一起怪异的案件，此次案件的受害者是演员小宫山，虽然被害者只有一名，但是前来自首说自己是凶手的却有三人并且这几人都有理有据的说出了自己的动机和行凶方式，由于事情紧急，横沟希望小五郎可以尽快做出推理。赶到案发现场时，柯南再次对证人进行询问，并得知了事情的真相，凶手是自首三人中的一人？还是另有神秘四人？

【主线剧情】在放学回家的路上，柯南和灰原发现了黑衣组织中琴酒的车子，柯南在车上装了发信器和窃听器进行跟踪，但被琴酒发现，他也因此察觉到灰原的存在。柯南和灰原根据窃听器听到的地址，来到琴酒和匹斯可等人要进行杀人计划的杯户饭店，这里正举行电影导演的追悼会，在放映幻灯片期间，政客吞口重彦被杀。

【主线剧情】在吞口重彦被杀的瞬间柯南捡到了一条紫色的手帕，之后又发现了一个破碎的美术灯吊环，根据这两条线索柯南展开了调查，可没想到调查期间灰原却被不明人士带走，柯南以眼镜为媒介联系到灰原，得知她被关在了饭店内的一个酒窖里，柯南让灰原喝下老白干，这时，在饭店外面的柯南却看到了金恩，而在酒窖的灰原身体也正在发生变化。

【主线剧情】琴酒离开酒窖后，躲在烟囱中的灰原则依靠她变大的身体，爬到屋顶，然而刚给博士报完平安，她的身后就响起了枪声，原来在酒窖里的时候琴酒就发现了她。而另一边，柯南也得知了杀害吞口重彦的凶手，也就是代号匹斯可的真实身份，在调查清楚灰原所在的位置后，柯南飞速赶到，就在琴酒准备射杀灰原时，柯南向琴酒发射了一枚麻醉针，灰原趁机从烟囱返回酒窖，岂料待她苏醒过来匹斯可已出现在她的面前……

动画原创。博士请大家在一个叫Peach Sunny的咖啡店吃甜点，期间，在靠窗位置有两个正在争吵的人引起柯南的注意，就在博士刚赶到咖啡店时，突然冲进了一辆卡车，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方赶来后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企画的社长大原，意外发生时，大原正好去了厕所，所以才保住性命，这场看似意外的案件其实是有人蓄意杀害，那么，凶手是谁？他又采用了什么样手法？

动画原创。柯南、小兰和小五郎一行三人受到加那娱乐集团的会长加纳善则之托，保护他近来频频被人骚扰的妻子美咲出席晚会，然而晚会中途突然发生停电，美咲在自己房间里被不明人士袭击，所有人都怀疑犯人就是今天晚会的主角杰拉尔天马，可是紧接着杰拉尔天马就被人杀害了。

动画原创。晚到的杰拉尔·天马被剑杀死，和天马有过争吵的加那善成为了头号嫌疑人。柯南则在勘察现场的时候发现窗台上不自然的痕迹，而钢琴上奇怪的东西也吸引了柯南的注意，最终柯南揭穿了像谜一样的人物的真面目同时也解开了杀害天马的凶手所用的犯罪手法。在铁证面前凶手最终承认了自己的罪行并说出了杀人动机。

动画原创。少年侦探团在放学的途中发现勾在S形钩子上的结婚戒指。光彦说这是某个人的SOS的求救信号，少年侦探团的成员们开始搜索现场正在建的公寓。虽然中途误会了岛明夫妇，但是在大家的搜查下，柯南最终发现戒指的真真含义和“上原美里”的疑点。独自面对犯人的柯南再次使用麻醉针逃离危险并救出被囚禁的上原美里。

动画原创。少年侦探团在超市里玩从收银条上的物品名称猜晚饭的菜名的游戏。其中发现了可疑的收银条，柯南她们开始寻找买这些东西的人，想要阻止他。通过分头寻找自行车灯少年侦探团的成员们最终找到了犯人，但中途却失去了犯人的行踪。在元太无意的提醒下，柯南他们抓到犯人现行。最终柯南用脚力增强鞋制服了犯人。

动画原创。小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？

目暮警官在现场调查时发现，不管是气窗还是屋内被封锁上的门，都没办法通过，能够进出的只有被苏芳上了两道锁的门，并且还在每个面具的嘴边都发现了被害者的血，由于没有在雪地上找到凶手出入的脚印，所以有可能犯案的就是屋子里的七个人，警方对他们逐一进行侦讯，在他们的口供中，柯南发现有一人很可疑，虽然柯南曾掉入凶手的陷阱，但在想明白了事情的始末后，真相却只有一个！

动画原创。小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了。经过调查每个人都有很充足的不在场证明，而调查证据也显示凶手竟是从对面的悬崖开的枪。柯南经过分析后将凶手锁定在三人之中。

动画原创。砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，柯南在询问了小五郎之前与砂冈的电话内容之后明白了明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南发现了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的计划也因为鞋子上粘到的玻璃碎片宣告失败。

动画原创。小五郎接受电视节目制作公司社长古川悦子的委托去保护他的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。悦子的母亲被击中头部死亡。经过调查，柯南发现了凶手残留下来的证据正是遥控器上指纹的漏洞。最终凶手承认了自己的罪行。

【主线剧情】少年侦探队本来是跟着阿笠博士一起出来露营，没想到居然在森林中发现了一个钟乳石洞穴，柯南四人立刻进洞探险，却在这里碰到了一伙儿搬运尸体的歹徒，而柯南为了掩护大家逃跑中弹受伤，之后，便血流不止，元太背着柯南寻找出口，可身后的歹徒也循着声音疾步追来，失去了柯南的指引，少年侦探团剩下的三人会采取什么样的行动？

【主线剧情】看着奄奄一息的柯南，步美建议大家自己想办法，三人按照石头上的文字推断出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。紧接着柯南被立刻送到医院进行治疗，又在小兰碰巧知道血型的情况下给他输了血，小兰最近的奇怪反应让柯南意识到自己的身份或许已经在小兰面前暴露，就在他打算向小兰坦白时，灰原拿枪对准柯南。

【主线剧情】灰原这么做的目的是要叮咛柯南坦白有风险，让他谨慎考虑，并在他面前摆出三个选择，柯南会如何抉择？另一边，帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件，这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里，然而，和叶却揭穿了这个家伙的真实身份。

【主线剧情】虽然对现场进行了调查，但警方无论如何都找不到决定性的证据，束手无策之时，小五郎提出了他的自杀论，并且得到了目暮警官的认同，就在警方准备以自杀结案时，话剧中的黑衣骑士突然出现，在否定了自杀论之后，他摘掉面具，而面具下面正是那张让小兰朝思暮想的面容，没错，真正的工藤新一登场，在进行了一番精彩绝伦的推理后，他却再次昏倒……

【主线剧情】没想到灰原调配的解毒剂能够长久的维持这具变大的身体，而与新一能同时出现在小兰面前的柯南其实也灰原伪装的，这样就完全解除了小兰的怀疑，之后，新一将小兰约到米花中央大楼的瞭望餐厅吃饭，并想乘此机会表明心迹，然而却在这时发生了命案，新一暂时抛下小兰去解决案件，并且成功推断出了凶手就是大场先生。

【主线剧情】虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？

小五郎的事务所里来了一个叫春菜的大学生，委托小五郎找他的寻呼机朋友。春菜保存了秋悟先生的寻呼机和音乐盒，那以后，春菜的寻呼机上出现了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，却发现秋悟在给春菜送出寻呼机之前就已经死了，而走廊上还出现了奇怪的人影。接着众人就发现已经被击晕的阿稔。

小五郎询问阿稔有关邮票的事情却得到邮票已经不见了的回答，柯南也明白了小兰看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴殴打的真相。而柯南也指出春菜收到的音乐盒其实是秋悟托付给他人送出的。闹鬼的屋子的真实原因其实是有人背后操作。而秋悟先生的音乐盒其实也只是一般的旅游纪念品而已，真正贵重的是隐藏在音乐盒里暗语所指示出的邮票。

动画原创。园子和小兰差点被车撞了，由此认识了那个司机吉野千惠。千惠抱怨最近老是头昏，头痛。而她的丈夫却没有提醒小心路上断层的事情才导致了之前的惊险。小兰总觉得千惠丈夫的态度有些奇怪。在拜访千惠家的时候小兰她们得知千惠的丈夫为她购买了一千万日元的保险，疑团逐渐增多。经过调查，千惠丈夫的意图最终暴露出来。

动画原创。因为抽奖时抽到了一等奖，小五郎带着小兰和柯南来到位于深山的旅馆。宾馆的主人寺泉是爱车一族收藏了非常多的名车。在房间柯南无意中听到了奇怪的对话，此时寺泉找到小五郎说明自己最近突然到了恐吓信，希望小五郎能够保护他一直到名车展示场的开业仪式。突然，出现了三位不速之客。原来寺泉通过不光彩的手段收购了他们的爱车。在车展的当天却发现寺院死在了车上！

动画原创。雾之峰宾馆的主人寺院晚上开车出去兜风，第二天在停车场发现坐在车子里的寺院已经死了。在调查的过程中发现每个人和寺院似乎都有过节。柯南发现车罩上裂痕的疑点，而停车场看守的证词又增加了疑团。最终柯南发现了犯人的犯罪手法并当场演示给众人，而残留的焦油也暴露了凶手的身份。

柯南，小兰和小五郎一行三人到饭店避暑，正巧在这里碰到了和其他律师一起来这里度假的妃英理，当晚为了找寻酒醉未归的小五郎，竟然发现了死在密室里的律师律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在这个房间里，于是小五郎就以案件重要关系人的身份被带回了群马县警局，佐久作为辩护律师一同前去，而柯南和妃英理等人则留在现场进行调查。

柯南在垃圾桶里发现了被丢掉的便签纸，客房服务员也说自己曾在门外发现了一张写有奇怪内容的字条，这时，警方说在凶器电话线上发现了小五郎的指纹，案件的侦破进入了死胡同，凶手到底是谁呢？妃英理随意的一句话提醒了柯南，没错凶手就是那个人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方联手将凶手引入到他们设下的陷阱之中。

动画原创。小五郎等人乘坐BONNET公交车，来到一个叫“影秋村”的地方，中途上同车的村民奥村喝了自己带的茶后死亡了。小五郎和柯南自动在“影秋村”展开搜查。村民们就是否交给警察调查与警方发生了冲突。原来村民就是否将卡扭车作为观光车分成了两派而奥村作为反对派的代表同村长为代表的赞成派一直有冲突。此时村长船木出现并提出委托费为100万日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾随塔子的柯南却听到为了找他而进入神社的兰的尖叫声！？

动画原创。小兰发现“影秋村”的村长船木也被杀害。柯南发现矢部账户每月固定打入的汇款，在询问了驹井关于7年的事故之后确定了这次的杀人事件与七年前BONNET公交车发生的事故有关。在拜托教授调查了事故之后柯南发现凶手的身份并发现凶手欲重演悲剧，他独自登上观光车与犯人对峙阻止了悲剧的发生。

动画原创。小五郎等人为了品尝当地出产的优良啤酒，便来到了有森旅馆。在那里碰到了前来视察娱乐场所企业家城完英彦跟他的妻子演员备前千鹤。但夫妻的气氛却有些意外的尴尬。备前千鹤对饭店里的料理百般挑剔，态度非常恶劣。次日小兰和柯南众人去郊外烧烤。夜间，众人回到旅馆之后丈夫英彦发现千鹤一直锁在房间里不出来，进去之后发现千鹤竟已经死亡！

动画原创。备前千鹤在饭店房间里上吊，因而被众人认为是自杀。在柯南的启发下小五郎发现千鹤是他杀的肯能性。在警方的询问下众人都有杀害千鹤的肯能。在调查饭店的屋顶之后柯南发现了犯人飞翔一般的作案手法和留下的证据。在证据面前凶手最终承认了罪行，同时道出了和千鹤和自己弟弟的过往以

及杀害她的原因。

步美无意中看到了连续纵火的犯人，便前去警局做相关的供词，之后，少年侦探队与高木和佐藤警官开始展开调查，然而没想到当天居然是佐藤父亲的殉职忌日，大家也不禁谈起了这件“愁思郎案件”，佐藤警官还碰到了父亲高中时的老友，这时，目暮警官打来电话让白鸟和高木前去抓捕纵火犯嫌犯，期间高木想通了十八年前所发生的案件的真相，可当他打电话给佐藤时，却没有注意到凶手就在身后。

高木刚说完十八年的抢匪就在佐藤正义警官的四位老友之中后，便突然失去了音讯，按照柯南的建议，佐藤警官急忙赶到他们四人所去的酒屋，却发现他们早已离开，根据老板的供词柯南推理出了谁是当年的歹徒，他告诉佐藤后，让她自己去了结这宗案件。另一边，步美等人私自跟踪纵火犯遇到危险，幸亏柯南及时赶到才得以获救，而这名纵火犯也被警方逮捕。

动画原创。柯南、小兰和小五郎回家的路上，看到一间公寓里有人发生了争吵，正准备上前阻止时，一位老人说这种争吵已成家常便饭，不用理会。然而，第二

天居然在这间公寓里发现了尸体，就在小五郎懊悔没能救人时，事务所突然冲进了一位叫中本的年轻人，他声称自己是无辜的，虽然昨晚看似自己和死者在一起发生了争吵，可这根本就是死者所演的独角戏，随后小五郎又找到了能证明他清白的录音带，本以为一切尘埃落定，柯南却发现了其中的蹊跷。

动画原创。小五郎受堂本观光社长堂本荣造之邀，来到天部山参加空中缆车的开幕典礼，虽然有传言说只要靠近天女像就会遭到诅咒，可堂本观光却执意在神像的附近开通了观光缆车。开幕会结束之后，所有来宾都试搭乘缆车，当缆车行驶到神像内部的隧道时，车内突然停电漆黑一片，只能听到荣造的惨叫，待缆车驶出隧道，大家发现荣造居然在这间密室般的缆车中消失了，之后他的女儿里菜在神像的手掌上发现了他的尸体。

当大家赶到神像处时，荣造早已气绝身亡，闻讯赶来的警察也迅速介入调查，当前唯一可以确定的是，凶手就在当时搭乘缆车的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的时候跑去调查，却在这里发现……有了这样东西，一切谜题迎刃而解，他提出让大家再次搭乘缆车以场景重演的建议，并麻醉小五郎说出了事情的真相。

动画原创。正当少年侦探团在西多摩郡龙神山游玩之时，突然从山上坠落一辆汽车。虽然看似事故，在柯南的提示下警方判断这个事件不是事故而是谋杀。光彦偷偷的从事故现场拿到写着暗语的纸条。从写着暗号的纸片入手，光彦，步美，元太3人一起来到了暗号所指示的地点，在这里他们发现了大量被盗的车辆和先前谋杀案的凶手。

动画原创。小五郎等人代替园子的父亲铃木史郎出席茶会。茶会举办的公馆里有着可以变化五种颜色的池塘，池子正中建有由渡廊连接的茶室五彩庵。在等待的过程中众人听说了魔物的传说。终于见到宗师青野木之后却意外听到这是他泡的最后一壶茶的宣言。在第二天众人再次来到在这个有五彩传说的茶室的时候却意外发现青野木家的一家之长上吊身亡。

动画原创。青野木亮藏是在形成密室的茶室中被杀的，横沟警官开始询问时却发现没有人到过茶室,所有人都有不在场证明。在调查茶室外围的时候柯南发现了凶手的犯罪手法和证据。“沉睡的小五郎”召集大家道出了凶手利用一根绳子的作案手法和犯人的身份。在铁证下凶手终于承认自己的罪行并道出了原因。

为了采集蘑菇少年侦探队一行人全部进了山里，忙着采菇的时候，元太竟然误入狩猎区。无奈之下，大家只好兵分两路分头寻找，没想到灰原和光彦居然发现被人猎杀的尸体，害他们自己反成了射杀的目标。另一边，找到元太之后，大伙儿便和三名猎人一起沿着山区的小路寻找灰原和光彦的踪影。

柯南等人循着灰原留下的记号一路寻找，因为凶手就在同行的三名猎人之中，灰原和光彦就在大树下面留下一些散落的蘑菇作为暗号，躲在丛林里期望柯南能有所行动制服凶手。柯南果然不负众望，破解了灰原留下的暗号，正准备麻醉凶手时，却又有所犹豫，并大声喊出了灰原和光彦，柯南到底有何用意？

动画原创。小五郎等人在去海豚乐园的路上，遇到了几位正在进行大学同学聚会的女子。为了接另一位大学同学，他们一起前往海豚乐园饭店却意外发现她们等待已久的藤村直美被杀害了。经过调查之后柯南确认了凶手的身份并向大家演示了凶手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的证据面前，凶手最终承认了罪行。

动画原创。小五郎的车子出了故障，求助于偶尔路过的橘律师。因为车子一时之间修不好，便到了橘律师的别墅。橘律师因为贪污事件相当出名。突然小兰发现出海的橘律师的船翻船，橘律师死亡，而柯南也发现原本橘律师身上的救身衣不翼而飞。而橘律师最近收到一个化名“T.K”的恐吓信。名字缩写为T.K的熊田达也的嫌疑剧增。

动画原创。柯南在调查橘律师钓鱼的小船之后发现可疑的痕迹和莫名遗失的船锚。之后衫村小姐说出熊田达也事情的真相。在看到约翰的狗屋的牌子之后柯南发现了凶手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向众人阐述了凶手利用潮水涨落的犯罪手法和杀害熊田达也的发法。而凶手也主动承认了罪行并道出了杀人的理由。

为陪园子买东西，柯南和小兰来到一家百货公司，可小五郎却莫名奇妙的被牵扯进目暮警官等人为引诱歹徒现身而设下的圈套，之后，目暮警官表示他们正在调查一起连续的殴打妇女案，柯南在这些受害人的照片中发现她们都是这家百货公司客人的这一共同点，这时，小兰却在百货公司的地下停车场发现了一名女性的尸体，虽然目暮警官立刻进行办案，但柯南却发现他与平常有所不同。

警方从案件相关人的口中得知，一年前被害者曾在这个停车场撞死过一个小男孩，之所以出现车祸就是因为当时被害者穿着厚底鞋而无法及时刹车，一番追查后，柯南发现凶手就是……与此同时，只身在百货公司内的园子遭到了凶手追杀，在黑暗的百货大楼里很难锁定园子的位置，危机时候，目暮警官及时出现挡住了凶手的袭击，但他却因此受伤。数日后，大家一起去医院看望目暮警官时，从松本那里得知了目暮警官的秘密。