【主线剧情】柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意，于是，一路尾随，推理出了这名男子的去向。

柯南没想到元太等人也悄悄的跟着他，这时，俊野提起哥哥曾打来电说自己和夏目漱石一样的小说家在一起，柯南仔细想了想便明白哥哥想要传达的信息。一家在警局旁边的报社引起了少年侦探团的注意，柯南断定这就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察却不相信他们的话，无奈之下，柯南用变声领结给暮目警官打电话，于此同时，元太等人却私自潜入了报社……

虽然少年侦探团被发现且命悬一线，不过幸好柯南及时赶到，大家得以解救，至于这个黑衣女人根本不是组织里的人。回家的路上，灰原识破柯南的身份并说自己是黑衣组织的人，而阿笠博士现在已经……，听到这些，柯南匆忙赶去博士家却发现博士安然无恙，而这时灰原也回到家，原来她因为姐姐的事情已经背叛了组织并且服用了和柯南一样的药让身体变小，走投无路之下来到工藤家，被博士发现而收留。

为了找寻灰原存有药物资料的磁盘，柯南一行找到了她姐姐明美的老师广田教授，赶到时却发现教授死在一个密封的室内，经过鉴识认定是后脑勺遭到重物撞击而死，但这其实是一件蓄意杀人案，可疑人物锁定在白仓、细矢和盛冈三人身上，就在柯南的推理遇到瓶颈时，灰原的一句话点醒了他，他用阿笠博士的声音道出真相。

元旦当天，少年侦探团一起到国立竞技场看足球决赛，却看到l了足球被枪射中，这时，正在为天皇杯决赛进行转播的日卖电视台，接到了歹徒索要五千万元的恐吓电话，如果让他发现比赛中止让观众撤离的状况，他将立刻对场内的观众进行扫射，电视台依照歹徒的指示将钱袋准备好之后就在周围埋伏了带待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通过电话说因为日卖电视台的报警所以要杀鸡儆猴，情况愈发危机。

因为以全场观众为人质，歹徒更加猖狂，在带走了五千万元之后，又要求在比赛结束前追加十亿元，否则就射杀观众，他还揭露出了隐藏在人群中的警察并让他们撤离。虽然暮目警官趁着歹徒打电话的机会让在现场的警察搜寻可疑人士，但却一无所获，歹徒到底是怎么打电话且同时观察观众席上的动静呢？又是如何避开大家的耳目呢？

柯南随小五郎送园子和小兰到山里的别墅，参加在网上认识的魔术爱好者见面会，在回家途中，柯南从收音机中听到魔术爱好者的西山务在家被杀，而且还留下杀人将继续的留言，之后小五郎和柯南急忙赶回去却看到与山外唯一连接的桥正在燃烧，身患发烧的柯南冲入大火一个人到达别墅，很快第二个受害者滨野的尸体在雪地中被发现， 但周围却一个脚印都没有。

滨野是被凶手勒死放置在雪地中间的，他是怎么完成这种不可能的犯罪？在须镰的提醒下，大家想起了没有来参加的会员影法师，并认为他最有嫌疑，期间，田中说要上楼披件衣服，但突然从外面射入一支箭，与此同时浴室也遭遇同样的情况，冲出屋外后，大伙在树林了发现了十字弓和一些箭，柯南一边询问大家滨野遇害时的情况，一边对别墅进行检查，并在浴室窗户下发现了订书针，之后又受酒瓶上图案的启发，他知道了事情的真相！

柯南找来订书机、剪刀和绳子后，就突然不见了踪影，就在大家忙着找他时，一声尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗户的房间，继而，柯南又不顾大家阻挠跑到树林里，趁园子不注意的时候将她麻醉，借她之口指挥小兰把凶手的杀人方法再现，将一切解释清楚之后，就是揭穿凶手了，他就是…

动画原创。少年侦探团碰到了绿美容馆的店长绿和店员美香发生争执，因从中听到美香要辞职的信息，步美表示很遗憾，但美香说可以帮步美剪次头发。次日，大家陪步美去美香公寓时，却发现她横尸家中，之后警方介入调查并从死者的指甲缝中发现蓝色塑胶碎屑，这时店长绿也赶来确认尸体，柯南从她的表情和怪异的举止断定她就是凶手，可是凶器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目标转向垃圾，一番搜查后却一无所获，柯南这次真的判断错误吗?

阿笠博士带少年侦探团到野外去露营，可却在回程的途中在森林里迷路，误打误撞来到了一个被森林环绕的古堡，所幸主人很热情的邀请大家入住古堡，然而住在里面的间宫家族好像隐藏这什么秘密，之后，柯南在房间的密室里发现一具骷髅，就在这时，有人从背后将他打晕。

柯南一直到吃晚饭的时候都还不见踪影，博士去找他时也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人决定在古堡进行搜索，然而他们却没有发现凶手正悄悄跟在他们后面，大家跟着灰原来到柯南消失的密室，并发现了血迹和石头上的留言，古堡越来越诡异，之后，光彦和元太也不知了去向，步美和灰原进一步深入古堡，就在她们也发现那具骷髅时，凶手出现。

帝丹小学校庆这一天，少年侦探团拿着阿笠博士送给大家的电影折价券一起去看电影，大家争执之后决定去看哥美拉的三部片子，没想到今天是这家

电影院最后一天营业，柯南等人成了最后一批观众，就在欣赏电影之际，荧幕上却出现了一个黑影，原来这个黑影就是迫使电影院关门的张田的遗体，在警方要以自杀确定这件案子的时候，光彦却说一句让大家惊讶的话！

光彦说他看到友里百合子在厕所前拼命擦眼泪，这虽然让大家大吃一惊，但是百合子说自己只是去厕所调整隐形眼镜而已，这说法合情合理，可柯南总觉得还有疑点，之后灰原一句无意的话语让柯南终于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案现场找到了证据，正巧阿笠博士也赶来接他们，柯南就借阿笠博士之口并重演凶手在放映室的杀人手法，将凶手绳之以法。

动画原创。步美生病一人在家休息，就连有电话打进来她也因熟睡也没有接听，但过了一会儿，步美听到有人撬门的声音，不禁想起了前些日子歹徒入室杀人的事情，可她还没来得及报警，歹徒就破门而入了，她慌忙躲在床下，用少年侦探的徽章联系柯南，因为不能说话她就用假面超人闹钟声音代替自己传达求救讯息，可元太光彦确认为步美在恶作剧，柯南会弃之不理还是解开暗号呢？步美又会展开怎样的自救？

平次与和叶为代替母亲参加朋友的婚礼而来到东京，就在大家一起游览东京的时候，与即将举行婚礼的森园家的管家重松相遇，在他的要请下，柯南一行人来到森园家，不幸的是，重松当晚不知被何人在密室所杀，事情还没有一个结果，大批媒体却蜂拥而至，警方也赶来介入调查，这时，和叶发现片桐风和樱庭带着同样的坠子。

警方看到落地窗的锁上有血迹，并在玻璃碎片上了发现了一个小洞，柯南和平次作出大胆推测，期间，柯南因看到远处树上挂着的不明物体差点坠落阳台，而当时在旁边的菊人却因为惧高症，没有伸出援手，所幸有惊无险。在树上找到凶器之后，两人将所有的线索串联起来，没错，凶手就是那个人！他们将所有人都叫到案发现场，说樱庭就是凶手，可事实真是如此吗？

动画原创。柯南、小兰和园子一起在天台上等待看流星，和他们一起的还有三个东都大学研究所的学生，期间，野中和秋本去对面的电视转播塔进行摄影，临走前秋本告诉他们会有人造卫星经过，让他们注意观测。过了一会，秋本从转播塔那边回来，留下野中一人摄影，就在大家看向对面的时候，野中从塔上坠落，赶到现场后，他已气绝身亡，这到底是意外事故还是有人蓄意谋杀？

柯南，小兰和小五郎一行三人搭乘开往北海道的特快列车北斗星三号，在通过隧道的时候珠宝商人出云被人枪杀，凶手将车窗射穿跳出车外逃跑，之后警方又在隧道之中发现了疑似歹徒的男人，这宗命案的过程简直跟柯南的爸爸工藤优作一篇未发表的推理小说一模一样，期间一个言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的谎言后，她终于暴露了身份。

原来这名行迹可疑的女士是柯南的妈妈有希子，她将此行的目的告诉柯南后，大家就一起聚到休息室听小五郎的推理，期间，警察在隧道里浅间的尸体上发现了胶带碎片，突然灵光一现，柯南知道了谁是凶手以及他的犯案手法，却苦于没有证据，按照小说的剧情，柯南还有被杀的可能，苦恼之时，有希子提议干脆将计就计让凶手自己现身，于是一场揪出凶手的好戏上演。

作为青色古堡的探险事件的参考人，阿笠博士和少年侦探团的各位被叫到了警视厅。随后2亿元抢劫事件的受害人东都银行的增尾行长也来了。增尾在给家里的妻子打电话时，电话的那头传来了惨叫声。当警方赶到增尾家时发现妻子加代已被人刺死！虽然看起来是外部的入室杀人，但在柯南的推理下最终发现了凶手杀人的事实。

马上赶到增尾家的众人发现增尾的妻子已经被杀害了。看似是强盗杀人的事件中柯南却从中发现了疑点，经过推理最终发现了犯人的犯罪手法在。在柯南的提醒下高木警官揭露了犯人的骗局。另一方面佐藤警官拒绝了白鸟警部的邀请转而邀请高木警官一同吃饭就在这时出现的暮目警官却让高木产生了误会。

动画原创。少年侦探团一大早搭乘开往米花乐园的电车，当柯南以为没人和他们一样时，就来了三个大学生也上了这趟电车，他们是铁道研究社的，来这里是为了拍摄地上电车的照片，期间，川崎下车去前方拍摄行驶的电车，可就在电车急速向前时，他突然从梯子坠落到铁轨上，幸亏司机及时刹车，他才得以保住一命，然而大家刚松了一口气，却发现堀井横尸车厢……

动画原创。小五郎带小兰和柯南去日卖乐园游玩，正好碰上剧场演出，假面超人的表演横跨整个乐园，可就在他表演从高空弹跳的动作时，脚踝的橡皮突然断裂，假面超人的表演者西野掉落河中而死，这起案件乍一看是意外，但柯南注意到橡皮有灼烧的痕迹并非自然断裂，于是推断出这是谋杀，在对案发现场进行调查和相关人员的侦讯后，凶手浮出水面！

动画原创。小五郎曾教过的学生崎园惠在自己的娘家碰到了一起车子被人安装炸弹而被引爆的案件，在爆炸中丧命的人是小惠的妹妹宽美，她在代替不会倒车的姐姐小惠倒车出库的时候惨遭意外，警方一开始怀疑嫌犯是个叫高桥的人，认为这个人和小惠的先生和夫共同筹划了交换杀人计划，原本企图杀害小惠，没想到却误杀了宽美，就在他们俯首认罪，事情告一段落的时候，柯南注意到了小惠。

动画原创。发生了这种不幸的事，小五郎带着柯南、小兰来到小惠家看望她，期间，柯南借上厕所之名跑到二楼的书房进行调查，他发现在电话线和墙壁连接的地方有胶带的痕迹，之后又跑去案发时的车库，看到车库的上方的窗子，更加确定了自己的推测——这起汽车爆炸事件另有隐情，数日后，小五郎再次来到小惠家，然而此次前来的目的却是……

动画原创。园子和小兰购物结束坐公交的时候，有一位自称是设乐的老人坐在了小兰旁边，他说自己认识小兰并打算去趟毛利侦探事务所，聊着聊着小兰睡着了，醒来的时候老人已经离去，可是小兰却很担心老人的安危，执意要去公车站找老人，这时，柯南发现小兰的包里多了一张磁片，这张机密磁片的内容到底是什么？老人又到底去了哪里？

在盛夏到伊豆去做海水浴时，有一个叫道胁的男子主动和园子搭讪，并邀请三人一起吃饭，期间，道胁谈起了当地有名的男子杀害褐色头发女生的事，就在这时，有人匆忙跑来说有一名褐发女子在小树林遇害。晚上，柯南三人在等待道胁接他们共进晚餐时，园子却遭到了不明人士的攻击。

次日，大家来到传说有幽灵的饭店，园子因没有休息好而一人留在车上休息 ，用餐结束的时候，柯南看到车子居然开始沿路向悬崖的方向下滑，柯南和小兰急忙跑去追车子，所幸在坠落之前将园子救出。因为有了阴影，园子要走了去警察局，可是路上却被不明人士跟踪，道胁提议兵分两路，小兰和柯南将跟踪狂制服，没想到这个人居然是……而柯南突然意识到园子有危险，当他们赶到时，园子已经被歹徒持刀相向……

动画原创。小五郎受学生时代认识的房东太太宗田光江之托，开导她最近不知为何事而消沉的孙子阿真，数次敲门无人回应，光江用备份钥匙把门打开，却发现屋内一片狼藉，而且墙壁上还涂满了用红色蜡笔画的线，大家在浴室发现了割腕而死的阿真，光江让柯南找来医科大学的房客城户，但已经为时已晚，小五郎断定这是自杀案件，但光江和柯南却认为是被人抹杀，这时，大家注意到了在建筑模型里的钥匙，也就是说这是密室杀人事件！

少年侦探团在废弃大楼为园游会练习的时候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木两位警官的追击下闯了进来，嫌犯从屋顶逃到隔壁的美术馆，但佐藤警官还是在厕所将他逮捕，但由于操作失误，她将自己和歹徒都用手铐铐住无法自由活动，嫌犯东田声称他是无辜的，逃跑完全是为了参加女儿的婚礼，最后佐藤警官决定让高木和少年侦探团在一定的时限中找到真凶。

柯南在死者村西真美家发现了四处疑点，在少年侦探队的提醒和暗示下，高木终于知道了案件的真相，大家找到真凶用证据让他承认罪行。而另一边，杯户美术馆则即将在市民的瞩目和阿笠博士的热带彩虹炸弹中爆破，可佐藤警官和东田还在美术馆内，情况危急，佐藤警官真的会葬身美术馆吗？

动画原创。柯南等人搭乘环形电车的时候，突然从二号车厢里传来惨叫，一名女子横尸车厢，发现尸体的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵发黑并且有被针状物刺过的痕迹，由此推断是被人毒死的，警察赶到后对死者的三名同事进行侦讯并检查了他们的物品，柯南发现其中一人物品很是可疑，没错，凶手就是她！柯南已将谜底已经解开。

动画原创。柯南等人来到一所盖有五重塔的乡间寺庙，因为这里要开发观光而导致寺方和观光公司产生了争执，次日，观光公司的社长小田英明被人发现尸体吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的传说一样，凡是破坏寺庙戒律，都会尝到恶果。在对尸体及其周围调查后，柯南找到了真正的案发现场。

动画原创。就在警察找不到任何线索想要以自杀结案时，柯南把在案发第一现场找到的领带别针交给警方，这就推翻了自杀的说法，但想要抓到凶手，还需要找到更加有决定性的证据。这时，柯南注意到了在案发现场发现的绳子，他突然想到什么，就跑到旁边的枯井，一切不出他所料，凶手就是那个人，他再次将小五郎麻醉，揭秘流传至今的五重塔传说以及凶手！

动画原创。在流水亭吃饭的时候，柯南再次遇到谋杀案件，死者是绳文大学的新井副教授，同行的两人金田和岩间表示他们是为了庆祝新井晋升才来流水亭，调查后并没有发现可疑人物出现在新井遇害的八号房，而当时金田和岩间也都有不在场证明。但一切瞒不过柯南的眼睛，在查看了金田和岩间所在的三号房和送饭用的船只后，找到了凶犯难以逃脱的铁证。

小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情，当时正值深夜，飞机上所有的人都在睡觉，突然传来一声尖叫，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害，碰巧目暮警官也在飞机上，于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查，在寻找凶器无果后，新一想到凶器一定就在凶手身上。

新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线，虽然鹭沼的嫌疑最大，但新一却说凶手不是他，因为他被真凶所利用，推理一步步接近真相，让大家出乎意料的是凶手居然是……

阿笠博士以少年侦探团为对象进行了一场寻宝之旅，舞台就是阿笠博士的叔叔住的一个别墅，但在他叔叔过世的50年来，这栋本不该有人进出的别墅却发现有人来过的痕迹，他们还找到了一系列由月亮、星星和太阳组成的古怪暗号，连博士事先藏好的玩具也被人用刀划坏，这幢别墅一定暗藏玄机。

对暗号进行仔细研究后，柯南将其破解，顺着暗号的指引，他们找到了暖炉下新的图案，只是这个暗号指向了盘子，一切又回到了原点，柯南百思不得其解，之后，他注意到这些带有暗号物品的摆设位置，将他们连成一线，没错，机关就是天花板上的吊灯，将吊灯旋转后，二楼的密室被打开，然而这个阁楼上居然有一堆白骨！

动画原创。少年侦探队为准备儿童大会要表演的布偶戏，随一个叫海部大学生去雾之丘高原进行特训，可是当晚柯南发现同他们一起来的小朋友和相应的布偶都不见了，就在柯南和光彦去二楼进行调查的时候，元太和步美也突然失去了踪影，因为电话线被不明人士割断，两人跑到离这里最近的另一家民宿，却看到……

服部和女友和叶受人委托前往鸟取县傀儡岭的武田家，但却在途中迷路，还遇到了一位叫罗伯泰勒的外国人，这时，同样受到武田家的邀请，为他们解开傀儡岭蜘蛛之家谜团的柯南等人刚好从旁边经过，在他们到达的当天晚上，武田家的长子信一在木偶仓库的二楼吊死，接着和叶的身后出现了可疑的人影。

和叶被人带走不知去向，与此同时，柯南、服部和小五郎三人正对信一的死亡现场进行调查，期间，女佣盐谷给他们送来宵并讲述了三年前所发生的事情。当得知和叶被人掳走消息后，大家分头寻找，最终在仓库里找到了缠满细线的和叶，所幸生命没有受到威胁。之后，柯南和服部又发现了袭击和叶用的电击棒和BB弹，再次返回案发现场又找了新的线索，凶手就是那个人没错！

服部把武田家的人和罗伯叫到发生凶案现场的二楼仓库，柯南将小五郎麻醉，在黑暗之中道出凶手所使用的手法，当被问及凶手是如何在这个形如密室中的仓库作案时，柯南的回答却是凶手根本没有出现在凶案现场，那么凶手到底如何作案？信一为何会虐待自己的女儿美纱？美纱自杀的真正原因到底什么？是怎么样的误会导致武田家频频出现惨案？

动画原创。小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族馆观看表演，没想到在表演现场却发生了命案，死者是女演员大沢美智子，警方在调查中发现大沢的膝盖处有贴布，询问了同事后得知，她的腿偶尔会疼痛，并且在检查了控制室和蚌壳装置没发现异样后，推断出大沢死于意外，然而，跟着警方一起调查的柯南还是发现了蛛丝马迹，认为这是一件有预谋的杀人案件。

【主线剧情】当新出医生得知来取健康检查结果的小五郎，就是传说中的大侦探之后，便邀请小五郎，小兰和柯南留在他家里吃便饭，但在饭前却突然停电，来电之后，大家在浴室里发现新出医生的尸体，同时，在浴缸里还发现了一把刮胡刀，乍一看像是因为触电而死的意外事件，但在柯南看来却是一场有预谋的杀人案件。

【主线剧情】智明发现自己外婆的脚受了伤，因为警察要对阳子进行侦讯，所以小兰就主动提出帮助智明，自从小兰见到智明就总是一副很中意的样子，不是黑暗中紧抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的脸上总是出现一片绯红，这些全部让柯南看在眼里，心里不禁大吃飞醋，难道小兰变心了吗？柯南在房间的二楼发现了碎片，并在房间中发现了可以解释小光为何会花费一分钟的时间去打开总开关证物，接下来，就是揭穿真相的时间。

小兰，园子和柯南在溜冰场认识了五个自称是陶土射击爱好者的朋友，就在大家等待看烟火的时候，洗手间却传来园子的尖叫，大家慌忙赶到现场时，看到的却是千寻遭人用散弹枪击中胸部倒坐在洗手间的惨状，她的尸体旁边留下了一个用血写成的S状文字，于是小五郎推断这个英文字母代表着「凶手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官却推翻了他的猜测，之后，警方在死者的携带行动电话上发现了KIX的字样。

虽然现在清楚了凶手的犯案手法，但还是不能将犯人锁定在一个人身上，这四名一同前来的朋友都有犯案的嫌疑，柯南在厕所外面和内部都发现了地上带有血迹的线条，并且他还从四人的交谈中得知半年前因散弹枪走火而死亡的成田，经过推断，他已经知道了真相，就在这时，小五郎却叫来所有人，说他已经知道了谁是真凶！