アイスラー記念病院の脳神経外科医テンマは、瀕死の重傷を負った双子の一人、ヨハンという名の少年を手術する。しかしそれは、同時に入院した市長を優先しろという院長の意思に背くものだった…。

ヨハンの手術を無事成功させたテンマだが、市長の死により政治的窮地に追い込まれる。院長の娘、エヴァとの婚約も破棄されたテンマはヨハンの担当も外され…。

テンマを失脚させようとした幹部達は次々と怪死、テンマは逆に外科部長に出世する。テンマに疑惑の目を向けるルンゲだが、証拠が何も無かった。そして舞台は9年後へ…。

誰かに追われるように病室を抜け出したユンケルス。追いかけたテンマは9年前に命を助けた双子の兄、ヨハンと再会する。ヨハンは病院幹部達を殺害したのが自分だと衝撃の告白を行なう…。

ニナは勉強に、サークル活動に、アルバイトに励む日々を送る明るい大学生。ある日彼女の元に差出人不明のメールが届く…。一方その頃テンマは、ヨハンの手がかりを追いミュンヘンで一人の老人に会っていた…。

テンマは新聞記者マウラーの協力を得て、9年前ヨハンがフォルトナー家にいた事実をつかむ。一方ニナは10歳以前の記憶を呼び覚ますため、メールの差出人に会うべくハイデルベルク城に向かう。しかしそこは…。

フォルトナー宅にて夫妻の死体と対面したテンマとニナ。悲しむ間もなく、そこへ二人の刑事が現れる。通報を受けて駆けつけたという刑事達に保護され、警察署に向かうが、刑事達の挙動を不審に感じたテンマはニナを連れ、川に飛び込む…。

テンマに書き置きを残し姿を消したニナ。病院勤務に戻ったテンマだが、ある決意を胸に秘めていた。一方、エヴァの証言からテンマへの疑惑を一層強くしたルンゲはテンマ逮捕に向かう…。

自らの手でヨハンとの決着をつけるためにフランス外人部隊出身の傭兵、ベルンハルトに銃の撃ち方を学ぶテンマ。東洋人の少女と共に暮らしていたベルンハルトは、彼女の母親を自分が射殺したと言い…。

ヨハンの足跡を追い、フェルデンのシュプリンガー市議会議員邸に侵入したテンマは、コソ泥のヘッケルと出会う。犯人の家を知っているというヘッケルに案内されたテンマは、銃を手にした中年の男と対面する。彼に議員殺しを依頼したのは金髪の青年だった…。

テンマは、ヨハンとアンナ（ニナ）の育て親だったリーベルト夫妻の屋敷を訪ねベルリンにいた。夫妻は双子を“511キンダーハイム”から引き取ったという。しかし、そこはすでに廃墟と化していた。テンマは元東ドイツ厚生省の役人、ハルトマンに会う…。

ハルトマンは、里親として預かっている少年、ディーターに対し虐待を繰り返していた。ディーターを助け出し、引き取り先を探すテンマは、アンナのことを知るエルナという女性と出会う。エルナは“511キンダーハイム”の恐るべき過去を語る…。

ディーターを伴い旅を続けるテンマは立ち寄ったポーザー村で診療所を営む男、シューマンに出会う。村人を診療する内にシューマンのケンカ友達、ぺトラにクモ膜下出血を見つけたテンマ。設備の無い診療所で緊急手術が始まったが、テンマには警察の手が…。

売春婦殺人事件で、ある議員秘書に接触したルンゲ。しかし強引な捜査方法のため、その秘書を自殺に追い込んでしまう。一方エヴァは、遊びで誘った庭師に心惹かれていた。しかしクリスマスの夜、楽しそうな庭師家族を目にしたエヴァは…。

ヨハンの居所を知るという極右の大物“赤ん坊”に会うため、フランクフルトの酒場に潜入したニナ。一方、フォルトナー夫妻を殺害した元刑事のメスナーからそのことを聞き出したテンマは、ヨハンを第2のヒトラーに仕立てようとする組織の存在を知る…。

赤ん坊一味に捕らえられたテンマは、ヴォルフの部下に助けられる。テンマと対面したヴォルフは、ヨハン殺害をテンマに依頼するのだった。一方、ゲーデリッツの屋敷に連れ込まれたニナは、極右の組織がトルコ人街を焼き払おうとしていることを知る…。

ニナの身元保証人として警察に現れた男、ロッソ。彼は以前ニナが働いていたイタリアンレストランの店主だった。ニナのことを調査したというロッソは、ニナに自分に近づいた真意を尋ねる。そして、ロッソが語る自らの過去とは…？

ヨハンの手がかりをつかむべく、大学時代の同級生で犯罪心理学の権威、Dr.ギーレンを訪れたテンマ。しかしギーレンはテンマを連続殺人事件の犯人と断定し、警察に連絡する。怪物は人の心の中にいると主張するギーレンだが、殺人犯ユルゲンスから怪物は実在するとの言葉を聞き、ある屋敷へ向かう…。

フライハムへ向かうテンマとディーターは、イギリスから来た老夫婦、ジョーンズとレイアの車に乗せてもらう。元警官だったというジョーンズに警戒するテンマとディーター。旅を続けるうちに次第に打ち解けていく四人だが、老夫婦がこの国を訪れた理由は意外なものだった…。

ニースの豪邸で優雅な日々を送る元刑事のミュラー。ミュラーは探偵を雇いテンマやニナの足取りを調べさせていた。ある日ミュラーはボディガードのロベルトに打ち明ける。自分の人生を変えたのは一本の電話だったと。しかし、そこにニナが現れ、意外な事実を告げる…。

ハンブルグで連続中年夫婦殺害事件と思われる事件が起きた。連邦捜査局のルンゲ警部も捜査に出向くが、一連の事件とは無関係だと確信していた。しかし、地元有力紙の取材には、犯人は一連の事件と同一だと答えるのだった。ルンゲの意図とは…？

酒びたりの日々を過ごすエヴァの前に現れた男、ロベルト。彼の目的はエヴァの持つアルバムにあるヨハンの子供の頃の写真だった。その写真を渡したらテンマの居場所を教えると言うロベルトに、エヴァは1年前デュッセルドルフでヨハンを見たと告げる…。

テンマはフュッセン近くの山荘である男の傷の手当てをしていた。男は5年前に裏社会で起きたある事件のことをテンマに語る。その事件にテンマはヨハンの影を見るのだった。一方、山荘へ続く唯一の道には、エヴァとロベルトの姿が…。

目の不自由な大富豪シューバルトは、曜日ごとに違う男子大学生を雇い、本を朗読させていた。火曜日担当のカールは、シューバルトが自分の父親かも知れないと思い接近、調査する。そしてカールと友人のロッテは、もう一人シューバルトの息子をかたる人物の存在を知る。それは木曜日担当の青年だった…。

木曜日の青年、ファーレンは自殺していた。シューバルトからファーレンの調査打ち切りを命じられた元刑事の探偵リヒャルトだが、その死に疑問を抱き、調査を続ける。一方、言葉巧みにカールに近づいたヨハンは、ロッテ達と共謀してシューバルトをある場所へ連れ出す…。

リヒャルトは、刑事時代に酔っ払って殺人犯の少年を射殺した過去を持っていた。また、アル中から立ち直るためライヒワインのカウンセリングを受ける日々を送っている。今の彼の楽しみは別れた娘に会うことだった…。一方、カールはシューバルトが自分の父親だと確信するが…。

シューバルトから調査の打ち切りを宣告されたリヒャルト。息子候補だったエドムント･ファーレンの自殺に疑問を抱いていたリヒャルトは、未解決事件のファイルを振り返るうち、ある疑念が浮かぶ。それは、テンマが犯人とされている中年夫婦殺人事件だった。

ヨハンに疑いの目を向け、その動向を監視するリヒャルト。リヒャルトから一連の事件に関する相談を受けたライヒワインは、大学教授時代の教え子であるDr.ギーレンに協力を要請する。一方、子供の権利条約の取材と言ってリヒャルトを誘い出したヨハンは…。

酒に酔って事故死したとされるリヒャルト。ライヒワインはその死に疑問を抱き独自に調査を開始する。ギーレンはそんなライヒワインに、テンマを探し出せばすべての謎が解ける可能性があると言う。そして、事件当夜のリヒャルトの動向を調べていたライヒワインは、バーで酒を買ったのがリヒャルトではないと推理する。

ロベルトに襲われたライヒワインを間一髪で助け出したテンマ。テンマはライヒワインの案内で、シューバルトの秘書をしているヨハンを確認する。一方ギーレンを訪ねたルンゲは、テンマがミュンヘンにいることを掴む。

大学の図書館で、未解決の殺人事件を調査中のニナと知り合いになったロッテ。ロッテはニナの顔がヨハンの顔にそっくりだと気付く。その頃テンマは、高性能の狙撃銃を手にいれ、トレーニングの日々を送っていた。ある森を狙撃場所に定めたテンマだが…。

相次ぐ子供の転落死事件。命を取り留めた少年･マルティンは、ビルの屋上での遊びはヨハンから教わったとディーターに告白する。またヨハンは、自分はもうすぐ日本人に撃ち殺されると語っていたという。一方大学図書館で、ある絵本を見たヨハンはいきなり気を失い倒れてしまう。

図書館で、ある絵本を見て気を失ったヨハン。何事も無く退院したヨハンに、マルゴット･ランガーに成りすました“赤いヒンデンブルグ”と名乗る娼婦から脅迫状が届く。一方テンマは、ヨハンの手がかりをつかむべく、ルンというベトナム人のモグリの女医に会う。

テンマと親交のあった日本人たちと会い、テンマ自身になりきろうとするルンゲ。一方、ライヒワインとギーレンはついにヨハンの正体に気付く。その頃、テンマは狙撃銃と共に大学図書館の本棚の上に潜んでいた。

シューバルトに会い、ヨハンの正体を告げるライヒワイン。シューバルトは「怪物を倒せるのはさらなる怪物だけだ」とライヒワインに語る…。大学図書館に向かうシューバルト、ニナ、ライヒワイン、ルンゲ、そしてヨハン。ついに、セレモニーは始まる…。

ヨハンが読んでた絵本をニナに見せるロッテ。ニナには昔誰かに読んでもらったかすかな記憶があった。自分はいったい誰なのか、自問するニナはヨハンに会うため大学図書館へと向かう。その頃、図書館の本棚の上で銃を構えるテンマのスコープに、ヨハンの姿が捉えられる。

ロベルトを倒したテンマは、ヨハンを探し猛火に包まれる階下のセレモニー会場へと急ぐ。壇上では、シューバルトに向かい、自分が見えるかと迫るヨハンの姿があった。ついに対峙するテンマとヨハン。銃を構えるテンマにヨハンは自らの額を指差す。

ヨハンに銃弾を放ったのはテンマでなくニナだった。しかし猛火に紛れてヨハンは再び行方不明に。ヨハンが借りていた部屋を調査したルンゲだが、その部屋には人が住んだ気配が全く無かった。一方、シューバルトは、ドレスデンにいるテンマに向け、衝撃的な伝言をカールに託す。

511キンダーハイムでの虐待事件を調査中のジャーナリスト、グリマー。彼は旧東ドイツ時代、スパイであった過去を持っていた。ドレスデン発プラハ行き急行列車にテンマと乗り合わせたグリマーは、警察から追われるテンマを助け、国境への道案内を買って出る。

511キンダーハイムの元院長･ペドロフから、実験結果の行方を聞き出そうとするグリマー。しかし直後から見知らぬ男達から襲われることに。再びペドロフを訪ねるグリマーだが、そこで多くの子供達と暮らすペドロフの姿を確認する。ペドロフは再び同じ実験を繰り返すのか!?

殺されたペドロフの第1発見者として、警察で事情聴取を受けるグリマー。警部のゼマンは、死ぬ直前のペドロフがグリマーに何か言い残したのではないかと疑う。実はグリマーは、実験データが入った貸し金庫の鍵を託されていた。しかし鍵を求める男達に拉致され…。

ゼマン警部殺害現場を捜査するヤン･スーク。彼は刑事ドラマに憧れて警察官になった熱血新米刑事である。尊敬していたゼマンを殺した犯人を探し出そうと、スークは必死の捜査を開始する。そんなスークは、行き着けのバーで金髪の美しい女性と知り合いになる。その金髪女性の正体とは…!?

プラハ署のハムリク署長以下3人が毒殺された。ゼマンや署長までもが、旧チェコスロヴァキア秘密警察との癒着事件に関わっていたという事実に落胆するスークだが、一連の事件の鍵を握ると思われるグリマーの行方を探し始める。その頃、テンマは「三匹のカエル」の看板を見つけ…。

チェコ警察は、一連の殺人事件の容疑者として、グリマーそしてスークにまで疑いの目を向けていた。自分が疑われているとは知らないスークは、真実を知るためにグリマーと再会。殺されたペドロフの貸金庫の中にあった録音テープを一緒に開く。そこには、薬物を投与され尋問されている少年の声が録音されていた。

スークの部屋でプラハ警察の特別捜査班の刑事が殺され、スークは一連の殺人事件の容疑者として追われる身に。その新聞記事を読んだテンマは、前所長らの殺され方などから、すべてはヨハンが仕組んだことだと推測する。テンマはスークと会うために、スークの母親が入院している病院へ。その頃、スークはグリマーに助けられ追っ手からなんとか逃れ、少年の頃遊んでいた廃屋に隠れていた。その場所は誰も知らないはずだったが!?

見知らぬ人たちに“アンナ”と呼びかけられ困惑するニナ。一方病院から消えたスークの行方を探すテンマとグリマーに、旧チェコスロヴァキア秘密警察のランケ大佐が接触してくる。ランケはテープと資料を渡せばスークを戻すと言うが…。

テープは入院中のスークの母親に預けてあった。そこに金髪のロングヘアの女性が面会に来たことを知らされ、慌てるテンマたち。しかしテープはスークの母が持っていた。そのテープに収録されていたものとは…。

グリマーの無実を晴らそうと“金髪の女”の行方を追う養護院の子供たち。その中の一人、ミローシュが行方不明になった。ミローシュを探すテンマとグリマー。しかしその頃ミローシュは、“金髪の女”(アンナ) と会っていた。

“赤いバラの屋敷”にたどり着いたルンゲ。ルンゲは屋敷の中に何かを塗り込めた壁があることに気付く。壁を壊し、隠されていた部屋に入ったルンゲは、双子の母親の肖像画を発見する。この部屋でいったい何があったのか?

1980年、行方知らずになったマルゴットを探すシューバルトは、“三匹のカエル”の看板の部屋を訪ねていた。そこでマルゴットの親友と思い出を語り合ったシューバルトは、その女性の陰に双子がいることに気付く。

12回の脱走歴を誇る脱獄王ミルヒ。留置所に収監されたテンマは、ある日ミルヒを診察し、一目でその仮病を見抜く…。一方、テンマの弁護を引き受けた弁護士ヴァーデマン。彼の複雑な過去とは…!?

テンマに接見した弁護士パウルの正体はロベルトだった。ロベルトはエヴァを殺すとテンマに告げる。脱走しようと言うミルヒの申し出を受けるテンマ。そしてテンマは一連の殺人事件に関し、全てを認める供述を始める。

テンマとミルヒを乗せた護送車は拘置所に向かう途中、ミルヒの弟分グスタフを撥ねてしまう。ミルヒの脱走計画の行方は…!? 一方ロベルトは、弁護士パウルになりすましエヴァに近づこうとするが…。

ロベルトからエヴァの身を守るため、護送車から脱走したテンマ。宿泊していたホテルの部屋に踏み込むも、そこにエヴァの姿は無かった。一方、ヴァーデマンを訪ねたルンゲは、ヴァーデマンの父親と旧チェコスロヴァキア秘密警察との関係を問う。

ヴァーデマンからのメモを頼りに、チェコ国境の“赤いバラの屋敷”へと向かうテンマ。一方ニナはかすかな記憶を手操り寄せ、テンマより一足早く“赤いバラの屋敷”にたどり着く。屋敷の奥の壁に隠された部屋の扉を開けたニナは、恐ろしい記憶が呼び覚まされ、その場に倒れてしまう。

“赤いバラの屋敷”で気を失ったニナを助けたのは人形使いのリブスキーだった。落ち着いた二ナは、リーベルト夫妻が殺害された日の出来事を思い出す。ヨハンの言った、あの雨の日にやって来た“怪物”とは? 一方“赤いバラの屋敷”にたどり着いたテンマだが、屋敷は焼け落ちていた…。

銃で撃たれ車の後部座席で瀕死状態のマルティン。マルティンはこの仕事を引き受けたことを後悔していた。二ヶ月前、赤ん坊に連れられ眼鏡の男を訪ねたマルティンは、エヴァの護衛を依頼される。それがマルティンの“いやな仕事”の始まりだった。

自らの意思でエヴァの護衛を決意するマルティン。しかし、組織から依頼されたエヴァの仕事は終わった。エヴァを殺すことのできないマルティンは、エヴァがパーティー会場で指差した金髪の若い男の後をつけるが、そこにいたのは…。

エヴァに銃を向けるマルティンだが、引き鉄を引くことができない。すでに二人の許には組織の追っ手が迫っていた。駅で落ち合う約束をし、エヴァを逃すマルティン。しかし銃で撃たれたマルティンが向かったのは、テンマのところだった。

毎日“赤いバラの屋敷”を訪ね、幼い頃の記憶を取り戻そうとする二ナ。その後ミュンヘンに戻ったニナは、ギーレンの催眠療法により全てを思い出す。一方プラハでは、ヴァーデマンとスークが、かつて“朗読会”に参加していた5人に、事情聴取を試みていた。

フランクフルトにてチャペックを監視するテンマだが、警察に発見され、逃走する途中、トラックにはねられてしまう。意識を失ったテンマを助けたのは旧トルコ人街に暮らす歯科医のミランという男だった。ミランは、チャペックを殺すため張り込んでいたことをテンマに告白する。

定年間近のヴァイスバッハ警部の最後の仕事は、連続殺人犯ディンガーの護送だった。ヴァイスバッハは移動中の列車の中で、ディンガーから殺人の動機を聴く。ディンガーは頭に包帯を巻いた男の子に後押しされ犯行に至ったと語る。ヴァイスバッハはかつて自分が関わったDr.テンマ事件を思い出す。

フランクフルトの極右の大物、赤ん坊。彼は最近憂うつな日々を送っていた。把握できなくなったヨハンの行動、そして組織の統率者の後がまに座ろうとしている無能なクリストフがその原因だ。ある女性ダンサーに恋をした赤ん坊は、ホテルに彼女を引き入れるが…。

ヨハンの居場所をつかむため、自らチャペックの元へ赴くニナ。一方、チャペックとの行動を共にしていた青年･クリストフの後を追うテンマはあるアパルトマンに辿り着く。その部屋でクリストフを待ち構えていたのは、エヴァだった。クリストフは511キンダーハイムでヨハンと知り合いだったとエヴァに語る。

チャペックと共にヨハンの元へ向かうニナ。その車の中でチャペックはヨハンとニナの出生の秘密を語る。二人はある計画に基づいて産まれて来たこと、そして計画の首謀者はフランツ･ボナパルタだと。そして車はついに目的地に。ヨハンと再会を果たしたニナは?

ついに対峙したヨハンとニナ。ニナはヨハンに銃口を向け、語りかける。「三匹のカエル」の部屋から連れ去られ、「赤いバラの屋敷」の真っ暗な部屋に監禁され、そしてパーティー会場で多くの死体の中に立ちつくしていた記憶。その記憶こそ実は…。

1枚の絵葉書をたよりにルーエンハイムという田舎町にたどり着いたルンゲ。あるホテルに宿を求めたルンゲは、その後地元の警察署を訪ね、重大事件が起きる可能性を示唆する。そしてもう一人そのホテルを訪ねて来た男がいた。その男とは…。

町に響く銃声。怒りが芽生えた人々に銃を配っていたのはルンゲと同じホテルに宿泊する老夫婦だった。一方プラハにいるテンマは、ボナパルタの息子･リブスキーに会い、ボナパルタの居場所を尋ねる。果たしてルーエンハイムの大量殺人を止める事は出来るのか? ヨハンの計画する“完全な自殺”とは?

大雨のため陸の孤島と化したルーエンハイムでは、人々が殺し合いを始めていた。そんな中ルンゲとグリマーは、ヨハンの目的はボナパルタであることを本人に突き付ける。一方ミュンヘンでは、ヨハンと思われる人物からニナに宛て、ルーエンハイムで待つとのメールが届く。

殺戮を煽る一味に指示を出している人物の居場所を突き止めたルンゲは、向かう途中テンマと再会する。テンマに謝罪するルンゲ。その頃ホテルに立てこもっていたグリマーやボナパルタ達は、激しい銃撃を浴びせられていた。単身外に飛び出したグリマーだが…!?

ルンゲ警部は一味のリーダー・ロベルトの居場所を突き止めて突入する。だがルンゲ警部は、自分には名前などないよとうそぶくロベルトに返り討ちに…!?

ヨハンに銃口を向けるボナパルタを撃ったのは瀕死のロベルトだった。ロベルトは“終わりの風景”を見せてくれと言い、息を引き取る。そして、テンマはついにヨハンと向き合った。銃を向けるテンマに、ヨハンは自らの額を指差す。ニナの制止の声と銃声が重なり…。

一連の事件は全て終始を見た。事件に関わった人々はそれぞれ新たな生活を始めていた。潔白が証明されたテンマは国境なき医師団に参加する一方、双子の母の消息を突き止める。その後テンマは、一命を取り留め眠り続けるヨハンを病院に訪ね…!?