少年的颅腔手术在天马的努力下顺利完成，疲惫的天马走出手术室后却接到了市长罗帝卡不治身亡的噩耗。外科组的其他主治医生纷纷指责因为天马的个人主义使得手术失败，并要天马为此付出责任，天马痛苦不堪，在工作上也提不起干劲。这个时候，警察来医院向安娜·李贝特调查凶案的经过，却发现安娜擅自离开了病房，游荡在医院的走廊上，神情恍惚的安娜喃喃的重复着三个字：“杀了他……”医院召开了大会总结了市长死亡一事，对为市长执刀的波亚、艾森提出了表扬。天马想为此事向院长道歉，院长表现出毫不在意使天马松了一口气，可后面的组长发言让天马意识到自己已经被撤了下去，院长冷漠的告诫天马，这一次的失误，将使得天马永远失去了在医学界出人头地的机会。而未婚妻爱玛的离去又带给天马更大的打击。失意的天马在约翰的病床前发泄着自己的不满，发誓今后要做一个对得起自己良心的医生。虽然被从出众的位置踢了下来，但天马毫不气馁，忙碌而又充实为病人治疗，而约翰一天天的恢复使得天马又渐渐燃起了新的信心。李贝特的遗孤受到了世人的关注，院长为了提高医院的名声，打算发布兄妹的合照，撤掉反对此事的约翰主治医生天马的职务。恢复意识的约翰将手伸向自己的妹妹，可安娜在看到约翰之后就惨叫一声昏厥过去，天马为自己无力改变现状感到愤恨。宿醉的天马躺在床上自言自语，要是院长和那些利益至上的家伙不在就好了。正在这时，医院发生了惨案，波亚医生和贝克医生惨死在外科室里，而爱玛回到家中也发现父亲已经成为了一具尸体。一切才刚刚开始。

天马继续追查，由李贝特夫妇之前在511幼儿之家领养到一对双胞胎的线索，通过曾在卫生署工作的哈德曼了解到原来在东德时孩子曾在孤儿院受过非人的待遇，天马还进一步了解到511幼儿之家曾经是东德内政部门的一个实验场。

当初杀害佛多拿夫妇的凶手之一米勒警官现在过着富足的生活，并有保镖罗伯特的保护，但妮娜的到来让他知道了罗伯特是个危险的人，杀掉侦探，并且通过威胁从米勒那里拿走了警探搜集到的案件进展资料，妮娜被罗伯特的人抓走，而米勒的及时赶到救了妮娜但是自己却受伤。

诺伊曼在楼顶遇见约翰，并轻易地向他讲述了自己的身世，约翰利用了解和掌握到的信息，帮诺伊曼和露帝安排了一场亲自带着双目失明的休伯特重新体验森林美景的计划，而另一位侦探利亚特重新振作开始工作，开始对星期四男生自杀事件展开调查。

孩童坠楼案件屡屡发生，迪特偶然间与一名坠楼男童交流得知原来是约翰教唆所为，并通过自己的经历阻止了这名受伤的男孩。休伯特准备将自己的大量珍贵藏书捐赠给德国慕尼黑大学，约翰作为工作人员之一参观了图书馆，但无意中看到一本捷克布拉格出版社出版的艾蜜尔.薛贝的绘本而情绪失控昏倒过去。

与舒克关系较近的几位警官因吃了金发美女送的糖后中毒身亡，他从派特罗夫院长收留的孩子那里了解葛利马的为人和院长的死前状况。天马也开始了解门口有三只青蛙的神秘住所。而舒克视为知己的金发美女竟然是约翰假扮。

逃脱后的天马开始寻找艾娃，不料艾娃已退房离开，伦克警官带着绘本找到菲利兹博德曼，并向他询问博德曼父亲与绘本作者间的某些关联。约翰持枪威胁博德曼并向他他逼问艾娃的下落，博德曼被逼价道出自己辛苦隐藏的秘密。

约翰向妹妹讲述了当年蔷薇之屋事件的经过，只有法兰兹.拨纳帕达没有喝下红酒而庆幸逃生。妮娜所有的回忆显示出当年杀害蔷薇之屋的42人的正是她自己，但据查培克的了解，约翰对此事却有着完全不一样的回忆，约翰自己也承认他有着别样的记忆，并开始找寻他真正想去的地方。

法兰兹.拨纳帕达想要亲手解决掉约翰，不幸却被罗伯特杀害，之后罗伯特也死掉。天马始终对约翰下不了手，约翰用枪威胁着威姆，这时威姆的父亲用恶魔发给他的枪射向约翰，后援警察终于赶到，暴雨也暂时告一段落，警察开始对幸存者进行盘问，而每个人也讲述了他们对整个事件的理解。