학원도시에 들어온 침입자들에 의해 도시는 암울한 분위기에 휩싸이게 된다. 아마타에게 공격 당한 액셀러레이터는 기지를 발휘하여 하운드 독(사냥개 부대)의 일원을 미끼로 도주에 성공한다. 인덱스와 함께 도망가게 된 액셀러레이터는 인덱스가 은혜를 갚으러 돌아왔다고 하는 말에 황당한 표정을 지어 보이는데. 액셀러레이터는 자신과 함께 하려는 인덱스를 떼어 놓기 위해 개구리 의사에게 다녀오라고 부탁을 한 뒤 조용히 사라져 버린다. 한편 라스트 오더와 만나게 된 토우마는 ‘하느님의 오른편’의 일원인 ‘전방의 벤트’로 부터 그녀를 지키기 위해 몸을 던진다. 무섭게 싸움을 걸어오던 벤트는 갑자기 이상한 반응을 보이며 도망 가 버리고 마는데..이유를 알 수 없이 쓰러져 가는 학원도시의 사람들. 안티스킬은 그 중심에 액셀러레이터가 있는 것으로 판단하고 그를 잡으려 한다. 과연 액셀러레이터는 ‘살인 미수’라는 누명을 벗을 수 있을 것인가..?!