紆余曲折を経て、打ち止め（ラストオーダー）と再会した一方通行（アクセラレータ）。はしゃいで転んだ彼女を手当てするべく薬局に向かった彼の前に、突然、黒づくめの集団が現れる。『猟犬部隊（ハウンドドッグ）』――学園都市の暗部に属する者たちは、予告もなく一方通行に襲いかかる。その中には白衣の男――一方通行の開発に携わった研究者、木原数多の姿があった。『ベクトル操作』を無効化して一方通行を打ち倒した彼は、なぜか打ち止めは自分が回収すると言う。そして逆上する一方通行に、打ち止めの存在する、本当の理由が明かされる……。同じ時。『警備員（アンチスキル）』たちを無力化し、雨の降りしきる学園都市へと侵入してきた者がいた――。

絶体絶命の一方通行（アクセラレータ）の前に現れたインデックス。場違いな乱入者に木原たちが見せた隙を逃さず、一方通行は車を奪って彼女とともに逃走する。巻き添えを避けるべく、助力を仰いだカエル顔の医者に、打ち止めを守ることだけを優先するべきだと諭された彼は、木原たちを追いつめるべく行動を開始する。一方、上条は助けを求めてきた打ち止め（ラストオーダー）とともに一方通行を探していた。『猟犬部隊』に追われ、レストランに逃げ込むふたり。その前に姿を現したのは、学園都市に侵入し、『警備員（アンチスキル）』や『猟犬部隊』を無力化した黄色い服の女性――ローマ正教『神の右席』に所属する魔術師、前方のヴェント。彼女の容赦ない攻撃が、ターゲットである上条を襲う……。

『猟犬部隊（ハウンドドッグ）』を追いつめ、次々と潰していく一方通行（アクセラレータ）。統括理事会からの命令で打ち止め（ラストオーダー）が捕えられたことを突き止めた彼は、学園都市を敵に回す覚悟をする。彼女を救うために手段は選ばない。一方通行は再び「闇」へと踏み込む……。一方、はぐれてしまった打ち止めを探す上条の前にヴェントが姿を現す。再び激しい戦いが始まるかと思われたその時、あるものを感じ取ったヴェントはその場を離れ、その原因を叩こうとする。虚数学区・五行機関の展開。ヴェントの魔術を封じるため、アレイスターがミサカネットワークを操ったのだ。莫大な閃光が放たれたそこからは無数の翼が広がり、巨大な『天使』の姿が出現する……。

打ち止め（ラストオーダー）を救うため、『ベクトル操作』の通じない相手――木原との絶望的な戦いに挑む一方通行（アクセラレータ）。チョーカーの電池切れで能力はおろか、まともに立つことすらできないはずの彼は、それでも木原に食らいつき……。虚数学区・五行機関展開のため、犠牲にさせられた「ともだち」――風斬氷華を助けるため、『神の右席』前方のヴェントに立ちはだかる上条。彼は、風斬自身も戦っている事実を感じ、なお拳を握りしめる。そして、風斬を元に戻すべく、全ての知識を動員して解決を図るインデックス。「核」のもとにたどり着いた彼女は、打ち止めも、風斬も、そして学園都市をも救おうと、己の本分たる祈りを捧げる――。