為了解決世界各地發生的抗議活動，土御門與上条搭上學園都市的超音速客機動身前往歐洲準備調查一切事情的關鍵「Document Of Constantine」、通稱C文書的羅馬正教靈裝。然而當上条從客機上被拋了下來、並且意外被天草式的五和從河中救起後，卻發現自己身在法國的亞維農。在五和的說明之下，上条得知亞維農與梵蒂岡在歷史上的關聯。正當上条和五和準備教廷宮殿時，兩人卻遭到受C文書影響而深信學園都市是邪惡勢力的羅馬正教信徒們團團包圍！？

面對左方之地透過變動「優先順位」進行作戰的術式「光之處刑」的持續猛攻，上条與五和遲遲無法找到加以突破的方法。在過程之中，學園都市製造的大量驅動鎧甲突然出現在亞維農，並且以協助掃蕩宗教團體秘密製作破壞兵器的名義大量捕捉進行抗議活動的暴民。隨著地面掃蕩行動的持續進行，學園都市開始準備展開針對亞維農封鎖區域的大規模轟炸行動。另一方面，五和似乎在戰鬥中察覺到了地的「光之處刑」的破綻，然而…

學園都市檯面底下的暗部組織「集團」接獲數十小時前犯罪集團透過人材派遣僱用犯罪成員的情報。隸屬於「集團」接獲的土御門在他們展開行動前先一步直搗黃龍、捕捉並回收了人材派遣。經過調查後發現，犯罪集團利用此管道僱用了一位職業狙擊手。根據狙擊企劃書的內容，他們的目標是要暗殺在第七學區準備進行演講的學園都市統括理事會的成員之一．親船最中。隨著進一步的深入調查，「成員」、「區塊」以及「道具」等潛伏於學園都市的其他暗部組織也開始浮上檯面…

正當「集團」著手調查「區塊」的行動計畫時，單獨行動的一方通行遭到「成員」的查樂襲擊。在同一時間，「學校」的一員垣根帝督也遭遇「成員」的阻饒。面對意外的奇襲，學園都市等級五超能力者的這兩人究竟會…。另一方面，化身為「區塊」的一員臥底調查的海原終於查明「區塊」的真正目的。為了阻止在學園都市牆外待命、準備進攻的五千名傭兵部隊，海原展開了出乎意料的行動…？

學園都市第二位的超能力者「未元物質」垣根帝督來到了學園都市暗部「道具」的基地。為了徹底催毀「道具」的搜索能力，垣根及其所屬的「學校」打算剷除擁有 AIM 擴散力場搜索能力的瀧壺理后。瀧壺為了拯救稍晚趕回基地的無能力者濱面，不惜利用「體晶」試圖抵抗。儘管事後瀧壺已經因為體晶的副作用而生命垂危，統御「道具」的麥野沈利仍然堅持要求瀧壺冒著生命危險再次使用能力進行搜索。濱面雖然帶著瀧壺試圖逃亡，但毫不留情的麥野卻一路追殺了過來…

上条在為了張羅中午的午餐而和同班同學們一起溜到學校外面買便當時，遇見了天草式的五和。五和表示羅馬正教最暗部「神之右席」已經向英國清教及學園都市上層寄出了戰帖。企圖三番兩次遭受到上条阻饒的神之右席這次終於決定要直接由後方之水出馬剷除上条。如今已收編於英國清教的天草式派出了五和在上条身邊進行護衛，並且要直接寄住在上条家…

上条遭受到羅馬正教的神之右席、同時也是聖人的後方之水襲擊身受重傷而陷入昏迷。後方之水下達了一天內要交出上条右手、否則就要取他性命的通牒。五和對於沒能保護上条的自己感到懊悔不已，不過在建宮的激勵下，終於重新振作了起來。期限將近，天草式十字淒教集結全員之力迎戰後方之水。經過一番激戰後，五和在眾人的團結合作下，對後方之水使出了天草式十字淒教獨自研發的對聖人術式「聖人崩壞」，並貫穿了後方之水…！

天草式十字淒教的前任女教皇神裂火織與神之右席的後方之水展開激戰。全世界不到二十人的兩名聖人，他們猛烈戰鬥震湯了整個二十二學區。隨著戰鬥的持續進行，神裂開始逐漸被後方之水壓制。然而同時神裂也逐漸察覺到同時擁有「神之右席」及「聖人」特質的後方之水本身存在著不尋常之處，她是否能夠藉此找尋逆轉的關鍵…？另一方面，再稍早的戰鬥中身受重傷的上条離開了醫院，準備與正在戰鬥的天草十字教會合，並且在這時碰巧與美琴在路上相遇…

在天草式十字淒教與上条的共同作戰之下，終於成功擊退了後方之水。然而上条才剛回歸平穩的日常不久，卻又馬上在土御門的要求（強迫）之下，與茵蒂克絲搭上前往英國本土的巨型客機「空中巴士365」。在長達九小時的漫長航程中，上条還得忍耐身旁因為肚子餓而不斷發牢騷的茵蒂克絲的吵鬧聲…。正當他離開座位在機內四處張望時，卻發現機內有一灘不尋常的血跡…。隨後趕到的機組人員的說明下，上条得知有反英的法國極端組織的恐怖分子潛入了機內…！

空中巴士的劫機驚魂落幕，上条和茵蒂克絲平安抵達愛丁堡。與神裂會合後，一行人前往倫敦白金漢宮後，在騎士派領導人騎士團長的帶領，上条等人謁見了英國女王伊莉莎及三名皇女，並開始進行會議。為解決以歐陸隧道的爆炸意外為發端，英國正逐漸遭受到孤立的現況，在女王伊莉莎的命令下，騎士團長為首的騎士派負責調查法國方面及歐陸隧道爆炸意外的真相；神裂為首的清教派則著手調查已潛入倫敦、意圖改變整個英國的魔法結社「新生之光」的行動。

第二皇女凱莉莎的主導下，騎士派開始在英國本土內展開行動。凱莉莎認為要顛覆英國在英國清教和學園都市為首的科學勢力及以羅馬正教和俄羅斯成教為首的魔法勢力之間的大戰中岌岌可危的處境，唯有讓英國自兩大勢力中獨立出來形成三足鼎立的局勢才能夠拯救英國。為瞭解除手中「正統卡提納」的使用權限，凱莉莎的下一步是要剷除英國女王伊莉莎以及她的姊妹們。當遭到追殺的第三皇女被凱莉莎逼到走投無路的那一刻，一個男人突然現身，並改變了戰局…

騎士派的騎士團長與神之右席「後方之水」威廉．奧維爾的激戰持續著，面對騎士團長操作自身武器「模式」以及消抹敵人武器「攻擊力」的雙重術式，後方之水陷入苦戰，在激戰的最後究竟哪一方能夠勝出…。另一方面，正準備逃向必要之惡教會藏身之處的第三皇女薇莉安意外與上条碰面，並且在天草式的協助下順利脫離險境。為了瓦解第二皇女主導的政變，天草式向上条提出了一項作戰的請求…

為了阻止凱莉莎的企圖，上条等人駕車疾駛於倫敦街道，準備與位在白金漢宮的凱莉莎展開最終決戰。儘管有來自大型靈裝「女巫羅盤」的遠距離炮擊支援，以及隨後趕到的各方人馬的協力作戰，然而眾人面對手持正統卡提那的凱莉莎不但無法取得優勢，甚至遭受全次元切斷術式的壓制。在這個時候，英國女王伊莉莎帶著某項秘密靈裝出現在凱莉莎面前。動盪整個英國本土的軍事政變，如今局勢即將在這一刻產生巨大的變化…！

在經歷學園都市暗部之間的激戰後，暗部組織「集團」成員回歸到任務與日常交錯的生活中。有一天，「集團」的全體成員收到學園都市統括理事會的命令集合，任務內容為殲滅挾持孩童做為人質、威脅要引爆位在學園都市地底深處的超大型粒子加速裝置的恐怖分子「迎電部隊」。任務在集團成員的合作之下順利解決，然而過程之中，他們意外發現了學園都市最高機密、代號為「龍」的暗部的相關情報…

得知瀧壺所在的大樓遭到恐怖分子挾持後，濱面連忙乘著直升機從樓頂進入大樓內部。然而，當他來到恐怖分子所在的樓層時，卻發現恐怖分子已經全數遭到殲滅。然而，他同時也發現了學園都市最強能力者，等級五的一方通行向瀧壺靠近的身影，誤以為一方通行是一切幕後後黑手的濱面，鼓起了勇氣舉起手槍指向一方通行…

為了打聽「龍」的情報，「集團」的成員潛入了統括理事會成員潮岸的據點，分散的成員們各別展開了激戰。在激戰的最後，一行人終於成功找到了潮岸，並且當面向他質問「龍」的情報。對此，潮岸表示「龍無所不在」的意思究竟是…

俄羅斯總統對學園都市發出了最後通牒，若在期限內沒有做出應有的答覆，他們將會動用洲際飛彈對學園都市及其盟軍展開侵略作戰，然而態度強硬的學園都市也絲毫沒有讓步的打算，第三次世界大戰眼看一觸即發。另一方面，為了拯救自己最重要的事物，上条、濱面及一方通行來到了俄羅斯。而上条跟蕾莎在循著線索找尋右方之火下落的過程中，來到了伊利沙里納獨立國同盟。

右方之火襲擊了伊利沙里納獨立國同盟的總部，並且奪走了莎夏．克洛伊潔芙。此時，同為神之右席的前方之風為了阻止火的計畫而出現在他的面前，並展開了激烈的攻擊，然而，面對右方之火壓倒性的戰鬥力，風卻毫無招架之力…。另一方面，學園都市的運輸機空投至俄羅斯白色大地上的殺手在一方通行面前現身。這名使用電擊能力、以「御坂」自稱的超能力者，正是在「第三次製造計畫」中，集結了御坂網路所有妹妹們的負面情感創造而成的「番外個體」…

英法在多佛海峽上的戰鬥持續進行。英國在第二皇女凱莉莎主導的攻勢下取得了優勢，然而隨著法國的秘密武器「傾國之女」加入戰局，兩人在結冰的大海上展開對峙。另一方面，一方通行因為番外個體的刺激導致內心瀕臨崩潰、背後出現了巨大的黑之翼，而在這個時候，為了追趕右方之火而乘車移動的上条和蕾莎遇見了失控的一方通行。學園都市最強的等級五一方通行、等級零的無能力者上条當麻，兩人在俄羅斯的白色大地上再度開始了激烈的戰鬥。

為了追趕右方之火，上条和蕾莎來到了火所在的俄羅斯基地附近，並趁著俄羅斯軍方與學園都市的軍隊展開衝突的混亂之際潛入了基地之中。然而這一切卻全都是右方之火一手主導、企圖將擁有幻想殺手的上条引入基地內的安排。另一方面，一方通行和濱面在意外的情況下再次相遇。為了拯救重要的事物，兩人來到了伊利沙里納獨立國同盟…

在右方之火的計畫主導下，超巨型要塞「伯利恆之星」飄浮來到空中，同時大天使加百列以實體的姿態顯現於人世，開始展開了行動。當上条在伯利恆之星內部進行探索時，發現了被右方之火擄走的莎夏．克洛伊潔芙。莎夏對於右方之火準備了以四大元素之一「火」為主體的儀式，但顯現的大天使卻是主司「水」的加百列感到不可思議。另一方面，凱莉莎與傾國之女在決定攜手合作後結束了在多佛海峽的戰鬥、來到了俄羅斯的大地，並且與大天使展開激戰…

為了守護重要的朋友們，學園都市的 AIM 擴散力場之集合體風斬冰華化身為人工天使「保險絲風斬」趕至俄羅斯，並且在目標一致的狀況下暫時與一方通行合作，對抗大天使加百列。另一方面，同身為神之右席一員後方之水為了阻止右方之火的企圖，決定以某個方法削弱大天使加百列的力量，然而…

濱面跟瀧壺在冰天雪地中失散，正當濱面四處尋找瀧壺的時候，卻遇到了為追殺濱面而來到俄羅斯的麥野，面對不惜服用大量體晶、讓能力徹底失控也要向濱面報仇的麥野，濱面不得不下定決心要與麥野做個了斷。另一方面，上条與右方之火展開了對峙，上条面對右方之火的攻勢毫無招架之力。然後，右方之火大刀砍下了上条的右手…

一方通行找出了驅除被植入最後之作體內的木原數多病毒的關鍵，並開始展開行動。在詠唱歌曲的過程中，一方通行的肉體對魔法產生了劇烈的排斥反應，無數的傷口在他的身上迸發、鮮血如泉源般湧出。但即使如此，為了拯救最後之作，一方通行始終沒有停止詠唱。另一方面，在各方人馬的努力下，巨大的要塞伯利恆之星開始逐漸瓦解，然而面對這對自己百般不利的狀況，右方之火的臉上卻浮現出了不祥的笑容…

上条終於擊敗了右方之火，然而飄浮在空中的巨大要塞伯利恆之星也正在緩慢地從空中墜落。一旦直接撞擊地面將會造成無可挽回的巨大傷害…為了阻止這種可怕的事態發生，上条決定留在伯利恆之星上找尋減輕墜落傷害的方法。然後，他透過右方之火的靈裝與仍在沉睡狀態的茵蒂克絲相遇了。無法確定自己能夠活著離開伯利恆之星的上条在最後的最後，決定告訴茵蒂克絲自己長久以來一直藏在內心沒有告訴她的、關於上条當麻這個男人的秘密…