暑假即將結束的這天，又是和美琴扮演假情侶約會，又是與阿茲特克的魔法師交戰，上条的日常生活依然熱鬧又忙碌，堆積如山的暑假作業當然完全沒有寫。在學生宿舍裡，茵蒂克絲在欣賞《超機動少女加奈美》，斯芬克懶散打發時間，只有上条在毫無希望的困境獨自奮戰。在上条拚命趕作業的時候，學園都市附近的海岸，有一群人爬上消波塊登陸了。全身穿著金屬鎧甲的他們 ―― 英國清教的騎士身後，忽然響起拔刀聲，眾人回頭一看，「聖人」神裂火織手持七天七刀，擋住他們的去路……

以暗號寫成的魔道書《法之書》，以及能解讀這本書的修女，都被天草式十字淒教抓走了。由於無法聯絡上天草式前任女教皇神裂，英國清教擔心將會與擁有魔道書的羅馬正教起衝突，因此派遣史提爾前往學園都市，希望在事件鬧大之前解決。另一方面，學園都市忙於舉辦秋季各種祭典，各校致力於準備第一項活動 ―― 完全不限制使用能力的校際對抗運動會「大霸星祭」。在這個時候，上条收到茵蒂克絲被抓的消息，並且依照犯人要求，獨自前往學園都市外部的廢棄劇場，卻在途中的公車站遇見一位修女……

天草式十字淒教，再度在上条等人的面前抓走奧索拉。上条與史提爾、羅馬正教的雅妮絲，前往天草式藏身的平行甜點樂園搭救奧索拉。必須在對方使用特殊移動法「縮圖巡禮」逃走之前壓制對方並帶回奧索拉。雅妮絲的主力部隊負責聲東擊西，上条與史提爾則是負責救出奧索拉。在天草式成員手持武器襲擊的場面裡，上条再度被史提爾當成誘餌，好不容易逃離戰場並藏身的上条，遇見被膠帶捆綁的奧索拉並將她解救，然而在這個時候，史提爾傷痕纍纍倒在他們的面前……

上条等人成功營救了奧索拉，然而天草式十字淒教的代理教皇建宮表示，不可以將她交給羅馬正教，會解讀《法之書》的奧索拉會遭到滅口。上条受到羅馬正教修女們攻擊，因而相信建宮的說法，但史提爾表示這是羅馬正教內部的事情，外人不能介入。看到建宮獨自前往拯救奧索拉和同伴，上条深刻體會到自己的無力，在自我檢討之後，上条實在無法放棄，因而獨自前往「奧索拉教會」，並且在雅妮絲帶領的眾多修女面前，宣佈要救出奧索拉。在這個時候，建宮、天草式成員與茵蒂克絲全部現身，為了救出奧索拉而並肩奮戰……

羅馬正教的修女們破解茵蒂克絲的「魔滅之聲」，再度轉守為攻。人數上屈居劣勢的上条等人，好不容易逃進一間教堂，希望解讀「法之書」扭轉局勢，卻發現奧索拉的解讀方式是假的。後來上条想出某個作戰，獨自前去尋找雅妮絲。雅妮絲揮動司教之杖，表示如果想打倒自己這名司令官反敗為勝，是一種大錯特錯的想法。雅妮絲每次傷害手杖，某處就會出現衝擊波攻擊，使得上条無計可施被打倒在地。雅妮絲宣稱只有羅馬正教才是十字教的唯一教義……

大霸星祭將近，學園都市逐漸變得繁忙，常盤台中學的全校體育課結束之後，黑子和美琴一起前往內衣專賣店，卻因為初春通知有強盜事件發生，逼不得已趕回風紀委員分部。依照監視器影像，一群人在爭奪一個行李箱，而且箱子有第23學區的標誌，確認是能隔離宇宙射線的特殊箱子。黑子前去接觸這些看似學園都市外部的人們，並且輕易制服他們奪回箱子，卻忽然遭受到神秘少女的襲擊，使得箱子再度被搶走。擁有「瞬間移動」系能力「坐標移動」的這名少女，不知為何知道黑子的姓名與所屬單位，甚至還說出美琴的名字……

黑子目睹美琴與「坐標移動」的結標交戰，並且聽到美琴所說的話。為了守護美琴的世界，黑子決定尋找逃亡的結標與其交戰。「空間移動」能力者之間的戰鬥是在瞬間定局，黑子錯失先機而受制，結標則是藉機述說自己的計畫。她要和外部組織「科學結社」聯手，將「樹狀圖設計者」復原，而且也邀請同為高等能力者的黑子加入。然而黑子絕對無法容忍那個踐踏美琴內心的計畫重新啟動，因此斷然拒絕並嘗試進行最後抵抗。另一方面，掌握結標等人動向的「妹妹們」，也為了阻止計畫展開行動，兩名少年就這樣回應她們的請求挺身而出……

學園都市所有學校共襄盛舉的大規模運動會「大霸星祭」。這是學園都市少數對外開放的活動，還沒開幕就已經盛況非凡，一如往常被美琴纏上的上条，答應了「輸了就願意聽對方的任何命令」這個條件，以大霸星祭的各校總成績一決勝負。然而上条前去參加第一項競賽「推桿」的時候，卻看到同學們毫無幹勁的模樣，使得他和美琴的賭注早早就出現危機，然而在這個時候，小萌老師卻在體育館後面，被對方學校的老師瞧不起了。看到老師脆弱的身影，上条等人團結一致，夾帶著殺氣衝向對方的陣地。另一方面，在快樂熱鬧的氣氛背後，羅馬正教僱用的「送貨人」悄悄潛入了學園都市。

能夠將聖人一擊斃命的靈裝「刺突杭劍」被帶進學園都市。上条從土御門他們那裡得知這個消息之後，協助他們在大霸星祭尋找靈裝。上条巧遇本次的當事人，也就是「送貨人」歐莉安娜・湯森，與土御門和史提爾會合之後繼續跟蹤，卻中了她設下的陷阱。雖然上条以右手解除危機，卻使得歐莉安娜趁機逃離。土御門在史提爾的協助之下，使用魔法尋找歐莉安娜的所在處，但連這個魔法都被歐莉安娜看穿，史提爾因而中了陷阱受傷。土御門為瞭解除歐莉安娜的陷阱而使用另一項魔法，然而在找到陷阱位置之前，史提爾必須備受折磨，是一種極為殘酷的方法……

即使好不容易解除陷阱，歐莉安娜的魔法卻害得吹寄昏倒。歐莉安娜把無辜平民捲入的這種做法，令上条大為光火。在史提爾的協助之下，上条和土御門追上歐莉安娜，卻在最後關頭被她搭乘無人公車逃走。即使史提爾靈機一動炸掉公車，歐莉安娜依然輕易走出火場，使用能瞬間寫出魔道書原典的「速記原典」應戰。在戰鬥中，曾經受傷的土御門陷入癱瘓狀態，千變萬化的魔法也令上条吃盡苦頭。後來上条以右手使出捨身一擊逆轉戰局，歐莉安娜逼不得已放下「刺突杭劍」逃亡。原本以為只要上条以右手破壞「刺突杭劍」，這個事件就算是結束了，然而事實卻不是這樣……

「刺突杭劍」的真相是「使徒十字」，上条等人因而得知了麗多薇雅的真正目的。要是茵蒂克絲採取行動，外界的魔法師將會入侵，為了不讓她發現這個事件，上条和父母、茵蒂克絲、美琴以及美琴的母親美鈴共進午餐還因為美琴和黑子誤會，遭受到不講理的攻擊。另一方面，史提爾收到英國清教的回報之後，即使事態緊急，卻還是被小萌老師指責不准抽菸，教訓了好一陣子。如此寧靜的休息時光，在土御門回報狀況的時候宣告結束。在他的指示之下，三人趕往歐莉安娜的所在位置，由於歐莉安娜巧妙利用交通工具逃亡，土御門再度發動搜索術式！

土御門好不容易逼退歐莉安娜，然而繼吹寄之後，姬神也被歐莉安娜打成重傷。這種不惜波及普通人的作風，使得上条倍感憤怒。不過對於歐莉安娜來說，這其實是預料之外的狀況。為了避免犯下相同的錯誤，必須以「使徒十字」統治學園都市 ―― 歐莉安娜繼續為了這個目的而採取行動。另一方面，正在追捕她的上条，察覺她的行動暗藏玄機。英國清教查出「使徒十字」的使用方式與星座相關，但是沒能查出關鍵核心，上条只能繼續尋找歐莉安娜。在這個時候，調查歐莉安娜行蹤的土御門察覺到一件事……

接到英國清教的後續報告之後，上条等人得知「使徒十字」的使用條件了。好不容易查出歐莉安娜的目的地「天文台」之後，土御門使用「秘技」前往該處 ―― 第23學區的實驗機場。歐莉安娜出現在他們的面前，以陷阱打倒土御門，並且運用「速記原典」使出千變萬化的攻擊，令上条和史提爾陷入苦戰。天空逐漸變暗，要是入夜之後看得見星座，「使徒十字」就會發動。上条和史提爾毫無默契的攻擊，終於突破了歐莉安娜的防守，好不容易逆轉戰局，然而傷痕纍纍的歐莉安娜，說出自己戰鬥的理由、尋求的解答，並且報出魔法名。就這樣，雙方以渾身解數進行最後的對決。

大霸星祭的最後一天，進行了總人數預測的比賽，身為不幸代言人的上条，卻不知為何抽中北義大利七天五夜的免費雙人遊！就這樣，上条帶著不知為何也有護照的茵蒂克絲啟程旅行，不過他理所當然在起飛機場遭遇狀況，抵達義大利之後又被當地導遊放鴿子，只得自行前往旅館，而且唯一能擔任口譯的茵蒂克絲也無故失蹤了。上条就這樣獨自在人生地不熟的基奧賈徘徊，不過在這個時候，他遇見了救星奧索拉。奧索拉直到不久之前都住在義大利，上条就這麼前往她在這裡的住處……

運河忽然出現巨大的冰船，上条和奧索拉就這樣來到船上，並且遇到意外的人物 ―― 雅妮絲。冰船是大規模靈裝「女王艦隊」的護衛艦之一，雅妮絲正在協助尋找入侵者。她因為在「法之書」事件扛下罪責，所以與部隊修女們成為艦隊上的勞工。她向上条和奧索拉提出交易，想逃離這裡就必須聽她的話，交易內容則是救出露琪亞和安潔莉娜。在雅妮絲的懇求之下，上条好不容易解救兩人，並且得知雅妮絲將會因為某個術式的發動而喪生。

受到天草式拯救的上条等人，在他們的協助之下，前去搭救雅妮絲，露琪亞與安潔莉娜也一起進攻「女王艦隊」，與昔日的同伴們交戰。另一方面，上条、茵蒂克絲與奧索拉抵達旗艦「亞德里亞海女王」，一邊破壞內部一邊尋找雅妮絲。上条受到冰鎧甲的攻擊而與兩人失散，並且遇見羅馬正教的司祭彼亞吉歐。上条擁有「拒絕天主恩惠」的右手，使得彼亞吉歐無法掩飾厭惡的情緒，使用十字架相關的術式攻擊上条，在這個時候，茵蒂克絲與奧索拉抵達雅妮絲所在的中樞地帶。奧索拉將露琪亞她們的想法轉達給雅妮絲，彼亞吉歐卻在此時現身……

大霸星祭的某項約定即將實現，使得美琴每晚享受著舒適睡眠與美好夢境，同房的黑子則是被這位心愛姐姐大人的甜美夢話，影響得每晚苦惱難耐無法闔眼。另一方面，一方通行與最後之作出院之後，借住在芳川的某個朋友家。擁有特殊力量的兩人來到的住處，是與研究機構毫無關係，極為平凡的教師 ——「警備員」黃泉川愛穗的家。義大利之旅敗興而返的上条，則是跟土御門與藍髮耳環輕鬆閒聊，因為出言不慎而被吹寄施以暴力制裁，過著平凡的日常生活。這樣的上条，即將被迫向美琴履行約定 ――

這裡是英國倫敦，勞拉和史提爾進行著歡樂卻有生命危險的吐槽短劇，最新型全自動洗衣機送到「必要之惡教會」的宿舍，使得神裂傷透腦筋，奧索拉等人則是興致盎然。同一時間，在日本的學園都市，上条因為大霸星祭的懲罰遊戲而成為美琴的奴隸，不禁為自己的際遇嘆息。美琴想要呱太的手機吊飾，因此上条被迫參加雙人方案，此時御坂妹忽然出現，只好陪同尋找她的護目鏡，後來又被美琴的姊妹（？）對決波及，搶走護目鏡的最後之作又在這時候跑來攪局。在這個時候，一方通行也為了尋找下落不明的最後之作展開行動 ――

經過一番風波，一方通行找到了最後之作。最後之作玩到不小心跌倒受傷，一方通行只得去藥局買護理用品，卻有一個黑衣集團擋住去路。「獵犬部隊」―― 學園都市檯面下的這個組織，無預警就襲擊一方通行，其中還有一名白袍男性，曾經參與一方通行能力開發的研究者 ―― 木原數多。木原數多破解一方通行的「向量操作」將他打倒，並且不知為何宣稱要回收最後之作。努力抵抗的一方通行，在這時候才得知最後之作的真正用途。同一時間，某人癱瘓警備員的防衛網，入侵大雨紛紛的學園都市 ――

茵蒂克絲出現在九死一生的一方通行面前。外人闖入使得木原等人一時疏於防備，一方通行沒有放過這個機會，帶著茵蒂克絲挾持車輛逃走。為了避免波及他人，一方通行請青蛙醫生協助，醫生建議他必須以保護最後之作為優先，因此一方通行開始追擊木原的部隊。另一方面，上条帶著前來求救的最後之作，尋找一方通行的下落，兩人在「獵犬部隊」的追捕之下逃進餐廳，此時出現在他們面前的，是入侵學園都市，癱瘓「警備員」與「獵犬部隊」的黃衣女性，羅馬正教「神之右席」的魔法師 ―― 前方之風。她發現目標上条之後，毫不留情展開攻勢……

為了拯救最後之作，一方通行與「向量操作」不管用的敵人 ―― 木原展開一場絕望的決鬥。項圈電池沒電之後，一方通行不只是失去能力，甚至沒辦法好好站穩，即使如此，他還是拚命纏著木原不放……由於虛數學區．五行機關正式啟動，風斬冰華被迫犧牲，為了拯救這名「朋友」，上条擋住「神之右席」前方之風的去路。察覺到風斬也在戰鬥，使得上条的拳頭握得更緊了。此外，茵蒂克絲也為了讓風斬恢復原狀，動用所有知識試著解決問題。抵達「核心」的她為了拯救最後之作、風斬以及學園都市，開始進行自己的本分 ―― 也就是祈禱。

前方之風入侵學園都市引發的一連串騷動終於解決，上条也回到一如往常的平凡生活。忙著準備和同學交換便當菜色、結標住進小萌老師家，全班加上茵蒂克絲一起舉辦壽喜鍋派對，大家看起來都在享受著青春。然而世界各地開始對學園都市進行示威和抗議活動，在這樣的局勢之下，學園都市很有可能與各大勢力開戰，家長們擔心學生的安危，開始要求將子女帶離學園都市，上条認為自己是本次事件的核心人物而感到煩惱。另一方面，與學園都市檯面下的組織進行交易，將自己賣給黑暗的一方通行，受命進行某項任務 ――

世界各地接連出現反對科學的示威和抗議活動，使得學園都市的立場更加不利，在緊張的世界局勢之中，學園都市再度面對一項威脅，那就是喝醉之後看到人就死纏著不放的御坂美鈴，這簡直是一種眾人皆會受害的恐怖攻擊…！！第一名犧牲者，是對美鈴長相感到面熟，學園都市最強的能力者。後來受害者逐漸增加，繼無辜的計程車司機之後受害的上条當麻，不只受到酒味襲擊，還得承受茵蒂克絲的怒火。好不容易逃離危機的第一名犧牲者 ―― 一方通行，從學園都市上層得到某項情報，使得鬧劇到此為止，為了保護生命受到威脅的御坂美鈴，戰鬥即將開始 ――