Este capítulo es la segunda parte del capítulo 18 de la primera temporada. Touma e Index se van a un restaurante y son atacados por un mago llamado Yamasaki que captura a index para absorber el conocimiento de un libro, lo cual falla y queda gravemente herido. Su razón era que necesitaba saber como quitar una maldición a una chica y Touma decide ayudarle.

Touma recibe la noticia de que Index fue "secuestrada" por Stiyl, mientras que él va en su búsqueda se encuentra con un monja de la Iglesia católica llamada Orsola Aquinas. Una vez reunido con Index, Stiyl le pide que encuentre a la monja Orsola Aquinas, ella tiene la habilidad de descifrar "El libro de la ley" y según ella está siendo perseguida. Accidentalmente, ella siguió a Touma, pero su tiempo con ellos fue corto ya que la capturaron los amakusa (un grupo que Kanzaki era lider).

Touma, index, Stiyl y Agnese (monja que conocieron en el mismo lugar) fueron en busca de Orsola; su rescate fue un éxito, pero Tatemiya (líder actual de los amakusa) les explica que la Iglesia católica quiere eliminar a Orsola, ya que con lo que sabía del libro era un peligro para la comunidad cristiana, por eso ella pedio ayuda a los amakusa pero también desconfiaba de ellos. Touma quería verla para confirmar lo que le dijo pero las monjas Angeline y Lucia los atacaron.

Touma decide salvar a Orsola por su cuenta lo que no esperaba era que también Stiyl e Index pensaban lo mismo así que fueron a la iglesia "orsola" para detener su asesinato. Estando allí recibieron ayuda de los amakusa y comenzó una batalla entre los de las Iglesias católica y anglicana.

Una vez recuperado a Orsola les dice el método para descifrar el "libro de la Ley"; sin embargo, Index le dice que ese método es erróneo; por lo tanto, Orsola ya no representa una amenaza para la iglesia. Luego Touma tiene una pelea con Agnise siendo él el victorioso aunque resultó herido. En el hospital Kanzaki le da las gracias por resolver ese problema.

Kuroko y Uiharu observan que unas personas fueron robadas por otros tipos de negro que se llevaron una maleta procedente del espacio exterior. Kuroko decide detenerlos, pero de pronto aparece una chica que también tiene la habilidad de la teletransportación, esta deja a Kuroko heride y le cuenta que la maleta contiene un remanente del satélite "Tree Diagram" y, además, sobre el experimento que hicieron con Mikoto Misaka. Kuroko decide entrometerse y observa el enfrentamiento de Misaka y Awaki.

Awaki quiere utilizar el remitente para crear un nuevo satélite, al hacer eso el proyecto "Nivel 6" volvería. Misaka 10032 pide ayuda a Touma y junto con Misaka detengan ese propósito. Mientras tanto, Kuroko tiene un último enfrentamiento con Awaki en un hotel, pero ella logra escapar y destruye el edificio junto con ella dentro; sin embargo, Touma y Mikoto van en su auxilio. Awaki, luego de huir, se topó con Accelerator; el destruyó el remanente y la derrota con un golpe. Kuroko en el hospital le dice a Misaka que siempre puede contar con ella con tal de verla feliz.

Ciudad Academia tiene un gran festival deportivo donde participan todas las escuelas de la ciudad, así que Touma hace una apuesta con Misaka: si su escuela supera a la del otro hará cualquier cosa que le pida el ganador. Por otro lado, Tsuchimikado y Stiyl tienen la misión de localizar a Oriana Thompsom ya que ella tiene en su poder el "Sword Stab" cuyo poder puede matar a un santo. Touma, luego de ser arrastrado por Fukiyose Seiri (compañera de su escuela), encuentra a Oriana y decide perseguirla.

Tsuchimikado y Stiyl se unen a la persecución de Oriana. Ella les tiende muchas trampas en su camino y muchas veces los confunde. Como la perdieron Touma se encuentra con Index y deciden almorzar con sus padres. En el restaurante se encuentran con Mikoto y Misuzu Misaka (Madre de Mikoto).

Tsuchimikado pudo encontrar la localización de Oriana. El y Touma se la enfrentan pero logra escapar dejando el "sword stab", pero en realidad solo era un cartel. Ellos tratan de buscar el lugar en donde esta el hechizo de contraataque, que puede herir a cualquier persona con solo tocarlo, y se infiltran a un evento de otra escuela. Para su desgracia Fukiyose toca el sello dejándola inconsciente.

El objetivo de Oriana es en activar "la cruz de Pedro" para que la Iglesia católica tenga poder sobre ciudad academia. Tras la persecución Oriana ataca a Himegami creyendo que ella era un maga de Necessarius. Komoe trata de utilizar el hechizo de curación, mientras que Touma va tras Oriana.

Touma y Tsuchimikado son imformados por Orsola que les dice que para activar "la cruz de Pedro" necesita la luz de las estrellas. Ellos llegaron a la conclusión que ella ira a una pista de aterrizaje del aeropuerto. Finalmente, la encuentran teniendo una última pelea con Touma.

Touma logra derrotar a Orsola. Pero se les acaba el tiempo para encontrar "La cruz de Pedro". Dicha cruz la tiene Lidvia, una monja de los católicos; ella se encuentra lejos de ciudad academia pero el hechizo puede funcionar mientras haya luces de estrella; sin embargo, el cielo se ilumina con los fuegos artificiales por clausura del festival deportivo, haciendo que su plan falle. En el hospital, Misaka visita a Touma diciendo que su escuela fue la ganadora del festival; por lo tanto ella ganó la apuesta y Touma debe hacer lo que ella le pida.

Una semana después del festival deportivo. Touma gana un viaje al norte de Italia para dos personas. El e Index se encontraron con Orsola allá . En la noche Touma y Orsola cayeron en un barco de hielo que pertenecía a los católicos. Mientras que trataban de pensar una forma de escapar se encuentran con Agnise.

Agnise les cuenta que este es uno de los barcos de vigilancia de "La flota de la reina" un barco que transporta prisioneros. Sus amigas Lucia y Angeline fueron capturadas por tratar de rescatarla. Así que decidió trabajar con Kamijou para que sus amigas escapen y resultó un éxito. Fuera de allí Touma, Orsola, Lucia y Angeline se reunieron con Index en un barco de los amakusa planeando el rescate de Agnise. Luego, se infiltraron de nuevo en la flota de la reina y empezó otra batalla.

El líder de la flota es el Obispo Biagio, su objetivo es en activar el hechizo "La reina del mar adriatico" cuyo poder puede destruir una ciudad. Touma decide enfrentarlo para salvar a Agnise. Luego de que la flota fue destruida, Touma e Index fueron enviados de regreso a ciudad academia y Agnise, Lucia y Angeline se unieron a Necessarius. Por otro lado en Roma investigan a Touma Kamijou si es una amenaza o no.

Misaka encuentra a Touma para hacerle recordar la apuesta que hicieron en el festival deportivo, haciendo que el haga todo lo que ella le pida. Mientras tanto, Accelerator y Last order vivirán en la casa de Yomikawa, una "Anti-Skill". Después de un incidente con la ducha, Last Order le informa todo a Misaka 10032. Como acto final Last order le quita sus gobles;en consecuencia, Misaka 10032 se enfada y decide perseguirla cargando su arma.

Touma después de lidiar con Mikoto, se topa con Misaka 10032 en busca de Last Order. Touma le obsequia un collar para diferenciarla de la original. Mientras tanto, Accelerator sale en busca de Last Order, pero se encuentra con Index quien busca a Touma. Kamijou conoce a Last Order y ella le da las gracias por salvar a las "Sisters". Al final, Accelerator encuentra a Last order e Index a Touma sin que ellos dos se vieran.

Accelerator y Last Order regresan a la casa de Yomikawa pero son atacados por Amata Kihara, antiguo mentor de Accelerator, junto con sus soldados. Su objetivo es en capturar a Last Order. Accelerator pelea contra Kihara;sin embargo, su habilidad no funciona con el y es derrotado fácilmente. Con lo último de sus fuerzas lanza a Last Order lejos de ellos y luego Index aparece. Por otro lado una maga de los católicos llega a ciudad academia.

Last Order encuentra a Touma y le pide que ayude a Accelerator, mientras que van en su búsqueda son atacados por la maga que pertenece a la "Diestra del trono de Dios" su nombre es Vento del Fronte su misión es eliminar a Touma Kamijou. Por otro lado Accelerator e Index huyen del lugar dejándola en el hospital para que el busque a Last Order.

Comenzó la batala de magia y ciencia. Veto empieza a atacar y cuenta su odio a la ciencia. Por otro lado, Accelerator parecía tener problemas para vencer a Kihara, Index apareció para ver a Last Order. Utilizando un canto logra aterar sus ondas cerebrales para que Kazakiri vuelva a la normalidad. Touma derrota a Vento . Mientras tanto Accelerator derrota a Kihara salvando a Last Order.

Kazakiri le pide a Touma que la destruya, ya que no soportaba que todo el desastre lo causó ella, pero Touma no lo hizo ya que es su amiga. Unos soldados le pidieron a Accelerator que se una a GRUOP, una organización que protege la ciudad. El solo pudo aceptar; así que le dieron su primera misión y es acabar con una pandilla de Skill-outs junto con su líder.

Accelerator pelea contra Komaba Ritoku, líder de los skill-out. Con la ayuda de Awaki logra eliminarlo. En la noche Accelerator recibe una llamada del jefe de GROUP, le informa que ellos contrataron a un grupo de skill-outs para acabar con Misuzu Misaka. Ella llama a Touma y decide ayudarla; Accelerator decide ayudar a Touma desde las sombras. Touma se enfrenta contra Shiage Hamazura logrando vencerlo. Touma es visitado por index en el hospital y ella lo muerde mientras el grita: "Que mala suerteeeee!!!"