Touma Kamijo este licean în Orașul Academy, unde știința cercetează supranaturalul. Într-o zi, el cunoaște o călugăriță care fuge de urmăritorii din lumea magiei.

Kamijo o găsește pe Index plină de sânge în fața camerei lui. Apariția bruscă a unui magician care vrea s-o ia cu el duce la lansarea unui atac virulent și surprinzător.

Kamijo își vizitează profesorul pentru ca rănile lui Index să primească tratamentul necesar. Index începe să dezvăluie cine este și de ce a fugit.

Kamijo este grav rănit de sabia lui Kaori Kanzaki, o femeie magician care o urmărește pe Index. Kaori dezvăluie ceva șocant despre Index.

Index va muri dacă nu-și șterge memoria o dată pe an. În timp ce Kamijo caută o altă cale de a o salva, intră în scenă Stiyl și Kaori. Timpul e pe sfârșite.

Kamijo deduce un lucru despre memoria lui Index. Va putea mâna lui dreaptă să-i oprească pe cei care vânează cărțile magice și să distrugă Sanctuarul St. George?

Kamijo întâlnește o fată în ținută miko, iar aceasta dispare cu un bărbat la costum. Stiyl îi cere s-o salveze pe Sânge Profund, o fată ce are puterea de a ucide vampiri.

Kamijo și Stiyl încearcă să distrugă sursa barierei magice care înconjoară școala. Elevii școlii fac o incantație împotriva lor.

Aureolus a capturat-o pe Index și își dezlănțuie furia asupra lui Kamijo, Stiyl și Aisa cu ajutorul vrăjii Ars Magna, o alchimie care transformă cuvintele în realitate.

Întorcându-se acasă de la școală, Kamijo se întâlnește cu Misaka, sora mai mică a lui Mikoto, care o ia repede de acolo. Apoi, se întâlnește iar cu Misaka. Cum e posibil?

Kamijo găsește cadavrul lui Misaka. Mai târziu, trupul și petele de sânge dispar. Apoi, o vede pe Misaka ducând trupul într-un sac, alături de o mulțime de Surori.

Kamijo vede că Mikoto are parte de un incident. Aceasta se învinovățește pentru că și-a oferit propria structură ADN pentru cercetări. Kamijo îi blochează calea.

Mikoto se pregătește să se sacrifice pentru a-și salva surorile, iar Kamijo o întreabă unde este Accelerator, care tocmai urmează să înceapă lupta cu Misaka.

Kamijo are o atitudine defensivă în lupta cu atotputernicul Accelerator. Mikoto descoperă planul de a-l opri pe Accelerator și o mobilizează pe Misaka.

Kamijo este scos pe moment din Orașul Academy. Oamenii își schimbă între ei fețele și personalitatea. O călugăriță în mantie roșie apare în fața lui Kamijo.

Misha vine în Japonia pentru a găsi sursa magiei Căderea îngerului. Kamijo, Kanzaki și Tsuchimikado i se alătură Mishei în căutarea magului.

Kamijo îl înfruntă pe Toya, care vorbește despre trecutul său. Misha apare și atacă. Kaori ajunge la timp pentru a o opri pe Misha și dezvăluie ceva șocant despre ea.

Un băiat numit Unabara o urmărește pe Mikoto. Ea se preface că e iubita lui Kamijo. La despărțire, fiecare întâlnește un alt Unabara. Unul dintre ei se duce după Mikoto.

La un restaurant, o clonă Misaka numită „Ultima Comandă” îl bate la cap pe Accelerator. Acesta îl vede pe Ao Amai, șeful proiectului Zgomot Radio, care a creat Surorile.

Accelerator îl prinde pe Amai la un centru de cercetare și o salvează pe Ultima Comandă, însă virusul din ea se activează prematur.

Aisa Himegami se mută în clasa lui Kamijo. Index o cunoaște pe Hyoka Kazakiri și devin prietene apropiate. În orașul Academy s-a infiltrat un magician.

După ce li se cere să părăsească mallul, Kamijo, Index și Kazakiri văd un ochi pe perete. Mikoto și Index se iau la harță pentru Kamijo.

Kazakiri se trezește în fața golemului eliberat de Sherry Cromwell. Kamijo luptă cu el, însă Sherry ripostează. Ce s-o fi întâmplat cu Index și Mikoto?

Sherry se concentrează pe Index. Kamijo o înfruntă pe Sherry în metrou. Între timp, pumnul uriaș al golemului se apropie de Index, care nu are cale de scăpare.