Kamijo trifft Index, die auf der Flucht vor einer magischen Gesellschaft ist, die die in ihrem Gedächtnis gespeicherte Bibliothek mit verbotenem Wissen haben will. Später ist Kamijo schockiert, als er Index in seinem Haus findet - blutend und in Begleitung eines fremden Mannes.

Kamijo gerät mit Stiyl aneinander, der sich über das grobe Verhalten des Magiers gegenüber Index ärgert. Als Kamijo und Index durch schnelles Handeln entkommen können, machen sie sich auf den Weg zu der einzigen Person, die ihnen helfen könnte.

Kamijo erfährt mehr über Indexs Geschichte mit Necessarius, der Kirche des notwendigen Übels. Später, nachdem ein Ausflug ins Badehaus zu einem Streit mit Index führt, findet sich Kamijo in der Gesellschaft eines mysteriösen Fremden wieder.

Kaori Kanzaki stellt Kamijo zur Rede und verlangt, dass er Index ausliefert. Kamijo wird bei dem folgenden Handgemenge verwundet - und als er einige Tage später wieder aufwacht, bietet Index an, drastische Maßnahmen zu ergreifen, um ihn vor weiterem Schaden zu bewahren.

Als Kamijo in Aktion tritt, um Kanzaki und Stiyl daran zu hindern, Indexs Gedächtnis zu löschen, erfährt er, dass die Möglichkeit besteht, dass die Kirche die ganze Zeit über die Bedrohung von Indexs Leben gelogen hat!

Kamijo gelingt es, die magische Bedrohung für Indexs Leben zu beseitigen. Leider wird dabei auch sein Gedächtnis gelöscht! Später befiehlt Stiyls Chef ihm, mit Kamijo zusammenzuarbeiten. Ihr Auftrag: Finde „Deep Blood“.

Stiyl erzählt Kamijo (der sich nicht an den Magier erinnern kann) von seinem Plan, das Misawa Nachhilfeinstitut zu überfallen, um ein junges Mädchen zu retten, das über eine Vampirbeschwörungskraft namens Deep Blood verfügt.

Kamijo und Stiyl geraten schnell unter Beschuss, nachdem sie in das Misawa Nachhilfeinstitut eingedrungen sind! Während der Razzia trifft Kamijo auf das Mädchen, das sie zu retten hofften, aber es besteht die Möglichkeit, dass sie nicht daran interessiert ist, den Campus zu verlassen!

Aureolus findet heraus, dass sein Plan, Index in einen Vampir zu verwandeln, vereitelt wurde und erfährt, dass Kamijo bereits Indexs Gedächtnis gerettet hat. Von Wut und Eifersucht überwältigt, greift der Alchemist Kamijo in einem Anfall von mörderischer Wut an.

Kamijo spürt, dass die Beziehung zwischen Mikoto und Misaka, die Mikotos Zwillingsschwester zu sein scheint, etwas Seltsames an sich hat. Später, nach einem freundschaftlichen Treffen mit Kamijo, hat Misaka eine viel intensivere Begegnung mit Accelerator.

Kamijo ist überrascht und verwirrt, über die plötzliche Ankunft eines weiteren Misaka-Doppelgängers. Als die neue Doppelgängerin erklärt, warum so viele Mikotos herumlaufen, beschließt Kamijo, der Sache nachzugehen.

Kamijo erfährt, dass Tausende von Mikoto-Klonen aus einem einfachen, gewalttätigen Grund geschaffen wurden. Nun, da ihre Doppelgänger aussterben, schwört die echte Mikoto, den Rest ihrer Doppelgänger zu retten, indem sie das ultimative Opfer bringt.

Während eines Besuchs im Badehaus bietet Komoe Index und Himegami Einblicke in das Erwachen der Esper-Kräfte. Später ist Mikoto skeptisch, als Kamijo sich freiwillig meldet, um gegen Accelerator zu kämpfen.

Kamijo kämpft gegen Accelerator, um ein besseres Leben für Mikoto und ihre Klone zu ermöglichen. Nach dem Ende des Kampfes besucht Misaka 10032 Kamijo im Krankenhaus, um die Schritte zu besprechen, die unternommen werden müssen, damit sich die Klone an das Leben in Academy City anpassen können.

Nachdem Kamijo zu einem Strandresort gereist ist, um seine Familie zu treffen, bekommt er es mit einem russischen Magier namens Misha zu tun. Später erklären Kanzaki und Tsuchimikado die Auswirkungen eines kürzlich ausgesprochenen Zaubers namens Angel Fall.

Nachdem Kamijo und Tsuchimikado Misha wegen ihres verdächtigen Verhaltens zur Rede stellen, wird ihnen klar, dass Toya etwas mit dem Angel Fall-Zauber zu tun haben könnte. Kann Kamijo seinen Vater vor dem Zorn des russischen Magiers retten?

Nachdem Kanzaki die Wahrheit über Mishas wahre Identität herausgefunden hat, schickt er Kamijo und Toya, um den Ritualplatz zu zerstören. Als Tsuchimikado vorschlägt, dass Toya sterben muss, damit der Zauber aufgelöst wird, kommt es zu einer gewalttätigen und scheinbar tödlichen Begegnung.

Um die unerwünschte Aufmerksamkeit von Unabara abzuschütteln, bittet Misaka Kamijo, sich als ihr Freund auszugeben. Die Dinge werden kompliziert, als das Pseudo-Paar herausfindet, dass Unabara ein magisches Geheimnis verbirgt.

Accelerator trifft den letzten von Misakas Klonen - Last Order -, der ihm erklärt, welche besondere Rolle sie bei dem Schwestern-Experiment gespielt hat. Später erfährt Accelerator, welche Maßnahmen er ergreifen muss, um Last Order in Sicherheit zu bringen.

Nachdem Accelerator Last Order von dem Virus befreit hat, der ihr Gehirn befallen hat, wird er von dem bewaffneten Amai angegriffen. Gerade als für Accelerator alles verloren scheint, trifft Yoshikawa ein, um zu helfen, aber Amai gibt nicht kampflos auf.

Die Schule hat wieder begonnen, und das bedeutet neue Schüler, die die Schule wechseln. Einer davon ist Index! Im Unterricht gibt Komoe weitere Einblicke in die Realität des Lebens als Esper und in Academy City wird eine mächtige neue magische Präsenz entdeckt.

In Academy City bricht Panik aus, als die Magierin Sherry Cromwell auftaucht, die keinerlei Geheimnis aus ihren Plänen macht, Kazakiri zu vernichten! Kamijo tritt an, um Sherrys Plan zu vereiteln, aber die Situation ist komplexer als er ahnt.

Kamijo jagt Sherry davon, nur um festzustellen, dass die Magierin es jetzt auf Index abgesehen hat! In der Zwischenzeit nutzt Kazakiri, der deren Geheimnis gelüftet hat, ihre neue Situation aus und macht sich auf den Weg, um Ellis zu bekämpfen.

Kamijo, Index und Kazakiri tun sich zusammen, um Ellis zu bekämpfen. Nach dem Ende des Kampfes kehrt Kazakiri mit der Unterstützung von Index an den Ort ihrer Herkunft zurück. Später denkt Tsuchimikado über Aleisters Rolle bei den jüngsten Ereignissen nach.