Touma Kamijo, licealista z Academy City, w którym nauka i nadnaturalne moce idą w parze, spotyka zakonnicę, która uciekła ze świata magii.

Kamijo znajduje przed swoim pokojem zakrwawioną Index. Nagle pojawia się zainteresowany dziewczyną mag i wyprowadza zaskakujący ognisty atak.

Kamijo odwiedza swoją nauczycielkę, aby ta z pomocą magii uleczyła rany Index. Tymczasem dziewczyna opowiada więcej o sobie i przyczynach swojej ucieczki.

Kamijo zostaje ciężko raniony przez ścigającą Index, uzbrojoną w długi miecz Kaori Kanzaki. Kaori ujawnia też szokujące informacje o obiekcie swoich poszukiwań.

Index umrze, jeśli jej pamięć nie będzie co rok wymazywana. Gdy Kamijo szuka innego sposobu, by ją uratować, zjawiają się Stiyl i Kaori. A czas zaraz się skończy…

Kamijo dowiaduje się czegoś ważnego na temat pamięci Index. Czy jego prawa ręką powstrzyma ludzi szukających grymuarów i zniszczy Sanktuarium św. Jerzego?

Kamijo spotyka ubraną w świątynne szaty dziewczynę, która znika z mężczyzną w garniturze. Stiyl prosi o uratowanie „Głębokiej Krwi”, dziewczyny z mocą zabijania wampirów.

Kamijo i Stiyl próbują zniszczyć źródło otaczającej szkołę bariery magicznej. Jednak uczniowie zaczynają recytować zaklęcie, aby się przed nimi obronić.

Aureolus łapie Index i atakuje Kamijo, Stiyla oraz Aisę za pomocą Ars Magny, czyli alchemicznej mocy urzeczywistniania słów.

Podczas powrotu do domu ze szkoły Kamijo spotyka Misakę, młodszą siostrę Mikoto. I choć Mikoto zaraz ją zabiera, Kamijo zaraz znów na nią wpada — tylko jak to możliwe?

Kamijo znajduje zwłoki Misaki. Później jednak ciało i ślady krwi znikają, a Misaka niesie worek z ciałem w towarzystwie wielu innych sióstr.

Kamijo widzi, że Mikoto ma kłopoty. Dziewczyna wini się za to, że zaoferowała swoją mapę DNA na potrzeby badań. Kamijo zagradza jej drogę.

Mikoto szykuje się do poświęcenia samej siebie, by uratować siostry, a Kamijo pyta ją, gdzie jest Akcelerator. Tymczasem Akcelerator zamierza walczyć z Misaką.

Kamijo przyjmuje defensywną strategię podczas walki z potężnym Akceleratorem. Mikoto opracowuje plan powstrzymania Akceleratora i znajduje ranną Misakę.

Kamijo zostaje na chwilę usunięty z Academy City. Ludzie zamieniają się twarzami i osobowościami. Kamijo spotyka ubraną na czerwono zakonnicę.

Misha odwiedza Japonię, by znaleźć źródło zaklęcia Upadek Anioła. Kamijo, Kanzaki i Tsuchimikado pomagają Mishy znaleźć zaklinacza.

Kamijo spotyka się z Toyą, który zaczyna opowiadać o swojej przeszłości. Misha atakuje. Kaori próbuje powstrzymać Mishę i ujawnia szokującą prawdę na jej temat.

Akcelerator nie może opędzić się w barze od „Ostatniego Rozkazu”, klona Misaki, po czym zauważa Ao Amaiego — szefa projektu Radio Noise, który stworzył Siostry.

Akcelerator dopada Amaiego w ośrodku badawczym i przejmuje Ostatni Rozkaz, ale będący w niej wirus aktywuje się przedwcześnie.

Aisa Himegami przenosi się do klasy Kamijo. Index zaprzyjaźnia się z Hyoką Kazakiri i świetnie się z nią dogaduje. Mag dostaje się do Academy City.

Podczas ewakuacji z budynku Kamijo, Index i Kazakiri zauważają na ścianie gałkę oczną. Mikoto i Index zaczynają walczyć o Kamijo.

Kazakiri spotyka golema wypuszczonego w świat przez Sherry Cromwell. Kamijo z nim walczy, ale Sherry niweczy jej wysiłki. Co się stało z Index i Mikoto?

Sherry zaczyna interesować się Index. Kamijo walczy z Sherry w metrze. Tymczasem przyparta do ściany Index musi poradzić sobie z golemem.