就在美琴决定了解这一切的这天，她在山上见到了当麻并得知了一名御坂妹妹的消息。之后当麻又见到了御坂妹妹，美琴乘坐巴士来到了学园都市的宇宙中心，准备给树形图设计者输入错误的信息。当麻仍然和御坂妹妹在街上闲逛着，美琴潜入了通讯中心却发现这里空无一人，随后她发现树形图设计者原来早已被破坏掉了。