これまで自分が相手にしていたのは、学園都市そのものだった。『実験』――『絶対能力進化（レベル６シフト）計画』という巨大な“闇”を調べるうちに、どうしようもない無力感に囚われそうになる美琴。しかし、自分の全てをかけてでも、この計画を終わらせなくてはならない。美琴はついに、計画の実行を示唆した学園都市最高の英知を結集したスーパーコンピュータ『樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）』を標的に定める。一方、捨て猫を前に逡巡している『ビリビリの妹』に出会った上条は、巻き込まれるように猫の世話を押し付けられることになり――。