要向全世界轉播的「大霸星祭」，由學園都市所有的學校參加，而且要連續7天舉辦。在這一盛大活動前夕，街上充滿了節日的氣氛，美琴和初春、佐天去探望了因「殘骸」事件而身負重傷的黑子。住院中的黑子擔心美琴因為自己的原因不能享受「大霸星祭」，所以三個人不由得擔心起她來。在聽說黑子要提早出院參加「風紀委員」活動，初春決定要連黑子的份一起努力並且幹勁十足。在這樣的日常背後，讓「超能力者」來參加「大霸星祭」開幕式的選手宣誓的企圖正在進行，他們馬上開始嘗試對7人的詢問……

平安無事（？）開幕式結束後，終於開始了「大霸星祭」。佐天聽到了某個都市傳說 ——「不在金屬」的傳聞，為此還挨了黑子的一頓訓斥。另一方面，美琴本來應該與黑子一起出場的雙人競技，根據黑子本人的安排改與婚后以風神・雷神組合出場。在學園都市內外的觀眾們享受著由這些能力者們展開的競技比賽時，背後卻暗流湧動……

因為偶然被誤認為是美琴，御坂妹作為常盤台中學的選手參加了氣球獵人的比賽。以能力者質量取勝的常盤台中學的各位選手氣勢十足，比賽伊始就被認為會在採取消極策略的對手學校面前輕鬆取勝，但卻不知為何接連出現落敗者。那時對方學校的智囊 —— 馬場的奇策。其實作為暗部組織「成員」一員的他，為了某項任務，收集常盤台中學的選手們的詳細數據，推敲出周密的對策。在這種情況下，活用了某「實驗」經驗的御坂妹快速進攻。對此，馬場向大家傳達了限制「御坂美琴」的策略，並策劃達到自己本來的目的……

佐天為尋求「不在金屬」而繼續調查。初春對網路上除了有很多不確定的異常訊息，就連佐天看過的網頁也找不到了而感到很不協調。不顧初春的擔憂，佐天感覺到了「陰謀」的氣息，便前往霧丘運動場探索。然而，出現在她背後的，是數名身穿防護服的人影 ——。在這樣的騷動當中，一天的比賽全部結束。在大家盡情狂歡過作為「大霸星祭」夜晚精華的夜間巡遊後迎來而第二天清晨，美琴被灣內問及體操服的事。因為不知道在御坂妹身上發生了什麼事情，美琴無法抑制心中的不安，於是開始追蹤她的下落 ――

美琴追蹤御坂妹的下落未果，被食蜂派系的人監視，本想將事情託付給黑子，卻發現黑子等人關於自己的記憶被食蜂篡改。無奈之下美琴向婚后尋求幫助，婚后在尋找御坂妹過程中發現了御坂妹的小黑貓，在等待能和動物溝通的心靈系能力者時被馬場以有御坂美琴妹妹消息的藉口帶到無人處，婚后為保護小黑貓被馬場注射了奈米機器人而昏迷。正當馬場要離開時，恰巧目睹了婚后行蹤的佐天帶著泡浮和灣內趕到……

灣內和泡浮向馬場展開了攻擊，馬場憑藉先進的科學武器進行反擊，在幾回合的作戰後，被兩人找到弱點並擊敗。美琴和食蜂派系成員在街道上偶遇淚子和躺在救護車上的婚后，落荒而逃的馬場準備駕駛他最先進的設備「螳螂」復仇，卻碰上了前來為婚后報仇的美琴，憤怒的美琴直接毀掉了馬場的武器，馬場被鎖在控制室陷入絕望的深淵。另一側，警策看取和索綺特正商量著某個計畫…

泡浮等人透過過游泳社的「貓耳帽少女」的能力得知御坂妹「遇襲」的地點有一男一女，而淚子手上還有著關於都市傳說網站「百聞不如一見」的情報。警策看取催眠了初春飾利和御坂美玲當做人質，準備向美琴套取關於御坂妹的線索，隨後兩人被黑子和美琴解救。此時，初春調查神秘網站「百聞不如一見」，美琴使用能力試圖還原網站被刪除的訊息，竟然發現了食蜂操祈的行蹤…

御坂美琴發現了食蜂操祈的行蹤，於是獨身前往所在的大樓與食蜂會面，美琴才得知食蜂消除朋友記憶和帶走御坂妹的真實原因，同時也得知了真正的幕後黑手是木原幻生。初春甦醒後聽見了淚子和黑子的談話，確定了調查警策看取的分工。而幕後黑手 — 木原幻生也開始了他的行動…

御坂美琴真的非常的優秀，無論是能力還是做人方面。儘管身為常盤台的大小姐，但是還是十分平易近人。與 LV0 和 LV1 的淚子和初春都相處的很好，身邊更是有一個會空間移動的黑子。身為 LV5 的超電磁砲，美琴可以說是當之無愧的強大。同在一個學校的另一位 LV5 食蜂操祈，利用他強大的能力控制了學生和老師，就是為了限制住美琴的行動。

上条當麻被丟到空中落下時，被削板軍霸用公主抱的姿勢接住避免上条受傷。此時的美琴因為被木原幻生控制變成了進化到 LV6 的狀態，但現在的狀態並不是在真正的 LV6，只是正在進化的過程，僅僅達到了 LV6 的 2%，上条當麻在知道美琴的情況後，心急如焚地趕來救援，想要用自己的右手把美琴從這個狀態救出來。

木原幻生穩步向自己的目標邁進。認為只有自己可以阻止對方的食蜂想要憑藉才人工房的陷阱纏住幻生，但是結果卻並不樂觀。另一方面，黑子與警策看取進行激烈纏鬥，削板和上条這邊則負責拖延美琴進化的時間。只是不管從哪方面而言，都算不上是很順利 ——

白井黑子，使用自己的空間移動能力時其實並不是那麼隨心所欲。首先要涉及到十一次元的空間計算，然後對心理也有很高的要求。經警策看取本人確認，黑子在使用能力時會有一秒的停頓。針對這個弱點，警策制定了對策，準備在黑子無法使用能力的間隔之內用飛刀將其解決。但是，她沒有想到的是，黑子居然憑藉正義感和堅強的意志直接徒手接住了飛刀，最後戰勝了警策。

在最終之戰中，上条的右手因為接觸暴走美琴的力量而湧出了形狀為龍的奇異力量。食蜂操祈讀取木原幻生的記憶得到了有關桃莉的關鍵情報。

儘管另一個桃莉共享了桃莉與看取和食蜂相處時的情感經歷和記憶，但她終究不是桃莉，真正的桃莉死了，這就是事實。另一個桃莉的安排，只是對活著的食蜂與看取的一個救贖。小時候的警策得知「統括理事會是一切悲劇的根源」，後來她先是參與了對統括理事會的襲擊，然後被關進少年感化院，木原幻生根據警策心中熊熊燃燒的復仇之火選中了她，計劃著對亞雷斯塔的復仇。

御坂美琴和食蜂操析附近出現了一位被人稱作 BLAU 的藍髮耳環的男人。這位 BLAU 居然公然在御坂美琴和食蜂操析旁邊聲稱「哼，Level 5 遇到我也是衣不蔽體，如同字面意思。」……

過去某段時間，大川內巡觀曾挖苦嘲諷過美山寫影，稱他是「令人噁心的瘟神」。但美山不計前嫌，將自己的預測告知大川內，提醒她會被墜落的鋼樑砸傷，要儘早提防避免事件發生。然而不幸還是發生了，面對好心探望的美山，大川內暴跳如雷地攻擊了他，還稱美山才是事件的元兇，不許對方再次出現在自己眼前。

佐天淚子透過印第安撲克在睡夢中學習了劍球玩法，她向美琴介紹自己的技能，並告知這種技能卡片如果透過交易商販賣或者交換就可以得到 S 級和 A 級技能。美琴則擔心會有奇怪技能卡片的出現。絹旗在與瀧壺、麥野等人洗澡時發現自己的罩杯竟然是最小的。濱面購物回來，給幾個女孩帶了東西，絹旗誤以為濱面買了牛奶是為了取笑她未發育的身材，於是當場把濱面暴打了一頓，氣憤離去。

因為電視廣告促銷，超市中芙蘭達最喜歡的鯖魚罐頭被搶購一空。而淚子恰好在買了最後的鯖魚罐頭後，遇見了芙蘭達，後來淚子在芙蘭達的死纏爛打下，萬般無奈只好請芙蘭達一起回家享用加了鯖魚罐頭的咖哩飯，之後兩人交換了通訊方式成為了朋友。

芙蘭達和淚子兩人一起在街上走著，這時芙蘭達突然遭到了偷襲，肩部中槍。街上人群來來往往，絲毫不知道敵人是誰在哪裡，芙蘭達只好趕緊帶著同為無能力者的淚子找掩護。正當芙蘭達拿出手機想要聯繫麥野他們的時候，手機也被不知道哪裡來的子彈打穿，只好躲進百貨商場，而她們的一舉一動都被暗殺者弓箭獵虎看在眼裡。

美琴因最近總是做奇怪的夢而精神不振的走在街上，遇到了可愛的佳茄，並被邀請陪同佳茄去車站。美琴雖然感到疑惑但還是陪著佳茄去了，一路上佳茄說著奇奇怪怪的話讓美琴注意到了是食蜂在惡作劇。食蜂當然不是專門為了整人美琴而來。學校許多不對外公開的的訊息都被洩露了出去，原因就是一種名為「印第安撲克」的卡牌。透過這種卡牌，會將自己的夢分享給別人，許多不能夠分享的訊息就這樣流向外界了。

這次的任務是回收操齒涼子的機器人分身，但是在這一次，食屍部隊再次遇到學園都市 Level 5 中的第三位。第一個遭遇美琴的是清清，清清在遇到美琴時，還以為美琴和他一樣都是男生，不過在看到美琴的真面目後明白自己又碰上了 Level 5，最終只得接受來自美琴「雷電的洗禮」。

學園都市暗部組織「食屍部隊」的隊長，居然成功透過了一番充滿求生欲的發言，獲得了學園都市僅有的7位超能力者中的第3位超電磁砲御坂美琴的協助，從而順利完成了暗部下達的任務。

在分身超級巨大化後，操齒涼子還詢問美琴應該怎麼辦，畢竟面對這麼大的機械分身，美琴哪怕使出超電磁砲，也無法給分身致命一擊，為了打敗分身，美琴操控都市裡的砂鐵，把它們組合成一個體型可以與機械分身媲美的巨大磁力人偶。

真身出現，美琴故意打偏想給分身活下去的希望，但是失去希望的分身請求美琴殺了她，因為她並沒有求生意志。操齒涼子來到現場看到這一幕嚇呆了，並且不忍心再踐踏分身的尊嚴，但所長依舊不放棄，用槍抵住操齒威脅美琴，槍卻在爭執中不小心走火擊中了操齒……