Mikoto și ceilalți o vizitează pe Banri la spital, unde un criminal o ia pe Erii ostatică, totul culminând cu o luptă violentă pe acoperiș.

Un indiciu din ultima ei misiune o face pe Mikoto să descopere că harta ADN-ului propriu pe care o oferise a dus la crearea unor clone ale ei numite „Surorile”.

După ce zvonurile privind clonarea ei par a fi dezmințite, Mikoto merge la cumpărături cu Kazari și Erii, apoi întâlnește un personaj foarte familiar.

Mikoto află că Misaka 9982 este una dintre cele 20.000 de surori, toate fiind sortite morții într-o luptă contra Acceleratorului, cel mai puternic esper de nivel cinci.

După o luptă aprigă cu un Accelerator care nu are regrete, Mikoto decide să distrugă în secret instituțiile implicate în proiectul Surorile.

Prietenii lui Mikoto se îngrijorează din cauza activităților ei nocturne, fără să știe că e pe cale să distrugă definitiv proiectul clonelor.

Un înalt funcționar din proiectul clonelor trimite o echipă de mercenari care să contracareze atacurile lui Mikoto, declanșând lupta cu ucigătoarea Frenda.

Mikoto a fost slăbită de lupta cu Frenda și alți mercenari de la ITEM, așa că nu poate să o ajute pe Shinobu, care a fost luată prizonier.

După o luptă crâncenă, însă victorioasă cu mercenarul Shizuri de la ITEM, Mikoto ajunge la ultimul centru de clonare, însă îl găsește abandonat.

Triumful lui Mikoto este de scurtă durată. O altă Soră pe nume Misaka 10031 vine să-i spună că experimentele cu clone nu s-au terminat încă.

Mikoto sparge supercomputerul proiectului clonelor și descoperă că nu mai este activ. Între timp, Misaka 10031 se pregătește de lupta cu Accelerator.

Misaka 10031 este ucisă în lupta cu Accelerator, iar când Tōma îi găsește trupul, Surorile își arată adevărata față.

Convinsă că singura cale de a opri clonarea este să se lase ucisă de Accelerator, Mikoto este abordată de Tōma, care vine cu un plan periculos.

Tōma luptă cu Accelerator și rezistă, deși nu are puterile adversarului. Mikoto le face pe celelalte Surori să ajute în luptă.

Lupta finală cu Accelerator are un deznodământ neașteptat care duce la anularea proiectului de clonare. Mikoto se gândește la viitorul Surorilor.

După ce vine cu o scuză pentru absențele de la școală, Mikoto află că Surorile vor fi reconfigurate pentru a le crește durata de viață.

Mikoto și ceilalți o vizitează pe Banri, care este externată din spital. Kuroko și Kazari se pregătesc să-și facă datoria la Expoziția Cercetărilor.

Gașca o protejează pe Febri, o fetiță orfană misterioasă cu părul alb, care pare c-o știe pe Mikoto și care începe s-o placă pe Ruiko.

În drum spre casă de la băile publice, gașca este atacată de către un robot care se oprește brusc în preajma lui Febri, fapt ce duce la o dezvăluire surprinzătoare.

Mikoto dezvăluie prietenilor adevărul despre Febri, care acceptă s-o ajute în descoperirea originilor fetei, încercând s-o țină în viață.

Mikoto găsește fabrica și misteriosul geniu care au creat-o pe Febri, apoi îi cere socoteală unui fost aliat care a trădat.

Mikoto află că Shinobu a fost capturată și forțată să ajute la crearea unei armate de esperi care să atace Expoziția Cercetărilor.

Judecata luptă alături de Kuroko împotriva armatei de roboți. Mikoto și Febri vor să găsească ascunzătoarea lui Aritomi înainte ca acesta să distrugă Academy City.