Academy City wird vorwiegend von übernatürlich begabten Kindern bewohnt. Als Mikoto einen Banküberfall vereitelt, ist die Stadtverwaltung mächtig beeindruckt.

Kuroko verliebt sich allmählich in Mikoto. Da Letztere bei den anderen Mädchen in der neuen Schule immer beliebter wird, sind Konflikte vorprogrammiert.

Als Ruiko bei einem Ausflug mit Wasser bespritzt wird, leiht sie sich eine Uniform der Tokiwadai-Privatschule und wird so zum Ziel eines Taser-Angriffs.

Mikoto spricht mit ihren Freunden über Großstadtmythen. Plötzlich werden einige von ihnen Wirklichkeit und beziehen auch ihren guten Freund Tōma mit ein.

Nachdem durch ihre Impulsivität Kazari verletzt wird, als diese einen Autodiebstahl verhindern will, spricht Kuroko mit Mikoto und erinnert sich an ein Versprechen.

Die Hilfspolizei Judgment beginnt die Jagd nach einer abtrünnigen Esper, die Aluminium explodieren lassen kann. Mikoto ist von der Arbeit für Judgment wenig begeistert.

Inmitten andauernder Graviton-Angriffe entdecken Kuroko und Mii, dass Judgment-Mitglieder die eigentlichen Ziele sind. Kazari ist die Nächste auf der Liste.

Es gibt Hinweise auf einen legendären Level Upper, der Esper-Kräfte steigern kann. Miko will der Wahrheit auf den Grund gehen – mit explosiven Folgen.

Ruiko ist noch immer eine Level-0-Esper, besitzt jedoch insgeheim einen Level Upper und will einen Angriff stoppen. Kuroko kann gerade noch eine Katastrophe verhindern.

Während Kuroko Level-Upper-Nutzer aufspürt, fällt Ruiko nach dem Einsatz des ihren in ein Koma, was überraschende Entdeckungen zur Folge hat.

Während Mikoto gegen Harumi kämpft, die die Kontrolle über das Level-Upper-Netzwerk nicht aufgeben will, erhält sie Einblicke, weshalb diese es ins Leben gerufen hat.

Mikotos Versuche, das aus Harumis Kopf ausgetretene Wesen aufzuhalten, machen es nur noch stärker. Das unkontrollierte Level-Upper-Netzwerk peinigt seine Nutzer.

Kinuho, Maaya, Mikoto und einige andere Mädchen modeln in einem Fotostudio für Bademode. Doch plötzlich verhält sich die holografische Kulisse völlig unberechenbar.

Mitsuko wird von einer Anti-Esper-Gang angegriffen. Mikoto und Kuroko kommen der Gruppe und der Identität eines Mannes auf die Schliche, der Mitsuko zu Hilfe geeilt ist.

Nach dem Angriff durch die Anti-Esper-Gang verschärft Anti-Skills die Jagd nach den Schuldigen. Mii enthüllt ihre Vergangenheit mit Kurozuma, dem rätselhaften Anführer.

Tsuzuri hat genug von ihrem Job als Hausarrest-Vollstreckerin. Als sie eines Tages Kounoe kennenlernt, bieten sie einander die dringend nötige Inspiration.

Kuroko und Mikoto folgen der Wohnheimsaufseherin an deren freiem Tag. Anstelle von belastenden Beweisen erhalten sie Einblicke in ihre sanftere, romantische Seite.

Mikoto begleitet Ruiko und Kazari, ihre Gäste beim Mittsommer-Festival. Jedoch macht sie sich Sorgen um ihren heiß ersehnten Geigenauftritt.

Kazari heißt mit Erii eine neue Mitbewohnerin willkommen. Der Campus wird indes von einem rätselhaften und möglicherweise gefährlichen Poltergeist im Atem gehalten.

Die Poltergeist-Angriffe gehen weiter. Mikoto und Kuroko haben Erii im Verdacht, deren tranceartige Zustände jedoch mit einem tragischen Verlust zusammenhängen.

Um die Poltergeist-Aktivitäten aufzuklären, die Academy City inzwischen endgültig zu zerstören drohen, entlässt Heaven Canceller Harumi aus dem Gewahrsam.

Therestinas Identität wird enthüllt, doch Mitsuko hält Miko davon ab, sie allein zu bekämpfen. Stattdessen versuchen sie mit Freunden, Therestinas Opfer zu befreien.

Die Esper trotzen einem Hinterhalt und wollen Therestina unbedingt davon abhalten, Eriis Esper-Kräfte auf Level 6 zu erhöhen und Academy City zu zerstören.