À la Cité Académique, un campus pour les enfants dotés de talents surnaturels, Mikoto fait forte impression sur un comité d'école lorsqu'elle déjoue un braquage.

Lorsque Mikoto se fait des amies dans son nouvel établissement, Kuroko, qui s'est entichée d'elle, devient jalouse.

Trempée lors d'une sortie, Ruiko emprunte un uniforme de Tokiwadai et devient la cible de mystérieuses agressions au taser dirigées contre les élèves de cette école.

Suite à une discussion sur les légendes urbaines avec ses amies, Mikoto découvre que plusieurs histoires sont avérées et que son ami Tōma est directement concerné.

Entraînée par la fougueuse Kuroko dans une tentative pour arrêter des voleurs de voiture, Kazari est blessée. Kuroko se souvient alors d'une promesse qu'elle a faite.

Les membres de Judgment traquent un esper renégat capable de faire exploser l'aluminium. Mikoto saute un peu trop vite sur l'occasion de travailler avec eux.

Tandis que l'attaque de gravitation se poursuit, Kuroko et Mii découvrent que la véritable cible est les membres de Judgment et que Kazari est la prochaine sur la liste.

Lorsque tout porte à croire que le mythique Level Upper existe bel et bien, Mikoto tente de découvrir la vérité et déclenche une succession d'évènements détonants.

Bloquée au niveau 0 des espers, Ruiko accède au Level Upper en secret et se fait fort d'arrêter une attaque grâce à lui, mais Kuroko intervient pour empêcher un désastre.

Pendant que Kuroko traque d'autres élèves en proie aux mêmes tentations que Ruiko, celle-ci parvient à utiliser le Level Upper, avec des conséquences dramatiques.

Les tentatives de Mikoto pour arrêter le monstre surgi de la tête d'Harumi ne font que le renforcer. Incontrôlable, le réseau Level Upper torture ses utilisateurs.

Kinuho, Maaya, Mikoto et plusieurs étudiantes posent dans un studio photo en maillots de bain. Mais le générateur de décors holographiques a un dysfonctionnement.

Ruiko entame une nouvelle classe destinée à apprendre aux anciens utilisateurs de Level Upper comment atteindre leur potentiel dans la vie réelle.

Quand un gang anti-esper appelé Big Spider attaque Mitsuko, Mikoto et Kuroko se lancent à leur poursuite et tentent de découvrir qui est l'homme venu en aide à leur amie.

À la suite de l'attaque de Big Spider, Anti-Skill se met en campagne contre des gangs similaires et Mii fait des révélations concernant l'étrange Kurozuma.

Mal à l'aise dans son rôle de surveillante, Tsuzuri rencontre un garçon du nom de Kounoe et chacun trouve en l'autre une source d'inspiration inattendue.

Kuroko et Mikoto suivent la surveillante principale lors de son jour de congé. Mais au lieu de détails croustillants, elles la découvrent sous un jour inattendu.

Ruiko et Kazari sont invitées au Festival de l'été par Mikoto, mais le concert de violon que cette dernière doit donner la rend soucieuse.

Kazari accueille une nouvelle colocataire, Erii, tandis que le campus est secoué par l'activité sismique d'un Poltergeist mystérieux et potentiellement dangereux.

Le Poltergeist continue à se manifester. Mikoto et Kuroko soupçonnent Erii, mais les transes de la nouvelle élève sont liées à sa relation avec une amie perdue.

Heaven Canceller se décide à relâcher Harumi afin d'arrêter le Poltergeist qui menace à présent l'existence même de la Cité Académique.

La véritable identité de Therestina est enfin révélée. Mitsuko empêche Mikoto de la combattre seule et ensemble, elles vont tenter de sauver les prisonniers.

Les espers déjouent une embuscade et s'efforcent d'arrêter Therestina avant qu'elle ne parvienne à faire passer Erii au niveau 6 et à détruire la Cité Académique.