幼少期に母親と死別して以来、心に傷を負った少年 弘瀬琢磨。療養の為、自然あふれる田舎に転校してきた彼は、そこで三人の少女に出会う。他人との接触を、かたくなに避ける『小日向はやみ』。世話好きの学級委員長でありながら、どこかそそっかしい『神楽ひなた』。そして、自らを“時ノ音の精霊”と名乗る明るい少女『音羽』。他にもいじめっ子の『田端ゆい』、ひとなつっこい『八雲はまじ』など、新しい出会いを経験しながら、琢磨は自身の心に負った傷を克服し、転校先に溶け込んでいこうとするが、その小さな社会には、彼の知らない秘密があった。

転校先の仲間たちに村を案内してもらう琢磨だが、そこには、はやみの姿はなかった。彼女の事を尋ねる琢磨だが、返ってくる返事はどこかよそよそしい。その日の夕方、琢磨は山奥に一人で住む、はやみの家を訪ねる。相変わらずつれない態度のはやみだが、彼女と琢磨が接近した事を知ったクラスメイトたちは、信じられない行動に出た

クラスでの写生大会で、はやみとひなたを仲直りさせようとする琢磨だが、その試みは失敗に終わる。その夜、ひなたの家に招かれた琢磨は、広い屋敷に使われていない部屋がある事を知る。はやみを避ける理由を琢磨に尋ねられたひなたの胸に、決して彼には話せない苦い過去が去来する。なおもはやみとの和解を求める琢磨に、ひなたが取った衝撃の行動とは・・・。

クラスのみんなと海にやってきた琢磨。昼は海水浴。夜は温泉。楽しい休日だが、さそっても来なかったはやみの事、そして先日のひなたとの一夜が、琢磨の心に引っかかる。そんな彼を、いつになく積極的な、はまじのアプローチが振り回す。そんな一行の前に、はまじと瓜二つの美少女が出現。琢磨を目の仇にする彼女の正体とは?そして温泉で明かされる衝撃の事実!

海での一件以来、今まで以上に琢磨と距離を置くはやみ。対照的に、強引に琢磨と密接になろうとするひなた。ひなたの祖父もまた、強引ともいえる手段で、孫娘と琢磨の仲を取り持とうとする。途方に暮れる琢磨に、はまじがかつて、はやみとひなたに起こった出来事を語りだす。小日向家と神楽家の因縁。村との確執。そしてはやみの一家が、村人たちにされた酷い仕打ちとは・・・

｢私だけは、絶対に小日向を許さない!｣。級友たちの、はやみに対する態度の変化に戸惑いながらも、ゆいは彼女への憎しみを新たにする。一方、ひなたは琢磨とともに、はやみの家をたずね、友情の空白期間を取り戻すのであった。そこで琢磨は、はやみの口から、ゆいが何故彼女を憎んでいるのか、その理由を聞かされる。ある休日。うさばらしに真紀とはまじを連れ、町に買い物に出たゆいは、偶然、はやみと出会い・・・。

間もなく行われる村祭りのため、浴衣を縫う女子生徒たち。そんな折、幼い頃に死別した妹の部屋を整理していたひなたは、古びたスケッチブックを見つける。表紙に｢時ノ音の精霊の物語｣と書かれたそれは、幼かった姉妹の宝物だった。そこへ祖父が現れ、口汚くひなたを罵しる。祖父の叱責と、妹を失った時の記憶が、ひなたを苦しめる。翌日から、ひなたの姿は学園で見られなくなった。心配した琢磨たちは、ひなたの家を訪れるが・・・

巨乳妹ほたると貧乳妹はやみ。二人の義理の妹と暮らす平凡な少年、弘瀬琢磨。幼なじみのはまじも加え、甘酸っぱいお約束に満ちた学園生活を送る彼は、登校途中に『遅刻遅刻』と叫びながら走る謎の少女・音羽と激突する。そして、日本全土に農業を広げて支配し、食糧自給率百%を目論む悪の魔法少女、マジカルファーマーゆいの出現!その魔の手から学園を守るのは・・・。精霊界から来た愛と希望の魔法少女 マジカルおとは!

沢衣村に祭の季節がやってきた。男性から好きな女性に鈴を渡し、その思いに応えるために、女性はもらった鈴を身につけて祭にやって来る。恋人たちが互いの想いを成就させる祭。亡き母も、この祭で父と結ばれた事を知る琢磨。一方、何者かに住まいを焼かれたはやみは、琢磨の家に身を寄せる。祭の準備に追われながら、想いを伝える為に、そわそわする生徒たち。母の形見の鈴を、琢磨は誰に渡すのか・・・。

琢磨の努力により、少しづつ、はやみを受け入れていく学園の子供たち。しかし、村の大人たちは、小日向家の娘・はやみを許さず、憎しみを加速させていく。それを制したのは、意外にも、ひなたの祖父・村長であった。一つ屋根の下で暮らす様になり、はやみと琢磨の心の距離はますます近づいていく。公認カップルになりかけた二人の前に、村長が現れ衝撃の事実を告げる。数年前に琢磨の母を死に追いやったのは、なんと・・・。

彼は神と共に歩いていた。砂浜には二人の足あとが残っている。空がまばゆく光り、足跡に彼の人生が映し出された。うれしかった時。楽しかった時、幸せだった時……二つの足跡にそれらが映し出された。しかし、彼がどうしようもなく、辛かった時。悲しすぎて泣き出してしまった時。苦しすぎて耐えられなかった時。それらを映す時、足跡は一つしかなかった。

彼は神に尋ねた。神よ。私のうれしかった時。楽しかった時。その全ての時に、あなたは私と一緒にいてくれました。それなのに、私が一番側にいてほしい時に、何故、あなたは私を見捨てたのですか?神は男に言った。私はいつもお前の側にいる。お前がどうしようもなく辛くて、悲しくて、泣き出してしまった時。私はお前を背負って歩いたんだよ。