近未来。地球環境が劣悪を極めた中に設立された、海上超国家組織「青」。各国は協力して自国の潜水艦を「青」へ派遣させることになった。日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となっていた。だがそんな折、海洋開発のリーダーである天才科学者ゾーンダイクが海洋テロ結社を築き、人類せん滅を宣言した。

ゾーンダイクの戦艦・幽霊船から逃れた6号は、青の本部の海底基地・ブルードームを目指す。その頃、基地内ではゾーンダイクへの反撃作戦についての説明をおこなっていた。人類最後の作戦が間近に迫り、気運高まる基地内。だが、6号を追尾してブルードームの位置を突き止めた幽霊船と、ムスカの艦隊が迫りつつあった。

ゾーンダイク軍に総力戦を挑む青の艦隊だが、苦戦を強いられる。その頃、ゾーンダイクの真意を確かめるため、速水と紀之を乗せたグランパスが出撃する。南極へ上陸した速水と紀之は、獣人の娘と、マングローブやヤシの木が繁る異様な光景に出会う。獣人たちに導かれ、ついに2人はゾーンダイクと対峙する…。