L'humanité est constamment assaillie par une race terrifiante de mutants marins avec un seul but: éradiquer tous les humains. Le dernier espoir de l'humanité réside dans le sous-marin bleu n ° 6 et son équipage dévoué - qui se sont unis pour lutter pour la survie de l'homme.

Les forces de Zorndyke étant tenues à distance, pour le moment, après une autre bataille sous-marine, Blue Submarine et son équipage retournent à la base pour des réparations indispensables. Sur la base, Tetsu affiche son manque de respect pour l'autorité, tout en agaçant simultanément les nerfs de Mayumi.

Avec la majeure partie de la Terre submergée sous-marine et les pôles toujours en mouvement, Zorndyke est prêt à libérer sa création diabolique : une race de mutants marins. Son plan ? La domination du monde. Mais l'humanité se révélera-t-elle être son propre destructeur ?