吾郎的父親本田茂治是個職棒選手，經過在二軍的奮鬥之後，終於登上一軍，而且首次出場就展現無比的實力，但妻子千秋體弱多病，不久就離開了人世，茂治更埋首於棒球的練習中，最後竟使腰部受傷，而退居二軍，他努力的養傷，好不容易就快再度升回一軍時，沒想到又練傷了手肘韌帶，因而灰心喪志，萌生退意，茂治從高中時就一起打棒球的好友茂野，現在則是友隊的風雲人物，他不願見茂治如此喪志，便給茂治出了一個可以繼續留在球隊的主意。

由於只有兩個人練習傳球，感覺很無聊，壽也就提議主動加入別人的隊伍，到了球場上，他們才知道要9歲以上才可以參加少棒隊，但是吾郎非常不服氣，他覺得球技的好壞和年齡沒有關係，就故意在教練面前展現自己的球技，此舉果真引起教練對他的興趣，在試過吾郎的能力之後，教練發現吾郎真的很有天賦，果然是個可造之材，便答應讓他們加入球隊。

吾郎的爸爸茂治和桃子老師互相心儀，茂治的好友茂野提醒茂治應該為吾郎找一個新媽媽，而桃子的同事美貴也鼓勵桃子試著和茂治交往，於是茂治邀請桃子老師和他們一起去動物園玩，又一起去吃烤肉，增加相處的機會，但卻被別的幼稚園學童家長看到，告到園長那裡，於是桃子鼓起勇氣向茂治表白心意，希望能等她到吾郎畢業，他們就能正式的交往，而茂治也說願意等她…

大聯盟的超級投手吉普生來到日本了，他是一個很狂傲的投手，在他的想法中，日本棒球是次級的水準，根本不會有人能打得到他的球，他十分瞧不起日本人，所以比賽時，他都投直球給日本人打，但沒想到卻被吾郎的爸爸本田茂治打中了，雖然一開始都沒擊出安打，但在第二次輪到他上場打擊時，竟擊出了一支全壘打，頓時全場歡聲雷動，狠狠的讓吉普生吃了一記悶虧。

吉普生因日本球隊不按牌理出牌之打法，氣急敗壞的投出一顆球，剛好打中本田茂治的頭部，但本田倒下後又再站起來，直接上壘，最後並奔回本壘，球隊醫生當場檢查時並無異樣，但因本田倒下時，頭部又撞擊到球棒，導致顱內血腫，於是在隔日清晨死於家中，茂治曾告訴吾郎，人死了只是暫時分離，將來在天堂還是會見面，所以吾郎便忍住悲傷…

三年過去了，念小學四年級的吾郎，重新造訪自己曾經非常憧憬的少棒三船海豚隊，可是，沒想到海豚隊竟然已經面臨解散，因為時代的潮流，喜歡運動的小孩都一窩蜂的迷上足球，愈來愈少人想要打棒球，但吾郎說什麼也要阻止球隊解散，條件是要打敗商店街成人組成的業餘棒球隊，而且他們是去年曾獲得全市比賽的亞軍隊伍，更何況海豚隊人數又不足，吾郎要去哪裡找人來打棒球呢?

為了運動場的使用權，三船少棒必須和成人的棒球隊比賽，但吾郎要為三船少棒湊齊人數後才能參加比賽，清水建議吾郎找小森來加入，在試過小森的程度之後，吾郎發現他應該是受過訓練的，原來小森的父親以前也是職棒球員，而且和吾郎的父親曾是同一個隊伍，因為邀請小森打棒球，便招惹了澤村等人，澤村心有不甘，就偷拿了吾郎的手套，卻被小森目睹，小森感念吾郎對他的真心誠意，便決定幫吾郎討回手套。

看到吾郎和小森的義氣之交，澤村對自己以前的所做為感到慚愧，便誠心向小森道歉，還自願加入棒球隊幫忙補足所缺的人數，好不容易湊齊人數，和成人的棒球隊比賽的海豚隊，在吾郎的兩分全壘打之下，暫時居於領先地位，大人們看到吾郎的天賦時，都大感驚訝，不過，在吾郎引以為傲的快速球相繼被擊中時，海豚隊之間產生莫大的岐見，面臨分崩離析的局面。

由於吾郎自視太高，他認為自己的球不會被擊中，又覺得隊友都在扯他後腿，擺出自以為厲害的態度，讓其他隊友很不服氣，大家都不想跟他打了，在桃子以及安藤教練的好言相勸之下，大家才願意留下，而吾郎也才知反省，於是隊伍才能同心協力，發揮團隊精神，就在吾郎一一三振對方，狀況逐漸好轉之後，卻突然下起雨來，而且愈下愈大，真是令大家始料未及。

吾郎積極想重整海豚隊的往日雄風，然而安藤教練認為他若想朝職棒的目標前進，便應該加入更強的隊伍此言令吾郎非常的異，在教練的勸說之下，吾郎來到知名的橫濱少棒隊參觀，沒想到竟然在此與從前一起練習傳球的小時候的玩伴壽也重逢，橫濱少棒隊的教練在試過吾郎的身手之後，邀他加入橫濱隊。本來不想加入的吾郎，後來卻為了這件事，造成和媽媽之間的衝突。

暑假到了，吾郎意外接到吉普生寄來的邀請函，要邀請他們母子到美國見識大聯盟明星的球賽。吉普生的一切招待都是第一流的，有來回的頭等艙機票，五星級大飯店，及球賽VIP的位置。由於桃子不能去，就由吾郎的3個朋友猜拳看誰能去。心中五味雜陳的吾郎，終於又見到吉普生了。在大聯盟見識到吉普生的厲害，令吾郎再度受到莫大的衝擊。

吾郎去美國看了大聯盟明星隊的比賽回來之後，覺得大家應該密集訓練，以提升球隊的程度，於是提議去暑期集訓，安藤教練帶大家去的，是一個有許多強隊都會前往集訓的聯合集訓中心，一行人在那裡遇到了許多全國大賽名列前矛的隊伍，更燃起了吾郎的鬥志，於是吾郎自告奮勇，要和別的隊伍比賽，但吾郎的心高氣傲，引起對方的不滿，於是對方便運用小技巧，想要打倒吾郎。

After Mifune loses a practice game to Kuki Little in part because he can't bring himself to pitch inside, Goro asks Yokohama Little for a game.

Goro, determined to beat Yokohama Little, helps Sawamura practice pitching. When Coach Ando sees them at it, he realizes he'd given up on his dreams.

Ryoko, the girl Goro just met, is a pitcher for Yokohama Little. He invites her to play ping-pong, upsetting Shimizu and keeping her up all night.

Before the fall tournament, Mifune practices at the batting cages. There, they run into the Okamura triplets, who play for their first-round opponent.

The Okamura triplets score a run off Goro with their strategy, and their ironclad defense grinds down Mifune's will, but Shimizu gives them new life.

In round two, Mifune faces Totsuka-Nishi Little, led by ace Kyuta Usami. Goro spots Momoko out with Shigeno and is consumed with dread.

Mifune is on the ropes; Goro suddenly gives up a home run, and they can't hit Kyuta's pitch. To make matters worse, Komori sprains his wrist.

Sawamura's desperation bunt gets him on base, breaks up Kyuta's perfect game, and rattles the ace. Mifune then closes the gap to one run.

Mifune draws Yokohama Little in the quarters, but Komori's injury is worse than they thought. With the team needing a new catcher, Shimizu volunteers.

Coach Ando throws out his back, so Momoko fills in for him against Yokohama Little. Mifune, overwhelmed by the big stage, commits several errors.

Toshiya gets Goro to hit into a double play. In the top of the 3rd, as Goro gets shelled again, he uncorks his secret weapon on cleanup hitter Majima.

The game enters extra innings. Yokohama Little saps Goro's energy with bunts and puts Ryoko in to pitch. Goro's teammates worry about how he'll react.

Ryoko and Toshiya defy their coach and pitch to Goro. Ryoko puts all her might into her pitch, and Goro musters his last ounce of strength to swing.