なんの特徴もないごく普通の男子、羽瀬川拓人には裏の顔がある。それは、非公開教育機関の生徒である事。そんな拓人は、召還術の追試中、魔法陣が原因不明の暴走を起こし、一国を滅ぼせるほどの強大な力を持つ正体不明の超美少女を召還してしまう。その非常事態に駆けつけたの先輩である榮太郎とエーネウス、そして拓人の従姉妹の鈴穂は、拓人を抱えて逃げる少女をなんとか捕まえようとするのだが…。

拓人と女の子たちの同棲生活がスタート!しかし、いきなり風呂場に乱入してきたり、平気で服を脱ぎ捨てたりするタナロットの予測不可能な言動に、拓人は翻弄されっぱなし。その頃、では、シュタイン教授の開発したミミガーZで、ケモノ耳化した生徒たちがパニック状態に。それに乗じて、『恐れていた事態』を秘密裏に処理するため、神界・魔界から送り込まれた怪しげな美女2人がに潜入しようとしていた…。

寒河江教授の講義中、いつものように大暴れしたタナロットと鈴穂、そしてその喧嘩の原因(?)でもある拓人の三人は、の迷宮ともいわれる地下倉庫の罰掃除を言い渡された。倉庫内で精霊化したアイテムたちを倒して、整理整頓するのが彼らに与えられた使命。タナロットと鈴穂の二人は、どちらが多く精霊化アイテムを倒せるかの勝負で盛り上がり、作業は順調に進んでいるかに見えたが、倉庫内にはなにやら怪しげな陰謀が渦巻いていて…?

拓人の通う学校に、タナロットと鈴穂が転校生としてやってきた!拓人といわくありげな可愛い転校生の二人に、クラスメイトたちは興味津々で、質問の嵐。その場を収めるため、双葉の提案で、タナロットたちと親睦を深める目的での歓迎パーティを開く事になった。拓人とタナロット、鈴穂の三人が、パーティーの準備のため、秋葉原まで買出しに出かけると、そこには、なんかどこかで見た事のある奴らがいて…!?

敷地内に厳重に封印されていたはずのアレが二十年ぶりに復活!平和だったは不穏な空気に包まれ、何も知らない拓人たちがいつもどおりに行くと、そこはすでに戦場と化していた。あの榮太郎が危険視し、警戒する『福音を告げてしまうもの(エヴァンゲリスト)』とは一体何なのか!?中を恐怖のどん底に叩き落としたその正体がついに明らかとなる…!

では、恒例の鈴穂とタナロットの喧嘩が今日も盛大に行われている。ほとんどの生徒達が鈴穂の能力を恐れ、遠巻きに見ている中、髪のリボンを解き、へと変貌した鈴穂の姿に、密かに想いを寄せる一人の男―メタリスの姿がそこにはあった。熱烈な愛の告白を受けた鈴穂は、拓人の後押しで、とりあえずデートをする事になったのだが…!?

五年に一度のマジシャンズ・アカデミィ・ユニフォーム・コンテスト、略して『まゆこん』の開催期日が近づいていた。三連続優勝のファバロム博士を今度こそ打破せんと、各人が己の叡智(という名の個人的嗜好)を詰め込んだ制服を開発する中、タナロットと鈴穂も、モデルとして『まゆこん』に参加する事となるのだが…。

雪合戦ではしゃぎすぎて、風邪を引いてしまった拓人と鈴穂。献身的ではあるが、あらぬ方向に突っ走って、看病にならないタナロットたちに代わり、エーネウスが拓人たちを介抱しに来てくれた。甲斐甲斐しく世話をしてくれたエーネウスのおかげで、なんとか体調も回復した拓人の元に、またもや謎の宅急便が届く。中から飛び出してきたのは『お姉さま~』と連呼しまくるケモノ耳少女で……。

人里離れた山奥にある榮太郎の別荘に招かれた拓人たち。榮太郎の同人原稿の手伝い補欠要員として呼ばれたとは夢にも思わない拓人は、はからずも混浴温泉で、タナロットや鈴穂たちとドキドキ裸のお付き合いとなるが、刺激が強すぎてダウン。すっかりのぼせた拓人が客室で休んでいると、そこに怪しい三人組が乗り込んできて、いきなり攻撃を仕掛けてきたのだが……!

なんの特徴もない平凡な男子学生、羽瀬川拓人は、今日も何の変哲もない一日を送る。家に帰ってもそこには誰もいない。それはいつもどおりの風景。叔母の誘いを無碍に断り続ける事も出来ず、久々に訪れた従姉妹の家では、暗い部屋でやつれていくだけの鈴穂が拓人を待っていた。鈴穂とファルチェ、そしてタナロットのいない世界…はたしてこれが現実なのか…?

クリスマス目前のある日、通りかかったレトロ玩具専門店で、拓人はとあるヒーロー人形を目にして立ち止まる。それは、拓人にとって特別な思い出を甦らせるものだった。タナロット・鈴穂・ファルチェは、そんな拓人の心情を察し、どうしてもそれを拓人にプレゼントしたいと奮起するのだった。かくして、拓人へのクリスマスプレゼントを巡って、三人はアルバイトを始めるのだが…!?