Alors qu'ils viennent de perdre une partie de leurs nouveaux avions de combat à la suite d'une attaque de Cobra, les Gi-Joe sont chargés par l'armée de tester l'efficacité de défense d'une base militaire abritant un satellite. De son côté, Cobra a développé un canon désintégrateur et projette de voler le satellite.

Prisonnier de Cobra, Duke est contraint de combattre dans une arène. De leur côté, les Gi-Joe tentent de construire leur propre désintégrateur. Pour se faire, ils partent en Arctique récupérer des cristaux, un des 3 éléments indispensables

Contaminé par des radiations, Snake Eyes arrive à s'extraire de la grotte avec un barril contenant des cristaux. En chemin il libère un loup attaché à un piège qui le suit. De son côté, ayant réussi à se libérer des griffes de Cobra, Duke, accompagné des Gi-Joe plongent au fond de l'océan pour récupérer de l'eau lourde, le second élément indispensable. Sous l'eau, ils doivent affronter des hommes de Cobra. La bataille qui s'engage réveille des monstres marins.

Les Gi-joe se rendent auprès d'un volcan en activité pour récupérer un météore contenant le troisième élément indispensable. Mais ils sont attaqués par les hommes de Cobra qui s'emparent du météore. Les Gi-joe prennent d'assaut la forteresse volante de Cobra.

Destro qui vient de capturer Scarlett prend également le pouvoir au sein de l'organisation Cobra. Les Gi-joe trouvent enfin l'emplacement de la base de Cobra. Ils utilisent leur desintegrateur fraîchement construit pour l'attaquer.

Alors qu'ils escortent le transport d'un canon laser, les Gi-joe subissent une attaque massive de Cobra. Duke et Snake eyes sont capturés. De leur côté, les Gi-joe arrêtent Cobra en personne. Mais un troisième groupe dirigé par Zartan entre en scène.

Duke parvient à avertir les Gi-joe que la nouvelle cible du canon modificateur de meteo de Cobra est Washington. Les Gi-joe se rendent sur place pour tenter de limiter les dégâts. De leur côté Flint et Matt parviennent à se défaire des terribles racines de Destro. Habillés en uniforme d'hommes de Cobra, ils font la connaissance de Loup de mer.

Esprit juste et Storm Shadow sont contraints de s'associer pour sortir de la caverne où ils sont bloqués. Roadblock, caché dans un convoi de camions, réussit à infiltrer le repaire de Cobra. Si Cobra est parvenu à récupérer un des éléments de la machine, la bataille avec les Gi-Joe s'enlise au niveau de l'atoll. En attendant, les deux ennemis envoient des troupes pour la 3e expédition sur le toit du monde.

Zartan trahit Cobra et s'empare du dernier élément de la machine à contrôler la meteo. Il propose de le vendre au plus offrant. Caché dans un parc d'attraction désaffecté en plein cœur du Bayou, il est vite repéré par les deux forces ennemies. Pendant ce temps, Storm Shadow pénétre la base des Gi-joe pour récupérer l'un des éléments.

Les Gi-joe parviennent à déjouer la tentative de vol d'une navette spatiale par Cobra. Il s'agit en réalité d'un leurre de Cobra pour y faire penetrer Zartan et ses hommes ainsi que des créatures dangereuses.

La base des Gi-joe détruite, les héros se rabattent sur un porte-avion où ils retrouvent la trace de Loup de mer et de snake eyes cachés dans une base sous marine de Cobra. Dans la station spatiale Delta, les Gi-Joe, prisonniers se rebellent.

Toujours poursuivis par Cobra, Loup de mer et Snake Eyes doivent leur salut à une chanteuse de cabaret. Les autres membres des Gi Joe se sont séparés pour récupérer les cubes géants de Cobra. Une première équipe doit faire face au système d'autodéfense du cube, une seconde, en Chine doit se confronter à une armée en terre cuite, et la troisième affronte Cobra dans la neige.

Malgré les efforts du GI-joe, Cobra parvient à activer trois cubes. Maigre consolation, les Gi-joe ont arrêté Tomax Son frère jumeau s'infiltre sur le porte-avion des Gi-joe qui se dirige vers un cimetière de bateaux pour empêcher Cobra de faire fonctionner le quatrième cube.

Cobra parvient à faire fonctionner sa Pyramide des neants pour vider la terre de toute électricité. Mais les jumeaux Tomax et Xamot et les hommes de Zartan trahissent Cobra et prennent le contrôle de la Pyramide. Heureusement, les Gi-joe reprennent le contrôle de la station spatiale, annulant les effets de la Pyramide. Les Gi-joe presque au complets prennent d'assaut le temple de Cobra.

Zartan vole l'identité d'un diplomate français et infiltre le quartier général de la défense mondiale afin de le détruire. Il est repéré par Esprit Juste. Les Gi-Joe doivent trouver la bombe enclenchée par Zartan avant la fin du compte à rebours.

Les Gi-joe protègent un restaurant contre des attaques perpétrées par des voyous. En réalité ces derniers travaillent pour Cobra qui cherchent à racheter à bas prix toutes les franchises de ces restaurants pour de sombres raisons.

Les Gi-joe parviennent à empêcher Cobra de voler leur nouveau satellite. Mais cette action a pour conséquence de le faire s'écraser dans une région inhospitaliere et dangereuse d'Afrique.

Cobra a détruit les principaux points de production et de distribution de pétrole à travers la planète. Un nouveau canon lui permet également de faire disparaître toute une armada de pétroliers. Mais le Gi-joe doute de la réalité de cette disparition. Ils se séparent en trois équipes pour enquêter.

Les Gi-joe se rendent en Inde pour rencontrer le professeur Chakor, inventeur d'une machine permettant de maîtriser la lave. Mais Cobra leur tend un guet-apens et enleve le professeur. Partis à leur poursuite en helicoptere, les Gi-joe s'écrasent dans la jungle. Ils ont 24 heures pour la traverser tout en affrontant les pièges laissés par Cobra et les dangers de la nature.

Cobra prend possession d'une machine lui permettant de contrôler les animaux.

Cobra a enlevé plusieurs savants et réclame une rançon de 60 milliards de dollars. Très vite, les Gi-joe repèrent le temple servant de quartier général de Cobra et le prennent d'assaut. Mais l'intérieur du temple se révèle être truffé de pièges dont la thématique est le parc d'attraction.

Le journaliste d'investigation Hector Ramirez croit que Cobra n'est pas une menace réelle et que G.I. Joe est un gaspillage de l'argent des contribuables. Mais Shipwreck l'entraîne dans une mission non autorisée sur le territoire de Cobra pour prouver leur dangerosité.

Des scientifiques viennent de développer un carburant écologique. Un des sbires de Cobra vole le prototype et le cache dans la serre d'un fermier d'une petite ville avant d'être arreté par la police. Endommagé, le bidon laisse échapper le produit entraînant une croissance anormale des fruits et légumes de la serre. Lorsque le fermier présente ses produits à la foire de la ville, ces derniers deviennent incontrôlables provoquant la panique des habitants. Profitant de la confusion qui règne, Cobra emporte des graines et attaque la ville de Chicago.

Les Gi-joe escortent une mission scientifique chargée de trouver les raisons de la fonte rapide de la calotte glacière. La multiplication des accidents font craindre la présence d'un Traître dans l'expédition.

Alors que les Gi-joe sont en manœuvre en mer, Cobra lance une attaque et profite du désordre pour remplacer les membres le l'état major du Pentagone par des robots appelés les synthoïdes. La première décision des imposteurs est de couper les crédits alloués à l'unité du Gi-joe. Peu après, Cobra attaque la base des héros sans frontières incapable de se défendre. Durant l'attaque, Zartan enlève Duke et le remplace à son tour par un synthoïde. Alors que la base est en pleine désolation, un général se présente et ordonne la dissolution immédiate de l'équipe.

Duke parvient à s'échapper de Cobra mais reste bloqué sur l'île. De leur côté les Gi Joe captent une communication du Pentagone leur faisant comprendre que les officiers supérieurs travaillent pour Cobra. L'équipe infiltre une base militaire pour voler du carburant et des munitions. Mais, averti par le faux Duke, le Général décide d'attaquer le quartier général des Gi-joe. Ces dernier ne doivent leur salut qu'à l'intervention de Destro qui souhaite les aider à mettre fin aux synthoïdes.

Cobra attaque une usine militaire de munitions située dans les Carpathe, mais les Gi-joe interviennent et repoussent les ennemis. Cobra fait alors appel à une diseuse de bonne aventure pour lever une unité de soldats fantômes : un centurion, une guerrière Mongol et un pilote de chasse de la première guerre mondiale. Les Gi-joe ne savent pas comment réagir, leurs armes étant inefficaces.

Les gi-joe sont embauchés comme consultants sur un film à leur gloire. Mais Zartan et ses hommes infiltrent le tournage pour détruire un avion confisqué à Cobra.

Une bande de jeunes perturbe des élections municipales. Les Gi-joe sont appelés à la rescousse. Il apparaît vite que Cobra est derrière tout cela.

Grâce à une nouvelle invention, Cobra détruit tous les billets de banque en circulation entraînant l'effondrement du système monétaire mondial. En échange, il propose aux habitants de la terre de lui remettre tous leurs objets de valeur contre sa propre monnaie qu'il compte imposer. Quand les Gi-joe se présentent devant l'immeuble des jumeaux Tomax et Xamot, ils sont pris à partie par la population.

Sur l'île de Pâques, les Gi-joe pourchassent un helicoptère de Cobra qui a enlevé une jeune fille. Abattus, ils sont faits prisonniers. Il s'avère que Cobra enleve toute personne dotée de pouvoirs psychiques.

Cobra vole l'or stocké à Fort Knox et commence à le déplacer avec un train à grande vitesse. Lorsque l'équipement des Joes est détruit lors d'une attaque surprise, ils doivent utiliser des chevaux pour arrêter le train.

Cobra développe une arme sonique puissante et commence à la tester sur un pays du Moyen-Orient. Un prince arabe aide les Joes.

Cobra achète un ranch pour dames par l'intermédiaire d'une de ses sociétés fictives, dans l'intention de contrôler une centrale solaire voisine. G. I. Joe se rend au ranch pour débusquer les Cobras.

Un joueur qui s'ennuie décide de faire participer des membres de G.I.Joe et de Cobra à son nouveau jeu le plus dangereux, dont ils sont les victimes.

Amber, la petite amie de Quick Kick, s'introduit dans le quartier général de G.I. Joe avec l'intention de rejoindre l'équipe, et Cobra Commander vole un prototype de dispositif laser pour graver son portrait sur la lune.

Un espion de Cobra vole une bactérie mortelle ainsi qu'un sérum de croissance expérimental et crée accidentellement une terreur vivante, croissante et monstrueuse. G.I. Joe doit utiliser un verger de pommes pour la détruire.

La "vipère" passe des appels téléphoniques qui conduisent les Joes à arrêter tous les plans de domination de Cobra. Mais une question demeure : qui est la "vipère" ? !

La baronne découvre une conque dont le chant hypnotise les hommes. Elle utilise le coquillage pour prendre le contrôle de Cobra et capturer la plupart des Joes. L'une des jumelles pourpres aide Scarlett, Lady Jaye et Cover Girl à secourir leurs compagnons.

Cobra décide de tester une nouvelle arme provoquant des tremblements de terre pour perturber une conférence de paix au Japon. C'est à Quick Kick, Bazooka et leurs stagiaires d'arrêter Cobra.

Cobra kidnappe des membres de l'équipe Joe et utilise la technologie de contrôle mental pour retourner les familles des Joes contre eux. Leur objectif est de voler des cristaux explosifs hautement instables.

Alors que les Joes et leurs familles sont mis en danger par les cristaux hautement explosifs, Scarlett et les autres tentent de désactiver le centre de contrôle mental.

Cobra libère un énorme serpent de mer mécanique qui dévore toutes les embarcations qu'il rencontre, asservit ses captifs et grossit à mesure qu'il mange.

Storm Shadow vole l'épée Excalibur à la Dame du Lac. Les Joes l'aident à la récupérer.

L'équipe de G.I. Joe est envoyée dans une autre dimension dans laquelle Cobra a pris le contrôle du monde.

L'équipe de G.I. Joe est envoyée dans une autre dimension dans laquelle Cobra a pris le contrôle du monde.

Un ancien manuscrit babylonien sur les potions secrètes est volé au British Museum. Pendant ce temps, Zartan mène les troupes de Cobra à la recherche d'un champignon rare pour aider à créer un parfum irrésistible afin qu'un célèbre magnat grec de la navigation devienne la proie du charme de la baronne et mette toute sa force de frappe sous le contrôle de Cobra.

Cobra fait un don généreux à la collecte de jouets des Joes : un bataillon de troupes Cobra, miniaturisées pour ressembler à des jouets. Une fois dans le quartier général des Joes, les forces de Cobra sabotent les défenses, ouvrent les portes et laissent entrer le reste des forces de Cobra. Les Joes doivent utiliser les véhicules de Cobra pour arrêter l'attaque de Cobra sur la ville en utilisant les propres véhicules des Joe.

La maison d'un civil est détruite lors d'une bataille entre G.I. Joe et Cobra, et il s'introduit dans le quartier général de G.I. Joe pour se venger de Cobra.

Une mission visant à sauver un archéologue des griffes de Cobra entraîne les Joes dans un étrange voyage surnaturel à travers le tunnel de la tombe d'un ancien pharaon jusqu'à une confrontation avec Osiris, le dieu égyptien des morts.

Cobra parvient à élever des dinosaures grâce à des spécimens d'ADN volés provenant de fossiles de dinosaures récemment découverts. Avec l'aide de ces nouveaux reptiliens, Cobra prévoit de terroriser la civilisation.

Lorsque Flint rend visite à des parents dans une petite communauté au bord de la mer, il apprend que les forces de Cobra ont transformé la ville en une base de contrôle mental. La nuit, Cobra contrôle les habitants et les citoyens deviennent une armée d'esclaves, forcés de construire une base sous-marine secrète.

Un avion de transport Joe est pris dans une tempête, obligeant le pilote à abandonner sa cargaison, un précieux réservoir Mauler, au-dessus du désert. Dusty et Footloose se portent volontaires pour rester avec le char jusqu'à ce qu'il puisse être récupéré. Ils sautent en parachute par inadvertance sur un terrain d'essai de Cobra et découvrent la dernière innovation de l'organisation maléfique : un alliage métallique imperméable à toute arme conventionnelle ! Avec des chars et des avions construits avec cet alliage, Cobra pourrait attaquer l'équipe Joe - ou n'importe qui d'autre - sans crainte. Avec un bataillon de Cobra sur leurs talons, Dusty et Footloose pourront-ils survivre à la traversée du désert hostile pour avertir les Joes ?

Shipwreck tombe amoureux d'un ancien agent de Cobra, Mara, qui a été transformé en un hybride humain/poisson respirant l'eau.

La mère de Dusty est devenue très malade, et Duke ordonne à Dusty de rentrer chez lui. Lorsque Dusty apprend que sa mère a des problèmes financiers, il se tourne vers Tomax et Xamot pour obtenir de l'argent, même si cela implique de divulguer des informations confidentielles sur G.I. Joe !

G.I. Joe découvre que Dusty est le traître qui donne des informations confidentielles, et ils ordonnent qu'il aille en prison ! Cobra le libère, mais que se passera-t-il lorsque Dusty pourra sentir les moindres mouvements des G.I. Joe, et volera des produits chimiques top secrets pour détruire les G.I. Joe une fois pour toutes ? !

G.I. Joe est placé sous le commandement d'un nouvel ordinateur, Watchdog, qui dirige les Joes vers les cibles de Cobra. L'ordinateur est sous le contrôle de Cobra, qui l'utilise pour disperser les forces de Joe et rendre le quartier général vulnérable aux attaques.

Cobra utilise une navette pour voler tous les satellites de communication. Cela signifie que le seul réseau de télévision disponible est le Cobra Network Television qui propose des programmes promouvant leurs messages sociaux tels que Father's No Beast et de nouvelles fins à des films classiques. G.I. Joe envoie d'abord trois Joes dans des Skystrikers propulsés par des boosters de fusée pour détruire le satellite de Cobra. Ils découvrent qu'il s'agit en fait d'une station spatiale et sont renvoyés sur terre. Ensuite, ils organisent un programme d'entraînement dans l'espace pour sélectionner un groupe de Joes qui retournera sur Terre. Leurs Skystrikers sont à nouveau détruits par la station spatiale, mais le groupe s'y faufile. Mieux entraînés, ils battent les Dreadnoks et détruisent la station spatiale, s'échappant à bord d'une navette Cobra, sauvant ainsi le merveilleux monde de la télévision.

Les Joes s'associent à une équipe d'intervention soviétique appelée "La Garde d'Octobre" pour sauver le monde de ce qui semble être une invasion de l'espace. Mais pourquoi la menace des soucoupes volantes semble-t-elle si redoutable ? Les créatures de l'espace existent-elles vraiment ?

Cobra surveille un concert de rock et utilise un groupe de rock pour faire passer des messages subliminaux dans l'esprit du public. Lorsque l'équipe Joe met fin à leurs plans, ils entrent même dans le jeu en interprétant leur chanson thème sous le nom de "The Average Joe Band".

Lorsque le dernier héritier survivant de la Compagnie impériale russe de la colonie de l'Alaska se présente et prétend posséder l'Alaska, les Joes soupçonnent qu'il s'agit d'un complot de Cobra visant à arracher le plus grand État américain. La seule façon de désapprouver la revendication est que les Joes se rendent en Alaska et trouvent le sceau impérial de la colonie. Trois problèmes : le sceau a disparu depuis plus de cent ans, les Russes cherchent le sceau pour récupérer l'Alaska et Cobra est déterminé à les arrêter tous les deux !

Lady J reçoit un étrange message d'Angleterre, l'informant qu'elle est l'héritière d'un ancien manoir. À son arrivée, elle se retrouve plongée dans un sinistre mystère impliquant un étrange culte à capuche, des passages secrets et la vérité derrière le masque d'argent de Destro.

Cobra drogue Shipwreck pour lui faire croire qu'il se trouve dans sa ville natale de Springfield, 6 ans dans le futur. Cobra est vaincu pour toujours, G.I.Joe est dissous, il est marié à sa petite amie perdue, Mara (qui est guérie de sa transformation aquatique) et ils ont un daghter.

Shipwreck découvre qu'il se trouve en réalité dans un fac-similé de Springfield sur l'île de Temple Alpha au cours du présent et découvre que ses habitants sont en réalité des synthoïdes.