MacGyver et Penny se rendent dans la maison dont elle a héritée. Selon les rumeurs, la demeure est hantée. Effrayée par des évènements étranges, Penny insiste pour partir lorsque MacGyver découvre un squelette.

MacGyver retourne dans sa ville natale afin d'honorer une promesse de longue date. Il vient en aide au fils d'un ancien ami, qui a des problèmes avec des trafiquants de drogue. Le contrecoup d'une fusillade l'oblige à revivre un épisode tragique de son enfance.

MacGyver aide la communauté amish à lutter contre la construction d'une autoroute sur leurs terres.

Pete Thornton, gravement blessé, est retenu en otage dans un camp de rebelles en Amérique Latine. MacGyver et Jack Dalton infiltrent le camp en se faisant passer pour des trafiquants d'armes.

Le pilote de course, Jeff Stone, est victime d'un accident au volant de sa voiture prototype. MacGyver entreprend de reconstruire le prototype et de mettre à jour le complot.

Lors d'un programme d'entraînement de la fondation Phoenix, MacGyver et Peter découvrent un réseau decontrebande de drogue.

La Fondation Phoenix est désormais en partenariat avec les services de Police de la ville. MacGyver participe à la capture d'un Tueur psychopathe évadé de Prison. Ce dernier s'est vu manipuler l'esprit par un voisin de cellule, qui veut tuer l'inspecteur l'ayant placé derrière les barreaux.

MacGyver est à la recherche de la vraie mère de Jack Dalton, alors que celui-ci est la cible d'un complot visant à le kidnapper.

Penny Parker interprète le rôle-titre dans un opéra rock mais d'étranges évènements se passent au théâtre. MacGyver vient en aide à son amie.

MacGyver découvre que Michael, le fils de Pete Thornton, espionne la fondation Phoenix pour le compte d'un vaste réseau criminel international.

Le fils d'un employé de la fondation Phoenix est kidnappé. MacGyver va tenter de le retrouver.

MacGyver essaie d'empêcher la fermeture d'un centre de réinsertion pour les jeunes délinquants.

MacGyver tente de sauver une jeune femme de la drogue et de la prostitution.

MacGyver est à la recherche de lingots d'or enfouis dans l'épave d'un avion de guerre russe.

MacGyver est en vacances à la montagne avec d'autres employés de la fondation Phoenix. Il soupçonne un membre du groupe d'être un dangereux meurtrier.

En coopération avec la police, MacGyver enquête sur un tueur en série échappé de l'asile. Il soupçonne le Dr Zito, l'homme qui partageait sa cellule, d'avoir commandité le plan afin de se venger de la policière qui l'a arrêté.

MacGyver et Pete Thornton s'octroient un moment de détente bien mérité et décident de passer leur week-end à skier. En route, ils sont pris en otages par une bande de terroristes.

 Une bactérie mortelle est dérobée à la fondation Phoenix par un ami de MacGyver.

 Un ancien détenu fraîchement sorti de prison décide de se venger de MacGyver.