Nachdem es in einem streng geheimen unterirdischen Forschungslabor der US-Regierung in New Mexico zu unerklärlichen Explosionen gekommen ist, sind zwei bedeutende Wissenschaftler verschüttet worden. Außerdem sickert Säure aus einem lecken Tank und droht, das Grundwasser der ganzen Region zu verseuchen. Top-Agent MacGyver wird zu Hilfe gerufen. Es gelingt ihm zwar zunächst, einige Kollegen der verschütteten Wissenschaftler zu befreien und das Leck im Säuretank abzudichten. Doch als er zu den verschütteten Wissenschaftlern vordringt erwartet ihn eine böse Überraschung …