Mayura, una adolescente obsesionada con los misterios, encuentra una extraña muñeca que puede hablar, pero luego es robada por un gato. Entonces, al buscar ayuda, descubre la Agencia de Detectives de Loki, un niño con habilidades especiales que la acompañará en la búsqueda de su muñeca y la develación de un misterio. La muñeca confunde a Mayura con su antigua dueña y Loki descubrirá que la dueña de la muñeca murió en un incendio. Tendrá que demostrarle a la muñeca que su dueña la quiso hasta el final.

Thor llega a la Tierra para acabar con Loki disfrazado como Narugami, y se hace pasar por un estudiante de la escuela de Mayura. Para ello, una antigua armadura embrujada y la curiosidad de la despistada Mayura le ayudarán en su cometido.

Tsubasa, la dueña de los pájaros del zoológico está asustada porque últimamente los pájaros la atacan. Así que Loki, en contra de su voluntad, debido a la iniciativa de Mayura, decide ayudarla, reencontrándose con Heimdall, quien tiene la intención de asesinarlo.

El padre de Mayura prohíbe a su hija estar en la Agencia de Loki. Para arreglarlo, el Dios de las travesuras decide ayudar a recordar a su padre porqué su hija querían ser detective, introduciéndolos en su pasado, a través de un sueño.

En la ciudad se están produciendo robos por parte de un ladrón que se hace llamar Freyr. Investigando estos incidentes, Loki descubre un mensaje subliminal hacia él, atrayéndolo a que evite su próximo golpe.

Una niña joven millonaria llamada Reiya, está atemorizada porque ve y escucha cosas extrañas en su casa. Para descubrir qué ocurre, pide todos los servicios de Loki, que se queda una noche en la vivienda y descubre que todo se trata de una trampa ideada por Heimdall.

El plan de Heimdall se revela, la joven Reiya resulta ser la encarnación de la Diosa Freyja, que finalmente ha despiertado e invita a Loki a verse, pues quiere decirle algo importante. Pero en realidad Heimdall desea usarla para acabar con Loki.

El dios de las travesuras es raptado por unos ladrones para que no frustre su robo a un banco. Loki piensa que sería divertido que Yamino y Mayura intentaran rescatarlo, así que les envía pistas para salvarlo, con lo que no contaban los ladrones es que Yamino revelaría su verdadera naturaleza como la enorme serpiente Jörmundgander.

Debido a las malas notas en general obtenidas por la clase de Mayura, su profesor la amenaza con mandarles a clases particulares. Ella y Narugami harán cualquier cosa para evitarlo, en especial pedirle un favor a un misterioso árbol de color arcoíris, que apareció de la nada en una plaza.

Mayura y Loki visitan una cafetería en la que trabaja Narugami, que pronto será clausurada por falta de clientes. Es entonces que Mayura decide ayudar al dueño junto con Reiya y, aún contra su voluntad, Loki. Cuando el local logró llenarse de comensales, empiezan a ocurrir sucesos paranormales, que son la verdadera razón de la decadencia del local, por lo que Loki decide investigar el lugar con la ayuda de Narugami.

Mayura tiene un problema con su Club de Investigación de Misterios en la escuela, pues quieren clausurarlo por inactividad aparente. Así que Freyr intentará hacer todo lo posible para evitarlo, pero... ¿Lo tenía todo planeado?.

Kotaro invita a Loki y sus amigos a una sala de juegos, donde les presenta el videojuego más nuevo del Centro de Recreación manejado por el Grupo Kakinouchi: El Castillo de Drácula , que resulta estar poseído por el dragón Níðhöggr.

Aparece una flor misteriosa en el cielo encima en la mansión de la Agencia de Detectives Enjaku, que provoca que todas las maldades se concentren y le devuelvan a Loki su cuerpo adulto durante un tiempo, lo que él aprovecha y sale a divertirse, pero causa confusión en sus conocidos. Se revela que fueron las hermanas Norn quienes enviaron la flor a la tierra.

Fenrir, un enorme lobo negro, hijo de Loki, misteriosamente es liberado de sus cadenas por una enigmática mujer, mostrándose en la Tierra como un adorable perrito negro, siendo adoptando por Mayura. En otra parte, las bestias Hati y Sköll hacen estragos en la ciudad.

Odín envía a las Hermanas Norn para acabar con Loki. Ellas quieren aprovecharse de la gente y organizan una carpa negra en un parque para adivinar el futuro cualquier persona que se acerque. Odín posesiona a Mayura.

Verdandi crea una fórmula matemática perfecta para atacar a Loki y a su eterna protectora. Para ello, aprovecha la reciente boda de una de las amigas de Mayura.

Urd decide intentar acabar con Loki de una manera más curiosa para otorgarle la maldición del reflejo, con la que, al estar cerca de alguien, imita su personalidad, mientras él pierde la suya. Loki copió todo tipo de personalidades , entre ellas están la de Mayura, Fenrir y Yamino, al final olvida quien es pero las personalidades de sus amigos lo protegen

Narugami se encuentra con una mujer llamada Yayoi y ambos se enamoran inmediatamente. Ella le pide que le demuestre su valentía y amor, que al final es una trampa de Verdandi para acabar con Loki. En la batalla Yayoi pide a Narugami que se detenga y Narugami descubre que en realidad Yayoi es una muñeca embrujada por una de las hermanas Nor , al final la muñeca Yayoi se sacrifica salvando a ambos y diciéndole a Narugami lo mucho que disfrutó su tiempo juntos y que nunca lo olvidará...

A Skuld se le empieza a acabar la paciencia por un par de botas rojas que son regaladas por Loki. Por esto ella cita a Loki para un combate en el que pretende acabar definitivamente con el dios de las travesuras.

Heimdall es visitado por Verdandi, quien se encuentra poseída por Odín y le otorga sus miradas perdidas. Entonces Heimdall decide de una vez por todas acabar con Loki usando sus poderes, y crea una ciudad ilusoria donde consigue apartar a Loki de sus amigos.

Loki visita a las Hermanas Norn para pedir explicaciones del porqué quieren acabar con él. Finalmente ellas se dan cuenta que Odín las ha engañado, pero son atacados por una mujer que conoce a Loki.

Loki y sus amigos son invitados a pasar un día en la cabaña de Kotaro. En el bosque, encuentran a una chica vestida de blanco y Mayura se interesa en encontrarla, pero termina en una trampa para atraer a Loki. Al intentar salvar a Mayura, descubre que es Heimdall, quien ahora actúa en complicidad con la chica que intentó acabar con Loki y a las hermanas Norn. Finalmente Mayura presencia la fuerza sobrenatural de Loki.

Mayura intenta preguntar a Loki que o quien es en realidad, pero no se atreve a decirle la verdad. Es por ello que, aprovechando una fiesta en el jardín de la mansión, Mayura decide investigar en las pertenencias del detective. Loki descubre que la chica que intenta acabar con él es en realidad su hija, Hel, la diosa del inframundo y también que fue ella quien liberó a Fenrir de su cautiverio. Aun así Loki se molesta con Mayura por esculcar sus pertenencias y al final Hel secuestra a Mayura.

Hel decide terminar con su misión, que es acabar con su padre. Por eso que rapta a Yamino, Fenrir y Ecchan para que Loki quede completamente solo. En su oficina, Loki recibe un boleto de tren para viajar junto a su hija. Hel hace sufrir a Loki mostrándole ilusiones de Mayura. Finalmente Loki entiende el sufrimiento de su hija y le pide perdón y Hel regresa al reino de los dioses.

Loki finalmente decide volver al mundo de los Dioses, sin embargo, Mayura decide preguntar a la gente para encontrar al Loki que ella conoce, lo cual deja al dios de las travesuras en una indecisión.