箱根の温泉旅館に立ち寄った剣心一行。だが剣心が大切な路銀を落としたため旅館で働くことに。そこで剣心たちは真の芸術を追い求める画学生・龍三郎と出会う。龍三郎は薫に一目ぼれしてしまい!?

旅の途中に偶然出会った猟師から情報を聞き、竜神湖の畔へ向かった剣心たち。だがそれは、猟師の姿に化けた御沙薙の計略だった。湖底を走る回廊の先に隠し扉を見つけて、剣心たちは潜入する!!

聖なる「霊薬」を悪用し、暴利を得ようとするメルダース中尉の野望を、剣心が打ち砕いた。持ち帰った「霊薬」によりハンス博士の命も救われ、事件は一件落着。由太郎と博士はドイツへ帰国する。