На поезде в школу, Макото Ито, первый- Старшеклассник обращает внимание на Котоноху Кацуру, привлекательного одноклассника, которого он находит с ним в поездках. Увлеченный, но неспособный приблизиться к ней, он устанавливает на своем мобильном телефоне ее фотографию как оберег, довольный тем, что смотрит на нее издалека. Во время перестановки классной комнаты Секаи Сайонджи, его новый напарник, замечает картинку и предлагает помочь им собраться вместе. Через нее они стали друзьями, и вскоре после этого Макото признается Котонохе. В тот же день, ожидая ее на остановке поезда с Секаи, Макото благодарит ее за помощь, предлагая взамен все, что он может. Когда подъезжает поезд, Секаи поворачивается, чтобы поцеловать его в губы, запрыгивая в открытый пассажирский вагон и желая ошеломленному мальчику удачи с его новой девушкой.

Макото берет Котоноху на неловкое первое свидание по городу, пикник, который заканчивается неприятно, когда он пытается поцеловать ее. Секай узнает об этом и на следующий день наставляет Макото о его поведении в школе, предлагая ему билеты в кино на свидание с Котонохой. Однако на следующий день ситуация в театре ухудшается, и Секаи настаивает на том, что он двигался слишком быстро. Она уговаривает Макото извиниться перед Котонохой и, поймав ее перед заседанием совета, договаривается увидеть ее после школы на остановке поезда. Котоноха намеренно пытается избежать выхода, и его также тренирует Секаи, когда они сидят на детской площадке и обсуждают состояние отношений. Убежденный в добрых намерениях Макото, Котоноха встречает его на остановке поезда, целуя его губы, пока Секай наблюдает издалека.

Во время обеденного перерыва на следующий день, Котоноха говорит Макото, что ее младшая сестра, Кокоро, хотела бы когда-нибудь встретиться с ним, и он с радостью принимает приглашение. В тот вечер, когда мы вместе едем домой на поезде, Котоноха выглядит обеспокоенной и выбегает на остановку даже после того, как Макото успокаивает ее. На следующее утро она садится в школу на автобусе и молчит до обеда, где встречает Макото на крыше и приглашает его в воскресенье. Они оба весело проводят время с Кокоро, и только после этого Котоноха раскрывает то, что ее беспокоит: она хотела бы, чтобы они обращались друг к другу по именам. Макото соглашается и, быстро рассмеявшись, уходит домой. Той ночью, вернувшись в свою квартиру, Макото звонит Секаи и сообщает ей, что находиться рядом с Котонохой скучно.

Секай подходит к Макото в школе по поводу его комментария, сделанного накануне вечером, хотя он не может сказать ей слова. В тот день Макото и Котоноха тайно разбираются в на крыше, и это действие прекращается, когда он нащупывает ее грудь. Той ночью она звонит Секаю, чтобы обсудить, что произошло, и уверена, что Макото снова движется слишком быстро. На следующее утро, вытаскивая его из класса, Секай узнает от Макото правду: он хотел бы, чтобы отношения стали сексуальными. Она предлагает научить его интимности и настроению, приводя Макото в парк, караоке и, как ни странно, на крышу школы, где она позволяет ему ласкать и раздевать ее. Уходя домой, Макото сталкивается с Котонохой, которая приглашает его вместе с ней посетить недавно открытый аквапарк.

Секаи сопровождает Макото и Котоноху в аквапарк. и друзья Сетсуна, Хикари и Тайсуке на следующий день, где все, кроме Макото, похоже, хорошо проводят время. Несмотря на заметно более ласковое поведение Котонохи по отношению к нему, настроение Макото по отношению к ней и отношениям не улучшается. Секай замечает это и, уводя его в сторону по пути из парка, решительно напоминает ему, что они оба не более чем друзья. Макото тщательно обдумывает свои слова, когда приближается вечер, и группа возвращается домой, и, не в силах принять вещи такими, какие они есть, бросается к ней. Секай возвращается на станцию, чтобы встретить его, мучимый смешанной совестью, но в конечном итоге отвечает взаимностью. Позже той же ночью, вернувшись в ее квартиру, они занимаются сексом.

Через несколько дней после их совместной ночи Макото и Секай начинают регулярно встречаться. Вскоре она начинает испытывать угрызения совести и убеждает Макото раскрыть их роман Котонохе, особенно когда он начинает отмежеваться от нее и лгать ей. В тот вечер, возвращаясь домой на поезде, Котоноха видит целующихся Секаи и Макото, что, по ее мнению, было ошибочным. Пока идет подготовка к школьному фестивалю, Котоноха пишет Макото пару дней спустя в школе, что собрание комитета противоречит их обычному перерыву на обед, и он сразу же использует этот шанс, чтобы побыть с Секаи. Тем не менее, Котоноха неожиданно выходит из игры рано, и он взволнованно бросается навстречу Макото на крыше. Однако, когда ее рука касается дверной ручки входа, звук признания Секаи останавливает ее.

Класс Макото начинает подготовку к предстоящему фестивалю, во время которого Сецуна, убежден, что теперь встречается с Секаи, говорит группе, что он и Котоноха расстались. В течение недели она продолжает держать Котоноху подальше от Макото, даже добавляя свой номер в список заблокированных его телефонов, и он начинает сомневаться в этом. Секай узнает об этой перемене взглядов, подозревая, что Макото снова влюбляется в Котоноху, и ситуация ухудшается, когда Котоноха неожиданно навещает его квартиру той ночью. Он разблокирует ее номер и, несмотря на ее явные признаки отрицания , дает пустое обещание танцевать с ней на фестивале. Преодолевая эмоции, Секаи выходит из своей квартиры и встречает Котоноху, который громко бьет ее по лицу.

Секаи отсутствует на уроке на следующее утро; не давая Макото идти домой с Котонохой, Сецуна убеждает его навестить ее. Несмотря на опасения Секаи о последствиях их отношений, Макото утверждает, что предпочитает ее Котонохе. Наступает день фестиваля, и все идет полным ходом. Однако попытка привлечь клиентов в кафе группы оставляет их коридор в плачевном состоянии, оставляя Макото и Сецуну за припасами. Именно в это время она делает ему откровение: скоро она переедет во Францию. Она вспоминает, как впервые встретила Макото, как он утешал ее, когда к ней приставали, и побуждал присоединиться к студенческому совету. Вернувшись в школу, охваченная чувством, Сецуна наклоняется и целует спящего Макото в губы, шокируя Котоноху.

Котоноха разговаривает с Сецуна о поцелуе и его влиянии на Секаи, если она узнает. Фестиваль продолжается на следующий день, Макото, Секаи и Хикари готовят выпечку для своего школьного кафе. Тайсуке идет за припасами и находит Котоноху, которая, по его мнению, больше не девушка Макото, что она категорически отрицает. У Макото перерыв, и к нему приближается Отомэ Като, его друг из средней школы, с которым он гастролирует по фестивалю. Секай разбивает их и, увидев, что пропустил двадцать сообщений от Котонохи, бросается к ней. Отомэ ловит и тащит его в секретную гостиную, где они занимаются сексом. Той ночью, пока Макото танцует с Секаи у праздничного костра, Тайсуке насилует Котоноху.

Котоноха плачет, когда видит танец Макото и Секаи. в конце 9 серии. На следующее утро в школе начинается уборка. Сецуна не убеждена, что он расстался с Котонохой, что заставляет его сказать Котонохе, что она ему больше не нравится, когда она встречает их. К вечеру Макото пропал; Сецуна находит его в хранилище спортзала снова занимающимся сексом с Отомэ. Сецуна посещает его квартиру той ночью, требуя, чтобы он разорвал отношения со всеми, кроме Секаи, предлагая в ответ заняться с ним сексом. На следующий день баскетбольная команда девочек устраивает видеопросмотр, на котором демонстрируются кадры пар, занимающихся сексом в секретной гостиной. Секай шокирован, узнав, что Макото был там с Отомэ, и сердито пытается позвонить ему. Она натыкается на Котоноху, который намекает, что Сецуна с ним.

Секай начинает пропускать школу, опустошенный тем, что Сецуна ушла, и что Макото изменила . В ту ночь выясняется, что Хикари также начала спать с ним. На следующую ночь, после того, как его тошнило и вырвало, Секай приходит к выводу, что она беременна, посещает Макото в школе на следующий день и объявляет об этом в классе. Новости распространяются быстро; в ответ все контакты Макото начинают отключать его. Секай приходит в свою квартиру, чтобы готовить, радуясь тому факту, что она носит его ребенка. Он выходит на прогулку в поисках партнера, и его встречает Котоноха, который, как он находит, полностью, безошибочно сломан. Ее пустое состояние слишком тяжело для него, и в порыве эмоций он ломается, обнимая ее в слезах и извиняясь. Жизнь возвращается в ее глаза, и с улыбкой она обнимает его в ответ.

Макото выводит Котоноху на ужин, и ему звонит Секаи, который требует знать его местонахождение. Он сердито обвиняет ее в разрушении его жизни и просит ее покинуть его квартиру, что она незамедлительно делает. Однако по пути домой она замечает Макото и Котоноху в поезде и возвращается. В пылу битвы Макото и Котоноха целуются перед Секаем, который кричит и уходит. Ситуация ухудшается позже той ночью, когда она получает от него сообщение с требованием сделать аборт. На следующий день, договорившись поговорить в своей квартире, Секай жестоко закалывает Макото кухонным ножом и убегает. В ту ночь она получает сообщение с его телефона с просьбой присутствовать на крыше школы, где она встречает Котоноху. Подарив ей отрубленную голову Макото, она рассекает шею Секаи с помощью дозуки , в результате чего она падает и умирает в фонтане крови. Когда ее бывшая подруга вышла из строя, Котоноха вырезает матку Секаи, но, согласно монологу Котонохи, не видит там плода.

OVA coming with the PlayStation 2 game "School Days L×H" It's a very funny comic spin on Valentine's Day, and much more lighthearted than the original series.

Originally an April's Fool in 2007, this one episode OVA is a spin-off of the School Days game by 0verflow, and shows Kokoro Katsura, the little sister of one of the main characters, from her other side. A mahou shoujo out to save the world, or something like that.