時は原始時代。恐竜チラノの生け贄にされた赤ん坊リュウは、雌の猿人・キティに救われ、我が子のように育てられた。十数年後、立派な少年に成長したリュウは、狩りの最中にオオツノ族の少女・ランと出会う。リュウは怪我をしたキティのため、薬草を採りにオオツノ族の陣地へ向かうものの、一族の人々はよそ者のリュウを敵視する。そこに再びチラノが出現。窮地のリュウをランが救うが…。

キティをチラノに殺されたリュウは、本当の母親が今もどこかに生きていると知った。彼は母を求めてランと共に旅立ち、彼女の弟・ドンがいるという集落を目指す。だが、たどり着いた場所もまたチラノに壊滅させられていた。瀕死の老婆を見つけて懸命に介抱するランに対し、リュウは無駄だと冷たい態度をとる。

スメカリ族のために別れ別れになったリュウとラン。リュウはランが捕まっている場所を見つけたが、スメカリ族の実力者・タカは、ランを自分の女にしたいと望んでいた。さらに彼は、ある理由からリュウを過剰に敵視する。だが長老は、巨獣のマグーンと戦ったリュウの勇気を認め、仲間に迎えることを提案する。

日照りにあえぎつつ、タカたちから逃げるリュウとラン。２人は山の中でキバという男と出会う。彼もまた、息子のクマオや妻オナメをはじめとする自分の部族をチラノに全滅させられたという。２年前、チラノの右目を潰すことに成功したキバは、今度こそ宿敵を倒すべく、チラノのいるこの山に潜伏していたのだ。

リュウとランはタカから逃れるべく、渓谷に身を潜めた。一方、狩りにいそしむ老人と出会ったタカたちは、彼の力を借りてリュウたちを捕まえようと計画する。そのころ、ランは事故によって負傷し、リュウも気絶していた。そんな２人を、ヤマネコ族の幼女・トコが救う。トコの父である部族の頭こそ、狩りをしていた老人だった。

密林で人食いヅルに襲われるリュウたちを、カスタ族の人々が救った。カスタ族はワルギ族に追われ、洞窟に逃げてきたという。自分たちの狩場を奪回するため、カスタの首領ミロスはワルギ族との交戦もやむなしと決意する。一方、ワルギ族は迷い込んだタカたちに食料を与え、戦力に加えた。日の出の丘を越えた狩場で、両部族はついに激突する。

ドンが見つかった今、リュウは母探しの旅に姉弟を巻き込むことをためらっていた。自分と別れた後でもランを守れるよう、ドンに弓矢の訓練を課すリュウ。だが、ランが森でチラノに遭遇してしまう。彼女をかばってリュウが応戦するなか、現れたキバの加勢でチラノは撃退される。リュウは手負いのチラノを倒さんと飛び出すが…。

タカを知る２人組の男に、ランが拉致されてしまった。そんな彼女を救ったのはキバだった。ランに対し、自らの過去を語るキバ。アナグマ族にいた少年時代の彼は、自分がオルゴン族との人質交換に使われそうになったため、身代わりとして幼い弟を差し出したという。それ以来、良心の呵責に苦しみ続けていたのだ。

寒い地方へ来たリュウたち３人は、怪我をしている男・アムラを発見した。彼の弟・ゴロは、燃える“神の石”を掲げてアララ部族の人心を掌握。アムラを族長の座から引きずりおろし、妻のメッサを新たな族長に任じたのだという。さらにメッサが息子のベンを幽閉したと聞いたリュウは、“母の愛”に対して疑念を抱く。

吹雪をついてピラー山脈を越えるリュウたちは、巨大な人影を目撃。逃げ込んだ先にいた男カヤックは、それが“雪男”だと語る。カヤックからこの先のエスキーガ族に母がいることを聞いたリュウは、カヤックにランとドンを預け、密かに危険な道のりへと旅立つ。だが、単身の彼に雪男の群れが迫る！

リュウたちは氷山を越え、緑の地平にたどり着いた。ところが、ドンが川に落ちて風邪をひいてしまう。火を探すリュウは、黒ヒョウを操る美女・エマと出会う。一行は彼女のムササビ族に迎えられ、ドンも快方に向かが、エマの祖母はランの若さと美貌に対してある思惑を忍ばせていた。翌日、火山が噴火を始め…。

毒蛇と首長竜から必死に逃げるリュウたち。彼らは恐竜の死体を発見し、それがチラノの仕業だと認める。再びチラノを追う一行はキバと再会する。タカこそ身代わりにされた実弟と判明した今、キバは罪滅ぼしのためにリュウを殺そうとしているのではないか…？　だが、キバは疑惑をきっぱりと否定、戦い以外の解決方法を模索する。

“砂漠の悪魔”と呼ばれる翼竜サガールが、ドンをさらっていった。サガールは森の巣にドンを運ぶが、そこにチラノが近づいてきて両者は対決となる。結果、血みどろになりながらもチラノは勝利。この機にドンを救い出した一行は、キバの発案で、チラノの弱点である火を使って落とし穴へと追い立てる作戦を実行する。

チラノとの戦いで重傷を負ったキバは、タカにリュウとの争いをやめさせるため、ついに真実を告げた。逡巡の末、キバを兄と認めつつも、リュウへの憎しみまでは捨て去れないタカ。リュウはチラノにとどめを刺せずに終わるも、あえてキバに宿敵が死んだと伝える。悲願の達成を信じ、勇者は深い眠りについた…。

初めて海にやって来たリュウたちは、巨大な海サソリに襲われる若者・スウを救った。彼らはスウを故郷のサラマン島に送り届ける。ドンはその島で、小恐竜のテケドンを見つけて大喜び。次第に３人は島の生活になじんでいく。そんなある日、リュウは酋長の息子であるスウがランに好意を抱いていることを知る。

リュウたちは山の温泉で一人の老人と出会う。リュウを見た老人は、かつて自分の村にリュウと同じ白い肌の女がいたことを語る。だが、その女や老人の息子ゲンたちは、地獄谷に砦を構える凶暴な男・タンガに捕まり、奴隷にされたという。その女こそ母エスタだと考えたリュウは、地獄谷の砦へと向かうが…。

母エスタが逃亡して生き延びたことを知り、後をたどってゆくリュウ。その途上、チラノに殺された奴隷たちの死体を見つけ、リュウは母の身の安全に不安を抱く。そのころ、大ヘビに襲われたエスタは青年ソンに救出されていた。エスタは彼にリュウの面影を重ねるが、ソンは自分を捨てた母を深く恨んでいた。

森周辺の部族の男たちがテケドンを捕まえた。それがきっかけになり、リュウたち３人も処刑されることになってしまう！　母と再会できないまま死ぬことを悔やむリュウだが、その時、川の水を求める巨象の大群がこちらに向かって迫っていることを知る。リュウは自分たちの解放を交換条件に、巨象への対抗策を提案する。

洞窟でひとときを過ごすリュウたち３人を、狼の群れが取り囲んだ。５０匹はいるであろう狼に対し、リュウは焚き火を燃やし続けることで対抗する。追っ手のタカたちに加え、凶暴な大熊まで出現するが、リュウは竹ヤリでこれを打倒。熊の肉を狼にも分け与えることで、逆に自分たちの見張りをさせようと考える。

ランが奴隷狩りの男たちに捕まり、リュウも毒矢を足に受けてしまった。しかもリュウを治す薬草を探しに出たドンが、底無し沼に落ちてしまう。彼を救ったのは、気立ての良い大男・ガンだった。ドンに骨笛を与えたガンは、奴隷狩りがダニ族の仕業だと語る。一方のリュウは、傷を押してランの救出に向かおうとするが…。

リュウは“人間の牙”を使い、チラノの左目も潰した。キティとキバの恨みを晴らすべく、敵の心臓目がけて刃を突き刺した彼は、ついに怨讐に終止符を打つ。一方、カナク族に先回りしたタカは、放火の騒ぎに乗じてエスタを捕まえていた。それを知ったリュウは、南下したカナク族を追跡する。果たして母との再会は叶うだろうか？