Quand le diabolique Aku revient pour s'attaquer au Japon, le jeune fils de l'empereur est emmené dans des contrées lointaines afin de suivre un entraînement digne d'un guerrier. Après ça, il peut ainsi manier l'épée magique de son père afin de stopper Aku qui étendre son pouvoir à travers le monde entier.

Aku a envoyé le samouraï dans un futur lointain où il domine le monde. Le samouraï doit maintenant trouver un moyen de revenir dans le passé tout en s'adaptant à son nouvel environnement. Il se fait désormais appeler Jack.

Jack, le samouraï, est confronté aux sbires d'Aku. Pour se défendre, il devra utiliser tout ce qu'il a à sa portée.

Les sandales de Jack sont réduites en miettes par une bande de trois robots motards. Incapable de les battre pieds nus, il décide d'essayer les paires de chaussures dernier cris du « Palais de la Chaussure », mais aucune ne convient.

Aku dirige Jack vers un cimetière où les morts-vivants obéissent à ses ordres maléfiques.

Un vieil ermite vivant dans un marais confie à Jack la tâche de rassembler les trois gemmes des titans : l'Œil de Chronos, le Poing de la Force et le Poing de l'Habilité.

When Aku catches a cold and sneezes on Jack, Jack becomes infected with Aku’s badness which begins to take over his entire body.

Jack helps save a Prince and Princess whose ship has been shot down to Earth by Aku.