Qu'est-ce que le destin ? Un ninja Hiruko a volé la pierre sacrée du dragon dans l'espoir de libérer son clan d'une vie de ténèbres. Le clan Kimon, cependant, a d'autres projets pour la pierre et la vierge de lumière.

N'ayant pas d'autre choix, Shigure part avec Dakuan et Tsubute pour trouver les réponses à ses questions. Pendant ce temps, Jubei doit combattre les ninjas Hiruko et Kimon et remettre la Pierre du Dragon à Shigure.

Pour les Kimon et les Hiruko, il est non seulement difficile de se battre entre eux, mais aussi d'essayer de voler la pierre sous l'œil vigilant de Jubei. Une tentative presque réussie de s'emparer de la pierre se solde par la division de la pierre en deux : Jubei en a une moitié, tandis que les Kimon parviennent à s'emparer de l'autre.

Rencontre avec Tatsunosuke, un jeune voleur doté d'un don particulier et qui n'a rien à perdre. Opposé à Tsubute, quel voleur repartira avec la pierre du dragon dans sa poche ? Confronté à l'opportunité de rejoindre le Kimon, Tatsunosuke saisira-t-il sa chance et le paiera-t-il de sa vie ?

Contrairement aux autres, Jubei se retrouve empoisonné lors d'un combat contre Nenmu, un ninja capable d'utiliser le corps des gens. Pris dans une tempête de pluie, avec l'aide d'une femme et de son jeune fils, Jubei se remet lentement du poison. Mais avec la capacité de Nenmu à manipuler n'importe qui, qui peut distinguer un ami d'un ennemi ? Les nouveaux alliés de Jubei se retourneront-ils contre lui ?

Azami est de retour, et après la moitié de la Pierre du Dragon qu'elle n'a pas pu obtenir la première fois, déterminée à ne pas la perdre au profit du clan Kimon. Pendant ce temps, Jubei apprend la vérité sur la Pierre du Dragon et le trésor de la Dynastie Perdue, et il comprend peu à peu à quel point leur situation est précaire.

Rengoku a pour mission de récupérer l'autre moitié de la Pierre du Dragon auprès de Jubei. C'est aussi l'occasion de venger la mort de son frère bien-aimé, mais à quel prix ? Avec la vengeance en tête, que sacrifiera Rengoku pour pouvoir tuer Jubei ?

Jusqu'à présent, personne n'a compris les secrets de la Vierge de lumière. Mais ils sont enfin révélés lorsque le guerrier hiruko Zofu sauve Shigure d'un clan d'assassins et la force à affronter un lieu et un but qu'elle n'a pas choisis.

Qui est Rokai ? Lorsque Shigure est menacé par Yamidoro et son clan, un protecteur apparaît sous la forme d'un étrange petit homme aux capacités étonnantes. Cependant, même lui ne peut empêcher les Kimon de kidnapper Shigure. Quelqu'un doit sauver la Vierge de lumière !

L'action se déplace en mer alors que le groupe de Jubei est à la recherche de Shigure, qui s'est échoué sur l'eau avec le clan Kimon. À bord du navire de Jubei se trouve un mystérieux samouraï. Est-il un ami ou un ennemi ? Le groupe doit le découvrir alors que les passagers du bateau commencent à être retrouvés morts.

Jusqu'où pouvez-vous faire confiance à vos sens ? L'engagement de Jubei pour sauver Shigure porte ses fruits lorsque lui, Dakuan et Tsubute réussissent leur mission de sauvetage. Mais quelque chose ne va pas, et Shigure se comporte étrangement. L'issue de la guerre pourrait dépendre de la capacité de Jubei à découvrir pourquoi !

Les souvenirs de la Vierge de lumière se réveillent dans la tête de Shigure. Mais son rétablissement arrive trop tard : Jubei est tombé au combat, et il ne reste plus que Shigure pour libérer les pouvoirs de la Vierge de lumière qui décideront de leur sort à tous. Elle doit faire face à une finale sans Jubei et assister à un dernier combat qui décidera qui en sortira vivant.