紀元前11世紀の中国、殷王朝の時代。皇帝・紂王は絶世の美女・妲己を皇后に迎えて以降、魂の抜け殻のようになってしまう。実は妲己は邪心を持つ仙女であり、その術で皇帝を操っていたのだった。

妲己は、四大諸侯を殷の都・朝歌に呼んで豪勢な宴を開こうとしていた。招待状を受け取った西伯候・姫昌は、反対する息子の伯邑考らを残し朝歌へと赴く。一方、仲間探しを始めた太公望と四不象も朝歌に来ていたが…。

西岐城にいる伯邑考らのもとに、父・姫昌が朝歌で幽閉されたという知らせが届き、伯邑考は姫昌を助けるため朝歌へと向かう。一方、ナタクを味方に引き入れようとする太公望は、ナタクと李靖の父子喧嘩の理由を聞く。

王都・朝歌に到着した西伯侯姫昌の長子・伯邑考は、何とか父を救いたいと禁城で紂王に謁見するが、妲己のたくらみにより危機的状況に瀕する。一方、封神計画に疑問を抱いた太公望は崑崙山・玉虚宮へと向かう。

黄飛虎の助力により西岐に帰ることを許された西伯侯・姫昌に妲己の刺客が迫る。その時、空から突如飛来し、姫昌の危機を救ったのは、姫昌の100番目の子供で、幼時に崑崙山に預けた雷震子だった。

殷の正当な皇后・姜妃は皇子の殷郊、殷洪の生母でもあり、その人柄は広く慕われていたが、紂王暗殺の疑いをかけられ捕縛されてしまう。殷の未来を案じる黄飛虎に対し、聞仲は皇帝譲位の可能性についてほのめかす。

ナタク、雷震子を仲間に加えた太公望の前に、朝歌にいるはずの妲己が現れ、強烈なパワーを見せつける。だがその正体は、封神計画を手伝うようにとの元始天尊の命を受けた崑崙山の道士・ヨウゼンの変化した姿だった。

皇帝暗殺の嫌疑をかけられた皇后・姜妃はとらわれの身となっていたが、突然、紂王の呼び出しを受ける。特別に姜妃の罪を減じるようにと、妲己が紂王に懇願したためだったが、実は妲己は姜妃をも陥れようとしていた。

殷郊、殷洪の両皇子を伴い朝歌を脱出した黄飛虎は関所・臨潼関に差し掛かる。この関所は太公望の活躍により放棄されたまま無人となっていたが、そこに今、妲己が差し向けた妖怪仙人が待ち伏せしていた。

黄飛虎の息子・黄天化の活躍で妲己の追手を全滅させ、ほどなくして今度は聞仲が黄飛虎に2人の追手を差し向ける。その2人、張桂芳と風林の宝貝により、黄親子と両皇子はとらわれの身となってしまう。

太公望たちの前に、ついに大師・聞仲が姿を現した。強力な聞仲の宝貝・禁鞭の前に太刀打ちできない太公望たちだったが、旧友・黄飛虎と対峙した聞仲は、禁鞭を投げ捨て、生身の人間として黄飛虎に勝負を挑む。

殷郊、殷洪の両皇子を挟んで、黄飛虎と聞仲の対決が延々と続く。このまま西岐へ赴くか、聞仲と一緒に朝歌に戻るか、皇子たちは自らの運命を選択すべく悩む。その時、空から崑崙山の宝貝ロボット・黄巾力士が現れた。

渓谷の岩場で釣りをしている太公望を西伯侯・姫昌が訪ねる。自分が何をなすべきかを問う姫昌に太公望は、殷を討ち新しい国を建てよと説いた。太公望を西岐の軍師に迎えた姫昌は、軍を率いて北の国へと出陣する。

強力な宝貝を操る九竜島の四聖に太公望たちは悪戦苦闘。分散して西岐を襲う四聖に、彼らはバラバラに戦うことを余儀なくされる。西岐の戦いの余波で北の国は混乱し、姫昌らは仙道の戦いの激しさを実感した。

太公望たちと四聖との激闘のなか、太公望、雷震子、黄天化らは連携プレイで高友乾を封神し、ヨウゼンは変化の術で王魔を追い詰めた。一方、北の国では、姫一族、黄飛虎と霊獣・神鷹を従えた崇黒虎が対面していた。

崇の国と合同で殷を攻めるべく崇黒虎を説得していた姫昌たちの交渉は難航。そんな時、姫昌は陣中で心労のため倒れてしまう。一方、対四聖戦に勝利した太公望たちは、鳥の大群と戦う西岐軍と合流して危機を救った。

崇黒虎との同盟を果たした西岐軍と、聞仲率いる殷軍とが対峙するなか、突然、殷郊・殷洪兄弟が黄巾力士で降り立った。殷郊は宝貝・番天印をふりかざし、妲己討伐のため西岐軍と殷軍とを合流させるよう迫るが…。

朝歌を震撼させる異形の怪物の存在を申公豹から知らされた太公望たちと聞仲は、崇の国に展開する両軍を一時休戦させ、一路朝歌へと急行する。そしてそんな彼らを待ち受けていたのは、妲己三姉妹の猛攻撃だった。

スーパー宝貝・盤古幡を操る妲己の力の前に、聞仲は身動きもままならない状態に陥った。そして妲己のパワーの桁外れの強さに、聞仲は何者かが妲己にエネルギーを送っているのではないかという疑問を抱く。

紂王と殷洪の最期を看取った聞仲は、若き日の聞仲の才能を見抜いた王により皇太子の側近に抜擢されたことや、聞仲に皇子を託した絶命間際の王妃に、この国を永く守っていくと誓ったことなど、過去を思い返していた。

西岐に戻り、妲己の封神を姫昌に報告する太公望。そんな彼の疑念を裏付けるように、申公豹が一同の前に現れ、自身の千里眼により、封神されたはずの妲己の魂魄が封神台ではなく崑崙山の方角へと飛んでいると教えた。

元始天尊を問いただすため崑崙山・玉虚宮へ向かう太公望たちの前にヨウゼンが立ちはだかり、太公望に「崑崙山によって自分に与えられた任務は、太公望が封神計画をなすか否かを監視することだった」と告げる。

太公望の心を理解したヨウゼンは、崑崙山を裏切り、太公望と行動を共にしようと決心。2人は再度ナタク、雷震子、天化と合流し玉虚宮へ潜入するが、彼らが遭遇したのは、5人と1匹の各々の未来の姿の映像だった。

太公望はこれまで彼の生きてきた道のりを回想する。羌族の統領の息子として仲間たちと輝かしい少年時代を送っていたが、ある日、村を異民族狩りの殷の兵隊が襲い、父や母は殺され、彼は必死で仲間たちを逃がした。

自らの過去を反芻することによって真の自分を取り戻した太公望は、打神鞭を元始天尊の足元に投げ捨てた。そして彼は、「妲己こそが、仙人界を傲慢たらしめる最高の宝貝ではないのか」と問うのだった。