In einer postapokalyptischen Zukunft ist das in Ruinen liegende Japan weitestgehend in Grün gehüllt. Die Regierungen auf der Welt regulieren den Ausstoß von Kohlenstoffemissionen mit eiserner Hand, was zu einem noch stärkeren Gefälle zwischen den Klassen führt. Die Reichen leben in der utopischen Stadt Atlas, während die Armen in den Ruinen und Wäldern in behelfsmäßigen Städten leben müssen. Doch unter denen gibt es eine Organisation namens Metal Age, die sich dem widersetzt. Deren zukünftige Anführerin Kuniko Hojo kehrt nach einem zweijährigen Gefängnisaufenthalt wieder zurück, was die Ereignisse ins Rollen bringt.

Duomo wird von einem unbekannten Feind unter Beschuss genommen, woraufhin Kuniko und Metal Age die Zivilisten zu evakuieren versuchen. Später finden sie heraus, dass der Angriff wahrscheinlich aus dem alten Ikebukuro kam. Also machen sich Kuniko und die anderen nach Ikebukuro auf, um mehr über den Feind herauszufinden. Doch Ikebukuro ist mittlerweile zu einem sehr gefährlichen Ort geworden …

Miiko hat in der Atlaslotterie gewonnen und darf nach Atlas ziehen. Die anderen bereiten für sie eine Abschiedsfeier vor. Unterdessen überfallen Takehiko und seine Leute von Metal Age einen Lieferzug von Atlas. Dies führt jedoch zu Spannungen unter den Bewohnern von Duomo, die weitere Vergeltungsmaßnahmen von Atlas befürchten.

Nachdem Kuniko, Momoko und Takehiko so eben mit dem Leben aus Atlas entkommen konnten, überlegt sich Kuniko, ob es nicht irgendwie möglich wäre, dass die Leute aus Duomo ebenfalls in Atlas leben könnten. Dafür überlegt sie sich einen gewagten Plan, der sie ins neue Akihabara führt.

In Über-Akihabara angekommen trifft Kuniko auf Leutnant Kusanagi. Der ist auf der Suche nach einem speziellen Computerchip. Werden die beiden ihre Streitigkeiten beiseitelegen können?

Um das Chaos an den Kohlenstoffmärkten zu beseitigen, will die japanische Regierung in Zusammenarbeit mit Ishida Finance Orochi erledigen. Dafür haben sie sich einen gewagten Plan ausgedacht. Unterdessen wird Kusanagi für den Verlust des kostbaren Prototyps zur Rechenschaft gezogen. Er wird zu Mikuni geschickt, um sich dort ihrer Prüfung zu unterziehen.

Das Militär von Atlans rückt aus, um Kuniko wegen ihrer vielen Verbrechen gefangen zu nehmen. Um die anderen aus Duomo nicht zu gefährden, geht sie mit. Doch das Rehabilitationszentrum für Mädchen ist nicht mehr derselbe Ort, den sie einst zurückgelassen hat.

Kuniko soll im Gefängnis hingerichtet werden. Als ihre Freunde aus Duomo davon erfahren, überlegen sie sich, wie sie Kuniko da rausholen könnten.

Nach ihrer Flucht aus dem Gef￤ngnis treffen Kuniko, Momoko und Tomoka auf Meisterin Mikuni und ihr Gefolge. Es kommt zu einer gewaltt￤tigen Auseinandersetzung.

Momoko wurde nach Atlas entführt und wird dort von Sayoko verhört. Da überlegt sich Kuniko, was sie möglicherweise tun könne.

Karin bekommt eine Nachricht von ihrem Vater, der bald wieder nach Japan zurückkommen kann und sie zum gemeinsamen Essen einlädt. Jedoch kann sie nicht von ihrer Arbeit weg. Da schleicht sich ein ungewöhnlicher Besucher ein.

Ryoko verkündet in einer öffentlichen Kundgebung, dass die Umsiedlung nach Atlas temporär aufs Eis gelegt wird. Da fasst Kuniko einen radikalen Entschluss.

Als neue Präsidentin von Metal Age startet Kuniko einen Großangriff auf Atlas, um die Zukunft der Menschen auf der Oberfläche zu sichern. Es kommt zu einem erbitterten Kampf.

Kuniko und die anderen von Metal Age sind erfolgreich in Atlas eingedrungen. Sie versuchen, sich ihren Weg zum Parlamentsgebäude zu bahnen, doch Atlas ist nicht das, wofür sie es hielten.

Der Angriff von Kuniko und Metal Age auf Atlas gerät ins Stocken. Da nimmt Ryoko Naruse Kontakt mit Kuniko auf, um ihr ein Angebot zu unterbreiten. Unterdessen hat Karin mit Problemen am Kohlenstoffmarkt zu kämpfen.

Kuniko kehrt aus Atlas zurück und konfrontiert ihre Großmutter. Unterdessen entschließt sich Mikuni dazu, Miiko aus den Fängen der Atlas Corporation zu befreien.

Die Daedalus-Pflanzen vreiten sich immer weiter aus und stellen eine ernstzunehmende Gefahr für die Menschen auf der Oberfläche dar. Doch während Kuniko noch überlegt, wie sie diese Bedrohung beseitigen kann, hält Takehiko ihr eine Pistole an den Kopf. Unterdessen hat Karin mit dem Verlust ihres Unternehmens zu tun und versucht, sich anderweitig durchzukämpfen.

Kuniko mö￶chte gegen die Daedalus-Pflanzen vorgehen, indem sie ganz Tokyo niederbrennt. Doch dafür braucht sie Unterstützung von Karin, die sich widerspenstig zeigt. Hier sind Kunikos und Momokos Verhandlungskünste gefragt. Zudem haben sie ein Wiedersehen, mit einer alten Bekannten.

Under the command of Kuniko and Kunihito, the bombers move into position and starts bombing Tokyo. Meanwhile, Atlas allows refugees from other regions to enter the city under close supervision and control from Metal Age members and Duomo citizens. Nagiko and Talsian reunite and play chess, as Nagiko realizes that Ryoko has become selfish and want control over Atlas instead of handing it to the Digmas. Karin continues making profits with the rising carbon coefficient while Akihabara is taking the brunt of the bombings with eveyone underground. Kuniko personally bombs Duomo, her old home, which is now gone forever. After confirming the complete purging of Daedalus infestations, the bombers return to base. Ryoko's men conclude that the only infestation left is in Atlas' eighth floor. Not only that, Japan is now the poorest country on the planet. Karin releases Medusa to claim the profits gained from the spiking carbon coefficient, but the AI goes out of control.

Tokyo wurde von den Bombern komplett den Erdboden gleichgemacht. Sowohl die Regierung als auch die Flüchtlinge aus Tokyo haben mit den Konsequenzen zu kämpfen. Unterdessen hat Kunihito eine Entdeckung gemacht, die er unbedingt Kuniko mitteilen muss.

Die Luftfestung Titan greift das alte Akihabara an, um Medusa zu vernichten. Doch Medusa hat überlebt und läuft Amok. Um den Zusammenbruch der weltweiten Kohlenstoffwirtschaft zu verhindern, tut sich Kuniko mit Karin zusammen.

Mikuni ist in Atlas angekommen und kurz davor, zur Erbin von Atlas zu werden. Kuniko, Momoko und Kunihito versuchen sie aufzuhalten. Unterdessen tickt die Zeit, denn Medusa ist im Begriff, einen weltweiten Atomkrieg zu entfachen.

Kuniko nimmt die Verfolgung von Ryoko und Mikuni auf, doch wird von Kunihito bedroht. Was steckt hinter dem plötzlichen Verrat? Unterdessen versuchen karin und die anderen weiterhin Medusa aufzuhalten. Doch jemand Unbekanntes mischt sich ein.

Kuniko's arrival stops Mikuni from drawing the bejeweled spear and Ryoko states how impressed she is that Kuniko made it this far. She challenges Kuniko to pull the spear out herself. When Kuniko refuses, Ryoko takes Mikuni hostage and threatens to kill her, forcing Kuniko's hand and revealing that Kuniko and Mikuni are actually sisters and that their birth mother is no longer alive, but not exactly dead either. It is revealed that Kuniko and Mikuni were artificially created and that Kuniko is in fact a clone of Himiko, the mummy of the goddess discovered beneath Atlas. It turns out that Ryoko's body is failing her and she intends to invade the body of the new successor. Outside, a figure resembling Takehito expresses his disgust at the use of human lives to construct Atlas just before setting off a chain of chemical bombs. MEDUSA has gained complete control of the computer systems. Kuniko is forced to draw the spear in an attempt to stop MEDUSA from starting a nuclear war, but she's too late, as nuclear missiles are launched all across the world, launching incomparable amounts of dust into the already weakened atmosphere. MEDUSA himself predicts a nuclear winter with dropping water levels and temperatures everywhere and finally relaxes, convinced that he's safe at last. But his plans are breached when he opens the floodgates of the islands, thinking them useless and releases a tidal wave crashing toward him. It turns out that the missiles launched were a ruse to get MEDUSA's guard down and release the floodgates holding the water back. MEDUSA drowns in the rising floodwaters and Karin mourns his and her parents' deaths. Angered at the breach in her plan, Ryoko attempts to take over Kuniko, but Kuniko mocks her and a brief skirmish ensues, ending with Kuniko impaling Ryoko on the spear. Ryoko perishes and her life energy is absorbed by Zeus trying to revive Himiko. Sayoko appears in the catacombs, shaken but unharmed. Kuniko is carried away by the spear to the heart of Zeus where she meets Himiko, a duplicate of herself. Himiko plans to use all ten million citizens of earth to revive herself. Kuniko and Himiko face off, fighting for the future of the world. Kuniko's boomerang slices through the heart of Zeus, shutting the system down and banishing Himiko. Down in the catacombs, Miiko appears to Mikuni with the spirits of Hiruko and all of the sacrificed children. Miiko tells Sayoko to take care of Mikuni and then removes Mikuni's cursed power, as well as her illness. Karin laments the loss of her money, of MEDUSA and of her parents and Klaris and Zhang make their first appearances, claiming to have been worried about their friend, Karin. Karin brings out the microchip that was MEDUSA and it suddenly manifests as a miniature version of the previous program, which Karin reveals as MEDUSA's baby. It quickly recognizes her as 'mommy'. Zhang says that this time, they'll raise it properly. Atlas is destroyed and Kuniko and Kunihito gaze out over the horizon. Kuniko states her dream of creating a Shangri La.