마을 양조장에서 황금색으로 빛나는 술을 만든 로쿠스케. 그는 자기가 만든 술을 아버지에게 드리기 위해 한밤중에 산을 넘다가 길을 잃는다. 심지어 그 와중에 빛나는 술이 담긴 술병을 이상한 것들에게 빼앗긴다. 추격전 끝에 겨우 술병을 되찾은 로쿠스케는 산속에서 펼쳐지는 기묘한 연회를 발견하는데...

바닷가를 걷고 있던 깅코는 속닥조개가 지저귀는 소리를 듣고 흉조를 알리고자 언덕 위의 집을 방문한다. 한편 바닷가 언덕에서 물질을 하며 아빠와 생계를 꾸려가고 있는 미나는, 조개껍데기를 줍다가 속닥조개가 지저귀는 소리를 듣고 정신을 잃는다. 이윽고 정신은 차렸지만, 말하는 법을 잊어버리고 말았는데...

겨울날 호숫가에서 여동생을 잃은 토키는, 추위를 느끼지 못하고 온기에 고통을 느끼는 기묘한 병에 걸리게 된다. 한편 토키의 소꿉친구이자 여관에서 일하는 타에는, 마침 여관을 방문한 깅코에게 토키 이야기를 한다. 깅코는 증세를 확인하기 위해 발걸음을 옮기고, 눈에 묻혀 있는 집을 발견하는데...

산속에서 기묘한 힘을 사용하여 동물을 사냥하는 타츠와 마주친 깅코. 동물을 움직일 수 없게 만드는 그 힘은 사용자를 파멸로 이끈다면서, 깅코는 타츠에게 그 힘을 사용하지 말라고 경고한다. 그로부터 한 달 후, 타츠의 힘을 없애기 위한 약을 가지고 온 깅코는, 전과는 전혀 다른 분위기를 풍기는 타츠를 발견하는데...

마음이 있던 남자에게 차인 마스미는 상심한 나머지 몸 상태가 나빠진다. 하지만 깅코는 마스미의 몸 상태가 나빠진 것은 단순한 마음의 문제가 아닌 벌레와 관련된 것임을 눈치챈다. 깅코는 벌레를 퇴치하려 하지만, 정작 당사자인 마스미는 삶에 대한 의지를 잃고 벌레에게 줘 버려도 괜찮다고 말하는데...

유명한 벚나무 옆에 어떤 고통도 잠재우는 약을 지어주는 사람이 있다는 말을 듣고, 한 여성이 어머니를 위해서 그 사람을 찾아간다. 근처를 여행 중이던 깅코 또한 지나가는 길에 그 유명한 벚나무를 보려 하지만, 벚나무를 찾은 그의 눈에 들어온 것은 앙상한 나무와 그 밑에 앉아있는 아름다운 여성이었는데...

땡볕 아래서 신기하게도 비냄새를 풍기는 여인을 만난 깅코. 그녀는 마을들을 돌아다니며 비가 언제 내릴지 점쳐주고 있었는데…

휘파람으로 새바람을 불러내 바람을 마음대로 조종하는 뱃사람, 이부키. 깅코는 그의 능력에 감탄하면서도 절대로 밤에는 휘파람을 불지 말라고 당부하는데.

한겨울, 다리를 다쳐 움직일 수 없는 깅코를 발견한 호이치는 그를 자신의 집으로 업어온다.

깅코는 호이치 가족의 호의로 기력을 회복하는데.

그러나 호이치 집 밖 풍경을 보고 깅코는 무언가를 깨닫게 된다.

산의 주인들이 봄에 눈뜰 날짜를 상담하는 소리를 들은 깅코는, 동면에서 깨어나 자신을 귀찮게 할 벌레를 피하고자 잠시 잠을 자기로 한다. 하지만 잠에서 깨어난 깅코의 눈앞에는 눈보라가 몰아치고 있었다. 이대로 가면 산에 갇혀 죽을지도 모르는 상황. 깅코는 이 사태를 해결하기 위해 산의 주인을 찾는데...

깅코가 재앙을 불러오는 이형의 아이라고 불리던 시절. 모두가 그를 꺼렸지만, 한 명의 충사는 오히려 그를 보듬어 주었다. 그 충사는 깅코에게 벌레에 대한 지식과 살아남기 위한 기술을 알려주었고, 깅코 역시 그를 따르며 오래간만에 평화로운 시간을 보내고 있었다. 하지만 산의 주인이 죽는 일이 발생하는데...

카오루는 자기 삶에 기시감을 느끼고 있었다. 폭우가 내리는 밤, 그의 집에 우연히 깅코가 방문하고, 카오루는 이 기시감에 관해 상담한다. 깅코는 카오루가 같은 시간을 반복하게 만드는 되돌이라는 벌레에게 붙잡힌 것 같다며 충사로서 조언한다. 과연 카오루는 반복되는 나날에 마침표를 찍을 수 있을까?

한밤중에 산속을 지나다가 길을 잃은 할머니를 발견한 깅코. 알고 보니 이 할머니는 저녁노을을 보면 어디론가 돌아가야 한다는 강박에 시달리고 있었다. 깅코는 할머니가 치매가 아닌지 의심하지만, 남편인 할아버지는 과거 자기 마을에서 한 소녀가 사라지고 기억을 잃은 소녀가 나타난 일이 있었다고 이야기하는데...

겐은 나이 많은 사람도 꿈쩍 못할 만큼 힘이 셌지만, 자기를 놀리는 친구들과 자주 싸우는 마을의 천덕꾸러기였다. 또한 겐은 남들에게는 보이지 않는 것, 벌레를 보는 능력도 가지고 있었다. 어느 날 겐이 사는 마을에 깅코가 들른 것을 계기로, 겐은 자기와 어머니 사이에 있었던 일에 관해 알게 되는데...

이즈미는 아무도 없는 텅 빈 집에 산다. 아무도 없는 것에 익숙해졌고, 때가 되면 밥이 나오고 간식도 먹을 수 있었다. 그리고 자기 인형을 숨기는 정체 모를 사람과의 놀이를 즐기며 시간을 보내고 있었다. 어느 날 이즈미는 자기밖에 없을 터인 이 집에서 자신을 찾는 낯선 남자의 모습을 보게 되는데...

깅코는 헤엄을 잘 치는 소년 유타에게서 이상함을 느낀다. 유타는 비 벌레에게 기생 당한 상태였고, 깅코는 유타의 상태가 악화하지 않도록 약을 처방한 뒤 상태를 지켜보기로 한다. 약의 힘으로 다른 사람처럼 평범한 모습으로 바뀌어 가던 유타였지만, 장맛비가 내리던 밤에 집을 나가 어디론가 가려고 하는데...

어느 마을에 번개가 자주 내리치는 나무가 있다는 소식을 들은 깅코는, 그 나무가 있는 집을 방문한다. 번개가 자주 내리치는 이유는 바로 벼락꾀기가 몸 안에 들어와 벼락을 불러내게 된 소년 레키 때문이었다. 깅코는 벼락꾀기를 레키의 몸 안에서 빼내려 하지만, 어머니의 반응에서 이상함을 느끼는데...

죽은 사람의 몸에 피어나는 벌레 송장초. 그것이 살아있는 사람들에게 피어 있는 모습을 본 깅코는 약을 만들어 사람들을 치료한다. 그러던 중 깅코는 한 남자의 몸에 송장초가 잔뜩 피어나 자란 것을 발견한다. 하지만 약을 써도 그 남자의 몸에 난 송장초는 떨어지지 않았고, 깅코는 그들의 이야기를 듣는데...

유능한 목수인 칸타는 여러 지방을 돌아다니며 일하고 있었다. 어느 날 칸타는 묘하게 생생한 꿈을 꾼다. 본 적이 있는 거대한 삼나무에 관한 꿈으로, 칸타는 그 삼나무를 찾다가 깅코를 만난다. 깅코에게 아는 척을 하며 기억할 리 없는 것까지 이야기하는 칸타의 모습에, 깅코는 문득 무언가를 떠올리는데...