외딴 산골에 사는, 신의 붓으로 그린 것을 모두 구상화시켜버리는 능력을 갖춘 그런 소년이 있다. 그 소년의 곁을 충사 깅코가 찾는다. 소년의 집에서 만난 소녀는 도대체 누구인가?

눈을 감았을 때 보이는 어둠 속의 빛. 그리고, 두 번째 눈을 감았을 때, 윗쪽에서 진짜 어둠이 내려온다. 두 번째 눈꺼풀에 사는 벌레가 빛을 빼앗으면 그곳엔 진짜 어둠과 빛의 강이 흐른다.

예지몽을 꾸게 하는 벌레에 사로잡힌 사나이. 인생마저도 희롱당하고 지칠 대로 지친 남자에게 더 기구한 운명이 기다리고 있었다.

산중을 이동하는 늪과 함께 살기를 바랐던 소녀. 불가항력으로서는 있을 수 없다는 것을 깨닫고, 소녀는 몸을 맡겼다.

조수에 막힌 외딴섬에서, 죽음과 재생을 반복하는 소녀. 생신으로 추앙받는 소녀가 보고 있던 건.

비가 온 뒤 하늘에 걸린다. 이상하게도 아름다운 빛의 묶음. 그것을 계속 쫓는 것을 자신의 인생으로 한 기구한 남자가 있었다.

깅코는 해안을 따라, 이상한 상황에서 아내를 잃은 남자를 만나게되고 바다를 가로질러 갈 운송수단을 기다리고 있다. 깅코는 남자의 사연에 흥미를 느껴 안개 속에서 어떻게 아내를 잃었는지에 대한 그의 이야기를 듣기로 결심한다. 후에 깅코는 그 기이한 사건을 일으킨 벌레에 대한 정보를 가지고 돌아온다.

천재의 때마다 풍년이 되는 마을에서는, 수확 후에 마을 주민이 목숨을 잃는다. 사람들이 두려워하는 조상의 저주에는 마을의 제주가 봉한 과거가 있었다.

갈고 닦은 자가 계속해서 괴질에 시달리는 불길한 벼루. 벌레의 화석으로 만들었다는 벼루의 수수께끼를 풀기 위해 직공을 찾은 깅코는 더 기구한 배경을 알게 된다.

영봉의 산허리에 뚫린 구멍. 그 기묘한 현상에 발을 산중으로 내디딘 깅코는 늙은 충사를 만난다.

늪가에서 살아가는 애꾸눈 여자를 우연히 만난 소년. 어느샌가 여자를 그리워하게 된 소년은 늪의 물고기 역시 애꾸눈임을 깨닫는다. 이 늪에는 무엇이...

그 깊은 계곡에 떨어진 사람은, 사람이라고는 부를 수 없는 것이 되어 돌아온다고 한다. 이 전승에는, 생물의 몸에 깃든 벌레가 영향을 주고 있었다.

대나무 숲에서 빠져나가려고만하면 왠지 제자리로 돌아가버리는 남자. 그 불가사의한 현상의 그늘에는, 남자의 아내가 있었다.

얼어붙은 설산에 싹튼 초목. 현혹과 혜택을 주는벌레에 이끌려 인간은 벗어나기 어려운 잠의 구렁텅이로 유혹되어 간다.

깅코는 여행 도중 어머니가 기억을 잃어가고 잠을못잔다고 하는 뱃사공을 만난다. 사요는 기억을 먹는 '그림자 영혼'이라는 벌레에 기생되고 있었다. 기억을 다 잃지 않기 위해 실종된 남편을 찾아 떠나는 모녀지만 남편은 다른 마을에서 새로운 가족을 만들고 있었다. 이윽고 그런 기억은 거의 사라져 버린다.

깅코는 고치에서 편지를 받지만 그 편지는 그에게 오는 것이 아니라 아야라고 불리는 누군가에 대한 것이기 때문에 이 오래된 지인을 만나러 간다. 깅코는 5년째 갇혀지내는 언리를 찾아 헤매고 있는 아야를 걱정한다.

산기슭에 있는 작은 마을 출신인 카이는 아버지의 반대를 무릅쓰고 화가가 되기 위해 다른 마을로 도제로 들어간다. 그런데 옷 안에 그려둔 그림을 선생님이 보게 되고, 인정받아 화가로서 일을 시작하게 된다. 그러다 물감 값을 위해 자신의 겉옷을 전당포에 맡기게 된다. 누나가 직접 만들어준 선물이기에 금방 되찾아오려고 했지만, 막 인정받기 시작하면서 매진하다 옷에 대해 잊어버리고 만다. 그림에 재능을 보인 카이는 노력 끝에 화가로서 유명세를 떨치게 된다. 그러다 건강 문제로 일을 쉬는 사이에 십년 넘게 소식도 끊고 살았던 고향으로 가보기로 한다. 그러나 그의 고향 마을은 3년 전 일어난 지독한 산사태로 거의 폐허나 다름없이 변해 있었다.

산을 넘던 깅코는 나무 정상에 주저앉아 기억을 잃은 여자를 줍는다. 그 여인은 깅코의 도움으로 마을로 돌아가지만 괴이하게 만난 벌레의 영역으로 끌려갔다. 방황하는 여자의 연인에 대해, 여인을 남에게 돌려주기 위해 깅코가 제시하는 방법이란....…

문자의 바다에 빠지듯 살아가는 그녀의 이름은 단유. 벌레에게 몸을 침식당하지만 벌레를 사랑하면서 살아간다.

기병에 걸린 아이를, 어머니는 걱정한다. 비록 그것이, 인간과는 동떨어진 모습으로 태어난 것이어도.

잃어버린 생명을 살릴 수 있는 기묘한 모습을 지닌 섬. 어느 땅에서는 죽은 자도, 남겨진 자도 재회를 믿으며 어두운 해연에 몸을 내맡긴다.

말을하면 인간조차 녹슬어버리게 만드는 기괴한 목소리 때문에 입을 닫은 소녀. 조사를 시작한 충사 겅코는 거기서 벌레의 개재를 본다.

산에 불을 붙여라. 풀숲을 태워라. 재앙의 뿌리를 뽑아야 한다. 야산을 침식한 이형물을 사람들은 증오하고 두려워했다.

희귀한 꽃의 힘에 의해, 빛을 얻은 맹목의 소녀. 그 눈은 누구보다도 먼 곳을 바라본다. 보일 리 없는 당신까지.

땅에서 땅으로 계속 흐르는 사람들이 있었다. 그들에게 길을 알리는 것은 광맥. 생명의 소리가 흐르는 빛의 강. 그들은 남모르는 것을 안다.