ロイミュードを撲滅し、ベルトさんが進ノ介のもとから去って数日。世の中には、平和な日々が戻っていた。特状課の片づけに戻った進ノ介だったが、最後にもう一つだけ気になる事件の捜査を始めていた。1年半前にグローバルフリーズが起きた日、相棒の早瀬刑事と追っていた反政府組織･ネオシェード。奴らがまた動き出したのだ。実は1ヶ月ほど前にもネオシェードとロイミュードのつながりを突き止めていた進ノ介。ところがロイミュードが滅んだ今になっても、ネオシェードが動く理由とはいったい何なのだろうか? その謎の鍵は、奴らが盗み出した不思議な物体が握っていた。それは眼魂 (アイコン) と呼ばれるものだった―。