胸にコブラマークがある何者かに毒を打たれた戦兎は、人体実験の夢に再びうなされる。その記憶の中で新たに思い出したのは、パンドラボックスの一面のパネルが人体実験場所にあったこと。目覚めた戦兎はパンドラボックスが敵組織・ファウストにつながると察知して、美空にスカイウォールの惨劇に関する情報を集めるよう依頼する。一方、龍我は自分の冤罪を晴らす手がかりとなる鍋島の家族の保護に向けて西都に到着する。無事に鍋島の妻と子供を保護したかに見えた龍我たちの前にファウストが現れて―――。

Sento confronts Owner on his involvement with Faust. Sawa finds a lead on Sento's elusive past.

龍我が成分を戻したことで、戦兎の過去を知る立弥がふたたびスマッシュに変わってしまった。命を脅かしかねない龍我の行動に憤怒する戦兎。拳を交えたケンカを始めた２人を止められる者はいない。仕舞いには龍我がビルドドライバーを使い変身をしようとして―――。

立弥の証言によって、葛城巧殺害の容疑は、龍我から一転して戦兎にかかる。記憶のない戦兎と同じ顔をした人物である“佐藤太郎”が、事件の日に葛城の部屋を訪れていたことが明らかになったのだ。事実を知った龍我は気が気ではない。今まで自分を匿っていた男こそが真犯人かもしれないからだ。戦兎を問い詰める龍我と、龍我の口撃をかわす戦兎。そんな２人に石動がある提案をする。

「だったら調べてみりゃいいじゃねえか、葛城巧を」

２人の葛城巧に関する捜索が始まる。やがて、葛城巧を知る鍵が北都にあることが判明して―――。

葛城巧こそファウストを作った張本人。

ブラッドスタークが告げたその言葉に戦兎と龍我は凍りついた。葛城巧の殺害事件には大きな力が働いているかもしれない。そして、それには記憶を失った戦兎自身が関わっている可能性があるからだ。手がかりは葛城巧が母親に託したと思われるデータ。２人は巧の母親と話すなかで、そのデータの存在が確かなものだということを知る。そのデータの在り処をめぐって、再びビルドとファウストの衝突が始まって―――。

葛城巧の母親から託されたデータにはPROJECT BUILD（プロジェクトビルド）というファイルが隠されていた。そこには葛城巧の研究データの全貌があり、ビルドドライバーのシステムについての説明をする葛城自身の姿が映っていた。ファウストの創設者である葛城がビルドを作っていたという事実は、何を意味するのか？　ビルドという「兵器」とも「正義」とも呼べる存在を巡り、戦兎と龍我が対立を深めて―――。

東都先端物質学研究所の研究員の裏切りにより、ビルドが研究所から離れた場所におびき出された隙に、驚くべき作戦が実行されようとしていた。ファウストによるパンドラボックス強奪作戦だ。東都の首相補佐官であり、ナイトローグというファウストを統率する立場でもある氷室幻徳の指揮のもと、ブラッドスタークによって作戦は遂行される。戦兎から連絡を受けた龍我も研究所に向かうが、その前にはスマッシュが立ちはだかる。一方、戦兎には研究所員が遺した言葉が引っかかっていた。

「葛城巧は生きている―――」

未だ正体不明のファウストの刺客。彼こそが葛城なのではと疑った戦兎は、パンドラボックスを奪い去ろうとするブラッドスタークにその疑問を投げかけて―――。

ファウストにパンドラボックスを奪われた上、ほとんどのフルボトルも奪われてしまったビルド。それでもナイトローグは戦いの手を緩めることなく、残りのボトルも狙ってくる。手元に残されたのはロックボトルとドラゴンボトル。ビルドが変身できるのはキードラゴンフォームだけだ。ただし、ドラゴンボトルのパワーは強大でベストマッチのロックボトルで制御しても戦い続けることは不可能だった。八方塞がりと思われる状況の中、戦兎がひとつの可能性に触れる。それによると、万丈がクローズドラゴンとシンクロできれば、ビルドドライバーで変身できるというのだが―――。

紗羽は難波重工のスパイだった。軍事兵器としての“仮面ライダー”のデータを集めていたというのだ。紗羽の情報から、難波重工とファウストとのつながりを知った戦兎たちは、パンドラボックス奪還に動きだす。その戦いの中で、新しいベストマッチを実現するビルド。一方、ファウストと東都政府とのつながりが明るみに出ることを恐れた幻徳は、予想もしない行動に出て―――。

鍋島からの電話に戦兎の表情が曇る。鍋島が語ったのは万丈に殺人の罪を着せた黒幕の存在だった。戦兎は誰にもその正体を告げることのないまま、地下の秘密基地に閉じこもる。一方、幻徳はパンドラボックスを奪い去ったブラッドスタークと対峙していた。パンドラボックスを見つけ出せば、北都や西都に対して優位を保てるからだ。ボックスの在り処を問い詰める幻徳に、スタークは驚きの提案をして―――。

万丈龍我に殺人の罪を着せたとされたブラッドスターク。戦兎は、そのスタークの正体が石動惣一だと見破った。ボトルとパンドラボックスを奪って逃げた惣一を追いかけながら、戦兎の脳裏に過るのは惣一と過ごした日々だった。仮面ライダービルドとブラッドスタークとしてもう一度対峙する二人の間には、悲壮に満ちた雨が降り注いで―――。

氷室幻徳から告げられた言葉は耳を疑うものだった―――！

戦兎こそが「悪魔の科学者」であるという事実は、その心をひどく落ち込ませた。人体実験を繰り返し、スマッシュという怪物を創り上げた張本人が自分自身だったのである。突然の罪悪感を感じ始める戦兎。一方、龍我も黙ってはいない。自分の恋人を亡き者にした技術を創り出した科学者が戦兎だと知り、いてもたってもいられない。龍我は戦兎を呼び出し「俺と戦え」と告げて―――。

ついに戦争が始まってしまった。

首相代理の座を利用して北都を煽った幻徳の策通り、北都がその牙を剥いたのだ。東都政府はすぐに仮面ライダーを軍事兵器として起用するという発表を下す。

「戦争の道具になるつもりはない」

戦兎の言葉には悲壮感が漂っていた。なぜなら、この戦争を巻き起こした理由の一端を、仮面ライダーやスマッシュを創った葛城巧こと戦兎自身が担っているからだ。果たして、戦兎が下す決断とは―――？

間違いなく戦争の兵器になると言われたスクラッシュドライバー。そのドライバーで変身したクローズとグリスが死闘を繰り広げた。ビルドとクローズでかかったとしても、グリスの戦闘能力がそれを上回っているのが現状だ。このままでは東都は北都に攻め込まれ、パンドラボックスやすべてのフルボトルを奪われかねない。どうすればグリスに勝てるのか？　戦兎は葛城巧が残した「PROJECT BUILD」のデータベースの中に隠しコマンドを見つける。コマンドを開けない戦兎に幻徳は、かつて葛城が創ってしまったという“禁断のアイテム”の存在を告げて―――。

ブラッドスタークから戦兎に“禁断のアイテム”と称されるハザードトリガーが渡された。暴走する龍我を止めるには、トリガーを使ってパワーアップを図るしかない。しかし、ハザードトリガーが“禁断”と呼ばれる所以はその副作用にあった。一定の時間を超えると自我を失い、目の前のものすべてを壊す破壊兵器になってしまうというのだが―――。

禁断のアイテム“ハザードトリガー”を使った戦兎は、真っ黒いビルド＝ハザードフォームへと変身を遂げた。トリガーを開発した葛城巧の遺した言葉通りならば、ハザードフォームで戦いを続けると、自我を失ってしまう。そしてその通り、龍我を止めるために使ったアイテムが、戦兎自身に牙をむく！　ビルドが戦闘中に意識を失ってしまったのだ。三羽ガラスとのバトルを終えた戦兎の目の前には、信じがたい景色が広がっていて―――。

泰山（山田明郷）ら三都の首相が見守る中、戦兎（犬飼貴丈）はビルドラビットタンクに変身。一海（武田航平）はグリスに変身し、ついに東都と北都の運命を決定するライダーの一騎打ちが開始される。

　序盤ビルドはブラッドスタークから手に入れた北都のボトルを駆使し、次々にビルドアップ。グリスは初めて体験するビルドの攻撃に圧倒される。

　ビルドがそんな攻撃を繰り出すのも、“禁断のアイテム”ハザードトリガーを使わないようにするため。しかし、万が一ハザードトリガーを使うようなことになったら…と、決戦を前に戦兎は美空（高田夏帆）に“あるもの”を託していた。戦兎が開発した“あるもの”とは!?

代表戦に勝利した戦兎（犬飼貴丈）のもとに、氷室首相（山田明郷）から西都が北都を制圧したとの連絡が入る。一海（武田航平）らも戦兎らと東都政府へ急行。西都の御堂首相（冨家規政）が東都へ宣戦布告する映像を見守る。さらに御堂は一海の農場をガーディアンらが占拠、仲間たちを拘束する映像を公開する。

そこへ仲間を救出しようと黄羽（吉村卓也）が現れた。黄羽はオウルハザードスマッシュに変身、ガーディアンを蹴散らすが、突如二人の男たちが現れ「潤動」の言葉とともにリモコンブロス、エンジンブロスに変身。あっさりとオウルを倒し人質にとると、映像を通してグリスに西都の兵器になれ、と迫る。

黄羽や農場の仲間たちを救うため行動を開始する一海と赤羽（栄信）。戦兎らも同行したいが、自分たちが行けば侵略行為とみなされ東都を攻撃する口実を与えてしまう。戦兎は黄羽を連れて東都へ戻ってきてくれ、と一海に頼む。戦兎たちは北都で戦うことができないが、敵が東都に踏み込めば防衛手段として一緒に戦うことができる。

「俺たちだって黄羽を救いたい気持ちは同じだ！」

それが戦兎の思いだった。

仮面ライダーローグの正体は元・東都政府首相補佐官である氷室幻徳だった。東都から追放された幻徳は難波重工を頼り、そして西都の仮面ライダーになっていた。「地獄を経験した」と語る幻徳の身に一体何があったのだろうか？　一方で、戦兎の悩みは深くなるばかりだった。「戦争の終結」を期待するたびに、また新しい戦いが幕を開ける。背負ってしまった運命の皮肉さに落としかけた肩を支えてくれるのは、同じ境遇にある美空だった。ところが、戦兎の想いを汲んだ美空の身体に急に異変が起こって―――。

東都と西都の代表戦の行方は、仮面ライダービルドと仮面ライダーローグの直接対決に委ねられた。戦況はビルドが有利。戦兎が新戦力であるラビットラビットフォームでローグを圧倒したのだ。ところが、紗羽の裏切りによってラビットラビットフォームのデータが西都側に渡っていた。次第にローグはラビットラビットフォームを攻略し始め、戦況が変わっていく。さらに紗羽は自分が裏切り、西都にデータを渡したことを龍我と美空に告白する。紗羽の狙いとはいったい何か―――？

代表戦の決着により、ようやく戦争が終わる―――。

誰もがそう思っていた。しかし、戦争は終わらなかった。それどころか、状況は悪化の一途をたどる。難波重工と結託したブラッドスタークが遂に本格的に活動を始めたのだ。東都が所有していたボトルのうち１０本をそろえたスタークはパンドラパネルにボトルを挿入し、パンドラボックスを起動し始める。やがてスカイウォールが動き始め、予想を超える現象がビルドたちの目の前で巻き起こって―――。

『火星の王妃・ベルナージュ』と名乗る美空の身体に憑依した意志は、一瞬にして仮面ライダーたちを戦闘の場から避難させた。そして、彼女の口から、万丈に対して気になる言葉が飛び出す。

「お前が希望になる……」

パンドラボックスを取り戻すために再びスタークのもとへ向かう戦兎の戦いの一方で、ベルナージュの言葉を裏付けるように万丈に関するとんでもない事実が発覚して―――。

万丈龍我は人間じゃないかもしれない……。

紗羽の言葉に美空が凍りついたとき、当の本人はパンドラタワーの中でローグとのバトルに身を投じていた。ローグによって語られるのは、龍我の恋人だった香澄に人体実験を施した目的だった。その裏には、ブラッドスタークによる思惑があったというのだ。龍我が人間でないことと関係しているのか？　やがて、スタークのもとに辿りついた戦兎たち仮面ライダーは、パンドラタワーを操るスタークによって翻弄される。その時、龍我に異変が起こって―――！