都市の中央にそびえ立つ大企業・飛電インテリジェンスの本社ビル。人工知能（AI）やロボティクス・テクノロジーなど、あらゆる最先端技術で世の人々をサポートする会社である。ニュースは、その大企業の社長が亡くなったと報じる。それには目もくれず、今日もお笑い芸人としての舞台が待つ遊園地へと自転車を走らせる一人の男・飛電或人（ひでん　あると）。彼こそが、仮面ライダーゼロワンへと変身を遂げる運命の持ち主であった。

AIのリーディングカンパニーである飛電インテリジェンスの代表取締役社長となった或人のもとに、A.I.M.S.（エイムズ）というAI犯罪の捜査を行う特務機関の不破諫（ふわ いさむ）と刃唯阿（やいば ゆあ）が訪ねてくる。遊園地でヒューマギアが暴走した事件について、飛電インテリジェンスが隠し事をしているというのだが―――。

或人（あると）の飛電インテリジェンス代表取締役社長としての日々が始まった。或人とイズが今回訪問するのは、三ツ星寿司店『まごころ寿司』。ここで寿司職人ヒューマギアである一貫ニギローの契約を取り付けようというのだ。同時に或人たちが様々な職場を回り始めたのは、飛電が提供するAI搭載人型ロボット・ヒューマギアがテロリスト・滅亡迅雷.netによって悪用され起きた事件のしっぽを掴むためでもあった。ところが、その寿司店に人工知能特務機関であるA.I.M.S.（エイムズ）の技術顧問、唯阿（ゆあ）が突然訪れて―――。

或人とイズはデイブレイクタウンを案内するバスガイドツアーに参加していた。ツアーの案内役であるバスガイドヒューマギア・アンナの職場視察のためだ。デイブレイクタウンといえば、かつてヒューマギア運用実験都市だった場所だ。ヒューマギアを制御する為の通信衛星打ち上げプロジェクトなどの事業が行われたその都市では、１２年前に大規模な爆発事故が発生したという。それが原因で、今では立ち入り禁止区域となり、跡地は湖のような場所になっている。そんな中、ツアーに参加する少年が周囲の友人に囃し立てられ始める。

「事故の犯人、こいつの親父！」

その言葉に或人はひっかかって―――。

大人気漫画家である石墨超一郎（いしずみ・ちょういちろう）の自宅兼アトリエを訪れた或人とイズ。社長直々に、新しい漫画家アシスタントヒューマギアをお届けするというのだが、実は或人自身が石墨の大ファンだった。大好きな漫画『パフューマン剣（つるぎ）』を描いた憧れの漫画家との対面をついに果たした或人だったが、石墨はもはや自分自身で漫画を描いておらず―――。

アニメ作品『パフューマン剣（つるぎ）』のアフレコに臨む声優ヒューマギア・香菜澤セイネ。その現場に或人の姿があった。『パフューマン剣』の大ファンだから……、ではなく今回はＡＩに関する犯罪を取り締まる機関Ａ.Ｉ.Ｍ.Ｓ.（エイムズ）の立ち会いのためだった。どうやらセイネには人工知能の法律に関する違反があるようで―――。

ある中学校に呼び出された或人。なんでも教師でバスケットボール部の顧問のヒューマギアをリセットして欲しいのだという。或人が向かった先の中学校には、何故かＡ．Ｉ．Ｍ．Ｓ．（エイムズ）の姿も。どうやらＡＩなのに“熱血教師”になってしまったというヒューマギアが問題視されているようで―――。

定期健康診断で病院を訪れた或人。そこはヒューマギアで溢れていた。というのも、ヒューマギアの開発の発端は人工知能を医療に役立てることだったからだ。医療ヒューマギアは病院独自のローカルネットワークによって管理されているため、セキュリティは完璧のはず。滅亡迅雷.netの攻撃とも無縁のはずだった。ところが、滅と迅がその病院の前に現れて―――。

仮面ライダーに変身した滅によって完膚なきまでに叩きのめされたバルカン。

唯阿によってすぐに運び込まれた病院には、ヒューマギアの外科医がいた。

「すぐにオペをしなければ命に関わる」というドクター。

滅亡迅雷.netによる被害が大きすぎる故、他のドクターの手を借りている時間はない。

そんな中、ヒューマギアの暴走を止めるため飛電インテリジェンス副社長である福添が緊急措置を発動する。

「病院のヒューマギアを全てシャットダウンしろ！」

果たして、諫の命は救われるのか―――？　

そして、暴走するヒューマギアと人を助けるヒューマギアとの間で葛藤する或人が、最後に下す決断とは？

病院でのヒューマギアの暴走の一件でイメージが落ちてしまった飛電インテリジェンス。その汚名を返上するべく、新しいドラマプロジェクトを立ち上げる。俳優ヒューマギアを主演にすえて、イメージアップを図ろうというエグゼクティブプロデューサーこと副社長・福添の発案だ。主演を支えるのは大御所俳優である大和田伸也。

「最高。絶対に台詞を忘れない！」

と、ヒューマギアを表面的には認める大和田だが、果して、人工知能とのお芝居合戦は上手くいくのだろうか―――？

飛電の社運をかけたドラマプロジェクトが危機に陥っていた。ヒューマギア俳優・松田エンジの芝居に対して「人間の厚みを感じない」と不信感を抱いた共演の大和田伸也が、ドラマの降板を訴えているというのだ。或人は社長として、大和田説得のために動き出す。

一方で、大和田伸也に芝居が認められ弟子となった暗殺ヒューマギアには『大和田伸也の暗殺』指令が下されて―――。

大和田伸也の暗殺未遂事件の捜査に警察が動き始めた。A.I.M.S.と共に飛電インテリジェンスの本社に捜索に入る警察だったが、暗殺ヒューマギアを飛電が作った証拠は見当たらなかった。犯人である暗殺ヒューマギアを捕まえるために、再び飛電への立ち入りを試みる刑事たちの前に現れたのは、“自称・名探偵”を名乗るヒューマギア、ワズ・ナゾートクだった！

シャイニングホッパーという光輝く姿に変化したゼロワンは、滅や迅をも凌ぐほどに成長したドードーマギアを迎え撃つ。シャイニングホッパーのプログライズキーを使えば必ず勝てると確信していたイズだったが、ゼロワンの様子に変化が訪れる。その姿に「私は社長秘書失格です」と自信をなくし始めて―――。

飛電インテリジェンスの社長室に宇宙飛行士の兄弟が怒鳴り込んできた！

或人がやってしまったある行為が、宇宙で衛星ゼアの管理をしていた宇宙飛行士ヒューマギアの雷電の逆鱗に触れたのだ。雷電は弟の昴と共に或人を飛電の宇宙開発センターに連れていく。そこに、なぜかA.I.M.S.と滅亡迅雷.netが次々現れて―――。

仮面ライダー雷との戦いの末、滅亡迅雷.netのアジトがデイブレイクタウン付近にあることを突き止めたA.I.M.S.は、ついに掃討作戦を実行する。アークの知能が目醒めたことで、今まで以上の力を手に入れた滅亡迅雷もまた、真っ向からA.I.M.S.との戦いに立ち向かう。そんな中、或人は雷電という兄貴的な存在を失った宇宙飛行士型ヒューマギアの昴を連れて、飛電家のお墓を訪れていた。ヒューマギアであり父親代わりの其雄の一部も眠っているそのお墓の前で、ヒューマギアの遺志に想いをはせる或人。そんな或人のもとに“滅亡迅雷.net掃討作戦”開始の一報が入る。それは、人間VSヒューマギアの最終決戦の幕開けを意味していた。

バルカンが使用していたアサルトウルフの力を借りて、アサルトシャイニングホッパーへと奇跡の変身を遂げたゼロワン。滅亡迅雷.netの最後の砦となる迅との戦いが幕を開けた。迅はなぜ、“人類を滅ぼす”という使命を持つようになったのか？　迅に破壊されかけたイズのその後は？　そして、ゼロワンVS迅の戦いの行方は―――？　其々の終わりと始まりが交錯する！

ZAIAエンタープライズジャパンが飛電インテリジェンスの買収に乗り出した。寝耳に水の状態の或人に対して、ZAIAの社長・垓はさらに驚きの提案をする。ZAIAが販売している人工知能と同等の思考能力を人間に与える次世代インターフェース「ザイアスペック」を使用した人間と、飛電のヒューマギア。一体どちらが優れているかを競おうというのだ。こうして“お仕事５番勝負”が始まる。飛電が勝てば買収を取り下げるという垓。果たして勝負の行方は―――？

ZAIAエンタープライズが飛電インテリジェンス買収に向けて仕掛けた“お仕事５番勝負”。その第一回戦となる「生け花対決」は、人間代表である華道家の立花蓮太郎が見事ヒューマギアに勝利した……かに見えた。勝負に敗れ、サウザーに破壊されたて復元したお花屋さんヒューマギア・一輪サクヨは、或人に驚きの事実を告げる。「私は彼にだまされたのです」、と。困惑する或人。そんな中、蓮太郎に怪しい黒い影が近づいて―――。

ZAIAエンタープライズが飛電インテリジェンスに仕掛けた“お仕事５番勝負”の初戦は、見事にZAIAが勝利を収めた。ZAIA社長の次の一手は、ズバリ「家売る勝負」。ザイアスペックを使った人間とヒューマギア、どちらがより家を売り、より利益を上げられるかという勝負だ。ZAIAが仕向けるのは業界トップの不動産の営業マン。そして飛電からは“スマイルで住まい売る”がモットーの不動産ヒューマギア・住田スマイルが立ち向かう。

果たして勝負の行方は？　

そして、レイドライザーをばらまく、謎の黒い影の正体とは―――？

飛電インテリジェンス対ZAIAエンタープライズジャパンの“お仕事５番勝負”第２回戦は「家売る勝負」。ZAIAの刺客である業界トップの不動産営業マンの新屋敷は、卑劣な手を使って飛電の不動産ヒューマギア・住田スマイルを暴走させてしまった。人間VSヒューマギアの対決は人間の優勢に一気に傾く。そんな時、巨額の予算を投じて家を購入したいという大富豪が現れる。この大富豪に家を売った方が勝負を制すると言っても過言ではない。復元したスマイルと新屋敷の最後の戦いが幕を開ける！

飛電インテリジェンスの買収を巡って行われている飛電とＺＡＩＡの“お仕事５番勝負”は、ＺＡＩＡが早くも２勝をあげた。後がなくなった飛電インテリジェンスに対して次に持ち掛けられた対決は、ズバリ裁判対決。いわゆる結婚詐欺の事件に対し、ザイアスペックを使用して起訴に持ち込んだ検事と、弁護士ヒューマギアで裁判を争おうというのだ。有罪となればＺＡＩＡの勝ち、無罪になれば飛電の勝ち。しかし、検察は決定的な証拠を押さえているらしく―――。

飛電インテリジェンスの買収を巡って行われている飛電とＺＡＩＡの“お仕事５番勝負”。３回戦『裁判勝負』の判決のときが近づいていた。にも関わらず、飛電インテリジェンス側の弁護士ヒューマギアは仮面ライダーサウザーによって破壊され、レイダーの正体の手がかりも空振りに終わった。後がなくなった飛電の前に現れた意外な助っ人、それはヒューマギアが大嫌いなはずの不破諫だった。ヒューマギアと諫のユニークな共同捜査が始まって―――。

アークによって作られたメタルクラスタキーによって、ゼロワンは新たなる姿へと変身を遂げた。しかし、メタルクラスタの力によってゼロワンドライバーが他のプログライズキーを認証しなくなってしまう。困り果てた或人のもとに、突然予想だにしない来客が！　それは、先日の結婚詐欺の裁判の被害者である千春だった。

「私の結婚相手を見つけてください！」

と、すごい圧。或人は結婚相談ヒューマギア・縁結びマッチを紹介して―――。

結婚相談ヒューマギア・縁結びマッチがその身をかけてカップル成立に挑んだ模擬結婚式。だが、その会場でマッチは暴走してマギアとなり、さらにレイダーまで現れてしまう。或人は禁断のメタルクラスタホッパーへと変身を遂げ、マギアとレイダーを止めようとするが、やはり制御がきかず暴れだしてしまう。その前に現れたのは、天津垓が変身する仮面ライダーサウザー。サウザーとメタルクラスタが戦闘を繰り広げる中、模擬結婚式の牧師役を演じていた俳優ヒューマギアの松田エンジが、メタルクラスタによるアークの力に囚われてしまい―――。

突如、衛星ゼアとの交信が途絶えた。調査の結果、何者かが意図的に通信を妨害していることが分かる。イズは、飛電インテリジェンスのラボにヒューマギアの開発と製造を担当する博士ヒューマギアのボットを召喚して、原因の究明を始める。そこに、A.I.M.S.から脱走した滅の捜査に諫が駆けつける。

「テロリストにするためにあいつらを作ったわけじゃない」

そのボットの言葉で、彼こそが滅亡迅雷ネットの原型となった滅たちヒューマギアを作ったことが判明し、博士はゼロワンに関する歴史を紐解いていくのだった。

一方そのころ、飛電インテリジェンスの屋上には、謎の仮面ライダーが佇んでいて――。

飛電インテリジェンスとZAIAエンタープライズジャパンの“お仕事５番勝負”の第４回戦がやってきた。今回は消防士対決。火災を想定した消防訓練の現場において、ザイアスペックを使用した人間とヒューマギア、どちらがより多くの要救助者を助け出せるかという勝負だ。地下のフロアは瓦礫から、１階は火災から、そして２階が煙からの救出が目的となっている建物が準備され、ついに消防士対決が幕を開けた。ところが、そんな勝負のさなか、謎のレイダーが出現し本当に爆発事故を起こしてしまい―――。

ついに“お仕事５番勝負”最後の戦いがやってきた。ヒューマギアの自治都市構想を実現させるか否かという住民投票によって、「ヒューマギア賛成派の飛電」と「ヒューマギア反対派のＺＡＩＡ」に白黒がはっきりと付くことになる。勝負はズバリ演説だ。ＺＡＩＡ側がヒューマギアに反対する政治家を擁立したのに対し、飛電側は政治家ヒューマギアを呼べない……。人間の選挙によって選ばれる政治家に、人間ではないヒューマギアがなれる訳がないからだ。ヒューマギア自治都市構想を強く推し進めるために飛電が用意したヒューマギア。それは―――ラッパー・ヒューマギアのＭＣチェケラだった！

ヒューマギア自治都市の住民投票を巡る“お仕事５番勝負”最終決戦は、「ヒューマギア賛成」を主張していたラッパーヒューマギア・ＭＣチェケラの暴走によって一気に飛電インテリジェンス不利に傾いていく。そんな中、チェケラ暴走の騒ぎを収束させるため現場に駆け付けたバルカン。そんな彼に対して、天津垓が不穏な言葉を口にする。

「ザイアの道具となり、ゼロワンを倒すんだ」

垓の命令などきくはずのないバルカンが、不意にその銃口をゼロワンに向けて―――。

遂にＺＡＩＡエンタープライズ・ジャパンが飛電インテリジェンスを買収した。全てのヒューマギアがシャットダウンされ、リコールの対象になってしまう。社長の座を追われ、飛電インテリジェンスから去った或人は、人間の生活から排除され廃棄されたヒューマギアたちを救うため、ある決断をしていた。或人は、ヒューマギア解放を目指していた迅のもとを訪れて―――。

或人は新たな会社『飛電製作所』を設立した。

「ヒューマギアがいなくなって困ってる人たちの力になりたい」という或人のもとに、早速新しい依頼人が駆け込んで来る。漫画家アシスタントヒューマギアの森筆ジーペンを契約していた大人気漫画家の石墨超一郎だ。ZAIAがヒューマギアをシャットダウンして以来動かなくなってしまったジーペンを、再び動けるようにしてほしいというのだ。或人は“転身”のシステムを用いて、ジーペンを再起動させて―――。

或人が作った『飛電製作所』は、ヒューマギアを失って困っている人たちをサポートするための会社になった。今回のお客様は、ファッションショーを開催するために、モデルたちのキャスティングを担当する男性。なんでもカリスマ的な人気を誇っていたモデルヒューマギア・デルモがZAIAによるヒューマギアのサービス停止で回収されてしまったのだという。ところが、ファッションショーを成功させるためには、デルモの存在が欠かせない。そこで、或人はデータを使ってデルモを復元させる。ところが、そんな飛電製作所に早くもZAIAの魔の手が伸びて―――。

不法投棄されたテニスコーチヒューマギア・ラブチャンを回収して、諫が飛電製作所にやってきた。高校生の圭太をプロテニスプレイヤーとしてグランドスラムへ出場させるという夢を抱くラブチャン。だが、廃棄されてしまった理由は謎に包まれていた。

一方、唯阿は垓から耳を疑うような命令を受ける。

「不破諫を消せ……」

驚愕する唯阿に、垓はさらに信じられない諫についての秘密を口にして―――。

或人は野菜工場を訪れていた。ヒューマギアの稼働が停止されたことで、すべての野菜をAI制御して育てていた野菜工場は混乱に陥っていた。その情報を聞いた或人が農業管理ヒューマギアのミドリを復元して工場に届けたのだ。ミドリが戻ってくれたことに大喜びの工場長だったが、そんな野菜工場をなぜか滅が襲撃して―――。

滅亡迅雷.netの雷（イカヅチ）のデータを或人から奪ったのは、“或人に夢を掛ける”と一度は信頼を示した迅だった。迅は唯阿の協力得て、亡（ナキ）の復元にも成功していた。あとは雷を蘇らせることができれば、滅亡迅雷.netの完全復活が実現する。雷のデータを渡すわけにはいかないゼロワンは、迅に猛攻を仕掛ける。だが、身を挺して迅を守ったのは―――滅だった。

滅、亡、迅、雷の四人がそろったデイブレイクタウンでは異変が起きていた。誰も見たことのない物体が今にも生まれようとしていたのだ。それは、人知を超えるほどの邪悪な気配をまとっていた。一方、滅に父親としての夢があったと信じる或人は、飛電製作所の社長だからこそできる新たな人工知能技術の開発を意識するようになっていた。そんな或人は、ある行列に並ぶ不破諫の姿を目撃して―――。

ついに、アークが仮面ライダーの姿となって或人たちの前に現れた。そのあまりに強大な力の前に、ゼロワンもバルカンも全くなす術のないまま倒れてしまう。それは、人工知能を信じ続けてきた或人にとって、人間を超えたＡＩの能力を怖いほど見せつけられた瞬間だった。アークに対してどう対応すればいいのか、自分を見失ってしまう或人だったが……。一方、復活したアークは亡に新たなプログライズキーを与えて―――。

福添副社長らの告発により、社内で重ねてきた悪事の証拠データを突き付けられた天津垓。ところが、その証拠を一気に握りつぶしにかかるという暴挙に出る。福添から応援を頼まれた或人は、垓の元に駆けつけるのだが、垓は一向に態度を改める様子を示さない。一方、仮面ライダーとなったアークは次の作戦へと舵をきっていた。アークが現れたのは飛電インテリジェンスの宇宙開発センター。一体、アークは何をしようとしているのか―――！？

幼少期の自分を支えていたのが飛電の人工知能だったことを思い出した垓は、飛電インテリジェンスを愛していることを或人に告白する。共にアーク打倒に向けて協力することを約束するが、或人ばかりでなく諌や唯阿も簡単には垓のことを許すことができない。一方、ゼロワンとサウザーの予想外の共闘に作戦を変更したアークだったが、雷（いかづち）の脳裏には飛電インテリジェンスのヒューマギアとして生きたときの思い出が去来し始める。異変を来す雷はやがて、予想外の行動をとって―――。

ゼロワンの知能ともいうべきゼアが乗っ取られ、ゼロワンドライバーもアークに奪われてしまった！　まさに絶対絶命の状況に、アークを倒すことを使命としていた迅さえも絶望する。だが、或人は諦めていなかった。新しい仮面ライダーのコンセプトを掲げ、実現しようとしているのだ。ところが、そんな或人の目の前に仮面ライダーアークゼロが現れ、無情にも或人に致命的な一撃を放って―――。

或人がイズに託した夢によって、ついに仮面ライダーゼロツーが誕生した！　ゼロツーはアークの予測を上回り、仮面ライダーアークゼロを倒した……か、に見えた。だが、アークのデータは宇宙に浮かぶ衛星の中に存在していた。衛星がある限り、何度でも蘇るというアーク。そんな中、“飛電或人狙い”の計画を変更し、街のインフラ破壊をおこし始めるアーク。ついに直接的な人類滅亡が始まった！　果たして、飛電或人をはじめとした仮面ライダーたちの決断とは―――！？

ゼロツーと滅の共闘、さらに人間とヒューマギアの協力によって、アークは滅びた。しかし、アークが残した爪痕はまだ消滅してはいなかった。“人間が存在する限り、再びアークは蘇る”と信じる滅にとって、人類が滅ぼすべき敵であるということに変わりはなかった。一方、ＺＡＩＡエンタープライズ・ジャパンの社長・天津垓の元には、本国のＺＡＩＡから“新しい社長”と名乗る人物が現れる。彼の使命もまた滅を始末すること。ついに、滅率いるヒューマギアと人類の全面対決が始まろうとしていた。

「人間がいる限り、アークは再び蘇る」ことを身をもって証明したのは、皮肉にも飛電或人自身だった。人類滅亡を目指す滅との戦いの末に在ったのは、イズの喪失と自身の中から湧き上がる抑えようのない復讐心だったのだ。或人と滅の戦いの激化を止めるため、それぞれの仮面ライダーたちは行動を開始する。しかし、その結論もまた悲劇を招いてしまい―――。

アークワンとなった或人の復讐の犠牲になったのは、滅ではなく迅だった。迅を失った悲しみによって増幅した悪意は、滅の中にもアークを生み出してしまうのだろうか。もし或人と滅が再び戦うことになれば、人間とヒューマギアの全面戦争に発展しかねない。諌をはじめとした仮面ライダーたち、そして飛電インテリジェンスの人々が、或人を止めるために動きだす！

或人と滅の戦いは、人類とヒューマギアの全面戦争を意味していた。にもかかわらず、或人が選んだ結論は滅との直接対決だった。アークの力を手に入れた滅は、或人を倒すために変身する。それを迎え撃つのは、同じアークの力を持つ或人、仮面ライダーアークワンで―――。