화성 탐사 귀환 기념식에서 화성에서 가져온 의문의 상자 판도라 박스가 빛을 뿜더니 벽이 생기며 나라가 동구, 서구, 북구, 이렇게 셋으로 갈라진다. 그로부터 10년 뒤 동구에서 스매시라고 불리는 괴인이 사람들의 생명을 위협한다. 그런데 스매시로부터 사람들을 구하고, 판도라 박스에 숨겨진 수수께끼를 쫓는 물리학자가 있다. 그의 이름은 키류 센토. 사람들은 그를 가면라이더라 부른다.

탈옥범 반죠 류우가를 데리고 도망친 키류 센토. 정의의 사도였던 가면라이더는 한순간 지명수배자가 돼버린다. 키류 센토는 반죠 류우가가 살인범이 되게 된 자초지종을 듣는다. 반죠 류우가가 과학자 카츠라기 타쿠미를 찾아갔을 때 카츠라기 타쿠미는 이미 죽어 있있고 때마침 경찰이 들이닥쳤다는 것. 뭔가 음모가 있다는 걸 느낀 키류 센토는 카츠라기 타쿠미 살인사건을 좀 더 파헤치기로 한다.

키류 센토와 반죠 류우가는 반죠 류우가의 여자친구 오구라 카스미를 이용해 반죠 류우가를 살해현장에 보낸 것도, 스매시 인체실험실에 데려가기 위해 교도소에서 반죠 류우가를 기절시킨 것도 나베시마 마사히로란 인물이란 사실을 알아낸다. 그런데 그의 이력서에 적힌 정보는 모두 가짜였다. 이때 이스루기 미소라가 자신의 정보력을 이용해서 나베시마 마사히로의 연락처를 알아낸다.

"가슴에 코브라 문양이 새겨진 괴인에게 독을 맞고 정신을 잃은 키류 센토는 기억의 단편 속에서 판도라 박스의 패널이 인체실험실에 있었다는 걸 떠올린다. 판도라 박스가 파우스트란 악의 조직과 연관있다는 걸 깨달은 키류 센토는 이스루기 미소라에게 스카이 월의 비극에 관한 정보를 수집해 달라고 부탁한다.

한편, 반죠 류우가는 자신의 무죄를 증명할 나베시마 마사히로의 가족을 보호하기 위해 서도에 도착한다."

"키류 센토는 파우스트가 동구 첨단물질학 연구소에서 훔쳐간 판도라 박스의 패널을 카페 아지트에서 발견하고 왜 이스루기 소이치가 그 패널을 갖고 있는지 추궁한다. 이에 이스루기 소이치와 이스루기 미소라는 자신들과 파우스트 사이에서 무슨 일이 있었는지 밝힌다.

한편, 타키가와 사와는 키류 센토의 과거를 아는 인물을 찾아내는데…"

" 키시다 타츠야를 다시 스매시로 되돌려 파우스트의 아지트를 밝혀내려는 반죠 류우가. 하지만 작전을 실패로 돌아가고 결국 위기에 빠진 반죠 류우가를 키류 센토가 구출한다.

키류 센토는 키시다 타츠야의 생명을 위험에 빠뜨릴 수 있는 반죠 류우가의 행동에 분개하고 결국 두 사람은 몸싸움까지 하게 된다."

"카츠라기 타쿠미의 살해범으로 쫓기는 반죠 류우가는 ‘네가 살인범이 아니냐’며 키류 센토에게 따진다. 하지만 키류 센토는 아무것도 기억하지 못한다. 결국 두 사람은 진실을 밝히기 위해 먼저 카츠라기 타쿠미란 인물에 대해 조사하기로 한다.

키류 센토는 카츠라기 타쿠미는 금기의 실험을 하고 해고당했으며, 카츠라기 타쿠미의 연구 데이터를 그의 어머니가 갖고 있을 거란 사실을 알아낸다."

카츠라기 타쿠미의 어머니를 만나기 위해 북구로 간 키류 센토와 반죠 류우가는 카츠라기 타쿠미의 연구 데이터가 동도의 어떤 장소에 숨겨져 있다는 걸 알게 된다. 두 사람은 카츠라기 타쿠미의 어머니 차에 몸을 숨기고 북구에서 동구로 다시 돌아간다.

"카츠라기 타쿠미의 어머니에게 받은 데이터를 통해 카츠라기 타쿠미가 개발한 프로젝트 빌드가 방어를 목적으로 한 라이더 시스템이라는 게 밝혀진다. 빌드의 드라이버와 보틀을 만든 것 역시 카츠라기 타쿠미였다

반죠 류우가는 프로젝트 빌드 때문에 수많은 희생자를 낸 카츠라기 타쿠미에 대해 분노를 드러내지만 키류 센토는 과학을 군사적으로 이용하는 건 주위 사람들이라고 카츠라기 타쿠미를 두둔하면서 두 사람은 첨예하게 대립한다."

"난파 중공업 회장 난바 쥬자부로에게 압력을 받은 히무로 겐도쿠는 전쟁을 발발시켜 동구 수상인 히무로 타이잔의 생각을 바꾸기 위해 판도라 박스 강탈 계획을 실행한다.

함정에 걸려 연구소에서 멀리 떨어진 거리에 있게 된 키류 센토는 반죠 류우가에게 판도라 박스를 지켜 달라고 부탁한다."

파우스트에게 판도라 박스를 빼앗기고, 대부분의 보틀까지 빼앗긴 빌드. 현재 남은 보틀은 록 보틀과 드래곤 보틀뿐인데, 드래곤 보틀의 파워가 워낙 강해서 록 보틀로도 제어하기가 힘들다. 키류 센토는 반죠 류우가가 크로즈 드래곤과 싱크로 할 수 있다면, 빌드 드라이버로 변신할 수 있다고 생각한다. 하지만 반죠 류우가의 뜻과는 달리 드래곤과 싱크로 하는 일은 쉽지가 않다.

"타키가와 사와는 자신이 난파 중공업의 스파이였으며 군사 무기로 이용할 가면라이더의 데이터를 모으고 있었다고 털어놓는다. 난파 중공업과 파우스트가 결탁한 사실을 알게 된 키류 센토와 반죠 류우가는 판도라 박스를 되찾기 위해 움직인다.

한편, 파우스트와 둥구 정부가 결탁했단 사실이 밝혀질 것을 두려워한 히무로 겐도쿠는 뜻밖의 행동을 취한다."

"나베시마 마사히로는 키류 센토에게 전화를 걸어 반죠 류우가에게 살인죄를 씌우라고 지시한 배후 인물이 누군지 알려준다. 키류 센토는 그 배후 인물의 정체를 아무에게도 알리지 않은 채 혼자 고민에 빠진다.

한편 히무로 겐도쿠는 스트크에게 판도라 박스가 어디 있는지 추궁한다. 그러자 스타크는 놀라운 제안을 해 온다."

키류 센토는 블러드 스타크의 정체가 이스루기 소이치라는 사실을 알아내고 보틀과 판도라 박스를 훔쳐 달아난 이스루기 소이치를 뒤쫓아간다. 그리고 키류 센토와 이스루기 소이치는 가면 라이더 빌드와 블러드 스타크로서 빗속에서 싸움을 벌인다.

동구 정부 수상대리 히무로 겐도쿠는 판도라 박스를 찾겠다며 빌드의 아지트를 수색한다. 이스루기 소이치에게 진짜 나이트 로그가 히무로 겐도쿠이라는 말을 들은 키류 센토는 정부와 파우스트의 관계를 밝혀내 세상에 폭로하기로 결심하고 히무로 겐도쿠를 은밀히 불러낸다.

키류 센토는 히무로 겐도쿠에게 충격적인 사실을 듣게 된다. 자신이 바로 악마의 과학자 카츠라기 타쿠미라는 것이었다. 사람들을 인체실험에 이용하고 스매시라는 괴물을 만들어낸 장본인이 바로 자기 자신이었다는 사실에 키류 센토는 깊은 죄책감을 느낀다.

북구가 동구에 대해 선전포고를 하면서 전쟁이 시작됐다. 이에 동구 정부는 가면라이더를 군사무기로 기용하겠다고 발표한다. 하지만 키류 센토는 가면라이더를 전쟁의 도구로 이용할 생각 없다면서 히무로 겐도쿠가 무죄로 만들어주겠단 제안까지 딱 잘라 거절한다.

스크래시 드라이버는 원래 키류 센토가 개발한 것이기 때문에 북구에 있을 리가 없다. 그런데 사와타리 카즈미가 스크래시 드라이버를 꺼내 들고 가면라이더 그리스로 변신한다. 게다가 가면라이더 그리스는 가면라이더 빌드나 크로즈보다 더 강한 위력으로 달려든다.

동구는 북구에게 판도라 박스와 보틀을 빼앗길 위기에 놓인다. 키류 센토는 이 위기를 타개할 방법을 찾다가 카츠라기 타쿠미가 남긴 프로젝트 빌드 데이터에서 숨겨진 명령어가 있다는 사실을 알아낸다. 그 명령어를 열기 위해 히무로 겐도쿠를 찾아간 키류 센토는 금단의 아이템에 대한 얘기를 듣게 된다.

키류 센토는 블러드 스타크에게서 금단의 아이템이라고 불리는 해저드 트리거가 건네받는다. 폭주하는 반죠 류우가를 멈추기 위해선, 트리거를 사용해 파워를 높일 수밖에 없다. 하지만 해저드 트리거가 금단의 아이템으로 불리는 건 일정한 시간을 넘기면 자아를 잃고 눈앞에 있는 모든 걸 부수는 무기가 되기 때문이다.

반죠 류우가의 폭주하자 키류 센토는 금단의 아이템인 해저드 트리거를 자신에게 사용한다. 하지만 카츠라기 타쿠미가 경고한 대로 전투 시간이 길어지자 키류 센토는 자아를 잃고 눈앞에 있는 것들을 닥치는 대로 공격하기 시작한다. 정신을 차린 키류 센토는 자신이 저지를 끔찍한 짓을 깨닫고 충격에 빠진다.

동구와 북구의 대표전, 가면라이더 빌드와 가면라이더 그리스의 싸움이 시작됐다. 아오바를 잃은 사와타리 카즈미가 무서운 기세로 덤벼든다. 키류 센토는 해저드 트리거를 쓰는 것만큼은 피하고 싶었지만 가면라이더 그리스의 폭발적인 공격력 앞에서 결국 해저드 트리거를 작동시키고 만다.

동구와 북구가 대표전을 치르는 사이, 서구는 병력을 움직여 북구 관저를 점거한다. 또한 사와타리 카즈미의 농장을 공격하고 농장 사람들을 인질로 잡아 가면라이더 그리스에게 서구의 무기가 되라고 협박한다. 사와타리 카즈미와 아카바는 서구의 함정이라는 걸 알면서도 친구들을 구하기 위해 북구로 향한다.

"가면라이더 로그의 정체는 바로 히무로 겐도쿠이었다 동구에서 추방된 히무로 겐도쿠는 난파 중공업을 찾아가 지옥 같은 고통을 이겨내고 서구의 가면라이더로 다시 태어났다.

한편, 키류 센토와 얘기하던 이스루기 미소라는 갑자기 가슴을 움켜쥐고 고통스러워하더니, 정신을 잃고 만다."

"가면라이더 로그에게 속수무책이던 빌드와 크로즈, 그리스 앞에 예전과는 전혀 다른 분위기의 이스루기 미소라가 나타난다. 이스루기 미소라는 눈빛이 초록색으로 빛나더니 스카이 월에 구멍을 뚫고 로그를 나려버린다.

한편 동구 정부에 난바 쥬자부로가 심어놓은 스파이가 있단 소릴 들은 키류 센토는 스파이를 색출해내기로 결심한다."

"키류 센토는 가면라이더 로그로부터 판도라박스를 지키기 위해 해저드 폼으로 빌드 업 하지만 결국 해저드 트리거의 영향으로 의식을 잃고 이스루기 미소라까지 공격한다. 그때 이스루기 미소라이의 팔찌가 빛나면서 키류 센토는 의식을 되찾는다.

1주일 뒤, 빌드, 크로즈, 그리스는 서구와의 대표전에 나가게 되지만 서구에 동구 정부의 정보를 빼돌리는 스파이의 정체는 아직 밝혀지지 않았다."

동구와 서구의 대표전이 시작됐다. 첫 번째 시합에서는 그리스가 엔진 브로스를 물리치며 동구가 1승을 올리고 두 번째 시합이 이어진다. 크로즈 앞에 나타난 건 엔진 브로스와 리모컨 브로스의 강함을 결함시킨 헬 브로스였다! 반죠 류우가는 전쟁을 끝내겠다고 다짐하면서 헬 브로스에게 맹공을 퍼붓는다. 그런데…

대표전은 동구와 서구가 각각 1승을 거둔 가운데, 가면라이더 빌드와 로그의 대결에 의해 승패가 갈리는 상황. 그런데 타키가와 사와의 배신으로 래빗래빗 폼의 데이터가 서구 측으로 넘어간다. 그 데이터를 입력받은 로그는 빌드의 모든 공격을 다 차단하고 빌드는 열세에 몰린다.

"대표전이 마무리되면서 마침내 전쟁이 끝난 줄 알았으나, 오히려 새로운 전쟁이 시작된다.

난파 중공업과 손잡은 스타크는 동구에서 빼앗아 온 보틀과 패널을 판도라 박스에 끼우고 판도라 박스를 가동시킨다. 그러자 땅이 흔들리더니 스카이 월이 완전히 다른 형태로 바뀌고 만다."

"또 다시 이스루기 미소라의 눈이 초록색으로 빛나더니 가면라이더 빌드, 크로즈, 그리스를 집으로 순간이동시킨다. 이스루기 미소라가 몸속에 빙의된 존재는 자신이 화성의 왕비 베르나주라며 정체를 밝히고, 반죠 류우가에게 ‘네가 희망이 될 것이다’란 의미심장한 말을 건넨다.

이에 키류 센토는 타키가와 사와에게 반죠 류우가에 대해 조사해 달라고 부탁하는데, 조사 과정에서 타키가와 사와는 믿을 수 없는 사실을 알게 된다."

"반죠 류우가가 인간이 아닐지도 모른다는 타키가와 사와의 말에 이스루기 미소라는 충격을 받는다.

한편, 반죠 류우가는 판도라 타워 안에서 로그와 싸우다가 로그에게서 뜻밖의 사실을 듣게 된다. 반죠 류우가의 연인이었던 오구라 카스미에게 인체실험을 하게 한 자가 스타크였으며, 스타크의 목적은 반죠 류우가를 강하게 만드는 것이었다."

반죠 류우가는 자신의 몸 안에 외계 생명체의 유전자가 있다는 데이터를 보게 되고 키류 센토는 반죠 류우가가 다른 사람들보다 훨씬 더 빠르게 해저드 레벨을 올린 점, 판도라 박스를 조종할 수 있는 점, 그리고 임신 두 달 만에 건강한 아이로 태어난 점 등을 들며 반죠 류우가가 인간이 아닐 가능성에 대해 ...

"동구의 히무로 타이잔 수상이 납치된다. 이스루기 소이치는 히무로 타이잔 수상을 구하고 싶으면 에볼 드라이버를 준비하라는 거래 조건을 내세운다.

에볼 드라이버가 뭔지 알 수 없는 키류 센토는 당황해한다. 그런데 타키가와 사와가 가져온 자료, 카츠라기 타쿠미의 아버지 이카츠라기 시노부가 만든 연구 데이터 안에서 에볼 드라이버의 설계도가 나타난다."

가면 라이더 에볼이 탄생하고 동구 정부의 히무로 타이잔 수상이 목숨을 잃는다. 그리고 곧이어 키류 센토가 다음 목표물이 된다. 에볼토는 키류 센토 몸 속에 독을 투여한 뒤 키류 센토를 살리고 싶으면 판도라 박스와 나머지 보틀을 가져오라는 조건을 내세운다.

"에볼토는 자신의 유전자를 나눈 존재인 반죠 류우가와 결합하고, 거의 모든 보틀을 손에 넣는다. 독이 온몸에 퍼져 사경을 헤맬 때 반죠 류우가에게서 진심을 들은 키류 센토는 반죠 류우가를 구할 수 있는 건 자신뿐이라며 판도라 박스를 지키겠다고 다짐한다.

전쟁의 열쇠는 마지막 보틀, 히무로 겐도쿠가 지닌 피닉스 보틀이다."

모든 보틀과 판도라 패널을 손에 넣은 에볼트는 마침내 판도라 박스를 연다. 판도라 타워는 무시무시한 소리를 내더니 지구의 모든 것들을 흡수하기 시작한다. 그 순간, 그 광경을 무력하게 바라보던 빌드 앞에 이스루기 미소라에게 빙의된 베르나주가 나타난다.

키류 센토의 작전대로라면 에볼토는 빌드와 함께 소멸됐어야 했다. 하지만 에볼토는 키류 센토의 몸속으로 들어가 멀쩡히 살아난다. 게다가 반죠 류우가의 몸에서 에볼토의 유전자가 빠져나가면서 반죠 류우가는 변신 능력을 상실하고 만다. 그러자 사와타리 카즈미는 히무로 겐도쿠를 찾아가 함께 싸우자고 제안한다.

"마침내 에볼토는 완전체가 된다. 그리고 그 힘은 가면라이더 크로즈, 그리스, 로그 세 사람이 한꺼번에 덤벼도 이길 수가 없을 만큼 막강하다.

한편 키류 센토는 카츠라기 타쿠미의 기억을 되찾지만 자신이 키류 센토였던 시절에 대한 기억은 까맣게 잊고 만다."

에볼토는 난파 중공의 과학자였던 우츠미를 가면라이더 매드 로그로 만든다. 에볼토가 지구 멸망이 아니라 지배를 선택했단 사실을 알게 된 키류 센토는 에볼토를 쓰러뜨리기 위한 아이템 개발에 몰두한다. 그런데 카츠라기 타쿠미의 기억만 있는 키류 센토는 에볼토와 함께 반죠 류우가까지 없앨 마음을 품는다.

키류 센토는 60개의 보틀의 힘을 쏟아부은 궁극의 아이템 지니어스 보틀을 발명하는 데 성공한다. 지니어스 폼의 탄생은 에볼트에게도 예상 밖의 일이었지만 에볼토는 다음 작전에 돌입한다. 에볼토는 사와타리 카즈미가 갖고 있는 삼색 삼총사의 유품인 로스트 보틀을 빼앗아 간다.

키류 센토의 아버지 이카츠라기 시노부가 살아있는지를 조사하기 위해 키네 레이카를 만나러 갔던 반죠 류우가와 타키가와 사와는 키네 레이카에게서 이카츠라기 시노부가 맡긴 데이터를 받아온다. 그 데이터에는, 가면라이더 빌드 시스템의 설계에 관한 데이터뿐 아니라 베스트 매치의 수수께끼를 풀 해답까지 담겨 있었다.

"사와타리 카즈미는 에볼토의 목적이 검은 판도라 패널을 채울 로스트 보틀을 모으는 것이라면 키류 센토의 아버지 이카츠라기 시노부가 에볼토와 손을 잡았을지도 모른다는 의혹을 드러낸다.

하지만 키류 센토는 여전히 아버지가 정의를 위해서 가면라이더 시스템을 생각해낸 것이라고 믿고 싶어 한다."

"키류 센토 앞에 아버지인 이카츠라기 시노부가 나타난다. 그런데 이카츠라기 시노부는 자신이 만든 빌드는 정의를 위한 게 아니라를 충격적인 말을 던진다. 하지만 키류 센토는 이 말을 믿지 않으려 하고 아버지를 보호한다. 이 때문에 사와타리 카즈미와 키류 센토 사이에는 틈이 벌어진다

한편 에볼토는 이스루기 미소라를 실험실로 불러낸다."

"사와타리 카즈미와 히무로 겐도쿠는 다른 친구들에게 비밀로 하고 북구에 있는 파우스트의 실험실로 잠입한다.

하지만 금세 우츠미 나리아키에게 잡히고 네뷸러 가스를 주입 당한다. 가스 때문에 휘청거리면 제대로 싸우지 못하는 사와타리 카즈미와 히무로 겐도쿠 앞에 키류 센토와 반죠 류우가가 나타나 둘을 구하려고 하는 순간, 또 다시 빌드로 변신한 이카츠라기 시노부가 나타난다."

4명의 가면라이더가 힘을 합쳐 마침내 에볼토을 쓰러뜨렸다. 에볼토가 쓰러진 자리에서 검은 로스트 보틀이 나왔지만 키류 센토의 아버지 이카츠라기 시노부가 그걸 낚아채 간다. 이카츠라기 시노부는 4명의 가면라이더를 데리고검은 판도라 패널이 있는 곳으로 안내하고, 자신의 진짜 목적이 무엇인지 털어놓는다

"서구 수상 마도 마사쿠니로 위장한 에볼토가 자신이 외계 생명체라는 사실을 밝히고 지구를 파괴하겠다고 선언한다. 그리고 가면라이더에게 마지막 결투장을 보낸다. 승리의 열쇠를 쥐고 있는 것은 이카츠라기 시노부의 데이터로 만들어낸 하얀 판도라 패널이다.

마침내 판도라 타워에서 목숨을 건 가면라이더의 사투가 시작된다."

키류 센토가 변신해서는 안 된다고 경고했지만 결국 사와타리 카즈미는 블리자드 너클을 써서 그리스 블리자드로 변신한다. 그것은 사와타리 카즈미의 마지막을 의미했다. 가짜 삼색삼총사와 싸우며 마지막 심화를 태우는 사와타리 카즈미. 이스루기 미소라는 눈물 흘리며 그 모습을 끝까지 지켜본다.

가면라이더 그리스 사와타리 카즈미의 죽음을 알게 된 키류 센토 앞에 에볼토가 나타나다. 그리고 지구의 생존을 둘러싼 마지막 결전이 시작된다. 가면라이더 빌드, 가면라이더 크로즈, 가면라이더 로그는 해저드 레벨을 올리고 자신이 가진 모든 것을 쏟아 부으며 에볼토에 맞선다. 하지만 에볼토는 10개의 검은 로스트 보틀을 손에 넣고 또 한번 진화한다.

키류 센토는 10개의 로스트 보틀을 끼운 하얀 패널을 판도라 상자와 결합시켜 또 하나의 세계, 에볼토가 없는 세계를 만들려고 한다. 남은 건 차원의 빛 틈 사이로 에볼토를 밀어 넣는 것. 그런데 반죠 류우가가 에볼토의 유전자를 가진 자신이 에볼트와 함께 사라져야 한다며 그 틈 사이로 뛰어든다.