火星から持ち帰られたパンドラボックスという謎の物体。そのハコから生み出された壁によって日本は三つに分断された。それから１０年。物語の舞台はその首都のうちの一つ、東都。スマッシュと呼ばれる怪人が人々の命を脅かしていた。スマッシュから人々を救い、パンドラボックスに秘められた謎を追う一人の物理学者がいた。彼の名は桐生戦兎。人は彼を仮面ライダーと呼んだ。

無実の罪を背負ったままの脱獄犯・龍我をバイクに乗せ、東都政府の前から逃げたビルド。正義の味方であるはずの仮面ライダーは一転して、指名手配犯になってしまった。カフェのマスター・惣一にドヤされながらも、ビルドこと桐生戦兎は、自分の記憶の謎解きにつながるかもしれない龍我を秘密基地に匿い事情を聴く。龍我が殺したとされる科学者・葛城巧の部屋を訪れた際、龍我が葛城の死体を発見したタイミングで警察が踏み込んできた。事件は仕組まれた可能性がある。それ以上のことは語れない龍我のはずだったが、なぜか秘密基地から一人で逃げ出して―――。

龍我の冤罪事件に“鍋島”という男が浮上してきた。龍我の恋人・香澄を利用して殺害現場へ行かせるように仕向けた男であり、スマッシュの人体実験場へ連れていく為に刑務所で龍我を眠らせたのも、その男だった。つまり科学者の殺人事件とスマッシュには接点がある可能性が高い。しかし、どうやって“鍋島”の情報を調べればいいのか―――？　一同が頭を抱えていたそんなとき、意外な人物が名乗りを上げる。それは、ひきこもりのマスターの娘・美空だった！

胸にコブラマークがある何者かに毒を打たれた戦兎は、人体実験の夢に再びうなされる。その記憶の中で新たに思い出したのは、パンドラボックスの一面のパネルが人体実験場所にあったこと。目覚めた戦兎はパンドラボックスが敵組織・ファウストにつながると察知して、美空にスカイウォールの惨劇に関する情報を集めるよう依頼する。一方、龍我は自分の冤罪を晴らす手がかりとなる鍋島の家族の保護に向けて西都に到着する。無事に鍋島の妻と子供を保護したかに見えた龍我たちの前にファウストが現れて―――。

Sento confronts Owner on his involvement with Faust. Sawa finds a lead on Sento's elusive past.

龍我が成分を戻したことで、戦兎の過去を知る立弥がふたたびスマッシュに変わってしまった。命を脅かしかねない龍我の行動に憤怒する戦兎。拳を交えたケンカを始めた２人を止められる者はいない。仕舞いには龍我がビルドドライバーを使い変身をしようとして―――。

立弥の証言によって、葛城巧殺害の容疑は、龍我から一転して戦兎にかかる。記憶のない戦兎と同じ顔をした人物である“佐藤太郎”が、事件の日に葛城の部屋を訪れていたことが明らかになったのだ。事実を知った龍我は気が気ではない。今まで自分を匿っていた男こそが真犯人かもしれないからだ。戦兎を問い詰める龍我と、龍我の口撃をかわす戦兎。そんな２人に石動がある提案をする。

「だったら調べてみりゃいいじゃねえか、葛城巧を」

２人の葛城巧に関する捜索が始まる。やがて、葛城巧を知る鍵が北都にあることが判明して―――。

葛城巧こそファウストを作った張本人。

ブラッドスタークが告げたその言葉に戦兎と龍我は凍りついた。葛城巧の殺害事件には大きな力が働いているかもしれない。そして、それには記憶を失った戦兎自身が関わっている可能性があるからだ。手がかりは葛城巧が母親に託したと思われるデータ。２人は巧の母親と話すなかで、そのデータの存在が確かなものだということを知る。そのデータの在り処をめぐって、再びビルドとファウストの衝突が始まって―――。

葛城巧の母親から託されたデータにはPROJECT BUILD（プロジェクトビルド）というファイルが隠されていた。そこには葛城巧の研究データの全貌があり、ビルドドライバーのシステムについての説明をする葛城自身の姿が映っていた。ファウストの創設者である葛城がビルドを作っていたという事実は、何を意味するのか？　ビルドという「兵器」とも「正義」とも呼べる存在を巡り、戦兎と龍我が対立を深めて―――。

東都先端物質学研究所の研究員の裏切りにより、ビルドが研究所から離れた場所におびき出された隙に、驚くべき作戦が実行されようとしていた。ファウストによるパンドラボックス強奪作戦だ。東都の首相補佐官であり、ナイトローグというファウストを統率する立場でもある氷室幻徳の指揮のもと、ブラッドスタークによって作戦は遂行される。戦兎から連絡を受けた龍我も研究所に向かうが、その前にはスマッシュが立ちはだかる。一方、戦兎には研究所員が遺した言葉が引っかかっていた。

「葛城巧は生きている―――」

未だ正体不明のファウストの刺客。彼こそが葛城なのではと疑った戦兎は、パンドラボックスを奪い去ろうとするブラッドスタークにその疑問を投げかけて―――。

ファウストにパンドラボックスを奪われた上、ほとんどのフルボトルも奪われてしまったビルド。それでもナイトローグは戦いの手を緩めることなく、残りのボトルも狙ってくる。手元に残されたのはロックボトルとドラゴンボトル。ビルドが変身できるのはキードラゴンフォームだけだ。ただし、ドラゴンボトルのパワーは強大でベストマッチのロックボトルで制御しても戦い続けることは不可能だった。八方塞がりと思われる状況の中、戦兎がひとつの可能性に触れる。それによると、万丈がクローズドラゴンとシンクロできれば、ビルドドライバーで変身できるというのだが―――。

紗羽は難波重工のスパイだった。軍事兵器としての“仮面ライダー”のデータを集めていたというのだ。紗羽の情報から、難波重工とファウストとのつながりを知った戦兎たちは、パンドラボックス奪還に動きだす。その戦いの中で、新しいベストマッチを実現するビルド。一方、ファウストと東都政府とのつながりが明るみに出ることを恐れた幻徳は、予想もしない行動に出て―――。

鍋島からの電話に戦兎の表情が曇る。鍋島が語ったのは万丈に殺人の罪を着せた黒幕の存在だった。戦兎は誰にもその正体を告げることのないまま、地下の秘密基地に閉じこもる。一方、幻徳はパンドラボックスを奪い去ったブラッドスタークと対峙していた。パンドラボックスを見つけ出せば、北都や西都に対して優位を保てるからだ。ボックスの在り処を問い詰める幻徳に、スタークは驚きの提案をして―――。

万丈龍我に殺人の罪を着せたとされたブラッドスターク。戦兎は、そのスタークの正体が石動惣一だと見破った。ボトルとパンドラボックスを奪って逃げた惣一を追いかけながら、戦兎の脳裏に過るのは惣一と過ごした日々だった。仮面ライダービルドとブラッドスタークとしてもう一度対峙する二人の間には、悲壮に満ちた雨が降り注いで―――。

ブラッドスタークこと石動惣一からパンドラボックスの奪還に成功した戦兎だったが、東都政府首相代理の氷室幻徳が即座にパンドラボックス捜索に乗り出す。戦兎には、石動の「氷室幻徳こそが本物のナイトローグ」という言葉が引っかかっていた。つまり幻徳は、首相代理の立場を利用しながら戦兎たちを追いこむことができる上、パンドラボックスを奪還した際にはファウストとしてそれを兵器利用できるからだ。こうして、ビルドＶＳナイトローグのパンドラボックスを巡る闘いが幕を開ける―――！

氷室幻徳から告げられた言葉は耳を疑うものだった―――！

戦兎こそが「悪魔の科学者」であるという事実は、その心をひどく落ち込ませた。人体実験を繰り返し、スマッシュという怪物を創り上げた張本人が自分自身だったのである。突然の罪悪感を感じ始める戦兎。一方、龍我も黙ってはいない。自分の恋人を亡き者にした技術を創り出した科学者が戦兎だと知り、いてもたってもいられない。龍我は戦兎を呼び出し「俺と戦え」と告げて―――。

ついに戦争が始まってしまった。

首相代理の座を利用して北都を煽った幻徳の策通り、北都がその牙を剥いたのだ。東都政府はすぐに仮面ライダーを軍事兵器として起用するという発表を下す。

「戦争の道具になるつもりはない」

戦兎の言葉には悲壮感が漂っていた。なぜなら、この戦争を巻き起こした理由の一端を、仮面ライダーやスマッシュを創った葛城巧こと戦兎自身が担っているからだ。果たして、戦兎が下す決断とは―――？

北都からの刺客、猿渡一海が握りしめていたのはスクラッシュドライバーだった。スクラッシュドライバーは戦兎が開発したもので、北都には存在するはずがない。なぜ一海が持っているのか！？ そんな疑問に応える間もなく、一海は仮面ライダーグリスへと変身を遂げた！！

間違いなく戦争の兵器になると言われたスクラッシュドライバー。そのドライバーで変身したクローズとグリスが死闘を繰り広げた。ビルドとクローズでかかったとしても、グリスの戦闘能力がそれを上回っているのが現状だ。このままでは東都は北都に攻め込まれ、パンドラボックスやすべてのフルボトルを奪われかねない。どうすればグリスに勝てるのか？　戦兎は葛城巧が残した「PROJECT BUILD」のデータベースの中に隠しコマンドを見つける。コマンドを開けない戦兎に幻徳は、かつて葛城が創ってしまったという“禁断のアイテム”の存在を告げて―――。

ブラッドスタークから戦兎に“禁断のアイテム”と称されるハザードトリガーが渡された。暴走する龍我を止めるには、トリガーを使ってパワーアップを図るしかない。しかし、ハザードトリガーが“禁断”と呼ばれる所以はその副作用にあった。一定の時間を超えると自我を失い、目の前のものすべてを壊す破壊兵器になってしまうというのだが―――。

禁断のアイテム“ハザードトリガー”を使った戦兎は、真っ黒いビルド＝ハザードフォームへと変身を遂げた。トリガーを開発した葛城巧の遺した言葉通りならば、ハザードフォームで戦いを続けると、自我を失ってしまう。そしてその通り、龍我を止めるために使ったアイテムが、戦兎自身に牙をむく！　ビルドが戦闘中に意識を失ってしまったのだ。三羽ガラスとのバトルを終えた戦兎の目の前には、信じがたい景色が広がっていて―――。

泰山（山田明郷）ら三都の首相が見守る中、戦兎（犬飼貴丈）はビルドラビットタンクに変身。一海（武田航平）はグリスに変身し、ついに東都と北都の運命を決定するライダーの一騎打ちが開始される。

　序盤ビルドはブラッドスタークから手に入れた北都のボトルを駆使し、次々にビルドアップ。グリスは初めて体験するビルドの攻撃に圧倒される。

　ビルドがそんな攻撃を繰り出すのも、“禁断のアイテム”ハザードトリガーを使わないようにするため。しかし、万が一ハザードトリガーを使うようなことになったら…と、決戦を前に戦兎は美空（高田夏帆）に“あるもの”を託していた。戦兎が開発した“あるもの”とは!?

代表戦に勝利した戦兎（犬飼貴丈）のもとに、氷室首相（山田明郷）から西都が北都を制圧したとの連絡が入る。一海（武田航平）らも戦兎らと東都政府へ急行。西都の御堂首相（冨家規政）が東都へ宣戦布告する映像を見守る。さらに御堂は一海の農場をガーディアンらが占拠、仲間たちを拘束する映像を公開する。

そこへ仲間を救出しようと黄羽（吉村卓也）が現れた。黄羽はオウルハザードスマッシュに変身、ガーディアンを蹴散らすが、突如二人の男たちが現れ「潤動」の言葉とともにリモコンブロス、エンジンブロスに変身。あっさりとオウルを倒し人質にとると、映像を通してグリスに西都の兵器になれ、と迫る。

黄羽や農場の仲間たちを救うため行動を開始する一海と赤羽（栄信）。戦兎らも同行したいが、自分たちが行けば侵略行為とみなされ東都を攻撃する口実を与えてしまう。戦兎は黄羽を連れて東都へ戻ってきてくれ、と一海に頼む。戦兎たちは北都で戦うことができないが、敵が東都に踏み込めば防衛手段として一緒に戦うことができる。

「俺たちだって黄羽を救いたい気持ちは同じだ！」

それが戦兎の思いだった。

仮面ライダーローグの正体は元・東都政府首相補佐官である氷室幻徳だった。東都から追放された幻徳は難波重工を頼り、そして西都の仮面ライダーになっていた。「地獄を経験した」と語る幻徳の身に一体何があったのだろうか？　一方で、戦兎の悩みは深くなるばかりだった。「戦争の終結」を期待するたびに、また新しい戦いが幕を開ける。背負ってしまった運命の皮肉さに落としかけた肩を支えてくれるのは、同じ境遇にある美空だった。ところが、戦兎の想いを汲んだ美空の身体に急に異変が起こって―――。

仮面ライダーローグに完膚なきまでに打ちのめされたビルド、クローズ、グリスたち。そんな彼らの前に現れたのは、今までと全く雰囲気の違う美空だった。その瞳は緑色の輝きを放ち、今ビルドたちを倒したばかりのローグにおもむろに手をかざす。そして―――。

信じられない光景を目の当たりにした戦兎は、その後、美空のバングルに秘められた謎に迫っていく。そこには想像を超えた、ある想いが宿っていて―――。

仮面ライダーローグからパンドラボックスを守るためにハザードフォームへとビルドアップした戦兎だったが、ハザードトリガーの影響で意識を失い、パンドラボックスを西都に奪われてしまう。それどころか、遂には美空に襲い掛かったのだ！　その時、美空のバングルが再び輝きを放つ。

１週間後、西都との３対３の代表戦に臨むグリス・クローズ・ビルドのライダーたちだったが、西都のパンドラボックス強奪に関与した内部スパイの正体はまだ明らかになっていなかった。代表戦を観戦する難波重工会長・難波重三郎が怪しくほくそ笑んで―――。

東都と西都の３対３の代表戦が始まった。

一試合目はグリスがエンジンブロスを倒し、東都が一勝をあげた。そして、第二試合―――。クローズの前に現れたのは、エンジンブロスとリモコンブロスの強さを合わせ持つヘルブロスだった！　不意を突かれた万丈だったが、戦兎のため、そして戦争を終わらせるための決意を確かめ、拳を握りしめヘルブロスに猛攻を開始して―――。

東都と西都の代表戦の行方は、仮面ライダービルドと仮面ライダーローグの直接対決に委ねられた。戦況はビルドが有利。戦兎が新戦力であるラビットラビットフォームでローグを圧倒したのだ。ところが、紗羽の裏切りによってラビットラビットフォームのデータが西都側に渡っていた。次第にローグはラビットラビットフォームを攻略し始め、戦況が変わっていく。さらに紗羽は自分が裏切り、西都にデータを渡したことを龍我と美空に告白する。紗羽の狙いとはいったい何か―――？

代表戦の決着により、ようやく戦争が終わる―――。

誰もがそう思っていた。しかし、戦争は終わらなかった。それどころか、状況は悪化の一途をたどる。難波重工と結託したブラッドスタークが遂に本格的に活動を始めたのだ。東都が所有していたボトルのうち１０本をそろえたスタークはパンドラパネルにボトルを挿入し、パンドラボックスを起動し始める。やがてスカイウォールが動き始め、予想を超える現象がビルドたちの目の前で巻き起こって―――。

『火星の王妃・ベルナージュ』と名乗る美空の身体に憑依した意志は、一瞬にして仮面ライダーたちを戦闘の場から避難させた。そして、彼女の口から、万丈に対して気になる言葉が飛び出す。

「お前が希望になる……」

パンドラボックスを取り戻すために再びスタークのもとへ向かう戦兎の戦いの一方で、ベルナージュの言葉を裏付けるように万丈に関するとんでもない事実が発覚して―――。

万丈龍我は人間じゃないかもしれない……。

紗羽の言葉に美空が凍りついたとき、当の本人はパンドラタワーの中でローグとのバトルに身を投じていた。ローグによって語られるのは、龍我の恋人だった香澄に人体実験を施した目的だった。その裏には、ブラッドスタークによる思惑があったというのだ。龍我が人間でないことと関係しているのか？　やがて、スタークのもとに辿りついた戦兎たち仮面ライダーは、パンドラタワーを操るスタークによって翻弄される。その時、龍我に異変が起こって―――！

龍我の体内に地球外生命体の遺伝子があることが、ついに本人に告げられる。とり乱す龍我に対し、戦兎の脳内では、今までの龍我の謎のひとつひとつの点が線になっていった。なぜ龍我が冤罪事件に巻き込まれたのか、なぜハザードレベルを急激に上げたのか、なぜパンドラボックスを操れたのか、そしてなぜブラッドスタークがずっと龍我の成長を狙っていたのか。そして、ブラッドスタークが再びクローズに相対したとき、スタークの口から龍我の謎に迫るさらなる真実が語られて―――。

東都の首相・氷室泰山がさらわれた。一体なぜ―――！？

その答えは、エボルトに憑依された石動惣一によってすぐにもたらされた。

「氷室泰山と引き換えに、エボルドライバーを用意しろ」

エボルドライバーとは一体何なのか？　困惑する戦兎たちだったが、紗羽が手に入れた戦兎の父親・葛城忍の遺した研究データの中から、エボルドライバーの設計図が現れて―――。

仮面ライダーエボルが誕生し、最初にその毒牙にかかったのは東都政府首相である氷室泰山だった。パンドラボックスを開けるための、本格的なエボルトの活動が始まったのだ。次のターゲットは戦兎。エボルトは文字通り戦兎に毒を打ちこむ。エボルト以外の誰にも取り除くことができない毒によって、戦兎の命には“期限”がつけられてしまう……。戦兎の命と引き替えにした、エボルトの要求はただひとつ。パンドラボックスと全てのボトルだ。そのとき、残された仮面ライダーたちは―――！？

エボルトの遺伝子を分けた存在である万丈を利用し、エボルトは更なる進化を遂げた。それだけではない。ほとんど全てのフルボトルを手に入れ、さらにパンドラボックスも手中に収めたのも同然の状況だ。エボルトの口から、万丈の真実を聞かされた戦兎だが「万丈を助けられるのは俺しかいない」と、決意を固めパンドラボックスを守ることを誓う。戦いのカギは１本だけ残された最後のフルボトル。氷室幻徳が持つフェニックスフルボトルだった。

エボルトの手元には６０本のフルボトルとすべてのパンドラパネルがそろった。長い間そのエネルギーを巡っての奪い合いが繰り返されていたパンドラボックスは、いとも簡単に開放されてしまったのだ。パンドラタワーは、凄まじい轟音をたてながら６階の頂上部分まで伸びきった。そして地球上の全てを吸い取り始めた。無力と思われたビルドだったが、そこに現れた人物が再びパンドラボックスを震わせた。それは、ベルナージュが憑依した美空の姿で―――。

戦兎の作戦がうまくいけば、エボルトはビルドと共に消滅するはずだった……。ところがエボルトは戦兎の身体をのっとることで、それを回避した。そして、さらに大変なことが起きてしまう。エボルトと同化していた龍我の身体からエボルトの遺伝子が抜かれたことで、龍我はクローズへの変身能力を失ってしまったのだ。戦兎の身体を得て、さらに誰も寄せ付けないほどの強さを持ったエボルト。クローズが変身できない状態で、エボルト攻略の道は残されているのだろうか―――？

難波重工の科学者だった内海を取り込み、仮面ライダーマッドローグとして覚醒させたエボルト。あらゆる惑星を滅ぼしてきたエボルトが、地球だけは直ぐに滅ぼさない選択をしていることに気付いたのは、葛城巧の記憶が戻った仮面ライダービルドこと桐生戦兎だった。戦兎はエボルトが人間支配を遂げる前に、エボルトを倒すためのアイテムを開発しようと躍起になる。その標的の中にはエボルトの遺伝子をもつ存在である万丈龍我も入っていて―――。

ついに記憶を取り戻した戦兎（犬飼貴丈）は、ジーニアスフルボトルでビルドジーニアスフォームに変身。驚異的なスピードとパワーでマッドローグを圧倒する。しかし、突如として現れたエボルブラックホールフォームは一海（武田航平）から三羽ガラスのロストボトルを強奪、マッドローグを連れて瞬間移動で姿を消す。

エボルトはなぜロストボトルを奪っていったのか。思いを巡らす戦兎の耳に葛城巧（木山廉彬）の声が響いてきた。その声によると、ロストボトルは父・葛城忍が開発したものだという。ロストボトルについて調べようと決意した戦兎は、三羽ガラスの形見でもあるロストボトルを取り戻すという一海とともに北都へと向かう。

戦兎の父親であり、パンドラボックスや万丈龍我のことを研究していたとされる葛城忍が生きている―――？　その疑問に答えるように、龍我たちにはあるデータが託されていた。葛城忍が記録したと思われるそのデータの中には、ビルドの設計に関するデータが残されていた。さらには、ベストマッチの謎を解く記述も。兎と戦車。その２つはなぜ“ベストマッチ”とされているのか？　その真実を口にする戦兎の言葉に、美空の表情が変わって―――。

戦兎の父親・葛城忍は生きていて、エボルトと行動を共にしている―――。そんな憶測がビルド陣営にも湧き始める。忍の目的もまた、エボルトと同じように黒いパンドラパネルにロストボトルを集めることだと分かったからだ。忍こそが黒幕という可能性さえある。それでも戦兎は一人、父親が考案した仮面ライダーというシステムの「正義」を信じていた。そんな戦兎の前にもう一人のビルドが現れて―――。

戦兎の前に父親である葛城忍が現れた。驚きを隠せない戦兎を前にして、忍はさらなる驚愕の告白を淡々と続ける。自分が創り上げてきたビルドを根本的に否定されてしまう戦兎だったが、それでも忍を信じようとするのだった。しかし、そんな戦兎と他のライダーたちの間には、少しずつ溝が出来はじめていた。そんな中、石動に擬態したエボルトに美空が連れ去られて―――。

一海と幻徳は、戦兎たちと行動を異にして北都のファウストの実験場へ忍び込む。そこに、エボルトにつながる何かがあるとにらんだからだ。ところが、二人の侵入に気付いたマッドローグの一軍は瞬く間に２人を取り囲んでしまった。一方、二人の後を追って実験場にたどりついた戦兎の前には、忍が変身したもう一人のビルドが立ち塞がった。「何もできない自分を呪え。お前のせいで人類は滅びる！」と、完膚なきまでに息子を叩きのめす忍に言葉も出ない戦兎は、自分の無力さに焦燥感を募らせて―――。

４人の仮面ライダーたちが力を合わせ、ついにエボルトを倒した！　エボルトからは黒いロストボトルが生み出されたが、それを横取り同然に奪ったのは戦兎の父である葛城忍だった。忍は戦兎たち４人を黒いパンドラパネルがある場所へと案内した。そこで、忍の本当の目的を語り始めて―――。

突如、西都首相・御堂になりすましたエボルトが世界の破壊を宣言した。自分自身の正体を明かしたのである。それは、エボルトVS人間の最終決戦を意味していた。戦兎をはじめとした仮面ライダーたちも闘う決意を固めた。勝利の鍵を握るのは、忍が遺したデータから戦兎が導き出した白いパンドラパネルだった。そして、エボルトの惑星破壊が始まった。最後のロストボトルを賭けた闘い。仮面ライダーたちはエボルトのいる、パンドラタワーの頂上を目指す！

「変身してはならない」と言われたブリザードナックルを使って、一海はグリスブリザードへと変身を遂げた。それは、一海の最期を意味していた。クローンの三羽ガラスたちを前に最後の心火を燃やす一海。その最期を一海にとってのアイドル・美空が見届けて―――。

仮面ライダーグリス・猿渡一海の消滅を知った戦兎たちの前にエボルトが現れた。ついに地球の存亡をめぐる最終決戦が始まるのだ。仮面ライダービルド、仮面ライダークローズ、そして仮面ライダーローグ。ハザードレベルを上げ、持てる全てをエボルトにぶつける仮面ライダー達。しかし、エボルトは１０本の黒いロストボトルを再び手に入れ、真の姿へと進化を遂げる！　そして、最後の言葉を口にするのだった。

「地球よ、チャオ！」

１０本のロストボトルをはめたホワイトパネルをパンドラボックスと融合させることによって、戦兎はもう一つの世界＝「エボルトが存在しない世界」を生み出した。あとは次元の狭間にエボルトを閉じ込めるだけだ。しかし、同じ遺伝子をもつ龍我がエボルトに組み付いたままその狭間の中に姿を消す。呆然となる戦兎に、記憶の中の葛城巧が呼びかける。「万丈龍我の言う通り、エボルトの遺伝子を持つ彼が一緒に滅びるべきだ」果たして、戦兎が下す決断とは―――？