桐生战兔在东都先进物质物理研究所开始了他的新工作，研究神秘的潘多拉魔盒。在回应潜在的粉碎目击事件时，战兔遇到了一个被通缉的逃犯......

东都的假面骑士现在是一名逃犯，因为他拯救了一个被定罪的杀人犯 - 万丈龙我。桐生在他和龙我所经历的神秘实验中看到相似之处。

对龙我被绑架的调查导致一个名叫锅岛的男人。但为了得到他需要的答案，龙我必须越过边境去西都......

过去的谜团随着战兔调查潘多拉魔盒灾难而继续堆积。在西都，龙我和纱羽继续寻找锅岛的家人。

战兔质问业主与浮士德的关系。纱羽在战兔难以捉摸的过去中找到了线索。

龙我找到了浮士德隐藏基地的入口。为了了解更多，战兔了解到葛城已故对“星云气体”的研究。

战兔和龙我需要更多地了解巧和他的研究。将目光投向北都，他们首先要穿过天空之墙......

现在藏在北都，战兔和龙我试图从母亲那里了解更多关于葛城巧的信息，并找到他隐藏的项目数据。

关于葛城巧研究性质的争论导致了战兔和龙我之间的另一场争吵。在支持者的压力下，浮士德策划了一个窃取潘多拉魔盒的计划。

随着日本三位首相的会面，血潜领导了对东都先进物质物理研究所的攻击。

现在，他的大部分满瓶都在夜霸手中，钱藤展示了他的王牌——龙贺使用构建驱动程序的一种方式。

纱羽揭示了浮士德、难波重工和东都政府之间的联系。战兔和龙我计划找回潘多拉魔盒。

锅岛的突然召唤为战兔夺回潘多拉魔盒的计划奠定了基础，也有机会捕获难以捉摸的血潜......

血潜的身份暴露，战兔争分夺秒地完成对他的反制措施。

在潘多拉魔盒安全掌握后，战兔和龙我开始追捕浮士德，着手向公众揭示东都政府与浮士德之间的联系。

幻德揭示了战兔失踪记忆背后的真相，现实可能会撕裂他和龙我的友谊。

北都入侵东都，想夺取潘多拉魔盒。随着平民伤亡人数的增加，幻德政府煽动假面骑士作为他们的军事武器。

骑士大战中的新竞争者出现在战兔和龙我面前，不知何故，他拥有自己的挤压驱动器。北都自己的骑士Grease来了。

东都与北都骑士之间的另一场冲突以龙我从挤压驱动器的影响中挣扎而告终。北都乌鸦被血潜赋予了强化能力，但这是有代价的......

惣一给了战兔一个手段，阻止龙我对禁忌物品——危险扳机日益增长的愤怒。幻德策划了对北都入侵者的反击。

为了对抗龙我作为Cross-Z冲锋的横冲直撞，战兔被迫使用危险扳机。使用此禁忌物品的代价是什么？

东都和北都的政府已经下令进行一场赢家通吃的战斗，以决定谁保留潘多拉魔盒。这是Build与Grease来决定骑士战争的胜利者！

西都向和美空发出最后通牒——作为假面骑士为他们而战，或者目睹他家人的死亡。一个神秘的新对手前往东都与战兔和龙我对峙。

假面骑士Rouge暴露了自己,美空倒在基地内。

美空使假面骑士Rouge飞过天空墙;惣一向战兔透露，东户政府有间谍。

西都挑战东都进行三局两胜的战斗，以决定谁保留潘多拉魔盒;战兔努力寻找对抗黑色危险狂暴状态的方法。

龙我被骗输掉了比赛;Build和Rogue对峙，因为纱羽带着从战兔偷来的原理图来了。

假面骑士Rouge收到Build的兔子形态数据，迫使战兔释放坦克坦克形态;佐和的背景故事在和美空营救平民时被揭示;难波决定不公平，控制了濑户并宣战。

尽管他们做出了承诺，但西都继续对东都的攻击。当血潜完成潘多拉魔盒的面板时，这一切都变得更糟，天空墙开始移动......

面对自称为火星王妃：贝尔娜希的发生变异的美空，Stalk使用了从火星得到的力量对美空进行攻击；贝尔娜希所言的“万丈是最后的希望”，这句话对万丈是有什么含义呢？为了了解万丈的来世，战兔向纱羽请求收集万丈的身世资料，可是纱羽知道的却是令人震惊的真相……

纱羽根据战兔的请求寻找了万丈的过去，但纱羽所言“万丈有可能不是人类”这句话，这对万丈的冤罪有什么关联呢？为了调查Stalk的目的，幻德向万丈发出了挑战！面对Stalk使用潘多拉魔盒的力量而陷入苦战的战兔，为了拯救战兔，万丈的力量宛如火山喷发般地觉醒……

强化为Cross-Magma的万丈在战胜Stalk，成功夺回了潘多拉魔盒，但目睹万丈能使用潘多拉魔盒的力量和Stalk所言的“容器”跟“究极的驱动器”的战兔，感觉离万丈的冤案的真相越来越近了，同时纱羽通过特殊手段从难波综合研究所拿到了和万丈相关的检查治疗，发现担任负责人竟是失忆前的战兔：恶魔科学家·葛城巧的父亲，而万丈得知自己拥有地球外生命体·异星人的遗传因子而处于混乱之时，Stalk出现在万丈面前……

被Rogue抓去的冰室泰山关进了难波重工的监狱所，战兔为了对抗拥有火星之力的Stalk，用Build驱动器的设计图进行修改并得到改良，开发出了能将潘多拉魔盒的力量发挥到极限的新型驱动器，可是他们却不知道自己已经为敌人打开了禁忌之门，得到了关键的“究极驱动器”的Stalk变身成究极的全知全能战士：假面骑士Evol，以压倒性的实力对挑战自己的Rogue施展了制裁之锤……

为了保护自己儿子而死去的冰室泰山，Evolt将下一个目标转向了战兔，受到Evolt的攻击而中了地球没有存在的病毒，开始面临死亡边境的战兔，而万丈因为熔岩的力量而不断受到伤害，但他为了拯救战兔，他开始最后的变身……到底万丈和战兔的命运就此为止了吗？

潘多拉之盒被打开，潘多拉之塔已经完全构成，现在就差Evolt将自己进入完全体状态，为了阻止Evolt进入完全体，贝尔娜希将潘多拉之盒的核心交给了战兔，但是如何能运用这个力量，战兔就在要陷入瓶颈期时，他想出了一种办法……

万丈被解放，但相应战兔却被Evolt附身，被战兔的将计就计而摆一道的Evolt声称要毁掉他所珍惜的一切，为了拯救被Evolt附身的战兔，万丈却发现自己无法变身，只能以肉身之躯迎战Evolt，失去变身能力的万丈在为了拯救指引自己走向正确的道路的搭档，他的信念使他持有的由Evolt从万丈身上孕生出来的进化龙瓶突然发生了变化……

战兔恢复了葛城巧的记忆，但相应的却失去了作为桐生战兔的记忆，甚至对于拥有Evolt遗传因子的龙我为何和自己行动感到不解。同时Evolt重新附上石动惣一身体，并背叛难波而掌管了西都，开始进行最终阶段。Build、Cross-Z、Grease、Rogue以及Remocon Bro′s在合力对付Evol时，一名拥有Evol Driver的新骑士乱入了战斗……

获得由Evolt赠送Evol驱动器，变身成假面骑士Mad Rogue的内海，以压倒性的实力战胜Rogue和Grease，一直渴望打倒Evolt和万丈的葛城开始沉迷开发究极强化道具，面对感觉变得如此陌生的他，美空仍然希望他还有以前的记忆……

重新恢复原来的记忆，并究极强化为天才Build的战兔，此时Evolt开始进一步的计划，声称自己要创造出一个新世界，而东都在遭到第二波攻击，就在战兔前去迎击时，一个意外性的人物作为第二波的带领者出场……

万丈和纱羽从曾经帮助自己偷渡到西都的木根礼香得知战兔的父亲在前几天坐过他们的船，深知葛城忍还幸存着，同时战兔通过天才之力将多治见体内的星云气体中和，让她避免了因过度注入气体而消灭的命运，但Evolt再次出现，战兔让一海带着多治见离开；开发失落能量瓶和还幸存在世还有Build的骑士系统的关键都在于葛城忍身上……

深知自己父亲开发出来的失落能量瓶是为了正确的道路使用，战兔开始将自己父亲的所在地锁定在Evolt身上而进行搜寻。但是深知自己父亲已经被潘多拉之盒的光芒照耀而变得好战性格以及十年内一直杳无音信的葛城巧和战兔的意见产生分歧。但就在这个时候，另一个假面骑士Build以兔坦模式出现在战兔面前……

战兔的父亲：葛城忍以Build的姿态出现在他们面前，面对一直相信自己的父亲，导致一海和幻德开始进行单独行动。就在战兔陷入低迷期时，美空收到了神秘的信息，出去后没有回来的美空，战兔在出去寻找时接到了美空的联络，听到对方的诉苦声而赶来时，他所面对的是被注入星云气体而变成Lost Smash的美空……

为了阻止Evolt的计划而潜入北都的一海和幻德，不料却被他们发现而遭到拘捕。战兔为了应付Evolt和自己的父亲，开发了拥有冻结能力的和终焉熔岩拳套的同款武装。但得知他们的情况而前往北都，首次的四名骑士合力战斗。到底他们能否战胜Evolt呢？

战兔他们终于打倒了Evolt，但这是葛城忍的计划，他将剩余的三瓶遗失能量瓶注入在Evolt身上，借此Evolt被打倒的契机，让这三瓶遗失能量瓶成功炼成，到底葛城忍所谓的超越物理法则的存在是什么呢？而这时，一个佩戴Evol驱动器的神秘怪人开始行动起来了……

战兔通过忍的提示而让万丈将危险扳机放入潘多拉魔盒，衍生出了白色遗失能量瓶嵌板。同时战兔上次开发的暴雪拳套其实是为了一海而开发出来的。只是因为事先没有说而导致一海注入星云气体的关系，一旦用于变身就会超越极限而消灭。赌上遗失能量瓶，Build、Cross-Z、Grease和Rogue与Evolto展开了最后的战斗……

一海在和由Evolto的遗传因子制作出来的拟态三羽鸦战斗时，他违背了战兔的约定，使用了忍遗留的Build驱动器变身成Grease Blizzard。另一方面，Evolto通过遗传因子拟态出了鹫尾兄弟，和内海一同对付幻德。只剩下战兔和万丈他们的情况下，终于赶到了塔顶……

现在幻德走了，是时候与Evolt进行最后的对抗了。

龙我带着Evolt飞走了。战兔决定去把他带回来，因为两个世界即将融合。