亡き父（西村和彦）のようなゴーストハンターになるため、修業するタケル（西銘駿）だが、肝心のゴーストが見えないことにはやる気すら起きない。

そんな折、街では奇妙な事件が続発。タケルのもとには父から眼魂（アイコン）が届けられる。その眼魂を手にしたタケルは、2体のゴースト、眼魔（ガンマ）に襲われ命を落としてしまう。

次に現れる英雄は誰なのか？なんとしても、あと14個の眼魂（アイコン）を集めなければ…、と焦るタケル（西銘駿）だが、仙人（竹中直人）は「エジソン」という言葉を残して消えてしまう。

奇妙な発明に熱中する発明家・園田（南部虎弾）の研究所の周辺で奇妙な現象が続発。園田がエジソンに心酔していることを知り、タケルは目を輝かすが、園田は電気眼魔（ガンマ）に操られていた。

不当にため込んだ金を盗み、貧しい人に配る怪盗リトルジョンによる事件が続発した。リポーターのマリ（滝裕可里）はリトルジョンの犯行を「ロビンフッド」に例えて義賊と賞賛。理不尽な暴力で父の命を奪われていたマリは、隠れた悪に敵意を抱いていた。

リトルジョンから美術品を守って欲しいという依頼が不可思議現象研究所に舞い込んだ。現れたリトルジョンに立ちふさがる御成（柳喬之）だったが、斧眼魔（ガンマ）も出現！タケル（西銘駿）はゴーストに変身！しかし、斧眼魔には逃げられ、リトルジョンにはロビンフッドの弓矢を盗まれてしまった。

大企業の羽柴社長（湯江健幸）の性格が突如横暴になり、社内の物が浮かび上がる不可思議現象が発生した。相談を受けたタケル（西銘駿）らは調査を開始。タケルは社内でブック眼魔（ガンマ）を発見、ゴーストに変身するが取り逃がしてしまう。

調査を続けたタケルは、羽柴が秘書の理沙（渡辺舞）によってたきつけられ、強引に会社を買収していたことを知る。やがて、その関連会社のある位置を地図上でつなぎ合わせると眼の形になることが判明。その形に合わせた土地が浮上する

廃校となり、誰もいないはずの小学校で謎の銃撃事件が発生した。相談を受けたタケル（西銘駿）は、その小学校でマシンガン眼魔（ガンマ）を発見。ゴーストに変身し、逃げるマシンガン眼魔をゴーストライカーで追跡する。

しかし、突如現れた謎のライダー、スペクターに邪魔をされると、一方的に攻撃され、エジソン眼魂（アイコン）を奪われてしまう。皆の命を守るために戦う、というタケルに「お前は甘い、考えも戦う覚悟もすべてが甘い」と言い放つスペクター。タケルはその言葉にショックを受ける。

仙人（竹中直人）によると、次に現れる英雄はベートーベンらしい。勢い込むタケル（西銘駿）だが、スペクターの出現で不安や恐怖を抱えているため姿を消した状態に。

陽子（小林里乃）の兄で音楽家の康介（中山龍也）の周囲で音が消える不可思議な現象が起きた。そんな康介とベートーベンを重ね合わせるタケル。案の定、音符眼魔（ガンマ）が出現。タケルはゴーストに変身するが、またも現れたスペクターに邪魔をされる。

仙人（竹中直人）の書き置きから、次の英雄がビリー・ザ・キッドと悟ったタケル（西銘駿）。親友の智則（福山翔大）の様子がおかしい、という恒男（黒木辰哉）の依頼を受け、彼らが住む団地へと向かう。

その団地にインセクト眼魔（ガンマ）が出現。タケルがゴーストに変身するとスペクターが割って入るが、自分を信じることを選んだゴーストは堂々と渡り合う。戦いを終え、変身を解除したマコト（山本涼介）。妹眼魂（アイコン）を手にする彼の前に、謎の男＝西園寺（森下能幸）が現れて…。

再びマコト（山本涼介）の前に現れた西園寺（森下能幸）は、自分がかつてタケル（西銘駿）の父・龍（西村和彦）とモノリスを眼魔（ガンマ）世界とつなげる実験をしていたことを告白する。マコトの妹・カノンが眼魂（アイコン）となったのも、龍の実験が原因なのか。西園寺の言葉にマコトの心は揺れる。

マコトはタケルに龍の実験について問いただす。その言葉にタケルはスペクターの正体が幼なじみのマコトであることを初めて知る。なぜマコトが自分に戦いを挑むのか。マコトと妹のカノンに何があったのか？スペクターはタケルの疑問に答えようともせず…。

10年前に失踪した物理学の権威・五十嵐博士（モロ師岡）が使っていた研究所で不可思議現象が起きた。五十嵐はタケル（西銘駿）の父・龍（西村和彦）とも親しかったらしい。父の研究の秘密がわかるかもしれない。タケルらは調査を開始する。

　タケルの前に現れた五十嵐は、龍の死とともに全てが失われたと絶望を露にする。それでも必死に10年前に何があったのかを聞き出そうとするタケルの熱意に打たれ、ついにすべてを語ろうとする。

しかし、青竜刀眼魔（ガンマ）によって五十嵐は傷つき、五十嵐の思いからタケルはベンケイゴースト眼魂（アイコン）を作り出す。タケルはゴーストに変身、ゴーストベンケイ魂にチェンジし青竜刀眼魔を追い詰める。

15個の眼魂（アイコン）を集めて自分の命ではなく、マコト（山本涼介）の妹カノンを助けたい。タケル（西銘駿）は、そんな思いをマコトに伝えるのだが…。その一方でアカリ（大沢ひかる）のタケルを思う気持ちを知り、タケルは自らの行動に後ろめたさを感じる。

西園寺（森下能幸）に操られたシブヤ（溝口琢矢）によって、タケルの眼魂が奪われてしまった。タケルはゴーストに変身、シブヤを助けると青竜刀眼魔（ガンマ）をも打ち破り眼魂を取り戻す。

そこへ青竜刀眼魔に眼魂を奪われていたマコトが現れるが、ジャベル（聡太郎）が幹部眼魔（ガンマ）に変身。ゴースト、スペクターに激しい攻撃を仕掛ける。一方的に打ちのめされたゴーストとスペクター、タケルの持っていたすべての眼魂がその場に飛び散ってしまう。

15個の眼魂（アイコン）を手に入れ、モノリスの前で“儀式”を始めた西園寺（森下能幸）だったが、身体が発光すると粒子になって消えてしまう。

“儀式”によって上空に現れたグレートアイに吸い込まれたタケル（西銘駿）は、「深海カノンちゃん（工藤美桜）を生き返らせてくれ」と望みを口にし、カノンを抱いて地上に戻る。

上空のグレートアイが消え、眼魂が地上に降り注いできた。アカリ（大沢ひかる）、御成（柳喬之）らはタケルと必死で眼魂を集めるが、そこにジャベル（聡太郎）が現れ眼魔（ガンマ）スペリオルに変身。タケルと駆けつけたマコト（山本涼介）の前に立ちはだかる。

マコト（山本涼介）の妹・カノン（工藤美桜）を15個の眼魂（アイコン）で救ったタケル（西銘駿）。今度は自らの命を救うため、アカリ（大沢ひかる）、御成（柳喬之）らと改めて眼魂を15個集めようとする。

15個まであと4個。しかし、1個も見つけられないまま、ついに期限の日を迎えてしまう。その日、ゴーストに変身しジャベル（聡太郎）と戦うタケルだったが、変身を解除。タケルの身体は光の粒子となって消えてしまう。

異空間にやってきたタケルは父・龍（西村和彦）と再会。龍は「お前が15人の英雄の心をつなげ、未来へと導くのだ」とタケルを抱きしめる。すると、龍の身体が光となり、タケルの身体に吸い込まれて…。

リョウマ眼魂（アイコン）に身体を乗っ取られ、坂本龍馬となった男が現れた。男はタケル（西銘駿）に「薩長同盟をなしてみろ！」とけしかけるが、なんのことやら…。

プラネット眼魔（ガンマ）による通信障害で人々が倒れる被害が続出した。タケルはゴーストに変身するが、蘇った刀眼魔が立ちふさがった。苦戦するゴーストだったが、マコト（山本涼介）がスペクターに変身して加勢。2体は逃走する。

リョウマ眼魂に乗っ取られた男＝長正（二宮康）は宇宙開発という壮大な夢を抱いているが、手助けをしてほしい父・薩之進（清水章吾）と対立しているという。タケルは“薩長同盟”とは“薩”之進と“長”正の父子を仲直りさせることだと悟る。

薩之進（清水章吾）と長正（二宮康）を仲直りさせる“薩長同盟”に奔走するタケル（西銘駿）。プラネット眼魔（ガンマ）による通信障害の一件をアカリ（大沢ひかる）、御成（柳喬之）らに任せると、マコト（山本涼介）もサポートに加わる。

薩之進が頑なな理由が、長正の兄を事故で失ったことが原因とわかったタケルは「薩之進さんと長正さんが頑張ればお兄さんと一緒に見た夢が叶う」と説得。心を動かされた薩之進は、人工衛星の開発を再び始めようと長正とがっちり握手する。

プラネット眼魔が薩之進が設計した衛星を乗っ取り、人々の魂を集め始めた。怒りに震えるタケルはゴーストに変身。マコトもスペクターに変身し、プラネット眼魔、眼魔コマンドに立ち向かう。

アラン（磯村勇斗）の「私がその気になれば、君は妹と一緒に生活できなくなる」との警告を無視したマコト（山本涼介）に復活したジャベル（聡太郎）が襲い掛かった。マコトはスペクターに変身するが、眼魔スペリオルに痛めつけられ、妹のカノン（工藤美桜）を連れ去られてしまう。

フーディーニ眼魂（アイコン）が使えるようになれば…。体を張ってフーディーニ眼魂と向き合い、傷つくマコトだが、自分の手でカノンを救うと言われタケル（西銘駿）も手が出せない。

霧の中で若い女性ばかりが襲われる事件が続発する中、タケル（西銘駿）らの前に事件発生を予知する謎の女性・美和子（恒吉梨絵）が現れた。突然、逃げ出したニュートン眼魂（アイコン）を探すタケルに代わり、御成（柳喬之）とアカリ（大沢ひかる）が現場へ向かう。

御成らは女性を襲うナイフ眼魔（ガンマ）を発見。助けにきたマコト（山本涼介）がスペクターに変身するが、アラン（磯村勇斗）がネクロムに変身しスペクターを一蹴。マコトのドライバーにネクロム眼魂を装填し、ネクロムスペクターに変身させてしまう。

科学者のニュートンと非科学的な神秘を信じる卑弥呼。どうやら2つの眼魂（アイコン）は相性が悪いらしい。眼魂の対立は眼魔（ガンマ）の世界と人間界の関係と同じなのかも!?そんな思いを巡らせていたタケル（西銘駿）は、突如眼魔の世界へ。殺伐とした情景にタケルは息を呑む…。

兄のマコト（山本涼介）を探すカノン（工藤美桜）は、アラン（磯村勇斗）に協力を依頼する。気まずい思いを抱えながら承諾するアランだったが、タケルが現れ事態は一変。タケルがゴーストに変身すると、アランはネクロムスペクターを呼び出しタケルと戦わせる。豹変した兄の姿にショックを受けるカノン。タケルはマコトを取り戻すことを誓う。

イゴール（山本浩司）にリベンジをと立ち向かうアカリ（大沢ひかる）は、自分を庇って倒れた御成（柳喬之）を見て激怒。強烈な一撃を眼魔スペリオル・ナイフにお見舞いする。タケルもゴーストに変身、眼魔に立ち向かうが眼魔が放つ霧の力に苦戦をしいられる。

描くものが次々と抽象画化してしまう画材眼魔（ガンマ）が現れた。とはいうものの、絵を描いているだけで破壊行為をしているわけではない。タケル（西銘駿）はゴーストに変身するが、攻撃はせず話してわからせようとする。

画材眼魔と友達になろうとするタケルに、アラン（磯村勇斗）は「目障りだ」とネクロムサンゾウ魂に変身。タケルもゴーストに変身するが、そこへアランに操られるマコト（山本涼介）＝ネクロムスペクターが現れた。ゴーストは攻撃を受けながら必死にマコトの目を覚まさせようとするが…。

カノン（工藤美桜）が割って入り、なんとか助かったゴーストだが、今度はイゴール（山本浩司）が無駄な絵を描き続ける画材眼魔に怒り心頭。嫌がる画材眼魔を眼魔の世界へ連れ戻そうとする。

画材眼魔（ガンマ）と友達になろうとやさしく語りかけるタケル（西銘駿）。しかし、イゴール（山本浩司）は、絵を描きたいという画材眼魔を不完全なものとして消し去ろうとする。タケルはゴーストに変身、眼魔スペリオル・青竜刀の攻撃から身を呈して画材眼魔を守る。

ゴーストはカノン（工藤美桜）と一緒にいたアラン（磯村勇斗）の前に現れると、マコト（山本涼介）を返してもらうと宣言。怒るアランはネクロムスペクターを操り、抵抗できないゴーストを追い詰める。

ついにゴーストは変身を解除。ネクロムスペクターは必殺の一撃をタケルめがけて放つ。が、なんと画材眼魔がタケルを庇って凶弾に倒れてしまう。画材眼魔と心を通わせたタケル。カノンとともにネクロムスペクターに訴えかけ、眼魂（アイコン）の力も借りてマコトを取り戻すことに成功する。

マコト（山本涼介）がけじめをつけに戻るという眼魔（ガンマ）の世界に、自分も行きたい。そんなタケル（西銘駿）のため、アカリ（大沢ひかる）は画材眼魔＝キュビからデータをとり、眼魔世界へと通じる“眼の紋章”を出す方法を考え始める。

眼魔の世界では、アラン（磯村勇斗）らの父で大帝のアドニス（勝野洋）が、子供たちとイーディス長官（竹中直人）を前に“完璧なる世界”をさらに広げる決意を表明する。怒りも憎しみも、誰も死ぬこともない世界＝完璧なる世界の拡張とは…!?

マコト（山本涼介）を追って荒涼とした眼魔（ガンマ）の世界にやってきたタケル（西銘駿）。“侵入者”として襲われるが、そのころアデル（真山明大）は父である大帝アドニス（勝野洋）を倒し、自らが新たな大帝となることを宣言する。

そのアデルは弟のアラン（磯村勇斗）をも消去。アランにアドニス暗殺の罪を着せるが、姉のアリア（かでなれおん）は密かにアデルの邪悪な野望を見抜き、現れたマコトにもアランがアデルの罠にはめられたことを告げる。

タケルはカプセルに入れられた大勢の人間たちの体を発見。その体が消え去る現象を目の当たりにし驚愕する。「この世界は何なんだ！」。アデルに消去され、カプセルの中から蘇ったアランに詰め寄るタケル。しかし、そのアランの機転でタケルはマコトと3人で人間界へ無事帰還する。

15個の眼魂（アイコン）を集め、なんとしても眼魔の世界とのつながりを断とうと焦るタケル（西銘駿）。マコト（山本涼介）の目の前でアラン（磯村勇斗）に眼魂を渡せと迫るが、そこへアランの命を狙うジャベル（聡太郎）が現れた。ジャベルは眼魔ウルティマに変身。アランはネクロムに、マコトもスペクターに変身し、立ち向かうが…。

アランを助けることを拒否し、心をつながなくても15個の眼魂を集めて目的を達成しようとするタケルに、英雄眼魂たちも離脱。何もかも信じられなくなったタケルは自暴自棄になるが、マコトはそんなタケルを「見損なった」と殴りつける。

再び現れた眼魔ウルティマにボロボロにされながらもアランを必死で庇うマコト。アランも「俺がお前の命をつなぐ」というマコトに涙するが、マコトはついに力尽き、その体は眼魂となり弾け散ってしまった。

マコト（山本涼介）の肉体を守るために眼魔（ガンマ）の世界に行かなければ…。焦るタケル（西銘駿）にカノン（工藤美桜）は、アラン（磯村勇斗）の力を借りれば、と提案する。しかし、タケルはまだアランを信用することができない…。

ショッカーの戦闘員にするため、人々をさらうヤマアラシロイドが出現した。御成（柳喬之）にとりついたゴエモンゴーストに従い、タケルはゴーストゴエモン魂に変身。ヤマアラシロイドを圧倒する。

マコト（山本涼介）を救うために眼魔（ガンマ）の世界へ行かなければ…。そのためにアラン（磯村勇斗）に協力を依頼するタケル（西銘駿）。だが、アカリ（大沢ひかる）はアランの本心が見えないと猛反対。タケルもアカリの思いを受け入れる。

飛行機眼魔が現れ、空が赤く染まり始めた。タケルは飛行機眼魔の攻撃を受けつつも、空の大気サンプルの収集に成功。アカリに分析を依頼する。

空を赤く染める特殊な大気の影響でカノン（工藤美桜）が倒れた。タケルは15個の眼魂（アイコン）を使い、カノンを救おうとするが失敗。カノン、さらにはアランまでもが大気の影響で体力を失っていく中、タケルは再び現れた飛行機眼魔に立ち向かう。

カノン（工藤美桜）の容態を回復させるためにも赤いオーロラを消さなければ！アカリ（大沢ひかる）は中和剤の開発を急ぎ、タケル（西銘駿）と御成（柳喬之）は赤いオーロラの元凶と思われる新たな眼魔（ガンマ）の捜索を開始する。

尊敬する父アドニス（勝野洋）が理想とする眼魔の世界は完璧である。その信念が揺らぎ始めていることをアカリに指摘されたアラン（磯村勇斗）は動揺。この迷いをどうすれば…。そんなアランにフミ（大方斐紗子）は、心の声を聞けとアランの胸をつつく。

アラン（磯村勇斗）とともに眼魔（ガンマ）の世界へやってきたタケル（西銘駿）。マコト（山本涼介）を助け、アランの父アドニス（勝野洋）に会おうと行動を開始する。そのころアランの兄アデル（真山明大）はガンマイザーという新たな力を手に入れて…。

一方、カプセルから目覚めたマコトは、紫のオーラを放つ新たな眼魂（アイコン）を発見する。その凄まじい力に恐れおののくマコトだったが、現れたイーディス（竹中直人）に自分がこの眼魂を使いこなすと宣言。決意も新たに眼魂を手に部屋を出る。

アデル（真山明大）によって出現したガンマンザー・ファイヤーの前で、タケル（西銘駿）はゴーストグレイトフル魂に変身。攻撃を受け流すガンマイザー・ファイヤーに苦戦するが、ノブナガゴーストの機転でアラン（磯村勇斗）とともに難を逃れる。

父を失い、理想の世界もなくしたアランは、戦うどころか逃げることすらせず絶望したまま。タケルらに合流したマコト（山本涼介）は、そんなアランを殴りつけ立ち直らせようとする。

ユキ（小宮有紗）という少女が、死んだ父親（並樹史朗）がディープコネクト社へ入るところを目撃した、と相談にやってきた。父の幽霊か？ユキに取りついたフーディーニは幽霊の存在を否定するが、タケル（西銘駿）らはディープコネクト社へ向かう。

ディープコネクト社に潜入したタケルらは、インセクト眼魔（ガンマ）らの攻撃を受ける。マコト（山本涼介）の誘いを受けたアラン（磯村勇斗）も合流。タケルらはライダーに変身し、なんとかその場を脱出する。

フーディーニはタケルらの行動を否定するが、父にどうしても会いたいというユキのために、とタケルはユキと再びディープコネクト社へ。イゴール（山本浩司）も眼魔スペリオル・斧となって襲いかかるが、タケルはゴーストに変身。ユキの心にとことん向き合う、というゴーストの言葉に、信じるものを失い迷い続けていたアランも吹っ切れる。

ユキ（小宮有紗）は単身ディープコネクト社に乗り込み、社長のビルズ（セイン・カミュ）に父（並樹史朗）のことを相談する。駆けつけたタケル（西銘駿）らはビルズを警戒するが、ビルズは「私の会社を救って欲しい」とタケルらに頭を下げる。

しかし、社内の捜索をイゴール（山本浩司）らが妨害。タケルはゴーストに変身して戦うが、その間にユキは父に駆け寄るものの冷たく突き放されてしまう。あれは父ではない、とショックを受けるユキは、タケルの説得にも父に会いたいと思わなければ良かったと心を閉ざす。

フミ（大方斐紗子）の突然の死で悲しみに沈むアラン（磯村勇斗）だったが、フミにもらった服に身を包み、ついに進むべき道を見出す。人間の世界の宝物を守り、眼魔の世界も美しい世界に変える！そんなアランにタケルとマコト（山本涼介）も合流。3人は同時に変身、ゴースト、スペクター、ネクロムとなって眼魔らに立ち向かう。

眼魔（ガンマ）の侵攻を食い止めるため、アラン（磯村勇斗）が作らせた眼魔世界と人間界をつなぐゲートを破壊することに。タケル（西銘駿）とマコト（山本涼介）もアランの提案に協力。手分けをして各所にあるゲートを破壊していく。

そのゲートがある街で大人が子供になってしまう不可思議現象が発生した。なんとシブヤ（溝口琢矢）の母・美穂（中原果南）も子供になり、シブヤのことも忘れてしまった。シブヤ母子の過去の対立を知ったタケルは、母子関係を修復しようと2人の間に入るのだが…。

五十嵐（モロ師岡）の記憶の中に入り、10年前の父・龍（西村和彦）らの研究を目の当たりにするタケル（西銘駿）。眼魔（ガンマ）の人間界への侵攻を食い止めるため、龍は15人の英雄の力で15の眼魔世界の守り神ガンマイザーに対抗。その戦いを10年後のタケルに託していたことを知る。タケルの無限の可能性を信じての龍の決断だった。

子供化現象が進行し、マコト（山本涼介）らは子供化の原因プラズマの発生源・眼魔世界に繋がるゲートの破壊に乗り出す。アラン（磯村勇斗）を狙うジャイロ（高岩成二）に邪魔をされながらも、アカリ（大沢ひかる）はプラズマの破片を採取。ゲートの破壊にも成功する。

父・龍（西村和彦）の「無限の可能性」という言葉を噛みしめるタケル（西銘駿）の前にファイヤーとグラビティ（重力）2体のガンマイザーが現れた。タケル、マコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）は同時変身、ガンマイザーに立ち向かう。

しかし、合体したガンマイザーの破壊的なパワーにゴースト、スペクター、ネクロムは圧倒される。ゴーストグレイトフル魂はグラビティによるブラックホールにすべてを吸い取られ、変身を解除。タケルはオレゴースト眼魂を砕かれ、体が消滅してしまう。

今度こそタケルの命は潰えてしまった…。悲しみに沈むアカリ（大沢ひかる）だったが、新たな不知火を開発。マコト、アラン、御成（柳喬之）ら残された者たちも力を合わせ、ガンマイザーに反撃を試みる。

アカリ（大沢ひかる）やマコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）らの無限に広がる想いで蘇ったタケル（西銘駿）。しかし、その体はゴーストのまま。99日たてば今度こそ消滅してしまう。しかも15個の英雄眼魂（アイコン）で願いを叶えようとしても、グレートアイを守るガンマイザーが妨害しているらしい…。

アカリの研究室の担当教授・片桐ジロウ（中脇樹人）が“夢の世界”に入ったまま帰ってこなくなった。タケルらはジロウの兄・ユウイチ（野仲イサオ）と“夢の世界”へ。ジロウを連れ戻そうとするが、グリム眼魂が片桐兄弟同様の兄弟ゲンカを始めてしまい…。

タケル（西銘駿）が変身したゴーストムゲン魂はイゴール（山本浩司）らを圧倒。新たなガンマイザー・リキッドも逃亡する。が、現実世界に戻ると、再び現れたイゴールは眠ったままのアカリ（大沢ひかる）とジロウ教授（中脇樹人）の体を奪っていく。

イゴールがアカリたちの居場所を伝えてきた。ワナと知りつつもタケル、オナリ、ユウイチ教授（野仲イサオ）とともに夢の世界へ。アカリとジロウを見つけたタケルらは、ジロウ教授に科学が楽しいことを思い出させ、ユウイチとの兄弟仲を修復させる。

ディープコネクト社がバックアップするアイドルユニット、ハーピーフォーのリーダー・ホナミ（奥仲麻琴）が、他人の心の声が聞こえるようになった。おかげで他のメンバー3人が自分を非難する声やイゴール（山本浩司）らしき声を聞いてしまい…。

タケル（西銘駿）はホナミをメンバーのもとへ連れて行き、正直にすべてを話すよう促すが、またも自分への非難が聞こえてしまいホナミは混乱。一方、アカリは事件の真相を探るため、ハーピーフォーの一員になろうとオーディションを受ける。

ガンマイザーに敗れ去ったアラン（磯村勇斗）は、サンゾウゴーストによって修練の場へ。アランが信念を見失っていなければ、現実世界に戻ってくるというサンゾウだが、アランは修練の場でめぐり合った猿、豚、河童に翻弄され倒れ込んでしまう。

ハーピーフォーのオーディションに合格したアカリ（大沢ひかる）は、ホナミ（奥仲麻琴）の指導で歌とダンスの特訓を開始。アラン（磯村勇斗）は精神世界で猿、豚、河童から特訓を受ける。一方、マコト（山本涼介）は自らのコピーと激しい戦いを続け…。

ライブ当日、ステージで軽やかに歌い踊っていたアカリが足をくじいてしまった。タケル（西銘駿）の説得もあり、メンバーはホナミの復帰を受け入れ、ハーピーフォーは完全復活。技を修得したアランも現実世界に戻り、ジャベル（聡太郎）を新たな戦い方で一蹴する。

ガンマイザーウィンドが現れ、タケルはゴーストムゲン魂に変身。苦戦しながらも弱点を発見するとシンネンインパクトを撃ち込み撃破。ガンマイザーウィンドを粉砕する。すべてが解決したかに見えたが、コピーとの戦いに倒れたマコトだけは意識を失ったままだ。

ガンマイザーに対抗できるのはムゲン魂のみ。仙人（竹中直人）の言葉にタケル（西銘駿）は、「英雄の眼魂（アイコン）だって負けたわけじゃない！」と反発する。

アデル（真山明大）がガンマイザーとともに現れた。「新しい力を使え」というアデルに対して、タケルはあえてゴーストに変身し、英雄ゴーストを放つ。が、ガンマイザーはいとも簡単に英雄ゴーストたちを倒していき、タケルはやむなくムゲン魂に変身し…。

御成（柳喬之）は、戦いに敗れ生きる意味を見失っているジャベル（聡太郎）にやさしく言葉をかける。生きる意味は生涯をかけて見つけるもの…。おにぎりを口にしながら、ジャベルはそんな御成の言葉をかみしめる。

アデル（真山明大）の暴走を止めようと、アリア（かでなれおん）はダークネクロムピンクに変身。しかし、2体のガンマイザーによって倒され、眼魂（アイコン）となって砕けてしまう。その破片を取り込み、新たなガンマイザーが生まれてしまい…。

そのガンマイザーに真一郎（井田國彦）・真由（水谷果穂）父子が襲われ、なんと父と娘の体が入れ替わってしまった。刑事である父・真一郎を嫌悪する真由は、父の体になってしまい大混乱。タケル（西銘駿）らは、真一郎の心を持つ真由を探す。

タケルらは街行く真由を発見。が、ガンマイザーが現れ、タケルはゴーストムゲン魂に変身する。しかし、ガンマイザーはゴーストに攻撃することなく逃げ去ってしまった。いったい、なぜ!?　そんな騒動の間に真由は姿を消してしまい…。

父・真一郎（井田國彦）の心が入った真由（水谷果穂）を探さなければ…。タケル（西銘駿）らは真一郎の同僚刑事・篠崎（筒井巧）にすべてを打ち明け、協力を依頼する。その間にも父を責める真由をタケルは懸命に説得して…。

真由の体にガンマイザー・マグネティックブレードが取り付いていることがわかった。そうとは知らずにゴーストムゲン魂はガンマイザーを攻撃。その衝撃が功を奏し、それぞれの心と体が元に戻った。

真一郎はガンマイザーになったおかげで、捜査情報を指名手配犯に漏らしていたのが、同僚の篠崎であることを察知。辛い気持ちをこらえ、親友でもある篠崎を逮捕する。その姿を見ながらタケルは真一郎の気持ちを代弁、真由の頑なな心もほぐされていく。

タケル（西銘駿）の命を救いたい…。アカリ（大沢ひかる）は昼夜を忘れて研究を続け、マコト（山本涼介）とアラン（磯村勇斗）もアデル（真山明大）の暴走を止めようとする。しかし、アデルがゲートを封鎖したらしく、眼魔世界に戻ることすら出来ない。

力の根源とつながろうとするアデルを止めようと、イーディス長官（竹中直人）は眼魔ウルティマ・エボニーに変身。しかし、パーフェクト・ガンマイザーに一蹴され、タケルらに救出される。

イーディスによると、妻と長男を亡くしたアランの父・アドニス（勝野洋）は、誰も死なない完璧な世界を作ろうとしたが失敗。アデルとイゴール（山本浩司）は世界維持に必要な生命エネルギーを確保するため、人間世界への侵攻の準備を進めたという。

力の根源と結びつくため、タケル（西銘駿）を執拗に狙うアデル（真山明大）。アラン（磯村勇斗）はそんな兄の目を覚まそうと、ネクロムに変身し立ち向かうが、パーフェクト・ガンマイザーの圧倒的なパワーに深く傷ついてしまう。

タケルらを救出したイーディス長官（竹中直人）が、実は仙人であることがわかった。結果的にタケルの運命を弄んだようなイーディス＝仙人のやり方を、アカリ（大沢ひかる）らは一斉に非難。しかし、タケルは仙人のおかげでいろいろな人の想いを知り、つながることが出来たと感謝し、皆の怒りを収めてしまう。

息子のヒロキ（五十嵐陽向）が、突然難解な数式を解き始め甘いものをしきりに欲しがるようになったと、母親のミツコ（小橋めぐみ）が相談にやってきた。ヒロキと会ったタケル（西銘駿）は、ヒロキのコンタクトレンズが入った目に異変を感じる。

ヒロキと同じような人たちが何人も現れ、全員がビルズ（セイン・カミュ）が開発したデミアのベータ版を使用していることがわかった。デミアのリリースまであと6時間。タケルらはデミアを止めるため、ディープコネクト社へ向かう。

デミアが配布したコンタクトレンズが外せないことがわかった。となると、サーバーを止めるしかない。しかし、そんなタケルと御成（柳喬之）の前にイゴールが立ちはだかった。

デミアのコンタクトレンズを装着したヒロキ（五十嵐陽向）の体から、魂が抜けていく現象が発生した。タケル（西銘駿）はヒロキらデミアとつながった人々の意識の中に侵入、ゴーストベートーベン魂で音楽を奏で、ヒロキらを救出する。

デミアが起動すれば、すべての人々の魂が奪われてしまう。タケルらはデミアのサーバーを停止させるため行動を開始。ゴーストらのサポートを受けてアカリ（大沢ひかる）はサーバールームに潜入すると、デミアが起動する直前、サーバーの停止に成功する。

しかし、そのサーバーはテスト用。メインサーバーが稼働し、デミアは起動してしまった。タケルは人々とサーバーをつなぐネットワーク線を追い、メインサーバーの位置を確認。アカリに連絡すると、自らもサーバーの停止に動く。

アデル（真山明大）が人々とネットワークでつながった。アデルはパーフェクト・ガンマイザーに変身、ゴーストムゲン魂に「お前も世界の一部となれ」と襲いかかる。両者が激突した瞬間、タケル（西銘駿）とアデルの心が一つとなり、タケルは幼いころのアデルを目撃する。

アデルの幸せそうな家族の記憶に触れたタケル。もう一度アデルと繋がり想いを伝えれば、アデルの暴走を止められるかもしれない…。タケルは再び人々とアデルを繋ぐデミアシステムに侵入、アデルと繋がろうとする。

デミアに侵入し、またも姿を消してしまったタケル（西銘駿）。デミアで繋がる人々の声が頭の中でノイズとなり苦しめられる。そんなタケルの前にかつて心を通わせた人々を乗っ取ったガンマイザーが現れ、「我らと一緒になれ」と迫る。タケルはゴーストムゲン魂に変身、大切な人々の心を操るガンマイザーに怒りをぶつける。

御成（柳喬之）らはビルズ（セイン・カミュ）の協力でデミアが危険なものであることを告知する緊急放送を開始。しかし、アデル（真山明大）に放送を乗っ取られ、街の人々の顔がすべてアデルの顔に変わってしまう。

ノイズに苦しむタケルの前に、宮本武蔵（唐橋充）が現れ戦いを挑んでくる。「全てのものに声あり。無の心で、感じ取れ」という武蔵の声に従い、武蔵の一撃を目を閉じて手で受け止めるタケル。改めて声を聞くことの大切さを悟る。

アデル（真山明大）を救うため、アデルと繋がることに成功したタケル（西銘駿）だったが、タケルの父を殺したのがアデルであったことがわかってしまう。アデルが父を!?冷静さを失い、逆上したタケルはアデルに斬りかかるが、簡単に受け流されてしまう。

兄のアデルは自分たちの父親だけでなく、タケルの父まで…。マコト（山本涼介）はカノン（工藤美桜）を救ったタケルのために命を賭ける、と言うが、自分はどうしたら…。苦悩するアラン（磯村勇斗）だったが、自らも今度は自分がタケルのために…と意を決する。

アラン（磯村勇斗）に続き、タケル（西銘駿）はアカリ（大沢ひかる）、コピーマコト（山本涼介）、御成（柳喬之）らと眼魔世界へ。一方、アランは単独でネクロムに変身しアデル（真山明大）に戦いを挑むが、無慈悲に攻撃を加えるパーフェクトガンマイザーにタケルの怒りが爆発。ゴーストムゲン魂に変身すると、激しい攻撃を加える。

しかし、アランの「兄上を助けたい」という言葉に目覚めたタケルは変身を解除。パーフェクトガンマイザーに抱き着き、アデルと繋がると、アデルが父・アドニス（勝野洋）に愛されていたことを悟らせる。

グレートアイを取り込んだガンマイザー、グレートアイザーが眼魔世界から人間界に出現した。タケル（西銘駿）らも人間界へ戻り、グレートアイザーの後を追う。

タケルはゴーストムゲン魂に変身。すべての人間を消し去ろうとするグレートアイザーに立ち向かうが、すべての攻撃を跳ね返されると逆に強烈な一撃を浴び変身を解除してしまう。

勝ち誇るグレートアイザーはアイザージャイアントとなり巨大化。次々と人々を消し去っていく。「皆の未来を守れない」と無力感に襲われるタケルだったが、闘魂眼魂を手に父と母の愛を思い出し、人間の愛の力に目覚める。

すべての戦いが終わり、タケル（西銘駿）は高校へ復帰。ジャベル（聡太郎）は大天空寺で修行を始め、アカリ（大沢ひかる）、マコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）、御成（柳喬之）らも平穏な日常という幸せを噛みしめていた。

そんなタケルらの前にアユム（生駒星汰）と名乗る少年が現れた。謎の仮面ライダーに襲われていたアユムは、なぜかタケルに「未来に希望なんか持ってもムダ。絶望があるだけ」と言い切る。そんなアユムを「君の想いが未来を作るんだ」と説得するタケルだが…。

またもアユムが謎のライダーに襲われた。どうやらアユムが手にしている“奇妙なモノ”が狙いらしい。タケルはゴーストに変身、謎のライダーに立ち向かうが、彼の目的は「人の命を救う」ことだという。するともう一人、黒いライダーが現れアユムの手から“奇妙なモノ”を奪っていく。