７年前。東京・渋谷に隕石が落下した。今も落下地点は瓦礫の山となったまま、放置されている。それは、両親を奪われたひより（里中唯）の心に開いたちっぽけな穴を象徴するかのようだ。港湾エリアにワームが出現した。通報を受けた岬（永田杏奈）は田所（山口祥行）とともにＺＥＣＴ指令車で現場に急行。現場ではすでにゼクトルーパーがワームのサナギ体に銃撃を浴びせているが、ワームはダメージを受けながらも反撃してくる。と、そこへ加賀美（佐藤祐基）がバイクで到着。ＺＥＣＴカメラで戦いの様子を撮影し、田所らは車内のモニターでその映像をチェック。冷静に指示を与える。しかし、３体のワームは次々と脱皮してアラクネアワームへ。クロックアップし、目にもとまらぬスピードで次々とゼクトルーパーたちを打ち倒していく。田所の指示もむなしく、なすすべもなくやられるゼクトルーパーたち。結局、ＺＥＣＴは撤退を余儀なくされる。このままワームにやられるしかないのか。田所の背中も悔しさに満ち溢れ…。

カブトゼクターが選んだのはZECTの加賀美（佐藤祐基）ではなく、天道（水嶋ヒロ）だった。アラクネアワームを倒したカブトマスクドフォームだが、加賀美の変身体でないことがわかると田所（山口祥行）らは一気に緊張。ゼクトルーパーも身構えるが、カブトはどこかへと姿を消してしまう。翌朝、妹の樹花（奥村夏未）に朝食を作ってやりつつ新聞を確認する天道。昨日の事件が一行も出ていないということは、ZECTという組織にかなり力があるらしい。天道はZECTに興味を抱いて…。ZECT以外の人間にライダーになる資格はない。田所は加賀美と岬（永田杏奈）にカブトに変身した男が誰か探し出すよう指示を出す。見つけ出してZECTに引き入れるのか？天道を知る加賀美は気にするが、岬の考えでは本人次第だとか。もし拒否すれば抹殺することも…。加賀美はZECTの力を改めて実感する。

ライダーバイク＝カブトエクステンダーを持ち出しながら、カブトに奪われてしまった加賀美（佐藤祐基）。大失態に怒りをあらわにした岬（永田杏奈）は加賀美を平手打ちにすると、あなたにZECTのメンバーはつとまらない、と言い放つ。新たなワーム、ランピリスワームが出現した。ゼクトトルーパーを蹴散らすと、警官に襲い掛かりその警官に擬態。さらにその様子を目撃した女性・ユキ（菊地美香）に擬態する。瞬間、見詰め合う２人のユキ。パトカーが駆けつけると、片方のユキがもう一人を捕まえようとするが髪をほどかれたまま逃走。髪をアップにしたユキが逮捕される。岬の言葉にショックを受けた加賀美は、悶々としながらもビストロ・サルでバイトを。クサクサする彼の目の前に、ひより（里中唯）がまかないのさば味噌を出してきた。やっとひよりのさば味噌が食べられる。大喜びの加賀美の前に、突然天道（水嶋ヒロ）が現れた。もとはと言えば、こいつのおかげで…。加賀美が怒りをぶつけようとすると、天道はちょっとした隙をついてさば味噌をパクパク。しかも天道が注文した追加分のさば味噌もさばが切れてできないという。空っぽになった皿を前に頭を抱える加賀美で…。

ある朝、ビストロ・サルの加賀美（佐藤祐基）宛てに大量の松輪サバの丸特が送られてきた。事態を飲み込めず目を白黒させていると、樹花（奥村夏未）がサバを引き取りにやってきた。その口調から樹花を天道（水嶋ヒロ）の妹と悟った加賀美。どうやらサバも天道が頼んだものらしい。樹花に言われるままにサバを天道の家に運んできた加賀美。仲のいい天道兄妹に思わず自分の弟に思いをはせる。その顔がふと曇ったところを天道は見逃さず…。天道のサバ味噌に「うまい！」と大喜びの加賀美だったが、サルでのバイトのことを思い出し大慌て。急いで帰ろうとする加賀美を引き止めた樹花は、「また来てね」と指切りをする。樹花のあどけない指切り＝約束に弟・亮（佐々木和徳）を思い出す加賀美。

天道（水嶋ヒロ）を尾行する岬（永田杏奈）の前にZECTの東（小川敦史）という男が現れた。本部主導のカブト捕獲作戦に協力して欲しいという。岬は言葉もなく、ただ男の顔を見つめ返すだけで…。エピラクナワームが現れた。田所（山口祥行）の指揮のもと、ゼクトルーパーは猛攻。ワームをあと一歩のところまで追い詰める。が、そのとき、別のZECT指令車が現れ、ゼクトルーパーの攻撃をさえぎってしまう。指令車からは岬の声で攻撃を中止せよとの指示が。驚く田所に岬は、今回はカブト捕獲のため別行動をとると言う。サルでアルバイトする加賀美（佐藤祐基）の前に、父親・陸（本田博太郎）がやってきた。フリーターを続ける加賀美に「しっかりしろ」と説教する陸。どうやら息子がZECTにいることを知らないらしい。加賀美はそんな父に敵意の目を向けると、弟の亮が失踪したときに何もしなかった陸を激しく責める。

ひより（里中唯）が待つ東京タワーへと向かっていた天道（水嶋ヒロ）だったが、ゼクトルーパーに包囲され動きが取れなくなった。駆けつけた加賀美（佐藤祐基）が割って入ろうとするが、東（小川敦史）は「ベルトを渡せ」と天道に詰め寄る。それでも止めようとする加賀美に東は銃を突きつけるが、それを見た天道はおとなしくベルトを差し出し、自らもZECTに拘束されていく。天道が言っていた“企み”とはこのことだったのか…。先走ったことを後悔する加賀美に、天道は東京タワーへ行って欲しいと言い残す。さっそく岬（永田杏奈）の取調べを受ける天道。「カブトの正体はあなたなの？」。そんな質問にも持ち前の話術で天道は岬を煙に巻いてしまう。

ワームと戦う田所チーム。しかし、続々と現れるワームにゼクトルーパーは全滅。追い詰められた加賀美（佐藤祐基）は、マシンガンブレードを手に一人ワームに立ち向かう。と、そのとき突如現れたザビーマスクドフォームがワームの前に立ちはだかると、キャストオフ。ザビーライダーフォームへと変身。さらに本部直轄の精鋭部隊シャドウに的確な指示を与え、ワームに脱皮させる時間を与えることなく全滅させてしまう。鮮やかなザビーらの動きに言葉を失う加賀美。変身を解除した矢車（徳山秀典）は、そんな加賀美と岬（永田杏奈）をよそに田所（山口祥行）と再会を喜び合う。矢車は単独でワームに立ち向かった加賀美に、スタンドプレイはするな、と注意。シャドウを統率するリーダーらしく、戦いにおいてはチームの完全調和がもっとも重要だと諭す。そんな矢車に感激する加賀美は、ワームを倒す一つの手段として行動パターンを読め、と教えられ深々と頭を下げる。

カブトを倒そうと次々と攻撃を仕掛けるザビー。しかし、カブトは「戦う理由がない」とただかわすだけだ。それでも攻撃の手を緩めないザビー、そしてシャドウ。カブトはサブマシンガンで襲い掛かる影山（内山眞人）をやむなく打ち倒してしまう。状況を知らない加賀美（佐藤祐基）は、カブトが一方的に影山を倒したと勘違い。天道（水嶋ヒロ）に対して怒りをあらわにする。ワームを倒すために強くなりたい、と思う加賀美は田所（山口祥行）に頭を下げ、シャドウと行動をともにすることに。影山から矢車（徳山秀典）が言うパーフェクトハーモニーの意味を聞き、それがチームとして戦うことであると知った加賀美は、さらに矢車へと傾倒していく。天道の言うとおり、ワームが生き残っていることが判明した。三島（弓削智久）から指摘された矢車は敗北感からくる怒りを抑えきれない。さらに影山のために麻婆豆腐を作ろうとしたが、豆腐まで天道に買い占められてしまっていた。今度は加賀美が腹を立てて…。

「２人が戦う必要なんてない！もうやめてくれ！」。カブトに襲い掛かるザビーを懸命に止めようとした加賀美（佐藤祐基）だったが、その瞬間道路の一部が崩れて加賀美の頭上に降りかかってきた。思わず頭を抱える加賀美。が、コンクリートの塊はなぜか砕け散ると加賀美を避けるように落下していく。難を逃れた加賀美だったが、カブトはザビーのライダースティングをまともに浴びてしまう。変身を解除し倒れこむ天道（水嶋ヒロ）。必死で庇う加賀美だったが、ザビーは「ベルトの命ももらう」と天道の腹部へ強烈なパンチを叩き込む。意識を失いまったく抵抗できず、その場に倒れこむ天道。そんな姿に安心したようにザビーはゼクトロンで走り去っていく。ザビーが去った後、何事もなかったかのように息を吹き返す天道。ホッとする加賀美だが、ふと見ると自分がコンクリート塊に襲われた地点にカブトのクナイガンが。ということは、カブトは自分を助けるためにザビーのライダースティングを甘んじて受けてしまったのか？真意を質そうとした加賀美だが、振り返ると天道は再び意識を失って倒れていた。

「俺は……俺は……」。ザビーに変身した加賀美（佐藤祐基）は歓喜の雄叫びとともに襲い掛かるワームを弾き飛ばす。「変身したんだ！」。一方、カブトもエクスモードから鮮やかなライダーキックで１体のコレオプテラワームを撃破。変身を解除した天道（水嶋ヒロ）は、やはり鮮やかにワームを蹴散らしたザビーを目撃。変身を解除、加賀美に戻ったところを見届けると、「天は気まぐれだ」とつぶやきながら去っていく。翌日、ザビーになる資格を失った矢車（徳山秀典）が天道を訪ねてきた。麻婆豆腐を作りながら「俺はお前に負けたわけじゃない。俺自身に負けたんだ」という矢車。悔しさをにじませながらも、どこか納得しつつ麻婆豆腐を完成させると、天道に差し出す。天道が言う素材の個性を大切して作ったという矢車。天道はそんな矢車に「お前だけの麻婆豆腐を作れ」と餞別と言いながら豆腐を差し出す。

廃墟の渋谷で半死半生のまま倒れる女性。その女性のそばに少女・ゴン（神崎愛瑠）とギターケースを抱えた青年・大介（加藤和樹）が現れた。「かわいそうに…どんな人生を歩んできたのか…」。青年はギターケースを開け、メイク道具を取り出すと倒れている女性にメイクを施していく……。天道（水嶋ヒロ）が筍を持ってサルへとやってきた。日ごろ、まかないを食べさせてもらっている礼だ、とひより（里中唯）に筍を渡す天道。そんな天道を加賀美（佐藤祐基）が強引に引っ張っていくと、熱い眼差しでじっと天道を見つめる。さすがの天道も思いっきり引いていると、加賀美はザビーとなって戦っているときに天道との間に熱い友情を感じたのだという。途端に怒り出す天道。自分のような完璧な人間と加賀美のような凡人との間に友情など成立しない、と言い放つ。「お前は大事なことを忘れている」。相変わらずのオレ様節に加賀美は逆ギレ。天道の言う言葉の意味などまったく理解できない。

ワームに襲われた大介（加藤和樹）は、飛んできたドレイクゼクターを受け止めると、仮面ライダードレイクに変身。あっけにとられる加賀美（佐藤祐基）を横目にさっそうとワームを撃破する。天道（水嶋ヒロ）とともに変身を解除した大介は、改めて天道と対峙。互いにライバル意識をぶつけ合うが、一匹逃したワームを追うという天道に対して大介は「関係ないね」と去っていく。いつものようにゴン（神崎愛瑠）を助手に、セレブな女性にメイクを施す大介。その一方でZECTでは早くも大介＝ドレイクという情報をキャッチ。三島（弓削智久）から報告を受けた加賀美陸（本田博太郎）は、ドレイクがZECTに合流しなかった場合は抹殺せよ、という指令を出す。さっそく加賀美は大介と会い、ZECTという組織について説明。行動をともにして欲しいと説得する。しかし、もとよりワームに興味がなく、ドレイクの資格者であることを迷惑だと言い切る大介にそんなつもりは毛頭ない。このままでは大介が消されてしまう。加賀美は必死で頭を下げるが、大介はそんな加賀美にメイクを。加賀美は生まれ変わった自分の顔を確認し、怒りを露にしながらも悦に入ってしまう。

謎の内通者によって、またも元シャドウのメンバーが白いワームに殺された。その内通者は本当に加賀美（佐藤祐基）なのか…。田所（山口祥行）には信じられないが、シャドウの新たなリーダー影山（内山眞人）は加賀美を内通者と決め付けている。田所に対しても、これまでになく強い調子で「後のことも任せてもらう」と言い切る。ひより（里中唯）が天道（水嶋ヒロ）を訪ねてきた。カブトのベルトに触れたことで、隕石が落下した直後の記憶が甦り、ベルトをつけた少年が自分の両親を殺した犯人だという。「あのベルト、お前のなのか？」。きびしく天道を問い詰めるひより。天道は否定するが、どこか曖昧な天道の態度にひよりは納得しない。ついには怒りを爆発させ、「二度と僕の前には現れないでくれ」と出て行ってしまう。

ついに鉢合わせしたカブト、ザビー、ドレイク、３人のライダー。それぞれの思いを胸に激突するが、カブトが一枚上手。ザビーを倒したカブトは、影山（内山眞人）が加賀美（佐藤祐基）の命を軽んじたことを思い出し…。その加賀美は影山に囮として利用されたことがショックで立ち直れない。天道の「情けない奴だ」という言葉にも涙にぬれた顔を向けるだけで何も言葉が出ない。やがて立ち上がると、どこかへと駆け出してしまい…。とあるおでんの屋台。長いすに一人座っている中年男（モロ師岡）は、はんぺんを注文しコップ酒を。一口すすると「うめー」と超ご機嫌。三角形のはんぺんをおでこのところへ持っていき、「おやじ、幽霊」とくだらない親父ギャグを飛ばしている。と、そのとき男の携帯がなり、緊急手術を行うという知らせが。

天道（水嶋ヒロ）がシャドウの隊長に!?唖然とする加賀美（佐藤祐基）、岬（永田杏奈）の前で天道はカブトに変身。フォルミカアルビュスワームを撃退する。それにしてもなぜ天道がZECT…、しかもシャドウの隊長に!?驚きで開いた口がふさがらない加賀美に、天道は自分がカブトであることは明かさず、天道寺という偽名でZECTに加入したという。天道にシャドウのリーダーの座を奪われた影山（内山眞人）は納得できない、と不満を三島（弓削智久）は取り合おうとしない。三島はあくまでも天道…天道寺を優秀な人間とかっているようだ。影山は不満を募らせて…。

三島（弓削智久）から新たな指令を受けた影山（内山眞人）は、ひとり歩くゴン（神崎愛瑠）を尾行。いきなり背後から襲い掛かる。連れ去られそうになったゴンだったが、大介（加藤和樹）が現れたため、影山はとっさに姿を隠す。誰かが襲い掛かってきて、と不安を口にするゴンだが、大介には信じられず…。誰かが自分を狙っている…。あれ以来、脅えるゴンは大介の助手という仕事にも集中できない。なんとトイレに行くにも大介といっしょ。おかげで変質者と間違われた大介は、警察を呼ばれてしまいあわてて逃げるはめに。

影山（内山眞人）に拉致されたゴン（神崎愛瑠）を救い出すため、天道（水嶋ヒロ）に戦いを挑む大介（加藤和樹）。２人はカブト、ドレイクに変身。さすがのカブトもゴンを救出したい思いに駆られるドレイクの激しい攻撃に押され気味になるが、ドレイクの状況を察知するとすばやく反撃し姿を消してしまう。ZECTがゴンを誘拐！？そんなひどいことを…。にわかに信じられない加賀美（佐藤祐基）と岬（永田杏奈）だが、どうやら間違いないらしい。２人は田所（山口祥行）に詰め寄り、ゴンが拉致されているであろう場所がZECTの保養所であることを聞き出すと、現場へと急行する。大介は改めて天道を呼び出すと、再び攻撃を仕掛けてくる。ゴンを助けるならほかにも方法があるだろう、と諭す天道だが、大介には通じない。

中世ヨーロッパを思わせる豪華な洋館。その中の広大なダイニングで剣（山本裕典）は、じいや（梅野泰靖）と呼ぶ執事を従え豪華な朝食をとっていた。そこへ電話が入り、じいやの運転するリムジンで“仕事”へと出かける剣。途中、スピード違反で白バイに止められるが、突如ワームが現れた。「ありがたい。仕事が早く済む」。剣は仮面ライダーサソードに変身。マスクドフォームのまま、鮮やかな剣さばきで３体のワームを撃破する。その足でZECT本部へ行き、三島（弓削智久）から報酬を受け取る剣たち。三島は剣にカブトの抹殺を指示するが、剣は自分の仕事は金と引き換えにワームを倒すだけ、と強気の言葉を投げつけ本部を去っていく。

「全てのワームはオレの獲物だ」。ワームに対して激しい敵意をむき出しにするサソードは、邪魔をするなとカブトに襲い掛かる。カブトは変身を解除。天道（水嶋ヒロ）は頭を冷やせと諭すが、やはり変身を解除した剣（山本裕典）は収まったものの、なおもワームには手を出すなと忠告を繰り返す。怪盗シャドウとして岬（永田杏奈）らと行動することが楽しい加賀美。が、そのシャドウには天道も力を貸しているとか。岬から説明を受ける加賀美だが、どこか割り切れないものを感じて…。剣は自宅でじいや（梅野泰靖）が出してきたローズティーに激怒する。美しいバラの花とたわむれているときに、突如現れたワームによって命を奪われてしまった姉…。「姉さん……仇は取る……」。剣はいつになく表情を固くする。

ZECT本部では新たなマスクドライダーシステム、ガタックの資格者探しが始まっていた。この日は田所（山口祥行）が実験に失敗、瀕死の重傷を負ってしまう。ガタックの資格者が現れない現状を陸（本田博太郎）に報告する三島だが、陸はそんな三島に向かい息子・加賀美（佐藤祐基）を被験者にするようほのめかす。その加賀美は岬（永田杏奈）とワームの巣窟となっているという、操業を停止した工場の前にいた。が、急遽、岬は入院した田所のもとへ急行、一人残された加賀美は工場へと潜入する。一人調査を続ける加賀美の前に、一人の工員が。しかし、実は擬態したワームだった。銃を構える加賀美の前に次々と現れるワーム。絶体絶命と思ったそのとき、加賀美はマコト（桑代貴明）という工場に一人隠れていた少年に助けられる。

ガタックへの変身に失敗、病院に運ばれた加賀美（佐藤祐基）はようやく意識を取り戻した。思い切りぶつかれば何でも克服できる、だからガタックにもなれると…。そんな思い込みの激しい自分を反省する加賀美。岬（永田杏奈）からマコト（桑代貴明）がやはりワームであるため、工場殲滅が決定したと聞かされ、改めて無力な自分を思い知らされる。ビストロ・ラ・サルでは天道（水嶋ヒロ）がコック、ひより（里中唯）がメイド姿で剣（山本裕典）の誕生パーティーの準備。なんでここまで…！怒りを露にするひよりだが、じいや（梅野泰靖）を人類の宝と認める天道は、剣のため、というよりじいやのために素直に従う。ひよりが作った肉じゃがをフォークとナイフを食べ、「うまい」と感激するパーティーの主役・剣。「細切れの肉」を「コマギレ」とフランス語風に発音し肉の種類と勘違いしたり、スーパーマーケットのスーパーを「スーパーな店」と勝手な解釈をしたり、飛ばしまくる剣。さすがの天道も開いた口がふさがらないが、とりあえずは満足したようで…。

７年前、隕石が落下した地点…渋谷廃墟。シャドウが厳重に監視するゲートから田所（山口祥行）と三島（弓削智久）が現れた。なにやら田所は激しく動揺している。「なぜ私をエリアＸに入れたんです？」。田所から詰め寄られた三島は、ガタックの出現でマスクドライダー計画も、ワームも次の段階に入ったと告げる。次の段階とはいったい……。突如、ジオフィリドワームに襲われるひより（里中唯）。と、そこへ加賀美（佐藤祐基）が現れるとガタックに変身。あっという間にワームを撃破し、自らの力に酔いしれる。その一部始終を見ていたひよりは、７年前、両親を殺したと思われるベルトを巻いた少年を思い出し…。

ライダーフォームで戦うカブトとサソード。サソードの必殺のソードをカブトが腕で受け止めた瞬間、戦闘中止を告げる角笛が聞こえてきた。「この勝負、ぼっちゃまの負けでございます」。角笛を手に判定を下すじいや（梅野泰靖）に気色ばむサソードだが、カブトは装甲をプットオンし完璧に防御。逆にクナイをサソードの急所で寸止めしていた。変身を解除した剣（山本裕典）は納得がいかないと、じいやを解雇してしまう。必死に許しを請うじいやを庇う天道（水嶋ヒロ）だが、剣が耳を貸すはずもなく…。両親を殺したライダーベルトの少年は誰だったのか？答えを知りたいひより（里中唯）は一人渋谷廃墟へ行こうとするが、加賀美（佐藤祐基）は危険だと引き止める。とはいえ、ひよりの気持ちもわからなくはない。渋谷に何かがあると察知した加賀美は、上司の田所（山口祥行）に直訴するが、なぜか田所は珍しく語気を荒げて渋谷へ行くことを禁じる。

渋谷廃墟の未知の扉を開けて中へと入った天道（水嶋ヒロ）、加賀美（佐藤祐基）、ひより（里中唯）。そこは何年も放置されたままの手術室のような部屋だった。アルコール漬けのワームの卵に声を失う加賀美。しかし、彼らを驚かせたのは「マスクドライダー計画」と書かれた何冊ものファイルだった。その中の「No.１　1971年４月３日～」と書かれた一冊を手に取った加賀美は愕然とする。中には「戦いの神、ガタックに選ばれし人、加賀美新」とあったからだ。35年も前になぜガタックが、なぜ加賀美の名前が…？

ついに陸（本田博太郎）と対峙した天道（水嶋ヒロ）。なぜ35年前のファイルに加賀美（佐藤祐基）の名前があったのか？激しく詰め寄る天道に、陸は「理由は君自身が知っているはず」とはぐらかす。さらに陸は天道の両親について触れると、樹花（奥村夏未）のことまで大切にしろと言い残しさっていく。まさか、陸は樹花まで狙っているのか？麗奈（三輪ひとみ）が変身したウカワームと戦うザビーに力を貸したドレイクだが、ウカワームは２人のライダーを軽くあしらう。ついには変身を解除してしまう影山（内山眞人）と大介（加藤和樹）。「ライダーの力はこの程度か」。麗奈の屈辱的な台詞にも逆らうことができない…。

イチゴ牛乳を飲みながら雑誌の大介（加藤和樹）の記事をふと目にしたゴン（神崎愛瑠）。忘れていたはずの２人で過ごした日々がまざまざと甦ってきた。「大介！」。携帯で連絡がとれないことがわかると、置手紙をして家を出る。ワームである麗奈（三輪ひとみ）を呼びつけたZECTの三島（弓削智人）は、ZECTにはむかうライダーを一掃することで共闘することに。とはいえ、ともに「利用すべきものは全て利用する」という意思があったからこそ。けっして心を許したわけではなかった。ゴンが去ってから元気のない大介は、本業のメイクアップアーチストとしての評判も下降気味。最近では新進気鋭の相良（松本博之）にトップの座を脅かされている。マネージャー（石井笛子）にも見限られた大介は一人ため息をつく。

ワームが擬態した大介（加藤和樹）とは知らず、メイクをしてもらおうと目を閉じる樹花（奥村夏未）。帰宅した天道（水嶋ヒロ）によって救われるが、ワームを取り逃がしてしまう。一方、本物の大介は訳がわからないまま警察に追われヘトヘトに。ゴンの写真を取り出し、ふと弱音を吐く。大介が死亡した。天道らは遺体安置所で大介の遺体を確認。ということは、今現在活動している大介がワームということになる。加賀美（佐藤祐基）は怒りを露にすると、剣（山本裕典）も「すべてのワームはオレが倒す」と復讐を宣言する。しかし、実は遺体こそがワームが擬態した大介。まるで死人のように装い、天道らをだましたのだった。そんな策略のウラには麗奈（三輪ひとみ）の影が…。

ある夜、天道（水嶋ヒロ）は路上で倒れこんだ男から黒い鞘に収まった包丁を手渡される。「これを…正当継承者に…」。男はそれだけを言い残すと息絶えるが、その包丁とはいったい…？天道は樹花（奥村夏未）から、近くに店ができたため、客が激減した友達のレストランの面倒をみて欲しいと頼まれる。それでは、とまずはライバル店を視察に行く天道と樹花。ところが出てきた料理を食べた２人は「まずい」と顔をしかめる。それどころか樹花は悲しそうな顔をして店から出て行ってしまった。「なんだ、この料理は！」。怒りを露にする天道に料理人・生簀（阿部進之介）が現れると「おれは料理で人間の感情を操ることができる」とうそぶく。ということは、わざとまずい料理を！料理人の風上にも置けないヤツ、と天道は男を激しくののしる。

じいや（梅野泰靖）を料理対決で打ち破り、黒包丁を手に勝ち誇る生簀（阿部進之介）。「この仇はオレがとる！」。天道（水嶋ヒロ）は倒れたじいやを抱き留めつつ、リベンジを誓う。剣（山本裕典）の正体がスコルピオワームであることを知った加賀美（佐藤祐基）は、岬（永田杏奈）を呼び出す。剣のことを切り出そうとしたその時、当の剣がなんと馬車に乗って現れた。デートを迫る剣から岬を逃した加賀美。ワームである剣に「なんのつもりだ？」と詰め寄るが、純粋に岬を想っての行動らしい。どうやら剣は自らをワームだと気付いていない…。加賀美の苦悩は深まるばかりだ。

スコルピオワームを庇うガタックと戦うカブト。正気を失ったスコルピオワームはそんな２人にも襲いかかるが、クロックアップしたハイパーゼクターの衝撃波に全員が飛ばされてしまう。ハイパーカブトの姿を見たカブトは何かに気付いたようで…。ハイパーゼクターの警備を厳重に、と指示する三島（弓削智久）の前に麗奈（三輪ひとみ）が現れた。麗奈によると、ハイパーゼクターはいずれはカブトのものになるという。その言葉が意味するものとは…？相変わらず自らがワームだとは気付いていない剣（山本裕典）を横目に、加賀美（佐藤祐基）はじいや（梅野泰靖）にその事実を明らかにする。しかし、じいやはすべてをわかっていながら剣の面倒をみているようだ。

ひより（里中唯）はシシーラワームだった。自らの変身に驚きを隠せないひよりは、そのままどこかへ走り去ってしまう。ワームを撃破、変身を解除した加賀美（佐藤祐基）は、なぜか落ち着き払った天道（水嶋ヒロ）に「ひよりをどうするつもりだ？」と問いかける。「相手がワームなら俺は非情に徹する。そして倒す……」。天道の態度を非難する加賀美だったが、翻意するはずもなく…。三島（弓削智久）に命じられた影山（内山眞人）がひよりを捉えようと近づいてきた。しかし、そこにはやはりひよりを取り込もうとする麗奈（三輪ひとみ）の姿も。窮地に陥ったひよりを救うため、ガタックは両者を敵に回して戦うことに。加賀美に友情を感じていた剣（山本裕典）もサソードに変身し、ガタックとともに戦うが多勢に無勢。次第に追い込まれていく。そして、ワームに襲われかけたひよりは再びワームに変身。そこへ現れたカブトは非情のライダーキックを見舞い、シシーラワームは爆裂霧散してしまう。

「ひよりはどこだ！」。突如、目の前に現れた砂浜に倒れていた三島（弓削智久）に迫る天道（水嶋ヒロ）と加賀美（佐藤祐基）だが、ゼクトルーパーに守られ三島は車で走り去ってしまう。ビストロ・サルに戻った天道はひよりが描いた妖精の絵を見ながら一人涙を流す。そんな天道を窓の外からそっと見つめる加賀美で…。ワームが出現した。連絡を受けた加賀美と岬（永田杏奈）が現場に駆けつけると、珍しく他のチームや訓練生まで集合している。司令官の無線に従い、建物の奥へとトラップを避けながら進む加賀美と訓練生。しかし、２人が到達した先には、なんと天道が料理を作って待っていた。「お前、何をしているんだ！」。激しく詰め寄る加賀美だったが、ヘルメットを取った訓練生の蓮華（手嶋ゆか）が割って入ってきた。

矢車（徳山秀典）が仮面ライダーキックホッパーに変身してカブトに襲い掛かってきた。キックホッパーの激しい攻撃をかろうじてかわすカブト。が、そんな戦いの中に影山（内山眞人）が割って入った。「返せ～。俺のザビーゼクター返してくれよ～」。情けない影山の姿にホッパーは変身を解除、シラけた矢車は「俺なんか涙も枯れ果てた」と捨て台詞を残し去っていく。剣（山本裕典）が突如一人旅に出ると、じいや（梅野泰靖）に告げて屋敷を出て行ってしまった。すべてはディスカビル家再興のため、というのだが、じいやは気が気ではない。

「選ばれし人よ、もうゼクター集めはやめてください」。天道（水嶋ヒロ）の前に不可思議なことを言う男（中泉英雄）が現れた。ZECTの人間か？天道がカブトゼクターを手に身構えようとすると、なぜかゼクターは天道の手をすり抜け男の手の中に納まってしまう。天道の大切な人のためでもある、と男は言い残すと、ゼクターを天道に返して去っていく。蓮華（手嶋ゆか）と影山（内山眞人）が天道を「師匠」と呼び、つきまとうようになった。料理を食べてから天道に心酔するようになった蓮華に対し、影山の狙いはザビーゼクターを返してもらうため。２人は必死になって天道を手伝うが、失敗の連続で…。

ワームに襲われた立川（中泉英雄）を保護した加賀美（佐藤祐基）は、剣（山本裕典）の屋敷で介抱するが、立川は握手をしただけ剣がワームだと悟ると逃げようとする。しかし、気がついた剣は名剣ディスカリバーで立川を攻撃。立川はワームからなんとサソードに変身すると、クロックアップして逃げ去っていく。立川はいったいどんなワームなのか？加賀美が天道（水嶋ヒロ）に相談すると、かつて天道の両親を殺したのも、立川と同じ角のあるワームだったという。ということは、隕石が落下する前、今から18年も前から地球上に存在していたのか？自らをネイティブと呼んでいたことを考えると、立川はこれまでとは違うタイプのワームなのかもしれない…。

キャンプ合宿を前に大はしゃぎの樹花（奥村夏未）。天道（水嶋ヒロ）もそんな妹をほほえましく見つめるが、その樹花から気になる噂を耳にする。樹花の学校の野球部がランニング中に忽然と消えたというのだ。どうやら呪いの鏡が原因らしいのだが…。天道の指示で事件の周辺を調べた岬（永田杏奈）は、野球部員全員の捜索願いが出されていたにも関わらず、なぜかすぐに取り消されていた事実をつかむ。やはり何かキナ臭い。天道はパン屋となって学校に潜入、加賀美（佐藤祐基）、岬、蓮華（手嶋ゆか）も捜査に乗り出す。樹花のクラスに転校生として剣（山本裕典）がやってきた。「あのときの変な小学生！」と驚く樹花の隣に座った剣。さっそくじいや（梅野泰靖）の入れたお茶にご満悦、となるが、じいやは強制的に外へと連れ出されて…。

樹花（奥村夏未）が通う中学にはワームの影がうごめいている。天道（水嶋ヒロ）と加賀美（佐藤祐基）は、樹花が楽しみにしているキャンプのためにも潜入捜査を続行。事件の真相解明を急ぐ。恥さらしとまで言われた野球部が地区大会で優勝した。どうやら突然豪速球を投げるようになったエースのおかげらしいが、ピッチング練習を見る限りとても人間業とは思えない。天道はそんなエースに笑顔で近づく理事長（角田篤）を見つけて…。突然消えたと噂された合唱部は７年前に全国大会で優勝していたが、経済的な事情か何かで廃止。それが“消えた”という噂になって広まったらしい。呪いの鏡も鏡面がゆがんでいただけ。やはり怪談めいた噂もすべてデマだったのか…。

麗奈（三輪ひとみ）がサルに乗り込んできた。天道（水嶋ヒロ）にハイパーゼクターを渡せと迫りウカワームに変身、天道もカブトに変身し立ち向かう。最初は押されていたカブトもハイパーゼクターを手にハイパーカブトにパワーアップすると形勢逆転。パーフェクトゼクターで決定的な一撃を浴びせかける。サブストワームになんとか助けられたウカワームだが、深く傷つきながら逃げ去ると、変身を解除。麗奈の姿に戻り気を失ってしまう。そんな麗奈をワームであることも忘れ、偶然近くにいた大介（加藤和樹）は必死に介抱。麗奈の美しさに心奪われていく大介にゴン（神崎愛瑠）もあきれてしまう。やがて意識を取り戻す麗奈だが、その姿からはワームの影はすっかり失われていた。普通の女性として大介と接する麗奈。そんな麗奈に大介はいつものように甘い言葉をかける。

異次元でひより（里中唯）と再会したものの、ダークカブトに襲われるカブト。最後はライダーキックが相打ちとなるが、飛ばされたカブトは現実へと戻ってきてしまう。自分もワームという化け物だったの？人間の心を取り戻した麗奈（三輪ひとみ）は、目の前で展開されるライダーやワームの戦いに混乱。大介（加藤和樹）はそんな麗奈を懸命になだめる。そんな２人の前に矢車（徳山秀典）と影山（内山眞人）が現れた。今なら麗奈を簡単に倒せる。２人はキックホッパー、パンチホッパーに変身、大介は麗奈を庇いドレイクに変身する。２人を相手に戦っていたドレイクだったが、隙を見てキックホッパーが麗奈に接近。ホッパーの蹴りが麗奈を襲うその瞬間、なぜかキックホッパーは動きを止めてしまった。「この女…瞳の奥に闇が見える。俺と同じ地獄を見たか…」。

ZECTがワームの擬態能力を奪うアンチミミック弾の開発に成功した。完成品はまだ３発しかないが、これさえあればワームとの戦いを終わらせることもできる。陸（本田博太郎）は２発目から、いよいよ本格投入を開始する。加賀美（佐藤祐基）ら田所（山口祥行）チームはアンチミミック弾による作戦実行を前に、一部の人間を避難させる。が、その人間たちを乗せたトラックが大量のワームに襲われてしまう。襲い掛かるワームに逃げる人間たちはネイティブに変身。ガタックを見て「トップの息子」と謎めいた言葉を吐く。動揺したガタックは突如現れた乃木（坂口拓）の強烈な一撃に吹き飛ばされてしまう。ネイティブを大量に殺され、岬（永田杏奈）も負傷。加賀美はネイティブやトップの息子ということに関して沈黙する田所に疑惑の目を向ける。

すべての時間を止めてしまうフリーズという技でカブトを倒した乃木（坂口拓）。田所（山口祥行）らネイティブを人質にとり、ZECTにアンチミミック弾を差し出すよう要求する。陸（本田博太郎）は本部にいた何者かと相談、その指示に従いあっさり要求を受け入れてしまう。三島（弓削智久）から乃木らの要求を受け入れ、アンチミミック弾を差し出すことを聞いた加賀美（佐藤祐基）は、自分が交渉役に指名されたことを知らされる。ネイティブのために大事な武器を差し出すとは…。納得がいかない加賀美は命令を拒否、怒りに任せてガタックのベルトをも捨ててしまう。ムシャクシャと一人ボールを壁にぶつけていた加賀美のもとに天道（水嶋ヒロ）がやってきた。なぜ乃木の要求を呑むことに納得しない加賀美を交渉役に指名したのか？改めて天道に問い掛けられ、加賀美は父・陸の真意を理解。加賀美は交渉役を引き受けることにする。

ビストロ・ラ・サル。加賀美（佐藤祐基）が見守る中、蓮華（手嶋ゆか）が例の勘違い料理を剣（山本裕典）に振舞っていると、天道（水嶋ヒロ）がやってきた。蓮華の料理をうまいと言ったかと思うと、「もう一人の僕はどこ？」などと訳のわからないことを口走る。「天道に擬態したワーム…？」。気づいたときはすでに遅し。擬態天道はどこかへ消えていた。加賀美はさっそく本物の天道に事情を報告。しかし、そこへ擬態天道が現れた。「ひよりはもう君に会いたくないと言っている」。擬態天道は現実の世界に帰りたくないというひよりのために、本物の天道を消しにやってきたのだという。そんな言葉を信用するはずがない天道はカブトに変身。ダークカブトと激しい攻防を展開するが、突如攻撃をやめてしまう。マスクドフォームのまま、ライダーフォームのダークカブトに一方的にやられるカブト。見かねた加賀美はガタックに変身。カブトを救出する。訳を聞く加賀美に天道は、ひよりがいる時空の彼方への入り口を知っているのは擬態天道だけ、その場所を聞き出すまでヤツを倒すわけにはいかない、という。

「二度とこの世界には戻らない。僕はそのほうが幸せなんだ」。そう言い残してダークカブトとともに去ってしまったひより（里中唯）。ひよりが幸せというのなら仕方がない…。さすがの天道（水嶋ヒロ）も哀しみに打ちひしがれるが、加賀美（佐藤祐基）はひよりが残していった引き裂かれた妖精の絵を手に違和感を覚える。乃木（坂口拓）に率いられたワームの群れが次々と防衛ラインを突破。エリアＺに接近する。天道は加賀美とともに現場へ急行するが、岬（永田杏奈）を庇い、カッシスワームグラディウスにズタズタにされたサソード＝剣（山本裕典）が負傷して病院へ運ばれるところだった。愛する岬の前で強がる剣を目の当たりにした加賀美は、ひよりも強がっているのでは、という。本当はこの世界に帰りたいと思っているはずだ。それでなければ、こんなやさしい絵は描けないはず…。それでも今はワームを倒す方が先、天道と加賀美はカブト、ガタックに変身。カッシスワームグラディウスに技をコピーされないよう、２体同時に必殺技を浴びせることにする。

ひより（里中唯）に現実世界に帰られてしまった擬態天道（水嶋ヒロ）。「滅ぼしてやる……この世界を……なにもかも…」。そんな擬態天道に２人に分裂した乃木（坂口拓）が共闘を持ちかけるが…。ひよりを保護した天道（水嶋ヒロ）だが、何があったという問いかけにも「僕がわがままだから」と自分を責めるばかり。どうやら心の傷はなかなか癒えないようだ。岬（永田杏奈）を庇い傷ついた剣（山本裕典）もなんとか回復。そんな剣に岬も心を開きつつあったが、一方でワームが大量発生。岬も加賀美（佐藤祐基）らと対応に追われる。そんな中、陸（本田博太郎）のもとに根岸（小林正寛）という男が現れた。どうやら正体はネイティブらしいが、あの陸が低姿勢で対応している。が、根岸はあくまでも明るく振舞い、居丈高の天道に対しても「ファンになってもいいですか」とおもねる。

自らの正体がスコルピオワームであることを知ってしまった剣（山本裕典）。姉を殺害した後、剣自身も殺害されて…。すべてを悟った剣は岬（永田杏奈）に手渡そうとしたマフラーを引きちぎってしまう。 剣同様ショックを受ける岬に対して天道（水嶋ヒロ）は「倒すしかない」とキッパリ。剣と共存する道を探っていた加賀美（佐藤祐基）は、そんな天道に抗議するが、剣の姉を殺し、他の人間を殺しているかもしれない、と言われ言葉を失ってしまう。岬はそんな２人のやりとりにも何の反応も示さずに…。ワームは相変わらず大量に出現。天道と加賀美はそれぞれカブト、ガタックに変身してワーム退治に余念がない。乃木（坂口拓）が変貌したカッシスワームクリペウスと戦うガタックの前に剣が現れると、スコルピオワームに変貌。ガタックに攻撃を仕掛けていく。戦いたくないガタックは防戦一方、スコルピオワームの攻撃に大きく吹き飛ばされてしまう。

陸（本田博太郎）はテレビを通して日本国民に隕石の落下からワームの発生、ZECTの創設、そして事態の沈静化までを説明。ワームの数も減少し、加賀美（佐藤祐基）も勝利を実感し始めるが、なぜか天道（水嶋ヒロ）だけは「勝負はこれからだ」と表情を固くする。ZECTの評議会ではワーム殲滅後はZECTを解散、マスクドライダーシステムも回収と陸が発表。そんな決定に三島（弓削智久）は納得がいかない。さらにネイティブの根岸（小林正寛）がワームを感知するネックレスを製作していたことを明らかにした。ワームが近くにいると赤く変化するネックレス。陸はそんな根岸に「感謝します」とへりくだるが、三島はあくまでもネイティブに低姿勢の陸が気に入らない。街では根岸のネックレスが大人気に。無料で配布する加賀美や岬（永田杏奈）らもてんてこ舞いだ。そんな様子を見ながら根岸も増産を約束、配布する田所（山口祥行）にも力が入る。天道はひより（里中唯）をサルのシェフにするため、ひより自らが書いたレシピを実践させることに。戸惑うひよりだが、弓子（西牟田恵）もバックアップ。ひよりも渋々ながら料理を始める。

ネイティブの根岸（小林正寛）らが開発したネックレスのおかげで、潜んでいたワームが次々と現れては抹殺されていく。しかし、人々にとってはネイティブも同じワーム。人間を守ろうとした田所（山口祥行）でさえ敵視され、加賀美（佐藤祐基）は懸命に田所を庇う。そんな加賀美に根岸も感動。人間とネイティブ、人間と人間、すべての争いがない平和な世界を作る手助けをして欲しい、と加賀美と握手。加賀美も胸を熱くする。しかし、そんな根岸に三島（弓削智久）がダークカブトゼクターを手に不敵な笑みを浮かべて近づいた。「私とならいい取引ができる」。根岸の秘められた計画とは…？

「あと少しでワームを一掃できます。ネックレスの装着にご協力下さい。ネックレスをしていない人間はワームである可能性があります」。三島（弓削智久）がテレビで訴えかける中、加賀美（佐藤祐基）は蓮華（手嶋ゆか）から天道（水嶋ヒロ）が残した手紙を受け取る。　その手紙によると、三島らが配布しているネックレスはアンテナで、そのアンテナにショックを与え全人類を一斉にネイティブに変えるはずだという。天道はアンテナにショックを与えるための送信施設があるはず、というのだが…。　手紙を読んだ加賀美は、放送で三島らが午後３時には勝利宣言を放送することを知る。その放送施設こそ、アンテナにショックを与える送信施設に違いない。　加賀美は田所（山口祥行）、岬（永田杏奈）のサポートを受け、三島らがいる施設へ急行する。