城户真司虽然是一名刚进报社的菜鸟记者却满怀抱负，他努力并期待自己能够早日独当一面。由于近日经常发生不明的失踪事件，警局和报社都为此忙碌不已，还在试用期的他却因为好奇心的驱使，使得他卷入一场空前的大浩劫。

莫名坠入浩劫的真司，在遇见优衣以及莲之后，得知了所谓的镜世界。镜怪物和接二连三失踪的人有密切的关系，真司在优衣的引导下，终于和无双龙龙深红者签下了契约，他将开始和镜怪物展开永无止境的战斗。

和龙深红者签了约的真司一心一意想要变成打击镜怪物的假面骑士，但是，莲却说最后只能有一个假面骑士生存下去，被莲排斥的真司不明白莲所说的这番话，他更不明白莲为什么要攻击他。真司遇上了士郎，士郎也暗示他，必须奋战让自己成为最后生存下来的假面骑士。

真司遇见的神秘男人很可能就是优衣的哥哥，在和优衣谈过之后，真司才知道原来假面骑士的牌组是优衣的哥哥士郎发明的。优衣告诉真司其实莲是个值得信赖的人，这让真司觉得很不服气，因为他亲眼看见莲在攻击智里。

令子查出一部份的失踪者持有共同的嗜好，就在她前往调查的时候居然被不名物体攻击。得到消息的真司赶到医院探视令子，令子要他接手往下调查，没想到却让他发现了另一名假面骑士。

莲怀疑第三个假面骑士是古董店的店长加贺变的，没想到加贺早就已经死了，真正的假面骑士Scissors是刑警须藤。在须藤略施小计之下，真司无意却出卖了莲和优衣，这也让真司见识到为了生存下去，假面骑士必须不择手段的悲哀。

真司在采访的路上被一个冒失鬼给撞破了挡风罩，他一路追着这个人索赔，不料，他发现除了他之外还有其它的人也正在追赶这个男人。最后更让他感到不可思议的是，这个男人居然是第四个假面骑士。

在侦查案子的过程中，真司巧遇上次发现的第四个假面骑士北冈秀一。北冈秀一告诉真司，他是一个喜欢人类欲望的人，他希望自己能够长生不死，满足自己所有的欲望，真司不知北冈话中真正的含意，他觉得北冈秀一是一个有趣的人。

北冈秀一居然拿出钱来替由佳莉的母亲付清了手术费，这让陷入困境的由佳莉感动不已。岛田想起了重要的回忆，真司终于被释放，重新享受自由的空气。不过，同为骑士是不可能共存的，到底最后一位存活下去的骑士会是谁呢？

莲在意外中失去的一部份记忆，他虽然连真司都忘了，真司仍旧陪着他到处去找寻记忆。另一方面，为了要阻止骑士之间的恶斗，优衣回到了哥哥的母校，打算从哥哥过去的事情当中找出哥哥失踪的真正原因。

优衣为了要阻止骑士间的战斗，她来到了哥哥失踪前念的大学，想要了解有关哥哥的事情。她找到了一位叫中村的人，中村和她一起探讨事件发生的经过。另一方面，莲终于恢复了失去的记忆，他将揭开属于自己不为人知的过去。

优衣继续在访查哥哥失踪前的相关事情，她从中村的口中得知，哥哥曾经在实验室进行某项实验，而那个实验是为了她做的。这样的消息让优衣显得更加焦急，种种的谜样线索让她不知从何着手，她是否能够找到阻止骑士互斗的方法呢？

北冈律师知道真司只为保护人类而战，所以故意和吾郎联合起来捉弄他，真司以为绿骑士真正的身份是吾郎，吾郎于是装死，让真司以为自己亲手杀了假面骑士。单纯的真司伤心不已，他向莲哭诉从此以后不再变身为骑士，莲则揭开了北冈的骗术。

芝浦淳发明了一种游戏，这种游戏能分析出人类的心理层面，越喜欢玩这种游戏的家伙，就会变得越想追求刺激，但是却得不到满足，于是会开始寻求真正的战斗来自我满足。这宛如假面骑士间的互相残杀行为被搬到现实生活中进行一样，让真司觉得不可思议。

真司没有想到第六个假面骑士，居然会是像芝浦淳那样恶劣的男人，他还抢走了真司和龙深红者的契约卡。手冢和真司一样一心一意要阻止假面骑士间的战斗，有他和真司连手，骑士间的恶斗是否真的能够停止呢？

优衣为了要调查哥哥的事情，对仲村展开死缠烂打的功夫，仲村在拗不过优衣的情况之下，把手边有关江岛研究室的资料全部都交给优衣，同时也告诫优衣这件事情从此以后与他无关。优衣是否能够透过这些数据，顺利的揭发当年所发生的神秘事件呢？

真司不相信手冢算的命，他认为他一定能够想出办法来阻止骑士之间的战斗。秀一拒绝为浅仓辩护之后，浅仓在士郎的指示下逃出监狱，他已经成为骑士之一，加入假面骑士的战斗中。

逃狱成功的浅仓挟持了小女孩，他并威胁警方要带北冈律师来交换人质，真司潜入打算伺机解救人质。一场风云际会的假面骑士战斗就要展开了，在神崎士郎的刻意安排之下，谁会是最后一位登上胜利宝座的英雄呢？

满脑子只有战斗想法的莲居然帮助浅仓逃走了。不可置信的真司随后追赶，他不明白莲为什么要成为一个背叛者。手冢告诉真司如果我是莲的话，我也会无条件的投靠浅仓和他成为同路人，现在莲只能把脱下来的面具再勉强的戴回去。

莲告诉真司，其实他成为假面骑士的目的，就是要救惠里。为了救惠里，他必需成为最后一个胜利的骑士。如果他失败，惠里就会在无法恢复意识的情况下死去，而且时间只剩下半年。

优衣在旧照片中看到一栋房子，她觉得似曾相识，所以跑去问阿姨是否见过，阿姨却不愿意正面的回答她。手冢发挥了超能力，他得知十三年前的爆炸事故夺走了优衣双亲的性命，他想紧抓住这个线索，借以查出和神崎士郎相关的事物。

手冢在临死之前仍旧坚信齐藤雄一为了正义，及不愿成为战斗骑士而选择死去。改变真司命运，替代真司慷慨就义的他，在此刻也终于明白，当初的雄一也是为了要改变他的命运，和他做了相同的抉择。

令子从北冈的口中得知浅仓威小的时候，家中曾经因为一场大火而发生变故。浅仓威一直以为火灾之后他不仅失去了双亲，同时也失去了唯一的弟弟。事实上这个弟弟还活着，活着的弟弟是否能够解开浅仓威不为人知的秘密呢？

浅仓威告诉令子他非常的想念自己的弟弟浅仓晓，如果有机会再见到弟弟，说不定会因此而改变．令子误信浅仓威的谎言，好不容易说服浅仓晓和浅仓威见面，这才发现原来浅仓威所说的话全是一派胡言…

真司一直想要改变浅仓威，不过并没有成功．他不死心，将目标放在北冈秀一身上，他相信自己一定能够阻止骑士间的战斗。优衣和莲到医院去探望惠里，没想到惠里的病情却每况愈下…

莲在变身的时候，不小心被拓也瞧见了。拓也一直缠着莲，他要莲告诉他如何才能变成骑士。莲拿他没办法，只好带他回去交给真司。为了让拓也知道战斗并非是好事，莲刻意变身为骑士，想要让拓也看看真正的战斗何其残忍，不料却遇见了第十三位骑士。

13号骑士出现之后，真司和所有人的时间全部都回到了过去。真司知道这是13号骑士搞的鬼，所以想尽办法要改变一切。但是，不管他多么努力，只能在己经发生过的事情里面打转，重复再重复。

大久保受朋友之托，带来了相亲照片，岛田和令子心血来潮说想要试试看，不料这一去之后，音讯全无。真司一行人为了查明真象，只好以优衣为诱饵，希望能安全的救出令子和岛田。

北冈秀一从前的秘书浅野惠美以为自己得了不治之症，所以对大家谎称她和秀一有婚约。真司听到消息后，非常的不能谅解北冈，他要北冈负起责任和惠美结婚，可是医生却对吾郎说，惠美只是有点低血压。

一艘专门搭载游客的渡船上不知发生了什么事件，警方只找到船上唯一幸存的小女孩——实加。真司和莲怀疑是浅仓的杰作，为了查明真象上船一探究竟，但是，要求医生让自己重回现场的实加却告诉真司和莲，浅仓是她的救命恩人。

经过真司和莲的查访，在渡船上救小女孩一命的人困然是浅仓，这个结果让大家都很惊讶。没想到一向嗜血的浅仓居然会发动慈悲心肠，救助一个无助的小女孩，这样的结局让真司感动万分…

真司从镜中世界回到现实世界时，因一时大意被浅野惠美给看到了，惠美扬言要查清楚真司为何会进出镜中世界，让真司非常担心骑士的身份曝光。令子紧咬着士郎不放，一心想查出士郎的真实身份是否和那些莫明蒸发的人们有关。

医生告诉莲说惠里只能再活几天了，莲的心中感到很痛苦，于是找真司进行战斗。莲和真司是否会两败俱伤呢？另一方面，令子紧咬着神崎士郎的新闻不放，她回到清明院大学准备展开详细的调查。

浅仓威在秀一的计划之下，终于被警方给逮捕了。不过，狡猾的浅仓威被捕时，居然没有做出任何的抵抗。

警方虽然派出大队人马护送浅仓威引渡，却还是让浅仓威找到脱逃的机会．原本生命垂危的惠里，竟然奇迹似地醒了过来，优衣兴奋不已，马上通知真司，真司得到消息之后，马不停蹄地寻找莲，他要告诉莲，既然镜世界有被关闭的希望，骑士之间就不需要再战斗了。

原本徘徊死亡边缘的惠里，奇迹似地醒过来了，真司和优衣以为莲会因此停止战斗，但是莲并没有因此打消战斗的念头。香川教授告诉真司，想要关闭镜世界必需拥有舍一取十的过人勇气，这句话是否意味着什么样的结局呢？

回到花鸡的真司看见东条悟已成为店中的帮手，心中又惊又喜，他希望东条悟能够把如何才能关闭镜世界的方法告诉他。但是，没想到东条悟告诉他的答案是，只要杀死神崎优衣就能够结束骑士的战斗和消灭镜中的世界。

令子伙同北冈想要去拘留所看浅仓，可是狱方却不同意，并且还让浅仓换了一个新的律师森本。不了解浅仓的森本同意让浅仓看卡组，看来浅仓要再度越狱的可能性节节高升，浅仓是否又会在骑士间惹出什么风波呢？

浅仓在森本律师的无知之下，果然又出来作怪了。士郎用香川的家人来威胁香川，幸好真司出手相救，所以大家都平安无事。大久保把岛田拍到的奇怪照片拿去请专家分析，得到了令人振奋的结果。

又出现了一个新的骑士——Imperer。Imperer是一位重视物质、讲究现实的家伙，他知道莲与真司以及香川与悟为了强夺优衣而大战，所以分别向两路人马提出条件，希望能够加入以效其力，不料，他提出的条件让双方人马都对他心存戒心，终究让他两面都无法讨好。

香川老师不时对东条悟耳提面命，他希望东条能够成为真正的英雄。东条在老师的洗脑下，变得不希望关闭镜世界，他认为战斗到最后的骑士才能称得上是英雄，而且，为了成为英雄，他居然想牺牲一心提拔他的老师。这样的结果让香川非常惊讶，真司也被这样的情况搞得一头雾水。

优衣居然被怪兽给抓进了镜中世界，而且看似完全被怪兽所操控。真司和莲急得像热锅上的蚂蚁，他和莲进入镜世界寻找优衣，可是却遍寻不着。佐野满到处投靠骑士，想要糊口饭吃，却处处碰壁…

到处碰壁的佐野满居然是大公司的继承人，他终于如愿以偿的得到了荣华富贵。可是，他却得意忘形，忘了自己的身份是骑士。士郎出面惊告他，成为骑士之后必需持续的战斗，卡片套匣就是禁锢，除非成为最后一位胜利的骑士，否则根本没有机会摆脱骑士的身份…

浅仓告诉悟，其实杀死佐野满的人是他，这样的表白让自以为已经变强悍的悟感到备受打击，他突然对自己失去信心。莲和真司终于了解神崎士郎的所有作为都是为了不让优衣消失，不过，他们却不知优衣要消失的原因。

为了救优衣，真司和莲决定要奋战，成为最后一个胜利的骑士。一心想成为英雄的东条悟，在明白自己的份量之后，成为自己的能力所及的英雄，他牺牲了自己宝贵的生命救了一对父子的生命。

真司突然觉悟到，能够救优衣的时间不多了，因此，向来一味反对骑士间战斗的他，开始主动出击，寻找骑士同伴进行战斗，希望争取时间解救优衣。不料，大家无法接受突然改变作风的他，连Knight都不太愿意和他展开战斗。

神崎士郎所做的一切都是为了阻止妹妹优衣消失，但是优衣不愿意牺牲别人的性命来取得自己的新生命，所以她出面阻止骑士间的战斗。神崎士郎为了不让优衣影响骑士的战斗，将她软禁在镜世界。

真司在找到下定决心的理由后，不幸阵亡。真司的死让莲相当痛苦，虽然骑士间除了战斗还是必须战斗，真司和莲却产生了真正的友情。士郎为了救优衣，在仅剩的时间内，准备安排Knight和Odin展开最后一场战斗。

当镜世界被优衣和士郎关闭之后，现实的世界便回归到原点，所有死去的人也一一回到了原来的本位。世间一片和平，没有镜怪物也没有假面骑士，地球仍旧转动，太阳仍旧往东边爬起来，昨日的种种彷佛是一场梦…