ミラーワールドのモンスターに狙われた人々が襲われる事件が発生。事件を追っていたジャーナリストの卵･城戸真司は奇妙なカードデッキを拾ったことをきっかけに、モンスターと戦う能力を持った「仮面ライダー」となり、激しい戦いに巻き込まれていく…。

ミラーワールドからなんとか脱出した真司だが、その日から龍の影につけ狙われていた。神崎優衣は真司に「封印」のカードを渡し、これで龍型のモンスターを封印すれば、訳の分からないことに巻き込まれずに、これまで通りの暮らしを続けられると教える。

仮面ライダー龍騎となった真司。彼の許に現われたのは、行方不明になった優衣の兄･神崎士郎だった。カードデッキと仮面ライダーをつくり出した男。士郎は「ライダーを倒すんだ」と、謎めいた言葉を真司に残す。そんな兄の真意を疑う優衣に、真司は…。

少女を襲うダークウイング。蓮はモンスターを強化しようとするあまり、ダークウイングに人間を襲わせているのか? 真司の疑念をよそに、蓮の不審な行動は止まらない。だが優衣は真司の言葉に耳を貸そうとしなかった。そして、真司は蓮との対決に臨む。

姿を現した第3のライダー、仮面ライダーシザース。蓮は、失踪中のアンティークショップ店長･加賀をシザースの正体とにらみ、その行方を追っていた。シザースに戦いを挑むナイト。戦いしか考えない蓮に反発する真司は、シザースとの対話を求めるが…。

蓮が追っていたシザースの手がかりは断ち切れた。そして優衣に忍びよるシザースの影。一方、仮面ライダーは互いに戦わなければならないという神崎士郎のつくり出した過酷なルール。そのことを一度も真剣に取らなかった真司だが…。

花鶏のオーナーでもある優衣の叔母･沙奈子が長い旅行から帰ってきた。だが沙奈子は蓮が気に入らないのか、さっそく蓮と衝突。一方、真司が取材で出会った弁護士･北岡秀一。やがて、北岡と共に真司は怪しい男たちに追われる…。

真司が気に入った沙奈子は同居を勧める。しかし、蓮は真司が優衣に近づくのが我慢ならない。一方、大森が毛の生えたカエルを発見。工場排水問題を察知する令子だが、製薬会社の代理人として令子の前に立ちはだかったのは、弁護士の北岡だった…。

ゾルダとの戦いで傷ついた蓮。さらに北岡は弁護士としての立場を利用して、真司を罠に陥れようとする。蓮たちは北岡を解任しようとする。一方、吾郎だけに心を開く少女･ゆかり。その口から、恐るべき真相を聞いた吾郎は…。

圧倒的な破壊力を見せつけたゾルダのファイナルベント。その衝撃で、蓮は記憶を混濁させてしまう。一方、ライダーたちの戦いを止めさせることを決意した優衣は、手がかりを求めて兄･神崎士郎が失踪前に在籍していた大学へと向かう…。

過去の記憶を求めて清明院大学へとバイクを走らせる蓮の脳裏に、断片的な想い出が甦る。一方、兄･神崎士郎が所属していたと思われる「江島研究室」について調査するため、大学を訪れた優衣は、江島研究室の元メンバー･仲村に声を掛けられる…。

戦いへの誓いを新たにした蓮の前に、不思議な人物が現われる。一方、真司は直通エレベーターの中で人が消えるという都市伝説の取材中に、吾郎と行き合う。吾郎こそがゾルダだと思った真司は、その卑怯なやり口を激しく責めるのが…。

龍騎の反撃を受け、ゾルダが倒される。初めてライダーを倒した真司は、ライダーを辞めると言い放つ。一方、ライアを倒せなかったナイト。その迷いをただ一人見抜く手塚。ドラグレッダーが真司に牙をむく中、蓮は、そして吾郎は…。

手塚が見たビジョン。それは、新しい仮面ライダーとナイトとの戦いだった…。だが、手塚の言葉に蓮は耳を貸さない。一方、亡霊のように大学に出没する「仮面の男」の噂を聞きつけたOREジャーナルの一同。夜の大学に潜入するとそこで見たものは…。

龍騎を追って、ミラーワールドに突入するナイトとライア。彼らが見たのは、ガイに契約のカードを奪われ、ブランク体に戻った龍騎の姿だった。カードを取り戻さなければ龍騎に変身できず、もしカードを破壊されれば真司はドラグレッダーに襲われるしかない…。

ガイを追いつめながら、とどめを刺せないナイト。そんな蓮を、淳はリタイヤしたとみなし、手塚は破滅ととった。一方、懇願する優衣に負けた清明院大学の仲村が、神崎士郎の関係資料が持ち込む。そんな中、諸々の悪事が露見した淳が警察に逮捕される…。

凶悪犯･浅倉の担当弁護士となった北岡は、その凶悪ぶりに弁護人を降りてしまう。そんな浅倉の独房に、神崎士郎が現われる。一方、北岡のおかげで警察から釈放された淳。彼もまた神崎士郎の思惑とは別に、真司や蓮を巻きこんだバトルを画策し始める…。

客を人質にファミレスに立てこもった浅倉。一緒に閉じ込められてしまった真司は、駆けつけたOREジャーナルの一同と連携し、人質を助けるべく奮闘し始める。一方、浅倉は「北岡を連れてこい」と要求する。彼の狙いは北岡への復讐か、それとも…。

王蛇のファイナルベントで倒されるガイ。怒りに燃える龍騎と王蛇のバトルが始まる。しかし、そんな王蛇に手を差し伸べたのは蓮だった。蓮の手引きにより浅倉は警察の検問を突破し、行方をくらます。だが、蓮は何故浅倉に味方するのか? 何のために…?

王蛇に味方し、龍騎と戦うナイト。浅倉と行動をともにすることで、いま一度戦いに賭けようとする蓮。その理由を知った真司は苦悩し、ある決意に至る。一方、神崎優衣にも謎があることに気づいた手塚は、優衣とともに封印された過去を暴くが…。

旧神崎邸で神崎士郎と出会った手塚。士郎は「どうしてお前は戦わない」と手塚を責め、一枚の特殊なカードを渡す。そこには「SURVIVE」とあった…。だが、手塚は戦いの行方を占い、自らの死を予告する。そんな中、ガルドサンダーが手塚を狙う…。

吾郎が浅倉にさらわれ、その動揺を隠すかのようにナイトとの戦闘に突入するゾルダ。一方、手塚は真司に、自分がライダーになったきっかけの事件やなぜ戦いを止めようとしているかの胸の内をさらけ出す。だが、それを聞かされた真司は…。

王蛇の攻撃の前に、ライアが倒れる。そして、ナイトサバイブへと進化を遂げた蓮の猛攻に重傷を負った王蛇は、かろうじて隠れ家へと逃げのびる。だが、そこで待っていたのは令子だった。浅倉の知られざる過去を知らされることになる令子。一方、真司と優衣は…。

戦いの中止を宣言する神崎士郎。変身能力を失っても、契約には縛られつづける真司と蓮は、モンスターに襲われながら、士郎の言うなりに行動するしかなかった。そして浅倉の弟･暁を探しだす令子。「兄が恐ろしい」と告白する暁を、令子たちは説得するが…。

「浅倉だって変われるかもしれない」という真司の希望は裏切られる。それでもめげない真司は、希望の矛先を北岡へと向けるが、いつの間にか第2秘書として使われる。そんな中、真司は、実は自らが変わってしまっていたことに気づく…。

容体が急変した恵里を置きざりにして戦いにおもむく蓮。そんな蓮の決意を知った優衣は、兄･神崎士郎との対決に臨む。一方、そんな蓮がナイトに変身する姿を目撃してしまった少年･拓也。仮面ライダーに憧れた拓也は、真司のカードデッキを奪うが…。

13人目のライダーとなるオーディンは「タイムベント」のカードを使う。真司が気づいた時、時は2002年2月にさかのぼっていた。否応なしに同じ出来事を繰り返しながら、再び時は流れていく。未来の記憶が薄れる中、必死の抵抗を試みる真司であったが…。

令子に持ちこまれた見合い話。これも勉強と軽い気持ちで引き受けてしまった直後から、令子はストーカーにつけ狙われる。その挙げ句には拉致までされてしまう。犯人は一体誰なのか。令子はどこに? いつもの確執は捨て、共同作戦を張る面々であったが…。

弁護士･北岡秀一を婚約不履行で訴えたのは、元秘書の浅野めぐみだった。色めきたつ真司、また義憤に燃える令子。そして、吾郎とめぐみとの間にくり広げられる新旧秘書対決。だが、めぐみには北岡も知らない秘密があった…。

無人で漂流していたフェリーのたった一人の生存者･浜崎実加は、3匹の化け物を見たと証言する。そこに浅倉の影を見てとった真司と蓮は、警察･海保合同の実況検分に潜り込むが、再び人が消え始める。実加と浅倉との間に一体何があったのか?

浅倉はもはや、3体の契約モンスターを押さえきれなくなっていた。浅倉の自滅をうながそうとする蓮と北岡。だが真司は、浅倉でさえ必要としている人間がいると信じていた。一方、「高見士郎」の謎を追う令子は、アメリカ時代の士郎の指導教授と面会するが…。

ミラーワールドから帰還するところを、新記者･めぐみに目撃されてしまう真司。その日からめぐみは、真司の秘密を解明するため、真司をつけ回しはじめる。一方、着実に連続失踪事件の手がかりを積み重ねてきた令子は、ある一つの着想にたどり着く…。

「高見士郎」の手がかりを求め、401号室実験の謎に迫る令子は、清明院大学を訪れるが、元江島研究室の仲村の口は固い。一方、吾郎は北岡と浅倉との対決を何とか回避しようとする…。さらに、恵里の命を賭けて蓮が、龍騎との決戦に突入する…。

恵里の命があと数日であることを知った蓮は、最後のライダーになり、恵里を救うためになりふりかまわずに戦い突っ走る。そんな蓮を救い出すには、ライダーの戦い自体を止めるしかなかった。その方法を探る真司の前に、新たなる仮面ライダー･タイガが現われる…。

戦いにはやる蓮と呼応するように、長い昏睡から目覚める恵里。しかし、オーディンを倒した勢いに乗る蓮は、王蛇との対決をめざし、浅倉の護送車を狙う。そんな蓮を追う真司と優衣であったが、優衣の周囲に黒い影がつきまとい始める…。

ミラーワールドに引きずり込まれた優衣を追い掛ける龍騎。敵は何故、優衣を狙うのか。その正体は一体誰なのか? そして、優衣が生身でもミラーワールドに居続けられるのは…。真司の脳裏に手塚が遺した「優衣から目を離すな」という言葉がよぎる…。

一時的な覚醒状態にはあるが、いつ昏睡状態に戻ってしまうか分からない恵里。しかし、蓮は優しい言葉をかけるでもなく、恵理の許を離れる。一方、清明院大学の香川研究室の東條悟が、花鶏でアルバイトすることになる。果たしてそれは偶然なのか、それとも…。

同志であるはずのオルタナティブを裏切り、オルタナティブを倒してしまうタイガ。一方、恵里を失った蓮は、優衣が狙われていることを知り、再び立ち上がる。だが、その前に香川教授が立ちはだかる。優衣を亡き者にしようとする香川教授と蓮の激突がいま始まる…。

暴走するタイガを牽制しながら英雄を説く香川教授。だが、優衣を亡き者にせんとする香川に対し、神崎士郎は彼の妻子を人質にとって揺さぶりをかける。一方、策を弄して浅倉の担当弁護士に収まった北岡の指示により、浅倉は厳しい拘禁下に置かれる…。

家族を犠牲にしても英雄の道を貫こうとする香川に、ますます傾倒する東條悟。一方、神崎士郎の謎を追って、香川研究室をかぎまわる令子。そんな令子を排除しようとする悟と対決する北岡。そんな中、仮面ライダーインペラーを名のる謎の青年が暗躍を始める…。

優衣を守ろうとする真司と蓮、一方優衣を殺そうとする香川と悟。そんな状況下、自らを売り込むインペラー。一方、悟が英雄に取りつかれることを危惧する香川は、悟に人間らしい気持ちを取り戻させようとして努力する。他方、そんな悟を探し出した浅倉は…。

モンスターたちを自在に操る優衣は、ミラーワールドへと姿を消した。オルタナティブ･ゼロはタイガの前に倒れ、スポンサーを失うインペラーは、次なるスポンサーを捜し求めるが、北岡には拒絶されてしまう。一方、浅倉の挑戦を受けた悟が、戦いへと突入する…。

父の死で、莫大な資産を遺贈されたインペラー。いい暮らしがしたいがためにライダーになった彼であったが、一夜にして願いがかなってしまう羽目となってしまう。だが、ライダーとしての運命がインベラーを離しはしない。一方、王蛇とゾルダに痛めつけられたタイガが…。

インペラーを倒し、英雄に近づいたと確信するタイガは、王蛇への再戦に臨む。深く落ち込む真司をよそに、優衣たちはクリスマスの準備で大忙し。だが、そんな優衣の体が、ミラーワールドで時間切れを起こした時のように蒸発し始める。一方、ミラーワールドでは…。

誰かを助けるためにライダーになると誓った真司。しかし、優衣の危機とは、モンスターを倒せば解決するような問題ではなかった。本当に優衣を救うための動きをしているのは神崎士郎だけではないか? 一方、タイガが全ライダーを招集し、最後の決戦を迫る…。

20歳の誕生日とともに消滅する運命にある優衣を救いたい。戦う決意を固める真司と蓮の壮絶な戦い。迷いを捨て去り、ライダーの戦いに没入していく真司、蓮、北岡…。さらに優衣の過去に迫っていく蓮。だが、タイムリミットの時は次第に近づいていた…。

優衣の誕生日まであと3日。タイムリミットを宣言した神崎士郎は、全ライダーを召集し、最後の決着を求める。何故なら、20歳の誕生日とともに消えてしまう優衣の運命を覆すために。そして、明かされる優衣の過去。12年前、幼い妹と兄に一体何が起こったのか?

優衣の誕生日まであと2日。真司の変身を目撃した令子。仮面ライダーをめぐる謎が暴かれ、喧騒に包まれるOREジャーナル。一方、死期が迫る北岡は、令子を最後のデートへと誘う。一方、モンスターの大群が空を埋めつくす中、真司は…。

【最終話】自ら消えることを選択する優衣。自らが本当に願うことを見つける真司。死期が迫る中、令子とのデートよりも浅倉との決着を選ぶ北岡。そして、最後のライダーとしてオーディンとの最終決戦に進む蓮。仮面ライダーという名の人間たちの戦いが遂に最終決戦の時を迎える…。