Une dizaine d'années a passé depuis l'explosion appelée Double X, qui s'est produite à la Porte du Paradis, le centre de recherches des ruines d'Uruk au Proche-Orient. Double X, la pire catastrophe de l'histoire de l'humanité. Suite à une anomalie du magnétisme terrestre, le ciel est désormais recouvert d'un miroir, le "ciel-abri". Les appareils électroniques, à commencer par les ordinateurs, sont devenus inutilisables. La civilisation de l'information s'est effondrée. Tatsuya et Kiyoko, les enfants du Dr Terumichi Madoka, le responsable de Double X, ont hérité des dettes colossales laissées par leur mère et leur vie se résume à fuir leurs créanciers. Alors qu'ils s'abritaient de la pluie dans un manoir, Tatsuya et Kiyoko rencontrent trois étranges jeunes garçons. L'un d'eux leur demande: "Ne voulez-vous pas devenir nos camarades afin de combattre les démons qui s'étendent sur terre ?". C'est alors que trois mystérieux adolescents s'approchent du manoir...

Hiroko Kageyama, alias la Comtesse de Werdenberg, retrouve ses anciens collègues de Heaven's Gate. En même temps, Tatsuya, Tôru, Fûko et Isamu se dressent face àleurs originaux. L'objectif d'Enkidu leur est révélé mais Tia apparaît ! Tous les mystères sont alors élucidés et tous entament enfin la dernière bataille. Les Orga s'effondrent à tour de rôle dans leur combat contre Burattaria et dix Gilgamesh. C'est alors que Hiroko Kageyama décide d'intervenir pour mettre fin à tout cela.