Fünf Jahre nachdem Wakatake Mari ihr Gedächtnis verloren hat, wird sie von ihrer Großmutter zur Kaihou Akademie geschickt. Sie ist davon aber wenig begeistert. Auf der Fahrt dorthin sieht Mari ein seltsames Mädchen bei den Möwen. Es stellt sich heraus, dass dieses Mädchen ebenfalls auf das Internat geht, ihr Name ist Hagino. Nachdem sich ihre Hände berührt haben, beginnt Hagino Mari zu attackieren, verleugnet aber in Gegenwart der anderen so etwas getan zu haben, weshalb Mari ziemlich wütend ist. Als sich Hagino in der Nacht aus dem Haus schleicht, folgt Mari ihr. Was sie dort sieht ...

1995年，神隐岛800多余名岛民一夜之间全部神秘死亡，只有一名少女存活，她即是本作的主角若竹玛丽。四年后，16岁的若竹玛丽离开了祖母进入私立寄宿制女子高中－－海凰学园，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女－－千光寺萩乃。萩乃在学校里是人人憧憬的学校干部，可是在玛丽的碰触下荻乃却突然暴走……其实，荻乃的另一身份是潜入地球人中进行调查的外星人地球调查舰队第五舰的舰长，而95年发生的神隐岛事件正是由萩乃的战舰发生事故造成。因为战舰在事故中严重毁坏，荻乃留在了地球，同时潜入人类社会继续调查。可是事情远不止于此，玛丽的出现推动了整个故事的进程……一场百合大战即将在海凰学园展开。

Mari Wakatake ha vivido con su abuela desde los cinco años, después de la tragedia que causó la pérdida de todo su entorno cercano, familia y amigos, según lo que ella recuerda. Temiendo por su futuro, su abuela la inscribe en la Academia Kaihou, donde hará nuevos amigos, para alejarla de su dependencia hogareña. Aunque, al principio, se muestra reticente, acabará accediendo a los deseos de su abuela y conocerá a Hagino Sekonji. En un primer contacto, la chica parece una estudiante normal, pero esconde un secreto relacionado con unos sucesos ocurridos hace cinco años.

1995. Les 800 habitants de l'île Kamikakushi ont disparu. Tous, sauf une fille, Wakatake Mari, qui a perdu la mémoire juste après l'incident. Ce mystérieux cas n'a jamais été résolu.

Cinq ans plus tard, la grand-mère de Mari l'envoie dans une école exclusivement féminine où elle y rencontre Hagino.

Après lui avoir serré la main, Mari remarque que les yeux de Hagino ont pris une couleur bleue assez singulière. Hagino semble dans un état second : elle prend le cou de Mari dans ses mains et tente de l'étrangler.

Ce soir-là, Mari a surpris Hagino en train de quitter l'Académie. Elle la suit et trouve Hagino devant un immense vaisseau spatial...

Ce vaisseau spatial, Hagino, l'incident de l'île Kamikakushi... Mari découvrira bientôt que tout cela est lié.

Mari Wakatake has been living with her Grandmother for the past 5 years after a tragedy caused the loss of her home, friends and family, as well as her memories. Fearing for her future, her Grandmother admits her into Kaihou Academy, for her to make friends, instead of home studying. Although reluctant to go, she does and meets Hagino Sekonji. At first appearance, this girl appears like a normal student but inside her lies a deep secret that relates to the tragedy of 5 years ago.

Mari Wakatake ha vissuto con sua nonna negli ultimi 5 anni dopo che una tragedia ha causato la perdita della sua casa, dei suoi amici e della sua famiglia, nonché dei suoi ricordi. Temendo per il suo futuro, sua nonna la ammette alla Kaihou Academy, per farle fare amicizia, invece di studiare a casa. Sebbene riluttante ad andare, lo fa e incontra Hagino Sekonji. A prima vista questa ragazza appare come una normale studentessa ma dentro di lei si cela un profondo segreto che riguarda la tragedia di 5 anni fa.

名門女學園を舞台に、同性間の愛憎を心憎いまで繊細に描いた作品。モノセックスの星から地球に侵入した戦艦BLUEの艦長＜エカリル＞。海辺にある全寮制の名門女學園に編入した記憶喪失の少女＜若竹マリ＞。二人の出会いは偶然？ それとも必然？ 時には反発しながらも、二人の心はゆっくりと重なり合ってゆく…。

Mari muda-se para a Academia Kaiho, quatro anos depois de um acontecimento que marcou para sempre sua vida. A ilha aonde morava foi atacada e sumiu do mapa, restando apenas ela de sobrevivente, mas ela não se lembrava de nada. Na escola ela conhece Hagino, representante de sala e muito famosa na escola, todos tem muito respeito e consideração por Hagino por sua aparência calma e serena, no final acaba dividindo o quarto com ela, ela depois vem a descobrir que já teria conhecido Hagino, pois esta foi a comandante do Blue, que atacou a ilha em que ela morava.