2150年6月25日。在残存人类极少的生存圈，夏威夷岛遭到菲斯特姆的袭击。新联合国下达交战规定Alpha命令，将岛连同生存者一起烧尽。在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名少女，她被一个菲斯特姆保护着。在那一年后，龙宫岛度过着与以前并无二致的和平日子。在与来主操的对话之后，岛再次从世界中消失了身影，一骑等人也走下法芙娜，将后辈广登等人作为防卫的重点。但，随着一架输送机造访岛上，他们再度被卷入战争……！

为了救援被菲斯特姆追赶的人类军输送机，法芙娜准备出击。这是时隔两年的战争。但广登等人并不对此感到兴奋，面带笑容地乘上了法芙娜。敌人是人面狮身型，法芙娜则有广登、里奈、晖、芹、以及真矢的五台机体。法芙娜部队在战斗中逐渐取得优势，但累积了经验的敌人学得了新的战斗方法，并将其运用出来。战况也在不久后就从优势转为劣势，岛上的驾驶员们也因为敌人前所未见的战法而困惑。此时，意想不到的增援与他们会合，并开始援护广登等人……

抵达龙宫岛的光弘等人类军驾驶员造访了品茶“乐园”。一边狂欢一边品尝一骑的咖喱的比利、意识到一骑的艾、以及慎重地在一旁观察的光弘。真矢以复杂的表情注视着他们。与艾梅莉面对面的美羽也在梦中“说话”了，利用除了她们两人以外无人知晓的特殊方法……母亲弓子对女儿异常的样子感到不安。另一方面，带着艾梅莉到岛上的纳雷因将军所带来的情报令史彦感到惊讶。可能让世界的力量平衡发生变化的恐怖事态正在逼近……

新的三名驾驶员被选拔出来。御门零央、镝木彗、水镜美三香。他们是一骑他们的后辈，龙宫岛学园中等部三年级的少年少女们。他们接受了比广登的世代更加高度的基因操作，各自拥有特异的能力。羽佐间容子和卡农为三人准备了新的机体。然而美三香他们却开始抱怨对颜色和名字感到不满意……！？与此同时，史彦和千鹤回转于各个家庭，传达让孩子们乘坐法芙娜的决定。虽然对于孩子们要在前线战斗的现实有所觉悟，但仍有不接受的人存在。

被称为阿萨谢尔型的巨大菲斯特姆开始对龙宫岛发动攻击。名为Walker的菲斯特姆自从艾梅莉他们来到岛上之后就一直在监视。Walker在护盾上开了洞，将多数的人面狮身型菲斯特姆送了进去。Mark Neun和Mark Zehn，还有初次上阵的彗、零央、美三香总共五台机体前去迎击。总士命令他们担任地上部队的后援，但彗却提出反对，并要求变更作战。面对新人驾驶员出乎意料的反应，总士会……？

美羽加入的龙宫岛派遣部队到达了Esperanto的据点印度斯利那加基地。高耸入云的巨大结晶树·世界树矗立在那里，它就是Esperanto所崇拜的Mir。美羽想要尽快与Mir对话而向艾梅莉恳求，但……。另一方面，在龙宫岛，成长了的乙姬终于醒了过来。但，与为诞生感到喜悦的芹相反，她冷冷地说道“不要叫我乙姬”，还命令总士唤回史彦和一骑。如此一来美羽以及离开岛的众人将会发生大事……。

龙宫岛派遣部队驻留的斯利那加遭到了菲斯特姆的袭击。不只是从防卫圈外，在市内也突然出现了菲斯特姆，让人们四处逃窜。真矢跑到弓子和美羽所在之处，但他看到美羽的样子而不禁哑然。在数小时前，龙宫岛也遭到了复数的菲斯特姆的袭击。留在岛上的法芙娜部队成为防守一方迎战危机，然而此时却出现了如同呼应这一状况般的变化。另一方面，一骑和总士也为了迎击来临的危机而准备出击。这是若非两人一起就无法达成的危险挑战……。

龙宫岛的驾驶员对于预料之外的苦战以及突然萌发的新生力量感到困惑。面对死亡的彗感到胆怯，零央也由于在剑的对决中落败而让悔恨渗透心中。芹则对于自己还活着这件事本身感到疑惑。守望着战斗的皆城织姬向千鹤询问其性命将在何时结束。千鹤告诉了她事实，织姬对于她的回答表示感谢。阿尔维斯的众人开始讨论让救援队尽快抵达斯利那加的最佳策略。但，那却是让所有人哑口无言的方法。然而卡农判断“如果是那两人的话就会如此选择”，准备前去救援派遣部队。

Sein和Nicht为了排除袭击世界树的阿萨谢尔型而奔走。去掉限制发挥出Sein无限力量的一骑，以及自由操纵号称无法控制的Nicht的总士。面对那压倒性的力量，光弘等人类军士兵自不必说，连广登等龙宫岛驾驶员也为之沸腾。阿萨谢尔型从两人身上感觉到与其他法芙娜明显不同的力量，并放出了新的攻击……！？对于美羽想要守护大家的愿望，一骑和总士将如何回应……？两人的战斗移至新的次元。

留在龙宫岛的彗等法芙娜驾驶员完美地担当着职责。在之前的战斗中出现的现象·SDP，似乎会令法芙娜的性能飞跃性上升，对于驾驶员也会产生好的影响。一切看似正顺利进行，但大人们对于这一异变感到不安，为了解明这种现象开始采取各种对策。此时，寄住在芹家的织姬，展现出与在阿尔维斯时完全不同的意外一面……！？

包括彗在内的岛上驾驶员全员都出现了未知现象。很明显这是法芙娜新的核心产生的影响，但千鹤等阿尔维斯医疗队不要说是治疗方法，就连这是否是关乎性命的状况都无法分辨。织姬对于此事似乎知道些什么，然而……？此时，斯利那加的人们正在向下一个营地顺利地移动。司令部决定以喜马拉雅山脉边缘的废墟为下一个宿营地，并派出空战型法芙娜前去侦察。与部队会合的真矢在那里见到的是……！？

偏离了行军路线的移动部队遭到菲斯特姆的袭击。一骑和总士以外的真矢等法芙娜部队迅速赶来，一骑主张自己也需驾驶Sein和Nicht出击。但总士对其意见表示反对，并对于这一事态本身表现出疑问。另一方面，龙宫岛也遭到阿萨谢尔型所率领的菲斯特姆袭击。此次阿萨谢尔型的攻击似乎是有着某种目的。面对这一紧急事态，阿尔维斯司令部导入了还在开发途中的新系统……！